ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48344

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 3, 5, 13, 13, 7, 5, 1, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.012, 0.020, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.012, 0.021, 0.030, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.010, 0.021, 0.032, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.021 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.006, 0.018, 0.030, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.018 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.013, 0.026, 0.038, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.026 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.001, 0.015, 0.029, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.015 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.004, 0.019, 0.034, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.019 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.021, 0.038, 0.055, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.038 std_dev=0.017
O6 A 0, 0.018, 0.035, 0.052, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.035 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.004, 0.021, 0.038, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.021 std_dev=0.017
C8 A 0, 0.021, 0.039, 0.057, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.039 std_dev=0.018
N2 A 0, 0.009, 0.038, 0.067, 0.165 max_d=0.165 avg_d=0.038 std_dev=0.029
O4' A 0, 0.025, 0.065, 0.105, 0.183 max_d=0.183 avg_d=0.065 std_dev=0.040
C2' A 0, 0.020, 0.082, 0.144, 0.307 max_d=0.307 avg_d=0.082 std_dev=0.062
C4' A 0, 0.018, 0.091, 0.164, 0.289 max_d=0.289 avg_d=0.091 std_dev=0.073
C3' A 0, 0.052, 0.132, 0.212, 0.395 max_d=0.395 avg_d=0.132 std_dev=0.080
O2' A 0, 0.041, 0.134, 0.226, 0.422 max_d=0.422 avg_d=0.134 std_dev=0.093
C5' A 0, 0.038, 0.151, 0.264, 0.552 max_d=0.552 avg_d=0.151 std_dev=0.113
O3' A 0, 0.099, 0.226, 0.352, 0.643 max_d=0.643 avg_d=0.226 std_dev=0.126
O5' A 0, 0.051, 0.215, 0.379, 0.971 max_d=0.971 avg_d=0.215 std_dev=0.164
C2' B 0, 0.251, 0.445, 0.639, 1.066 max_d=1.066 avg_d=0.445 std_dev=0.194
C1' B 0, 0.351, 0.552, 0.753, 1.124 max_d=1.124 avg_d=0.552 std_dev=0.201
O4' B 0, 0.412, 0.616, 0.820, 1.105 max_d=1.105 avg_d=0.616 std_dev=0.204
C3' B 0, 0.216, 0.425, 0.634, 1.078 max_d=1.078 avg_d=0.425 std_dev=0.209
N1 B 0, 0.310, 0.531, 0.752, 1.193 max_d=1.193 avg_d=0.531 std_dev=0.221
O2 B 0, 0.389, 0.614, 0.839, 1.192 max_d=1.192 avg_d=0.614 std_dev=0.225
P A 0, 0.198, 0.425, 0.653, 1.269 max_d=1.269 avg_d=0.425 std_dev=0.228
C2 B 0, 0.320, 0.552, 0.783, 1.227 max_d=1.227 avg_d=0.552 std_dev=0.231
C6 B 0, 0.318, 0.561, 0.803, 1.262 max_d=1.262 avg_d=0.561 std_dev=0.242
OP1 A 0, 0.244, 0.500, 0.756, 1.436 max_d=1.436 avg_d=0.500 std_dev=0.256
C4' B 0, 0.301, 0.565, 0.829, 1.337 max_d=1.337 avg_d=0.565 std_dev=0.264
O2' B 0, 0.217, 0.482, 0.746, 1.391 max_d=1.391 avg_d=0.482 std_dev=0.264
O3' B 0, 0.106, 0.374, 0.642, 1.252 max_d=1.252 avg_d=0.374 std_dev=0.268
N3 B 0, 0.281, 0.564, 0.846, 1.361 max_d=1.361 avg_d=0.564 std_dev=0.282
C5 B 0, 0.318, 0.602, 0.887, 1.427 max_d=1.427 avg_d=0.602 std_dev=0.284
OP2 A 0, 0.293, 0.583, 0.872, 1.443 max_d=1.443 avg_d=0.583 std_dev=0.289
P B 0, 0.359, 0.667, 0.975, 1.572 max_d=1.572 avg_d=0.667 std_dev=0.308
C4 B 0, 0.276, 0.588, 0.901, 1.479 max_d=1.479 avg_d=0.588 std_dev=0.312
C5' B 0, 0.406, 0.735, 1.064, 1.544 max_d=1.544 avg_d=0.735 std_dev=0.329
N4 B 0, 0.272, 0.655, 1.038, 1.670 max_d=1.670 avg_d=0.655 std_dev=0.383
OP1 B 0, 0.428, 0.811, 1.195, 1.789 max_d=1.789 avg_d=0.811 std_dev=0.383
OP2 B 0, 0.319, 0.733, 1.147, 1.862 max_d=1.862 avg_d=0.733 std_dev=0.414
O5' B 0, 0.353, 0.783, 1.213, 1.780 max_d=1.780 avg_d=0.783 std_dev=0.430

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.04 0.05 0.04 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.05 0.03 0.06 0.09 0.06
C2 0.04 0.00 0.07 0.06 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.10 0.08 0.03 0.06 0.02 0.07 0.12 0.08
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.05 0.03 0.06 0.09 0.07 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.05 0.07 0.09 0.06
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.04 0.04 0.05 0.08 0.06 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.06 0.04 0.08 0.09 0.06
C4 0.02 0.01 0.04 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.05 0.01 0.06 0.02 0.07 0.11 0.07
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.05 0.03 0.05 0.04 0.05 0.02 0.04 0.02 0.00 0.02 0.04 0.05 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.04 0.02 0.06 0.02 0.07 0.12 0.08
C5' 0.02 0.04 0.02 0.02 0.03 0.01 0.05 0.00 0.05 0.05 0.04 0.05 0.04 0.06 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.06 0.05 0.02 0.02
C6 0.03 0.01 0.05 0.04 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.07 0.05 0.03 0.07 0.01 0.08 0.13 0.09
C8 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.04 0.06 0.03 0.07 0.11 0.08
N1 0.04 0.00 0.06 0.05 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.07 0.02 0.06 0.01 0.08 0.13 0.08
N2 0.05 0.01 0.09 0.08 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.12 0.11 0.04 0.06 0.02 0.07 0.12 0.08
N3 0.04 0.01 0.07 0.06 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.08 0.03 0.06 0.02 0.07 0.11 0.08
N7 0.01 0.02 0.03 0.04 0.01 0.05 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.04 0.07 0.03 0.08 0.12 0.09
N9 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.05 0.03 0.07 0.10 0.07
O2' 0.02 0.10 0.01 0.01 0.05 0.04 0.05 0.04 0.07 0.03 0.09 0.12 0.09 0.03 0.02 0.00 0.03 0.04 0.06 0.07 0.07 0.08 0.06
O3' 0.02 0.08 0.02 0.01 0.05 0.02 0.04 0.03 0.05 0.04 0.07 0.11 0.08 0.04 0.03 0.03 0.00 0.01 0.06 0.05 0.09 0.10 0.06
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.04 0.03 0.04 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.04 0.06 0.08 0.06
O5' 0.05 0.06 0.05 0.06 0.06 0.02 0.06 0.01 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.05 0.06 0.06 0.04 0.00 0.08 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.05 0.04 0.02 0.04 0.02 0.06 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.07 0.05 0.04 0.08 0.00 0.10 0.14 0.10
OP1 0.06 0.07 0.07 0.08 0.07 0.05 0.07 0.05 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.08 0.07 0.07 0.09 0.06 0.02 0.10 0.00 0.02 0.01
OP2 0.09 0.12 0.09 0.09 0.11 0.03 0.12 0.02 0.13 0.11 0.13 0.12 0.11 0.12 0.10 0.08 0.10 0.08 0.02 0.14 0.02 0.00 0.01
P 0.06 0.08 0.06 0.06 0.07 0.02 0.08 0.02 0.09 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.07 0.06 0.06 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.08 0.06 0.12 0.07 0.24 0.08 0.50 0.09 0.08 0.08 0.07 0.10 0.12 0.13 0.10 0.14 0.30 0.38 0.20
C2 0.09 0.08 0.06 0.16 0.08 0.28 0.08 0.48 0.09 0.08 0.08 0.09 0.10 0.13 0.18 0.12 0.10 0.33 0.44 0.24
C2' 0.08 0.08 0.07 0.13 0.08 0.24 0.08 0.48 0.09 0.08 0.08 0.08 0.10 0.12 0.15 0.10 0.14 0.29 0.38 0.20
C3' 0.08 0.08 0.07 0.12 0.07 0.24 0.08 0.49 0.08 0.08 0.08 0.08 0.10 0.13 0.13 0.10 0.16 0.28 0.37 0.19
C4 0.09 0.08 0.06 0.13 0.07 0.25 0.08 0.50 0.09 0.08 0.08 0.08 0.10 0.13 0.13 0.11 0.14 0.29 0.39 0.20
C4' 0.08 0.08 0.06 0.13 0.08 0.24 0.08 0.52 0.09 0.08 0.08 0.07 0.10 0.12 0.13 0.11 0.15 0.30 0.38 0.20
C5 0.08 0.07 0.07 0.11 0.08 0.22 0.08 0.49 0.09 0.07 0.08 0.09 0.09 0.15 0.10 0.11 0.19 0.27 0.36 0.18
C5' 0.09 0.08 0.06 0.12 0.07 0.23 0.08 0.52 0.09 0.08 0.08 0.07 0.10 0.13 0.11 0.11 0.18 0.28 0.36 0.19
C6 0.08 0.08 0.09 0.11 0.09 0.20 0.09 0.46 0.09 0.07 0.09 0.11 0.10 0.17 0.09 0.11 0.20 0.27 0.37 0.18
C8 0.08 0.07 0.07 0.11 0.08 0.23 0.08 0.50 0.09 0.07 0.08 0.09 0.09 0.14 0.10 0.11 0.21 0.26 0.35 0.17
N1 0.08 0.07 0.07 0.13 0.08 0.24 0.07 0.47 0.08 0.07 0.08 0.09 0.09 0.17 0.14 0.11 0.13 0.31 0.42 0.22
N2 0.11 0.11 0.07 0.20 0.11 0.31 0.11 0.46 0.12 0.11 0.11 0.11 0.12 0.11 0.24 0.13 0.14 0.36 0.48 0.29
N3 0.10 0.09 0.06 0.15 0.09 0.27 0.09 0.50 0.10 0.09 0.09 0.09 0.11 0.11 0.17 0.12 0.11 0.32 0.42 0.23
N7 0.08 0.08 0.08 0.11 0.09 0.21 0.09 0.49 0.09 0.07 0.08 0.11 0.09 0.15 0.09 0.11 0.23 0.25 0.34 0.16
N9 0.09 0.08 0.06 0.13 0.07 0.24 0.08 0.51 0.09 0.08 0.08 0.08 0.10 0.12 0.13 0.11 0.16 0.28 0.38 0.19
O2' 0.09 0.10 0.09 0.14 0.09 0.24 0.09 0.46 0.10 0.09 0.10 0.09 0.11 0.13 0.17 0.11 0.13 0.30 0.39 0.21
O3' 0.09 0.09 0.09 0.12 0.08 0.24 0.08 0.48 0.09 0.08 0.09 0.09 0.10 0.13 0.14 0.10 0.16 0.28 0.37 0.19
O4' 0.09 0.09 0.05 0.13 0.08 0.24 0.09 0.52 0.10 0.09 0.08 0.08 0.11 0.12 0.12 0.11 0.15 0.31 0.39 0.21
O5' 0.10 0.09 0.07 0.13 0.08 0.24 0.08 0.54 0.10 0.09 0.08 0.08 0.10 0.14 0.11 0.13 0.20 0.28 0.36 0.19
O6 0.09 0.11 0.11 0.10 0.12 0.17 0.11 0.41 0.11 0.09 0.13 0.15 0.12 0.19 0.08 0.11 0.26 0.25 0.32 0.15
OP1 0.09 0.07 0.08 0.12 0.07 0.22 0.09 0.53 0.10 0.08 0.07 0.07 0.09 0.15 0.10 0.13 0.21 0.27 0.32 0.16
OP2 0.15 0.12 0.13 0.17 0.12 0.26 0.15 0.56 0.17 0.14 0.11 0.11 0.13 0.18 0.14 0.19 0.22 0.32 0.33 0.20
P 0.10 0.08 0.08 0.13 0.07 0.23 0.10 0.54 0.12 0.10 0.07 0.07 0.10 0.16 0.10 0.14 0.21 0.27 0.33 0.17

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.08 0.02 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.02 0.01 0.29 0.24 0.37 0.21
C2 0.02 0.00 0.05 0.08 0.01 0.06 0.01 0.23 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.10 0.07 0.03 0.33 0.17 0.32 0.16
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.06 0.05 0.10 0.00 0.03 0.01 0.15 0.18 0.39 0.17
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.12 0.01 0.13 0.01 0.11 0.07 0.10 0.13 0.08 0.02 0.01 0.02 0.09 0.14 0.36 0.13
C4 0.02 0.01 0.04 0.12 0.00 0.14 0.01 0.38 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.07 0.13 0.04 0.33 0.13 0.26 0.12
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.14 0.00 0.17 0.01 0.15 0.08 0.10 0.15 0.05 0.04 0.03 0.01 0.02 0.14 0.28 0.07
C5 0.02 0.01 0.03 0.13 0.01 0.17 0.00 0.41 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.14 0.04 0.34 0.14 0.24 0.12
C5' 0.08 0.23 0.03 0.01 0.38 0.01 0.41 0.00 0.35 0.23 0.31 0.41 0.13 0.04 0.08 0.02 0.01 0.20 0.20 0.02
C6 0.02 0.01 0.03 0.11 0.01 0.15 0.00 0.35 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.11 0.04 0.37 0.18 0.27 0.16
N1 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.08 0.01 0.23 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.06 0.02 0.34 0.19 0.32 0.17
N3 0.02 0.01 0.06 0.10 0.00 0.10 0.01 0.31 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.10 0.03 0.33 0.14 0.29 0.13
N4 0.02 0.02 0.05 0.13 0.01 0.15 0.02 0.41 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.08 0.15 0.04 0.31 0.13 0.27 0.12
O2 0.05 0.01 0.10 0.08 0.02 0.05 0.02 0.13 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.16 0.09 0.06 0.33 0.20 0.36 0.19
O2' 0.02 0.10 0.00 0.02 0.07 0.04 0.03 0.04 0.02 0.04 0.10 0.08 0.16 0.00 0.07 0.07 0.06 0.14 0.37 0.13
O3' 0.02 0.07 0.03 0.01 0.13 0.03 0.14 0.08 0.11 0.06 0.10 0.15 0.09 0.07 0.00 0.02 0.25 0.08 0.30 0.11
O4' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.03 0.04 0.06 0.07 0.02 0.00 0.32 0.30 0.38 0.24
O5' 0.29 0.33 0.15 0.09 0.33 0.02 0.34 0.01 0.37 0.34 0.33 0.31 0.33 0.06 0.25 0.32 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.24 0.17 0.18 0.14 0.13 0.14 0.14 0.20 0.18 0.19 0.14 0.13 0.20 0.14 0.08 0.30 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.37 0.32 0.39 0.36 0.26 0.28 0.24 0.20 0.27 0.32 0.29 0.27 0.36 0.37 0.30 0.38 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.21 0.16 0.17 0.13 0.12 0.07 0.12 0.02 0.16 0.17 0.13 0.12 0.19 0.13 0.11 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00