ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48352

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 9, 12, 7, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.004, 0.010, 0.017, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.002, 0.009, 0.017, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.009 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.007, 0.016, 0.025, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.008, 0.017, 0.027, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.017 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.008, 0.019, 0.029, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.019 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.010, 0.021, 0.031, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.008, 0.020, 0.032, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.020 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.021, 0.049, 0.078, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.049 std_dev=0.028
N4 A 0, 0.025, 0.054, 0.084, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.054 std_dev=0.029
C4 B 0, 0.102, 0.240, 0.377, 0.697 max_d=0.697 avg_d=0.240 std_dev=0.137
O4' A 0, 0.118, 0.261, 0.403, 0.676 max_d=0.676 avg_d=0.261 std_dev=0.143
C6 B 0, 0.173, 0.316, 0.459, 0.784 max_d=0.784 avg_d=0.316 std_dev=0.143
C2' A 0, 0.088, 0.232, 0.377, 0.598 max_d=0.598 avg_d=0.232 std_dev=0.145
C5 B 0, 0.174, 0.344, 0.513, 0.792 max_d=0.792 avg_d=0.344 std_dev=0.169
O2' A 0, 0.089, 0.258, 0.428, 0.731 max_d=0.731 avg_d=0.258 std_dev=0.169
O6 B 0, 0.237, 0.410, 0.583, 0.888 max_d=0.888 avg_d=0.410 std_dev=0.173
N1 B 0, 0.311, 0.491, 0.671, 0.872 max_d=0.872 avg_d=0.491 std_dev=0.180
N3 B 0, 0.212, 0.397, 0.582, 0.873 max_d=0.873 avg_d=0.397 std_dev=0.185
C2 B 0, 0.393, 0.593, 0.793, 1.013 max_d=1.013 avg_d=0.593 std_dev=0.200
C4' A 0, 0.202, 0.404, 0.606, 0.830 max_d=0.830 avg_d=0.404 std_dev=0.202
N9 B 0, 0.231, 0.436, 0.641, 0.805 max_d=0.805 avg_d=0.436 std_dev=0.205
C3' A 0, 0.205, 0.426, 0.646, 0.915 max_d=0.915 avg_d=0.426 std_dev=0.221
C1' B 0, 0.232, 0.462, 0.692, 0.860 max_d=0.860 avg_d=0.462 std_dev=0.230
C8 B 0, 0.430, 0.730, 1.031, 1.266 max_d=1.266 avg_d=0.730 std_dev=0.301
N2 B 0, 0.633, 0.943, 1.252, 1.501 max_d=1.501 avg_d=0.943 std_dev=0.309
N7 B 0, 0.354, 0.667, 0.981, 1.201 max_d=1.201 avg_d=0.667 std_dev=0.314
O3' A 0, 0.331, 0.647, 0.963, 1.310 max_d=1.310 avg_d=0.647 std_dev=0.316
C5' A 0, 0.343, 0.692, 1.041, 1.524 max_d=1.524 avg_d=0.692 std_dev=0.349
C2' B 0, 0.194, 0.580, 0.967, 2.317 max_d=2.317 avg_d=0.580 std_dev=0.386
O4' B 0, 0.224, 0.622, 1.019, 2.219 max_d=2.219 avg_d=0.622 std_dev=0.397
O5' A 0, 0.285, 0.723, 1.161, 2.283 max_d=2.283 avg_d=0.723 std_dev=0.438
C3' B 0, 0.244, 0.706, 1.169, 2.761 max_d=2.761 avg_d=0.706 std_dev=0.463
C4' B 0, 0.218, 0.736, 1.253, 3.078 max_d=3.078 avg_d=0.736 std_dev=0.518
O3' B 0, 0.359, 0.884, 1.410, 2.934 max_d=2.934 avg_d=0.884 std_dev=0.526
O2' B 0, 0.120, 0.687, 1.254, 3.571 max_d=3.571 avg_d=0.687 std_dev=0.567
P A 0, 0.430, 1.028, 1.625, 2.634 max_d=2.634 avg_d=1.028 std_dev=0.598
OP1 A 0, 0.631, 1.284, 1.938, 2.815 max_d=2.815 avg_d=1.284 std_dev=0.653
OP2 A 0, 0.447, 1.109, 1.770, 3.382 max_d=3.382 avg_d=1.109 std_dev=0.662
C5' B 0, 0.111, 0.915, 1.720, 4.950 max_d=4.950 avg_d=0.915 std_dev=0.805
O5' B 0, -0.106, 0.847, 1.799, 5.824 max_d=5.824 avg_d=0.847 std_dev=0.953
OP1 B 0, 0.072, 1.115, 2.158, 6.328 max_d=6.328 avg_d=1.115 std_dev=1.043
P B 0, -0.063, 1.027, 2.116, 6.722 max_d=6.722 avg_d=1.027 std_dev=1.090
OP2 B 0, -0.148, 1.189, 2.525, 8.242 max_d=8.242 avg_d=1.189 std_dev=1.336

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.11 0.14 0.13 0.15
C2 0.02 0.00 0.07 0.10 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.11 0.03 0.24 0.24 0.25 0.26
C2' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.06 0.02 0.07 0.02 0.07 0.03 0.07 0.07 0.13 0.00 0.02 0.01 0.11 0.15 0.09 0.11
C3' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.14 0.01 0.15 0.02 0.14 0.08 0.13 0.16 0.12 0.02 0.01 0.02 0.14 0.21 0.13 0.14
C4 0.02 0.01 0.06 0.14 0.00 0.09 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.18 0.05 0.37 0.38 0.42 0.40
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.09 0.00 0.10 0.01 0.10 0.05 0.06 0.09 0.05 0.06 0.03 0.01 0.02 0.10 0.11 0.06
C5 0.02 0.01 0.07 0.15 0.01 0.10 0.00 0.17 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.19 0.06 0.39 0.40 0.42 0.42
C5' 0.02 0.07 0.02 0.02 0.15 0.01 0.17 0.00 0.15 0.08 0.11 0.16 0.06 0.05 0.04 0.02 0.01 0.10 0.15 0.02
C6 0.02 0.01 0.07 0.14 0.01 0.10 0.00 0.15 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.15 0.06 0.34 0.32 0.30 0.34
N1 0.01 0.01 0.03 0.08 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.08 0.02 0.24 0.23 0.21 0.24
N3 0.02 0.01 0.07 0.13 0.00 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.15 0.04 0.31 0.31 0.35 0.33
N4 0.02 0.01 0.07 0.16 0.00 0.09 0.02 0.16 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.06 0.20 0.05 0.40 0.44 0.48 0.45
O2 0.04 0.01 0.13 0.12 0.02 0.05 0.02 0.06 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.12 0.14 0.05 0.18 0.19 0.21 0.20
O2' 0.01 0.07 0.00 0.02 0.05 0.06 0.05 0.05 0.04 0.03 0.07 0.06 0.12 0.00 0.06 0.05 0.05 0.14 0.09 0.08
O3' 0.02 0.11 0.02 0.01 0.18 0.03 0.19 0.04 0.15 0.08 0.15 0.20 0.14 0.06 0.00 0.03 0.12 0.30 0.22 0.18
O4' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.05 0.01 0.06 0.02 0.06 0.02 0.04 0.05 0.05 0.05 0.03 0.00 0.09 0.18 0.19 0.17
O5' 0.11 0.24 0.11 0.14 0.37 0.02 0.39 0.01 0.34 0.24 0.31 0.40 0.18 0.05 0.12 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.14 0.24 0.15 0.21 0.38 0.10 0.40 0.10 0.32 0.23 0.31 0.44 0.19 0.14 0.30 0.18 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 0.25 0.09 0.13 0.42 0.11 0.42 0.15 0.30 0.21 0.35 0.48 0.21 0.09 0.22 0.19 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.15 0.26 0.11 0.14 0.40 0.06 0.42 0.02 0.34 0.24 0.33 0.45 0.20 0.08 0.18 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.15 0.13 0.28 0.23 0.14 0.36 0.16 0.55 0.19 0.15 0.16 0.14 0.13 0.18 0.14 0.40 0.30 0.38 0.44 0.24 0.57 0.55 0.47
C2 0.15 0.13 0.26 0.22 0.13 0.32 0.16 0.51 0.19 0.15 0.15 0.17 0.13 0.17 0.13 0.35 0.28 0.35 0.41 0.24 0.55 0.50 0.43
C2' 0.22 0.20 0.33 0.29 0.20 0.44 0.22 0.64 0.24 0.21 0.22 0.20 0.20 0.23 0.21 0.46 0.37 0.42 0.50 0.28 0.64 0.63 0.54
C3' 0.27 0.23 0.34 0.31 0.25 0.46 0.27 0.67 0.28 0.27 0.26 0.23 0.24 0.29 0.26 0.46 0.38 0.44 0.53 0.33 0.67 0.67 0.56
C4 0.16 0.18 0.22 0.21 0.15 0.30 0.16 0.49 0.16 0.16 0.16 0.23 0.16 0.17 0.15 0.26 0.27 0.30 0.43 0.21 0.59 0.53 0.46
C4' 0.17 0.15 0.28 0.23 0.16 0.38 0.18 0.59 0.20 0.17 0.18 0.16 0.15 0.19 0.16 0.41 0.31 0.39 0.47 0.25 0.61 0.61 0.51
C5 0.16 0.17 0.22 0.22 0.14 0.31 0.16 0.51 0.16 0.16 0.15 0.21 0.16 0.17 0.15 0.27 0.27 0.31 0.44 0.21 0.60 0.55 0.48
C5' 0.18 0.16 0.28 0.24 0.17 0.38 0.20 0.59 0.22 0.20 0.18 0.17 0.17 0.22 0.18 0.38 0.30 0.38 0.47 0.27 0.63 0.62 0.52
C6 0.15 0.14 0.24 0.22 0.14 0.33 0.16 0.53 0.17 0.15 0.14 0.19 0.14 0.17 0.14 0.31 0.28 0.34 0.44 0.22 0.60 0.55 0.48
N1 0.15 0.13 0.26 0.22 0.13 0.34 0.16 0.53 0.18 0.15 0.15 0.16 0.13 0.17 0.14 0.35 0.29 0.36 0.43 0.23 0.57 0.54 0.46
N3 0.15 0.16 0.24 0.22 0.14 0.30 0.16 0.49 0.18 0.15 0.14 0.22 0.15 0.17 0.14 0.29 0.27 0.32 0.41 0.24 0.55 0.50 0.43
N4 0.17 0.21 0.21 0.22 0.16 0.28 0.16 0.46 0.17 0.17 0.19 0.25 0.19 0.18 0.16 0.23 0.27 0.28 0.44 0.20 0.60 0.53 0.47
O2 0.14 0.12 0.29 0.22 0.12 0.33 0.16 0.50 0.20 0.14 0.18 0.13 0.12 0.17 0.12 0.39 0.29 0.37 0.39 0.25 0.52 0.47 0.41
O2' 0.18 0.17 0.33 0.29 0.16 0.45 0.19 0.65 0.21 0.17 0.20 0.17 0.16 0.19 0.16 0.48 0.38 0.43 0.52 0.25 0.64 0.66 0.56
O3' 0.31 0.26 0.38 0.36 0.29 0.52 0.31 0.74 0.32 0.32 0.29 0.26 0.27 0.33 0.30 0.51 0.42 0.48 0.60 0.36 0.73 0.75 0.63
O4' 0.14 0.11 0.27 0.22 0.12 0.34 0.14 0.54 0.17 0.13 0.14 0.13 0.12 0.16 0.12 0.38 0.29 0.36 0.44 0.22 0.57 0.56 0.47
O5' 0.33 0.30 0.35 0.34 0.34 0.46 0.38 0.66 0.39 0.38 0.34 0.28 0.31 0.40 0.34 0.39 0.36 0.47 0.55 0.44 0.70 0.69 0.60
OP1 0.35 0.31 0.35 0.33 0.35 0.47 0.40 0.67 0.41 0.41 0.35 0.28 0.31 0.44 0.37 0.42 0.35 0.48 0.55 0.47 0.72 0.70 0.61
OP2 0.40 0.33 0.36 0.37 0.40 0.50 0.44 0.69 0.44 0.47 0.37 0.29 0.35 0.49 0.42 0.38 0.37 0.52 0.56 0.50 0.74 0.71 0.63
P 0.36 0.31 0.34 0.33 0.36 0.46 0.41 0.66 0.41 0.42 0.36 0.28 0.32 0.44 0.38 0.39 0.33 0.49 0.54 0.47 0.71 0.68 0.60

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.03 0.01 0.04 0.06 0.04 0.01 0.01 0.02 0.12 0.01 0.15 0.03 0.28 0.20 0.11
C2 0.05 0.00 0.21 0.15 0.02 0.25 0.01 0.43 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.27 0.19 0.29 0.33 0.02 0.49 0.39 0.35
C2' 0.00 0.21 0.00 0.01 0.11 0.01 0.07 0.11 0.10 0.11 0.17 0.25 0.21 0.07 0.03 0.00 0.02 0.01 0.20 0.09 0.51 0.20 0.26
C3' 0.01 0.15 0.01 0.00 0.11 0.00 0.14 0.02 0.15 0.18 0.14 0.18 0.14 0.18 0.10 0.02 0.01 0.01 0.25 0.17 0.39 0.16 0.24
C4 0.02 0.02 0.11 0.11 0.00 0.12 0.01 0.27 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.10 0.10 0.15 0.30 0.02 0.41 0.30 0.28
C4' 0.01 0.25 0.01 0.00 0.12 0.00 0.08 0.01 0.11 0.15 0.19 0.32 0.24 0.12 0.04 0.13 0.02 0.00 0.02 0.10 0.14 0.20 0.04
C5 0.02 0.01 0.07 0.14 0.01 0.08 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.07 0.12 0.07 0.40 0.02 0.43 0.40 0.36
C5' 0.07 0.43 0.11 0.02 0.27 0.01 0.23 0.00 0.29 0.18 0.38 0.51 0.39 0.19 0.14 0.06 0.09 0.01 0.01 0.27 0.13 0.26 0.02
C6 0.03 0.01 0.10 0.15 0.01 0.11 0.01 0.29 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.10 0.14 0.13 0.39 0.01 0.47 0.43 0.38
C8 0.01 0.02 0.11 0.18 0.01 0.15 0.01 0.18 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.22 0.15 0.14 0.51 0.02 0.35 0.45 0.39
N1 0.04 0.01 0.17 0.14 0.02 0.19 0.01 0.38 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.19 0.16 0.22 0.36 0.01 0.49 0.41 0.37
N2 0.06 0.01 0.25 0.18 0.02 0.32 0.02 0.51 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.36 0.24 0.35 0.38 0.03 0.52 0.46 0.40
N3 0.04 0.01 0.21 0.14 0.01 0.24 0.01 0.39 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.26 0.18 0.29 0.29 0.02 0.45 0.34 0.31
N7 0.01 0.02 0.07 0.18 0.01 0.12 0.00 0.19 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.18 0.16 0.08 0.52 0.02 0.42 0.52 0.45
N9 0.01 0.02 0.03 0.10 0.01 0.04 0.01 0.14 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.07 0.07 0.02 0.31 0.02 0.34 0.27 0.23
O2' 0.02 0.27 0.00 0.02 0.10 0.13 0.07 0.06 0.10 0.22 0.19 0.36 0.26 0.18 0.07 0.00 0.04 0.09 0.08 0.09 0.47 0.20 0.21
O3' 0.12 0.19 0.02 0.01 0.10 0.02 0.12 0.09 0.14 0.15 0.16 0.24 0.18 0.16 0.07 0.04 0.00 0.12 0.22 0.16 0.38 0.23 0.25
O4' 0.01 0.29 0.01 0.01 0.15 0.00 0.07 0.01 0.13 0.14 0.22 0.35 0.29 0.08 0.02 0.09 0.12 0.00 0.16 0.10 0.12 0.29 0.17
O5' 0.15 0.33 0.20 0.25 0.30 0.02 0.40 0.01 0.39 0.51 0.36 0.38 0.29 0.52 0.31 0.08 0.22 0.16 0.00 0.44 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.09 0.17 0.02 0.10 0.02 0.27 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.09 0.16 0.10 0.44 0.00 0.49 0.50 0.44
OP1 0.28 0.49 0.51 0.39 0.41 0.14 0.43 0.13 0.47 0.35 0.49 0.52 0.45 0.42 0.34 0.47 0.38 0.12 0.02 0.49 0.00 0.01 0.01
OP2 0.20 0.39 0.20 0.16 0.30 0.20 0.40 0.26 0.43 0.45 0.41 0.46 0.34 0.52 0.27 0.20 0.23 0.29 0.02 0.50 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.35 0.26 0.24 0.28 0.04 0.36 0.02 0.38 0.39 0.37 0.40 0.31 0.45 0.23 0.21 0.25 0.17 0.01 0.44 0.01 0.01 0.00