Doublet Group distance statistics: 48356

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 3, 10, 3, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C5	A	0, 0.003, 0.008, 0.014, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.008 std_dev=0.005
N3	A	0, 0.004, 0.011, 0.019, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C6	A	0, 0.003, 0.015, 0.026, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.015 std_dev=0.012
C4	A	0, 0.006, 0.018, 0.030, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.018 std_dev=0.012
C2	A	0, 0.006, 0.019, 0.031, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.019 std_dev=0.012
C1'	A	0, 0.011, 0.026, 0.040, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.026 std_dev=0.015
N1	A	0, 0.000, 0.015, 0.031, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.015 std_dev=0.015
O2	A	0, 0.018, 0.052, 0.086, 0.136 max_d=0.136 avg_d=0.052 std_dev=0.034
N4	A	0, 0.012, 0.049, 0.086, 0.154 max_d=0.154 avg_d=0.049 std_dev=0.037
O4'	A	0, 0.063, 0.207, 0.350, 0.530 max_d=0.530 avg_d=0.207 std_dev=0.144
C4	B	0, 0.167, 0.321, 0.474, 0.678 max_d=0.678 avg_d=0.321 std_dev=0.154
N3	B	0, 0.147, 0.302, 0.458, 0.669 max_d=0.669 avg_d=0.302 std_dev=0.156
C2	B	0, 0.129, 0.293, 0.457, 0.698 max_d=0.698 avg_d=0.293 std_dev=0.164
N9	B	0, 0.185, 0.354, 0.523, 0.671 max_d=0.671 avg_d=0.354 std_dev=0.169
C1'	B	0, 0.232, 0.403, 0.574, 0.790 max_d=0.790 avg_d=0.403 std_dev=0.171
C2'	A	0, 0.067, 0.240, 0.413, 0.544 max_d=0.544 avg_d=0.240 std_dev=0.173
N2	B	0, 0.163, 0.341, 0.519, 0.719 max_d=0.719 avg_d=0.341 std_dev=0.178
C8	B	0, 0.229, 0.415, 0.601, 0.736 max_d=0.736 avg_d=0.415 std_dev=0.186
C5	B	0, 0.184, 0.370, 0.557, 0.707 max_d=0.707 avg_d=0.370 std_dev=0.187
N1	B	0, 0.137, 0.326, 0.515, 0.726 max_d=0.726 avg_d=0.326 std_dev=0.189
C4'	A	0, 0.136, 0.339, 0.541, 0.782 max_d=0.782 avg_d=0.339 std_dev=0.203
C6	B	0, 0.184, 0.392, 0.600, 0.730 max_d=0.730 avg_d=0.392 std_dev=0.208
N7	B	0, 0.235, 0.442, 0.650, 0.808 max_d=0.808 avg_d=0.442 std_dev=0.208
O2'	A	0, 0.144, 0.357, 0.570, 0.734 max_d=0.734 avg_d=0.357 std_dev=0.213
O4'	B	0, 0.259, 0.474, 0.689, 0.900 max_d=0.900 avg_d=0.474 std_dev=0.215
C2'	B	0, 0.293, 0.523, 0.753, 1.035 max_d=1.035 avg_d=0.523 std_dev=0.230
C3'	A	0, 0.134, 0.376, 0.618, 0.847 max_d=0.847 avg_d=0.376 std_dev=0.242
O6	B	0, 0.257, 0.501, 0.746, 0.899 max_d=0.899 avg_d=0.501 std_dev=0.244
O2'	B	0, 0.339, 0.606, 0.872, 1.140 max_d=1.140 avg_d=0.606 std_dev=0.266
C3'	B	0, 0.365, 0.646, 0.927, 1.171 max_d=1.171 avg_d=0.646 std_dev=0.281
C4'	B	0, 0.330, 0.627, 0.923, 1.144 max_d=1.144 avg_d=0.627 std_dev=0.297
O3'	A	0, 0.231, 0.558, 0.885, 1.166 max_d=1.166 avg_d=0.558 std_dev=0.327
C5'	A	0, 0.224, 0.594, 0.963, 1.350 max_d=1.350 avg_d=0.594 std_dev=0.370
O3'	B	0, 0.442, 0.840, 1.239, 1.499 max_d=1.499 avg_d=0.840 std_dev=0.398
C5'	B	0, 0.371, 0.782, 1.193, 1.494 max_d=1.494 avg_d=0.782 std_dev=0.411
O5'	B	0, 0.357, 0.801, 1.244, 2.047 max_d=2.047 avg_d=0.801 std_dev=0.443
P	B	0, 0.393, 0.923, 1.453, 2.277 max_d=2.277 avg_d=0.923 std_dev=0.530
OP2	B	0, 0.416, 0.980, 1.545, 2.272 max_d=2.272 avg_d=0.980 std_dev=0.565
O5'	A	0, 0.227, 0.836, 1.445, 2.267 max_d=2.267 avg_d=0.836 std_dev=0.609
OP1	B	0, 0.373, 1.036, 1.699, 2.660 max_d=2.660 avg_d=1.036 std_dev=0.663
P	A	0, 0.357, 1.213, 2.069, 2.760 max_d=2.760 avg_d=1.213 std_dev=0.856
OP1	A	0, 0.258, 1.318, 2.379, 4.378 max_d=4.378 avg_d=1.318 std_dev=1.060
OP2	A	0, 0.331, 1.721, 3.110, 4.602 max_d=4.602 avg_d=1.721 std_dev=1.389

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.00	0.01	0.02	0.01	0.02	0.03	0.01	0.01	0.02	0.02	0.05	0.01	0.02	0.00	0.16	0.19	0.26	0.13
C2	0.03	0.00	0.06	0.08	0.01	0.05	0.01	0.12	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.07	0.08	0.03	0.35	0.34	0.61	0.32
C2'	0.00	0.06	0.00	0.00	0.06	0.01	0.08	0.02	0.08	0.03	0.05	0.07	0.11	0.00	0.02	0.01	0.22	0.32	0.24	0.20
C3'	0.01	0.08	0.00	0.00	0.13	0.01	0.17	0.03	0.16	0.08	0.10	0.14	0.11	0.02	0.01	0.01	0.29	0.48	0.23	0.27
C4	0.02	0.01	0.06	0.13	0.00	0.09	0.01	0.19	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.05	0.16	0.04	0.50	0.50	0.91	0.48
C4'	0.01	0.05	0.01	0.01	0.09	0.00	0.11	0.01	0.10	0.06	0.07	0.10	0.06	0.05	0.03	0.00	0.01	0.19	0.24	0.03
C5	0.02	0.01	0.08	0.17	0.01	0.11	0.00	0.21	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.06	0.21	0.05	0.52	0.53	0.91	0.49
C5'	0.03	0.12	0.02	0.03	0.19	0.01	0.21	0.00	0.18	0.12	0.16	0.21	0.10	0.04	0.06	0.01	0.01	0.29	0.38	0.01
C6	0.01	0.01	0.08	0.16	0.01	0.10	0.00	0.18	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.06	0.18	0.05	0.45	0.43	0.70	0.39
N1	0.01	0.01	0.03	0.08	0.01	0.06	0.01	0.12	0.00	0.00	0.01	0.01	0.02	0.02	0.07	0.02	0.33	0.32	0.53	0.28
N3	0.02	0.00	0.05	0.10	0.00	0.07	0.01	0.16	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.06	0.11	0.03	0.43	0.43	0.78	0.41
N4	0.02	0.01	0.07	0.14	0.00	0.10	0.01	0.21	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.05	0.19	0.04	0.53	0.55	1.02	0.53
O2	0.05	0.00	0.11	0.11	0.01	0.06	0.01	0.10	0.01	0.02	0.01	0.02	0.00	0.12	0.12	0.06	0.28	0.30	0.52	0.27
O2'	0.01	0.07	0.00	0.02	0.05	0.05	0.06	0.04	0.06	0.02	0.06	0.05	0.12	0.00	0.06	0.05	0.06	0.22	0.17	0.08
O3'	0.02	0.08	0.02	0.01	0.16	0.03	0.21	0.06	0.18	0.07	0.11	0.19	0.12	0.06	0.00	0.03	0.23	0.62	0.31	0.26
O4'	0.00	0.03	0.01	0.01	0.04	0.00	0.05	0.01	0.05	0.02	0.03	0.04	0.06	0.05	0.03	0.00	0.08	0.17	0.22	0.12
O5'	0.16	0.35	0.22	0.29	0.50	0.01	0.52	0.01	0.45	0.33	0.43	0.53	0.28	0.06	0.23	0.08	0.00	0.02	0.01	0.01
OP1	0.19	0.34	0.32	0.48	0.50	0.19	0.53	0.29	0.43	0.32	0.43	0.55	0.30	0.22	0.62	0.17	0.02	0.00	0.01	0.01
OP2	0.26	0.61	0.24	0.23	0.91	0.24	0.91	0.38	0.70	0.53	0.78	1.02	0.52	0.17	0.31	0.22	0.01	0.01	0.00	0.00
P	0.13	0.32	0.20	0.27	0.48	0.03	0.49	0.01	0.39	0.28	0.41	0.53	0.27	0.08	0.26	0.12	0.01	0.01	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.17	0.15	0.21	0.24	0.16	0.17	0.17	0.21	0.19	0.16	0.17	0.15	0.15	0.18	0.16	0.25	0.30	0.18	0.38	0.23	0.38	0.46	0.38
C2	0.13	0.11	0.18	0.23	0.13	0.15	0.16	0.21	0.19	0.15	0.15	0.13	0.12	0.17	0.13	0.20	0.28	0.14	0.39	0.23	0.40	0.47	0.40
C2'	0.21	0.20	0.24	0.25	0.20	0.21	0.21	0.23	0.22	0.21	0.21	0.20	0.20	0.22	0.21	0.28	0.30	0.23	0.36	0.25	0.35	0.43	0.35
C3'	0.24	0.21	0.26	0.26	0.22	0.24	0.23	0.24	0.24	0.23	0.22	0.21	0.22	0.24	0.23	0.30	0.29	0.27	0.39	0.27	0.37	0.43	0.37
C4	0.11	0.10	0.15	0.20	0.11	0.14	0.14	0.23	0.14	0.14	0.09	0.14	0.09	0.17	0.12	0.16	0.25	0.14	0.44	0.20	0.46	0.55	0.46
C4'	0.19	0.17	0.22	0.24	0.18	0.19	0.20	0.21	0.21	0.20	0.18	0.17	0.17	0.21	0.19	0.26	0.29	0.21	0.39	0.24	0.38	0.46	0.38
C5	0.12	0.09	0.15	0.20	0.11	0.14	0.14	0.23	0.14	0.15	0.10	0.14	0.10	0.17	0.12	0.17	0.25	0.15	0.44	0.20	0.46	0.55	0.46
C5'	0.26	0.21	0.26	0.27	0.25	0.24	0.27	0.26	0.27	0.27	0.24	0.20	0.23	0.28	0.26	0.30	0.31	0.28	0.44	0.30	0.43	0.49	0.43
C6	0.13	0.10	0.17	0.21	0.12	0.14	0.15	0.21	0.16	0.15	0.12	0.13	0.11	0.17	0.13	0.19	0.26	0.15	0.42	0.21	0.43	0.52	0.43
N1	0.14	0.12	0.18	0.22	0.13	0.15	0.16	0.21	0.18	0.15	0.14	0.13	0.12	0.17	0.14	0.21	0.27	0.15	0.40	0.22	0.40	0.49	0.40
N3	0.11	0.10	0.16	0.21	0.12	0.14	0.15	0.22	0.17	0.15	0.12	0.14	0.10	0.17	0.12	0.17	0.26	0.13	0.42	0.22	0.43	0.51	0.43
N4	0.10	0.11	0.14	0.20	0.09	0.14	0.12	0.25	0.12	0.14	0.11	0.16	0.09	0.16	0.11	0.14	0.25	0.14	0.47	0.18	0.50	0.58	0.49
O2	0.13	0.13	0.20	0.25	0.14	0.16	0.17	0.22	0.20	0.15	0.18	0.12	0.12	0.17	0.14	0.22	0.30	0.14	0.37	0.24	0.37	0.44	0.36
O2'	0.24	0.23	0.27	0.30	0.23	0.25	0.23	0.26	0.24	0.23	0.24	0.24	0.23	0.23	0.23	0.30	0.34	0.26	0.33	0.26	0.32	0.41	0.32
O3'	0.26	0.22	0.28	0.27	0.24	0.26	0.25	0.26	0.26	0.25	0.23	0.24	0.23	0.26	0.24	0.33	0.31	0.29	0.37	0.29	0.35	0.41	0.35
O4'	0.16	0.14	0.21	0.25	0.15	0.17	0.17	0.22	0.18	0.16	0.16	0.15	0.14	0.18	0.15	0.25	0.31	0.17	0.40	0.22	0.40	0.49	0.40
O5'	0.48	0.43	0.43	0.45	0.47	0.46	0.47	0.50	0.46	0.50	0.43	0.41	0.45	0.49	0.48	0.43	0.45	0.51	0.73	0.47	0.75	0.86	0.78
OP1	0.54	0.46	0.48	0.51	0.51	0.53	0.50	0.57	0.48	0.54	0.45	0.44	0.49	0.53	0.53	0.49	0.50	0.58	0.73	0.50	0.76	0.88	0.79
OP2	0.96	0.84	0.88	0.89	0.94	0.96	0.97	1.01	0.94	1.01	0.87	0.76	0.88	1.01	0.97	0.86	0.86	1.02	1.21	0.98	1.23	1.30	1.26
P	0.56	0.47	0.49	0.50	0.52	0.54	0.52	0.57	0.49	0.56	0.46	0.45	0.50	0.54	0.55	0.50	0.48	0.59	0.79	0.49	0.80	0.90	0.83

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.03	0.02	0.01	0.03	0.04	0.03	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.13	0.02	0.13	0.20	0.11
C2	0.03	0.00	0.12	0.17	0.01	0.07	0.01	0.14	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.02	0.12	0.21	0.04	0.32	0.01	0.31	0.36	0.30
C2'	0.00	0.12	0.00	0.00	0.07	0.01	0.06	0.02	0.08	0.07	0.11	0.15	0.12	0.06	0.03	0.01	0.02	0.01	0.20	0.08	0.23	0.14	0.16
C3'	0.01	0.17	0.00	0.00	0.11	0.00	0.10	0.02	0.13	0.08	0.16	0.20	0.15	0.08	0.05	0.02	0.01	0.01	0.28	0.14	0.31	0.10	0.22
C4	0.01	0.01	0.07	0.11	0.00	0.05	0.00	0.13	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.06	0.12	0.02	0.33	0.01	0.30	0.33	0.30
C4'	0.01	0.07	0.01	0.00	0.05	0.00	0.07	0.01	0.08	0.06	0.08	0.08	0.06	0.07	0.04	0.04	0.02	0.00	0.02	0.09	0.09	0.23	0.03
C5	0.01	0.01	0.06	0.10	0.00	0.07	0.00	0.17	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.07	0.12	0.02	0.41	0.01	0.39	0.43	0.39
C5'	0.03	0.14	0.02	0.02	0.13	0.01	0.17	0.00	0.19	0.15	0.17	0.13	0.11	0.18	0.11	0.04	0.03	0.02	0.01	0.21	0.14	0.32	0.01
C6	0.02	0.01	0.08	0.13	0.01	0.08	0.01	0.19	0.00	0.01	0.00	0.02	0.01	0.01	0.01	0.09	0.16	0.02	0.43	0.00	0.42	0.47	0.42
C8	0.01	0.01	0.07	0.08	0.01	0.06	0.00	0.15	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.05	0.09	0.04	0.39	0.02	0.35	0.35	0.35
N1	0.03	0.00	0.11	0.16	0.01	0.08	0.01	0.17	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.11	0.20	0.03	0.38	0.01	0.38	0.43	0.37
N2	0.04	0.00	0.15	0.20	0.01	0.08	0.01	0.13	0.02	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.15	0.25	0.04	0.29	0.02	0.28	0.34	0.27
N3	0.03	0.01	0.12	0.15	0.01	0.06	0.01	0.11	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.10	0.17	0.04	0.28	0.01	0.26	0.30	0.25
N7	0.01	0.01	0.06	0.08	0.00	0.07	0.00	0.18	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.06	0.10	0.03	0.45	0.02	0.43	0.46	0.43
N9	0.00	0.02	0.03	0.05	0.01	0.04	0.01	0.11	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.01	0.00	0.03	0.05	0.01	0.29	0.02	0.26	0.27	0.25
O2'	0.01	0.12	0.01	0.02	0.06	0.04	0.07	0.04	0.09	0.05	0.11	0.15	0.10	0.06	0.03	0.00	0.04	0.05	0.06	0.09	0.10	0.17	0.06
O3'	0.01	0.21	0.02	0.01	0.12	0.02	0.12	0.03	0.16	0.09	0.20	0.25	0.17	0.10	0.05	0.04	0.00	0.02	0.23	0.17	0.32	0.11	0.21
O4'	0.00	0.04	0.01	0.01	0.02	0.00	0.02	0.02	0.02	0.04	0.03	0.04	0.04	0.03	0.01	0.05	0.02	0.00	0.07	0.03	0.07	0.25	0.09
O5'	0.13	0.32	0.20	0.28	0.33	0.02	0.41	0.01	0.43	0.39	0.38	0.29	0.28	0.45	0.29	0.06	0.23	0.07	0.00	0.46	0.02	0.01	0.01
O6	0.02	0.01	0.08	0.14	0.01	0.09	0.01	0.21	0.00	0.02	0.01	0.02	0.01	0.02	0.02	0.09	0.17	0.03	0.46	0.00	0.48	0.53	0.46
OP1	0.13	0.31	0.23	0.31	0.30	0.09	0.39	0.14	0.42	0.35	0.38	0.28	0.26	0.43	0.26	0.10	0.32	0.07	0.02	0.48	0.00	0.01	0.01
OP2	0.20	0.36	0.14	0.10	0.33	0.23	0.43	0.32	0.47	0.35	0.43	0.34	0.30	0.46	0.27	0.17	0.11	0.25	0.01	0.53	0.01	0.00	0.01
P	0.11	0.30	0.16	0.22	0.30	0.03	0.39	0.01	0.42	0.35	0.37	0.27	0.25	0.43	0.25	0.06	0.21	0.09	0.01	0.46	0.01	0.01	0.00