ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48357

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 7, 6, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.012, 0.020, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.012 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.001, 0.012, 0.023, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.012 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.008, 0.022, 0.036, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.022 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.007, 0.023, 0.040, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.023 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.009, 0.027, 0.045, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.027 std_dev=0.018
C2 A 0, 0.007, 0.027, 0.047, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.027 std_dev=0.020
N1 A 0, 0.003, 0.023, 0.044, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.023 std_dev=0.020
N4 A 0, 0.024, 0.074, 0.124, 0.158 max_d=0.158 avg_d=0.074 std_dev=0.050
O2 A 0, 0.017, 0.068, 0.119, 0.215 max_d=0.215 avg_d=0.068 std_dev=0.051
C2 B 0, 0.207, 0.323, 0.438, 0.502 max_d=0.502 avg_d=0.323 std_dev=0.116
N3 B 0, 0.189, 0.316, 0.442, 0.524 max_d=0.524 avg_d=0.316 std_dev=0.126
C4 B 0, 0.220, 0.347, 0.475, 0.553 max_d=0.553 avg_d=0.347 std_dev=0.127
N1 B 0, 0.180, 0.323, 0.465, 0.661 max_d=0.661 avg_d=0.323 std_dev=0.143
N9 B 0, 0.308, 0.470, 0.632, 0.718 max_d=0.718 avg_d=0.470 std_dev=0.162
C1' B 0, 0.363, 0.539, 0.715, 0.811 max_d=0.811 avg_d=0.539 std_dev=0.176
N2 B 0, 0.271, 0.456, 0.641, 0.929 max_d=0.929 avg_d=0.456 std_dev=0.185
C5 B 0, 0.234, 0.439, 0.644, 0.943 max_d=0.943 avg_d=0.439 std_dev=0.205
C6 B 0, 0.172, 0.398, 0.624, 1.103 max_d=1.103 avg_d=0.398 std_dev=0.226
C8 B 0, 0.378, 0.638, 0.898, 1.015 max_d=1.015 avg_d=0.638 std_dev=0.260
O4' A 0, -0.029, 0.237, 0.503, 1.282 max_d=1.282 avg_d=0.237 std_dev=0.266
C2' A 0, -0.033, 0.247, 0.527, 1.338 max_d=1.338 avg_d=0.247 std_dev=0.280
N7 B 0, 0.314, 0.636, 0.958, 1.365 max_d=1.365 avg_d=0.636 std_dev=0.322
O6 B 0, 0.173, 0.505, 0.836, 1.594 max_d=1.594 avg_d=0.505 std_dev=0.331
C3' A 0, 0.012, 0.409, 0.806, 1.911 max_d=1.911 avg_d=0.409 std_dev=0.397
O4' B 0, 0.453, 0.862, 1.271, 1.937 max_d=1.937 avg_d=0.862 std_dev=0.409
C4' A 0, -0.031, 0.382, 0.794, 1.977 max_d=1.977 avg_d=0.382 std_dev=0.412
O2' A 0, -0.155, 0.357, 0.868, 2.398 max_d=2.398 avg_d=0.357 std_dev=0.511
C5' A 0, 0.058, 0.582, 1.105, 2.553 max_d=2.553 avg_d=0.582 std_dev=0.523
O3' A 0, 0.075, 0.648, 1.222, 2.735 max_d=2.735 avg_d=0.648 std_dev=0.573
C2' B 0, 0.384, 1.018, 1.652, 2.970 max_d=2.970 avg_d=1.018 std_dev=0.634
C4' B 0, 0.655, 1.334, 2.014, 3.114 max_d=3.114 avg_d=1.334 std_dev=0.680
O5' A 0, 1.458, 2.151, 2.845, 2.978 max_d=2.978 avg_d=2.151 std_dev=0.694
O2' B 0, 0.357, 1.178, 2.000, 3.425 max_d=3.425 avg_d=1.178 std_dev=0.821
C3' B 0, 0.487, 1.318, 2.149, 3.969 max_d=3.969 avg_d=1.318 std_dev=0.831
OP2 A 0, 1.574, 2.514, 3.454, 3.691 max_d=3.691 avg_d=2.514 std_dev=0.940
P A 0, 1.544, 2.487, 3.431, 3.571 max_d=3.571 avg_d=2.487 std_dev=0.944
O3' B 0, 0.638, 1.796, 2.954, 5.626 max_d=5.626 avg_d=1.796 std_dev=1.158
C5' B 0, 0.730, 1.909, 3.088, 5.316 max_d=5.316 avg_d=1.909 std_dev=1.179
OP1 A 0, 2.425, 3.849, 5.272, 5.162 max_d=5.162 avg_d=3.849 std_dev=1.424
O5' B 0, 0.411, 2.138, 3.865, 6.749 max_d=6.749 avg_d=2.138 std_dev=1.727
P B 0, 0.307, 2.688, 5.069, 9.147 max_d=9.147 avg_d=2.688 std_dev=2.381
OP2 B 0, 0.460, 3.224, 5.989, 9.871 max_d=9.871 avg_d=3.224 std_dev=2.764
OP1 B 0, 0.302, 3.148, 5.994, 11.109 max_d=11.109 avg_d=3.148 std_dev=2.846

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01 0.03 0.03 0.08 0.02 0.20 0.01 0.11 0.27 0.15 0.11
C2 0.04 0.00 0.14 0.16 0.01 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.11 0.20 0.08 0.17 0.43 0.38 0.19
C2' 0.00 0.14 0.00 0.01 0.08 0.01 0.09 0.14 0.12 0.03 0.13 0.09 0.23 0.00 0.02 0.02 0.30 0.30 0.41 0.33
C3' 0.02 0.16 0.01 0.00 0.23 0.01 0.23 0.02 0.20 0.13 0.21 0.25 0.17 0.02 0.01 0.02 0.11 0.23 0.17 0.13
C4 0.02 0.01 0.08 0.23 0.00 0.10 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.23 0.19 0.03 0.29 0.61 0.64 0.34
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.10 0.00 0.14 0.01 0.13 0.05 0.07 0.11 0.12 0.17 0.02 0.01 0.02 0.10 0.10 0.03
C5 0.01 0.01 0.09 0.23 0.00 0.14 0.00 0.19 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.28 0.19 0.07 0.32 0.65 0.64 0.37
C5' 0.06 0.10 0.14 0.02 0.16 0.01 0.19 0.00 0.16 0.09 0.12 0.18 0.14 0.06 0.12 0.02 0.01 0.12 0.20 0.02
C6 0.02 0.01 0.12 0.20 0.01 0.13 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.26 0.15 0.08 0.27 0.54 0.44 0.27
N1 0.01 0.01 0.03 0.13 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.13 0.12 0.01 0.16 0.41 0.30 0.17
N3 0.03 0.01 0.13 0.21 0.01 0.07 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.20 0.06 0.23 0.52 0.53 0.26
N4 0.03 0.02 0.09 0.25 0.01 0.11 0.01 0.18 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.25 0.23 0.03 0.32 0.67 0.74 0.39
O2 0.08 0.01 0.23 0.17 0.01 0.12 0.02 0.14 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.18 0.31 0.15 0.15 0.36 0.31 0.16
O2' 0.02 0.11 0.00 0.02 0.23 0.17 0.28 0.06 0.26 0.13 0.16 0.25 0.18 0.00 0.05 0.12 0.26 0.24 0.51 0.33
O3' 0.20 0.20 0.02 0.01 0.19 0.02 0.19 0.12 0.15 0.12 0.20 0.23 0.31 0.05 0.00 0.12 0.14 0.42 0.19 0.20
O4' 0.01 0.08 0.02 0.02 0.03 0.01 0.07 0.02 0.08 0.01 0.06 0.03 0.15 0.12 0.12 0.00 0.10 0.25 0.14 0.13
O5' 0.11 0.17 0.30 0.11 0.29 0.02 0.32 0.01 0.27 0.16 0.23 0.32 0.15 0.26 0.14 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.27 0.43 0.30 0.23 0.61 0.10 0.65 0.12 0.54 0.41 0.52 0.67 0.36 0.24 0.42 0.25 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.15 0.38 0.41 0.17 0.64 0.10 0.64 0.20 0.44 0.30 0.53 0.74 0.31 0.51 0.19 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.11 0.19 0.33 0.13 0.34 0.03 0.37 0.02 0.27 0.17 0.26 0.39 0.16 0.33 0.20 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.11 0.11 0.39 0.36 0.14 0.23 0.21 0.46 0.25 0.18 0.20 0.10 0.11 0.23 0.13 0.47 0.48 0.34 0.81 0.32 1.13 1.01 1.04
C2 0.10 0.10 0.35 0.36 0.14 0.23 0.21 0.45 0.25 0.19 0.19 0.13 0.10 0.24 0.14 0.43 0.44 0.31 0.78 0.32 0.98 1.01 0.96
C2' 0.27 0.25 0.55 0.45 0.23 0.35 0.22 0.56 0.24 0.22 0.23 0.30 0.27 0.22 0.23 0.58 0.47 0.38 0.96 0.29 1.34 1.05 1.20
C3' 0.21 0.20 0.47 0.37 0.19 0.27 0.21 0.51 0.23 0.20 0.20 0.23 0.21 0.22 0.19 0.56 0.47 0.33 0.93 0.28 1.31 1.10 1.20
C4 0.12 0.11 0.27 0.39 0.12 0.23 0.18 0.43 0.19 0.20 0.11 0.19 0.10 0.24 0.14 0.39 0.42 0.25 0.78 0.28 0.82 1.24 0.97
C4' 0.13 0.12 0.37 0.33 0.13 0.23 0.18 0.46 0.21 0.17 0.17 0.13 0.12 0.21 0.13 0.54 0.54 0.34 0.83 0.28 1.19 1.05 1.09
C5 0.11 0.10 0.28 0.40 0.12 0.23 0.18 0.44 0.19 0.20 0.11 0.17 0.10 0.24 0.14 0.41 0.45 0.25 0.80 0.27 0.87 1.28 1.00
C5' 0.16 0.13 0.37 0.36 0.15 0.23 0.20 0.45 0.22 0.19 0.17 0.15 0.14 0.23 0.16 0.54 0.55 0.32 0.81 0.29 1.14 1.12 1.07
C6 0.10 0.09 0.32 0.39 0.13 0.23 0.20 0.45 0.21 0.20 0.13 0.13 0.09 0.24 0.14 0.43 0.46 0.28 0.80 0.29 0.95 1.19 1.01
N1 0.10 0.10 0.35 0.37 0.14 0.23 0.21 0.45 0.24 0.19 0.17 0.12 0.10 0.24 0.14 0.44 0.46 0.31 0.79 0.31 1.02 1.07 1.00
N3 0.11 0.09 0.30 0.37 0.13 0.22 0.20 0.43 0.23 0.20 0.13 0.18 0.09 0.24 0.14 0.39 0.41 0.27 0.76 0.31 0.85 1.09 0.93
N4 0.14 0.15 0.24 0.40 0.13 0.25 0.17 0.44 0.16 0.21 0.14 0.22 0.12 0.24 0.15 0.39 0.42 0.22 0.80 0.24 0.77 1.36 0.99
O2 0.12 0.15 0.40 0.35 0.17 0.25 0.23 0.47 0.28 0.20 0.25 0.13 0.14 0.25 0.16 0.46 0.45 0.35 0.79 0.32 1.08 0.91 0.98
O2' 0.23 0.23 0.55 0.43 0.21 0.33 0.25 0.57 0.30 0.22 0.27 0.27 0.23 0.27 0.20 0.63 0.52 0.40 0.94 0.39 1.42 0.95 1.21
O3' 0.33 0.30 0.50 0.39 0.27 0.38 0.24 0.57 0.24 0.25 0.25 0.35 0.32 0.23 0.28 0.69 0.69 0.44 0.96 0.25 1.41 1.06 1.26
O4' 0.20 0.18 0.35 0.37 0.21 0.27 0.26 0.47 0.28 0.25 0.23 0.18 0.19 0.28 0.21 0.53 0.57 0.38 0.77 0.33 1.08 1.05 1.01
O5' 0.19 0.18 0.40 0.42 0.20 0.27 0.26 0.48 0.28 0.26 0.22 0.18 0.18 0.30 0.21 0.47 0.49 0.30 0.85 0.35 1.11 1.22 1.09
OP1 0.52 0.50 0.64 0.67 0.54 0.55 0.59 0.66 0.61 0.59 0.55 0.45 0.50 0.63 0.55 0.66 0.71 0.55 1.05 0.67 1.22 1.45 1.26
OP2 0.52 0.47 0.57 0.67 0.54 0.60 0.61 0.76 0.62 0.63 0.53 0.40 0.48 0.67 0.56 0.46 0.55 0.59 1.03 0.69 1.21 1.46 1.23
P 0.24 0.22 0.35 0.42 0.25 0.32 0.30 0.49 0.31 0.30 0.25 0.21 0.22 0.34 0.26 0.40 0.42 0.35 0.89 0.38 1.09 1.32 1.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.03 0.01 0.03 0.05 0.04 0.02 0.01 0.02 0.21 0.01 0.33 0.04 0.32 0.28 0.27
C2 0.04 0.00 0.32 0.30 0.01 0.16 0.01 0.30 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.33 0.37 0.26 0.68 0.02 0.70 0.77 0.75
C2' 0.00 0.32 0.00 0.00 0.17 0.01 0.11 0.16 0.17 0.16 0.26 0.38 0.31 0.10 0.04 0.00 0.02 0.01 0.27 0.15 0.36 0.45 0.22
C3' 0.01 0.30 0.00 0.00 0.24 0.00 0.28 0.03 0.31 0.26 0.32 0.32 0.26 0.29 0.18 0.02 0.01 0.01 0.37 0.32 0.50 0.44 0.32
C4 0.02 0.01 0.17 0.24 0.00 0.10 0.01 0.19 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.22 0.21 0.14 0.63 0.03 0.46 0.75 0.64
C4' 0.01 0.16 0.01 0.00 0.10 0.00 0.11 0.00 0.12 0.15 0.14 0.19 0.14 0.14 0.07 0.21 0.03 0.01 0.02 0.13 0.33 0.45 0.16
C5 0.02 0.01 0.11 0.28 0.01 0.11 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.25 0.21 0.07 0.77 0.02 0.57 1.11 0.84
C5' 0.07 0.30 0.16 0.03 0.19 0.00 0.21 0.00 0.25 0.24 0.29 0.35 0.26 0.24 0.13 0.07 0.15 0.02 0.01 0.26 0.32 0.37 0.02
C6 0.03 0.02 0.17 0.31 0.02 0.12 0.01 0.25 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.29 0.27 0.12 0.78 0.01 0.63 1.21 0.90
C8 0.01 0.02 0.16 0.26 0.01 0.15 0.01 0.24 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.23 0.19 0.14 0.85 0.04 0.68 1.08 0.90
N1 0.03 0.01 0.26 0.32 0.01 0.14 0.01 0.29 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.31 0.32 0.21 0.74 0.02 0.68 1.01 0.84
N2 0.05 0.00 0.38 0.32 0.01 0.19 0.02 0.35 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.38 0.45 0.31 0.71 0.03 0.87 0.72 0.81
N3 0.04 0.00 0.31 0.26 0.01 0.14 0.01 0.26 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.30 0.34 0.25 0.60 0.03 0.59 0.59 0.62
N7 0.02 0.02 0.10 0.29 0.01 0.14 0.01 0.24 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.25 0.22 0.07 0.89 0.04 0.73 1.34 1.01
N9 0.01 0.02 0.04 0.18 0.01 0.07 0.01 0.13 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.14 0.10 0.01 0.60 0.03 0.40 0.64 0.56
O2' 0.02 0.33 0.00 0.02 0.22 0.21 0.25 0.07 0.29 0.23 0.31 0.38 0.30 0.25 0.14 0.00 0.05 0.16 0.23 0.30 0.49 0.62 0.29
O3' 0.21 0.37 0.02 0.01 0.21 0.03 0.21 0.15 0.27 0.19 0.32 0.45 0.34 0.22 0.10 0.05 0.00 0.16 0.42 0.29 0.66 0.65 0.44
O4' 0.01 0.26 0.01 0.01 0.14 0.01 0.07 0.02 0.12 0.14 0.21 0.31 0.25 0.07 0.01 0.16 0.16 0.00 0.28 0.10 0.34 0.29 0.26
O5' 0.33 0.68 0.27 0.37 0.63 0.02 0.77 0.01 0.78 0.85 0.74 0.71 0.60 0.89 0.60 0.23 0.42 0.28 0.00 0.83 0.02 0.02 0.01
O6 0.04 0.02 0.15 0.32 0.03 0.13 0.02 0.26 0.01 0.04 0.02 0.03 0.03 0.04 0.03 0.30 0.29 0.10 0.83 0.00 0.71 1.41 1.01
OP1 0.32 0.70 0.36 0.50 0.46 0.33 0.57 0.32 0.63 0.68 0.68 0.87 0.59 0.73 0.40 0.49 0.66 0.34 0.02 0.71 0.00 0.01 0.01
OP2 0.28 0.77 0.45 0.44 0.75 0.45 1.11 0.37 1.21 1.08 1.01 0.72 0.59 1.34 0.64 0.62 0.65 0.29 0.02 1.41 0.01 0.00 0.01
P 0.27 0.75 0.22 0.32 0.64 0.16 0.84 0.02 0.90 0.90 0.84 0.81 0.62 1.01 0.56 0.29 0.44 0.26 0.01 1.01 0.01 0.01 0.00