ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48359

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 2, 4, 4, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.005, 0.012, 0.018, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.012 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.006, 0.015, 0.024, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.010, 0.020, 0.029, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.008, 0.019, 0.029, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.019 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.008, 0.024, 0.039, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.024 std_dev=0.015
O2 A 0, 0.023, 0.045, 0.066, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.045 std_dev=0.022
N4 A 0, 0.019, 0.053, 0.088, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.053 std_dev=0.035
N3 B 0, 0.135, 0.276, 0.417, 0.541 max_d=0.541 avg_d=0.276 std_dev=0.141
C2 B 0, 0.113, 0.261, 0.408, 0.533 max_d=0.533 avg_d=0.261 std_dev=0.147
C4 B 0, 0.126, 0.287, 0.449, 0.634 max_d=0.634 avg_d=0.287 std_dev=0.162
N1 B 0, 0.134, 0.309, 0.484, 0.602 max_d=0.602 avg_d=0.309 std_dev=0.175
N9 B 0, 0.160, 0.339, 0.519, 0.774 max_d=0.774 avg_d=0.339 std_dev=0.179
N2 B 0, 0.160, 0.343, 0.526, 0.684 max_d=0.684 avg_d=0.343 std_dev=0.183
C1' B 0, 0.195, 0.386, 0.576, 0.861 max_d=0.861 avg_d=0.386 std_dev=0.190
C2' B 0, 0.277, 0.479, 0.681, 0.797 max_d=0.797 avg_d=0.479 std_dev=0.202
O4' A 0, -0.023, 0.181, 0.385, 0.841 max_d=0.841 avg_d=0.181 std_dev=0.204
C6 B 0, 0.228, 0.436, 0.644, 0.667 max_d=0.667 avg_d=0.436 std_dev=0.208
C5 B 0, 0.181, 0.396, 0.612, 0.692 max_d=0.692 avg_d=0.396 std_dev=0.216
C4' B 0, 0.233, 0.450, 0.666, 0.839 max_d=0.839 avg_d=0.450 std_dev=0.217
C2' A 0, -0.004, 0.216, 0.437, 0.941 max_d=0.941 avg_d=0.216 std_dev=0.221
C8 B 0, 0.219, 0.462, 0.704, 0.900 max_d=0.900 avg_d=0.462 std_dev=0.243
O4' B 0, 0.181, 0.426, 0.670, 1.028 max_d=1.028 avg_d=0.426 std_dev=0.244
C5' B 0, 0.257, 0.516, 0.775, 1.010 max_d=1.010 avg_d=0.516 std_dev=0.259
C3' B 0, 0.289, 0.555, 0.821, 1.014 max_d=1.014 avg_d=0.555 std_dev=0.266
O6 B 0, 0.319, 0.591, 0.863, 0.966 max_d=0.966 avg_d=0.591 std_dev=0.272
N7 B 0, 0.233, 0.522, 0.811, 0.919 max_d=0.919 avg_d=0.522 std_dev=0.289
O5' B 0, 0.368, 0.685, 1.002, 1.185 max_d=1.185 avg_d=0.685 std_dev=0.317
O2' B 0, 0.396, 0.728, 1.061, 1.298 max_d=1.298 avg_d=0.728 std_dev=0.332
O2' A 0, -0.067, 0.316, 0.698, 1.634 max_d=1.634 avg_d=0.316 std_dev=0.382
C4' A 0, -0.057, 0.334, 0.726, 1.673 max_d=1.673 avg_d=0.334 std_dev=0.392
P B 0, 0.452, 0.867, 1.282, 1.616 max_d=1.616 avg_d=0.867 std_dev=0.415
C3' A 0, -0.062, 0.365, 0.791, 1.813 max_d=1.813 avg_d=0.365 std_dev=0.426
O3' B 0, 0.459, 0.934, 1.409, 1.787 max_d=1.787 avg_d=0.934 std_dev=0.475
O5' A 0, 0.033, 0.512, 0.991, 1.977 max_d=1.977 avg_d=0.512 std_dev=0.479
C5' A 0, 0.006, 0.506, 1.006, 2.113 max_d=2.113 avg_d=0.506 std_dev=0.500
OP2 B 0, 0.494, 1.016, 1.538, 1.998 max_d=1.998 avg_d=1.016 std_dev=0.522
OP2 A 0, 0.160, 0.699, 1.238, 2.181 max_d=2.181 avg_d=0.699 std_dev=0.539
P A 0, 0.062, 0.650, 1.239, 2.333 max_d=2.333 avg_d=0.650 std_dev=0.589
O3' A 0, -0.134, 0.531, 1.195, 2.785 max_d=2.785 avg_d=0.531 std_dev=0.664
OP1 B 0, 0.412, 1.130, 1.847, 3.029 max_d=3.029 avg_d=1.130 std_dev=0.717
OP1 A 0, 0.147, 0.901, 1.655, 3.168 max_d=3.168 avg_d=0.901 std_dev=0.754

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.15 0.00 0.08 0.09 0.13 0.08
C2 0.02 0.00 0.11 0.16 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.12 0.08 0.05 0.11 0.12 0.20 0.14
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.05 0.01 0.07 0.08 0.09 0.03 0.09 0.06 0.19 0.00 0.01 0.01 0.18 0.21 0.24 0.19
C3' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.25 0.00 0.27 0.02 0.24 0.16 0.21 0.27 0.13 0.02 0.01 0.02 0.08 0.13 0.12 0.09
C4 0.02 0.01 0.05 0.25 0.00 0.12 0.00 0.16 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.21 0.16 0.03 0.21 0.25 0.32 0.25
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.12 0.00 0.16 0.01 0.15 0.07 0.07 0.13 0.04 0.18 0.01 0.00 0.01 0.09 0.04 0.02
C5 0.02 0.01 0.07 0.27 0.00 0.16 0.00 0.20 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.23 0.23 0.05 0.23 0.27 0.31 0.27
C5' 0.02 0.07 0.08 0.02 0.16 0.01 0.20 0.00 0.18 0.09 0.11 0.18 0.04 0.09 0.12 0.01 0.01 0.09 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.09 0.24 0.00 0.15 0.00 0.18 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.19 0.18 0.07 0.18 0.19 0.22 0.20
N1 0.02 0.01 0.03 0.16 0.01 0.07 0.01 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.04 0.03 0.10 0.11 0.17 0.12
N3 0.03 0.00 0.09 0.21 0.00 0.07 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.08 0.04 0.16 0.19 0.27 0.20
N4 0.03 0.01 0.06 0.27 0.00 0.13 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.22 0.20 0.04 0.23 0.30 0.37 0.29
O2 0.03 0.00 0.19 0.13 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.12 0.19 0.07 0.08 0.09 0.17 0.11
O2' 0.02 0.12 0.00 0.02 0.21 0.18 0.23 0.09 0.19 0.12 0.16 0.22 0.12 0.00 0.04 0.13 0.09 0.14 0.23 0.11
O3' 0.15 0.08 0.01 0.01 0.16 0.01 0.23 0.12 0.18 0.04 0.08 0.20 0.19 0.04 0.00 0.09 0.22 0.31 0.28 0.25
O4' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.03 0.00 0.05 0.01 0.07 0.03 0.04 0.04 0.07 0.13 0.09 0.00 0.08 0.08 0.11 0.08
O5' 0.08 0.11 0.18 0.08 0.21 0.01 0.23 0.01 0.18 0.10 0.16 0.23 0.08 0.09 0.22 0.08 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.09 0.12 0.21 0.13 0.25 0.09 0.27 0.09 0.19 0.11 0.19 0.30 0.09 0.14 0.31 0.08 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 0.20 0.24 0.12 0.32 0.04 0.31 0.02 0.22 0.17 0.27 0.37 0.17 0.23 0.28 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.14 0.19 0.09 0.25 0.02 0.27 0.01 0.20 0.12 0.20 0.29 0.11 0.11 0.25 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.14 0.12 0.20 0.20 0.12 0.15 0.12 0.16 0.13 0.11 0.12 0.13 0.12 0.12 0.12 0.24 0.24 0.13 0.22 0.16 0.59 0.45 0.34
C2 0.11 0.10 0.17 0.17 0.10 0.12 0.11 0.14 0.13 0.10 0.11 0.13 0.10 0.12 0.10 0.19 0.21 0.11 0.22 0.16 0.60 0.46 0.34
C2' 0.26 0.21 0.33 0.32 0.20 0.27 0.16 0.27 0.14 0.18 0.15 0.26 0.23 0.16 0.21 0.38 0.36 0.24 0.31 0.14 0.63 0.50 0.37
C3' 0.24 0.19 0.27 0.27 0.21 0.24 0.20 0.25 0.19 0.21 0.17 0.20 0.21 0.21 0.22 0.29 0.30 0.23 0.32 0.19 0.66 0.52 0.39
C4 0.10 0.11 0.13 0.16 0.09 0.10 0.09 0.14 0.09 0.09 0.09 0.16 0.10 0.10 0.09 0.15 0.20 0.09 0.24 0.13 0.64 0.51 0.36
C4' 0.15 0.12 0.19 0.20 0.12 0.16 0.12 0.16 0.12 0.12 0.11 0.14 0.13 0.12 0.13 0.22 0.24 0.14 0.23 0.14 0.60 0.46 0.34
C5 0.10 0.11 0.14 0.16 0.09 0.10 0.09 0.14 0.09 0.09 0.08 0.15 0.10 0.11 0.09 0.16 0.20 0.09 0.24 0.13 0.64 0.51 0.36
C5' 0.16 0.14 0.21 0.21 0.14 0.17 0.14 0.18 0.14 0.14 0.13 0.15 0.14 0.14 0.15 0.23 0.25 0.16 0.26 0.16 0.63 0.49 0.37
C6 0.11 0.10 0.15 0.16 0.09 0.11 0.10 0.13 0.10 0.09 0.09 0.14 0.10 0.11 0.09 0.19 0.20 0.10 0.23 0.14 0.62 0.49 0.35
N1 0.12 0.10 0.17 0.18 0.10 0.13 0.11 0.14 0.12 0.10 0.10 0.13 0.11 0.12 0.10 0.20 0.22 0.11 0.22 0.15 0.60 0.47 0.34
N3 0.10 0.10 0.14 0.16 0.09 0.11 0.10 0.14 0.11 0.09 0.09 0.14 0.10 0.11 0.09 0.16 0.20 0.10 0.23 0.15 0.62 0.48 0.35
N4 0.10 0.13 0.13 0.16 0.09 0.11 0.09 0.16 0.09 0.09 0.11 0.17 0.11 0.10 0.09 0.14 0.21 0.10 0.26 0.11 0.66 0.53 0.37
O2 0.12 0.11 0.18 0.19 0.11 0.14 0.12 0.15 0.15 0.11 0.14 0.12 0.11 0.13 0.11 0.21 0.23 0.12 0.22 0.17 0.57 0.43 0.33
O2' 0.19 0.17 0.25 0.26 0.20 0.20 0.24 0.21 0.27 0.24 0.22 0.15 0.17 0.27 0.20 0.28 0.30 0.20 0.27 0.32 0.55 0.47 0.32
O3' 0.26 0.23 0.31 0.32 0.22 0.26 0.19 0.25 0.17 0.22 0.18 0.27 0.24 0.20 0.23 0.32 0.34 0.24 0.30 0.16 0.61 0.48 0.33
O4' 0.15 0.14 0.19 0.20 0.14 0.16 0.15 0.17 0.16 0.14 0.15 0.15 0.14 0.15 0.14 0.23 0.24 0.15 0.22 0.18 0.58 0.45 0.34
O5' 0.21 0.18 0.24 0.24 0.19 0.21 0.18 0.23 0.18 0.19 0.17 0.19 0.19 0.19 0.19 0.26 0.26 0.20 0.31 0.19 0.68 0.53 0.41
OP1 0.26 0.22 0.27 0.27 0.24 0.26 0.25 0.29 0.25 0.26 0.22 0.21 0.23 0.27 0.25 0.27 0.29 0.26 0.37 0.27 0.72 0.59 0.46
OP2 0.37 0.33 0.38 0.38 0.35 0.37 0.35 0.38 0.35 0.36 0.33 0.32 0.34 0.36 0.36 0.39 0.40 0.36 0.45 0.35 0.77 0.67 0.52
P 0.27 0.24 0.29 0.29 0.25 0.27 0.25 0.29 0.25 0.26 0.23 0.23 0.24 0.26 0.26 0.30 0.31 0.26 0.36 0.26 0.70 0.59 0.46

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.09 0.02 0.40 0.17 0.15
C2 0.03 0.00 0.12 0.15 0.01 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.10 0.19 0.04 0.20 0.01 0.54 0.40 0.30
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.06 0.01 0.04 0.01 0.06 0.04 0.10 0.15 0.12 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.05 0.24 0.16 0.12
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.10 0.00 0.09 0.02 0.12 0.07 0.14 0.17 0.13 0.08 0.05 0.02 0.00 0.01 0.06 0.12 0.18 0.11 0.09
C4 0.01 0.01 0.06 0.10 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.11 0.02 0.18 0.01 0.53 0.35 0.27
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.04 0.06 0.07 0.06 0.05 0.03 0.05 0.02 0.00 0.01 0.06 0.16 0.05 0.04
C5 0.01 0.01 0.04 0.09 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.11 0.02 0.20 0.01 0.58 0.42 0.30
C5' 0.03 0.10 0.01 0.02 0.09 0.01 0.10 0.00 0.11 0.09 0.11 0.10 0.09 0.11 0.07 0.05 0.03 0.02 0.01 0.12 0.07 0.12 0.01
C6 0.01 0.01 0.06 0.12 0.01 0.05 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.15 0.03 0.21 0.01 0.59 0.47 0.32
C8 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.08 0.03 0.17 0.02 0.57 0.33 0.25
N1 0.03 0.00 0.10 0.14 0.01 0.06 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.18 0.04 0.21 0.01 0.58 0.46 0.32
N2 0.04 0.00 0.15 0.17 0.01 0.07 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.13 0.22 0.04 0.20 0.02 0.53 0.40 0.30
N3 0.03 0.00 0.12 0.13 0.00 0.06 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.16 0.04 0.18 0.01 0.51 0.35 0.27
N7 0.01 0.01 0.03 0.08 0.00 0.05 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.10 0.03 0.20 0.02 0.60 0.42 0.29
N9 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.15 0.01 0.50 0.28 0.22
O2' 0.02 0.10 0.00 0.02 0.05 0.05 0.04 0.05 0.05 0.04 0.08 0.13 0.10 0.03 0.02 0.00 0.04 0.04 0.04 0.05 0.21 0.11 0.08
O3' 0.01 0.19 0.01 0.00 0.11 0.02 0.11 0.03 0.15 0.08 0.18 0.22 0.16 0.10 0.04 0.04 0.00 0.02 0.11 0.16 0.29 0.14 0.12
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03 0.02 0.04 0.02 0.00 0.07 0.03 0.40 0.11 0.13
O5' 0.09 0.20 0.06 0.06 0.18 0.01 0.20 0.01 0.21 0.17 0.21 0.20 0.18 0.20 0.15 0.04 0.11 0.07 0.00 0.22 0.01 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.05 0.12 0.01 0.06 0.01 0.12 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.16 0.03 0.22 0.00 0.61 0.51 0.33
OP1 0.40 0.54 0.24 0.18 0.53 0.16 0.58 0.07 0.59 0.57 0.58 0.53 0.51 0.60 0.50 0.21 0.29 0.40 0.01 0.61 0.00 0.01 0.01
OP2 0.17 0.40 0.16 0.11 0.35 0.05 0.42 0.12 0.47 0.33 0.46 0.40 0.35 0.42 0.28 0.11 0.14 0.11 0.02 0.51 0.01 0.00 0.00
P 0.15 0.30 0.12 0.09 0.27 0.04 0.30 0.01 0.32 0.25 0.32 0.30 0.27 0.29 0.22 0.08 0.12 0.13 0.00 0.33 0.01 0.00 0.00