ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48360

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 0, 3, 3, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.011, 0.021, 0.030, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.021 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.014, 0.024, 0.034, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.024 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.012, 0.022, 0.033, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.006, 0.016, 0.027, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.016 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.008, 0.020, 0.031, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.020 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.009, 0.022, 0.035, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.022 std_dev=0.013
N4 A 0, 0.038, 0.066, 0.095, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.066 std_dev=0.029
O2 A 0, 0.011, 0.045, 0.079, 0.128 max_d=0.128 avg_d=0.045 std_dev=0.034
N1 B 0, 0.200, 0.351, 0.503, 0.586 max_d=0.586 avg_d=0.351 std_dev=0.152
C2' A 0, 0.171, 0.327, 0.484, 0.535 max_d=0.535 avg_d=0.327 std_dev=0.157
C2 B 0, 0.201, 0.371, 0.541, 0.592 max_d=0.592 avg_d=0.371 std_dev=0.170
C5 B 0, 0.272, 0.454, 0.636, 0.680 max_d=0.680 avg_d=0.454 std_dev=0.182
C6 B 0, 0.210, 0.393, 0.577, 0.599 max_d=0.599 avg_d=0.393 std_dev=0.184
O4' A 0, 0.116, 0.301, 0.486, 0.606 max_d=0.606 avg_d=0.301 std_dev=0.185
C4 B 0, 0.218, 0.423, 0.629, 0.761 max_d=0.761 avg_d=0.423 std_dev=0.205
O2' A 0, 0.244, 0.457, 0.669, 0.882 max_d=0.882 avg_d=0.457 std_dev=0.213
C4' A 0, 0.257, 0.477, 0.697, 0.826 max_d=0.826 avg_d=0.477 std_dev=0.220
N2 B 0, 0.249, 0.475, 0.701, 0.816 max_d=0.816 avg_d=0.475 std_dev=0.226
N3 B 0, 0.160, 0.387, 0.614, 0.781 max_d=0.781 avg_d=0.387 std_dev=0.227
C3' A 0, 0.289, 0.516, 0.744, 0.883 max_d=0.883 avg_d=0.516 std_dev=0.228
O6 B 0, 0.219, 0.466, 0.714, 0.833 max_d=0.833 avg_d=0.466 std_dev=0.247
N7 B 0, 0.352, 0.609, 0.866, 0.987 max_d=0.987 avg_d=0.609 std_dev=0.257
N9 B 0, 0.248, 0.528, 0.808, 1.040 max_d=1.040 avg_d=0.528 std_dev=0.280
O3' A 0, 0.449, 0.740, 1.032, 1.169 max_d=1.169 avg_d=0.740 std_dev=0.292
C8 B 0, 0.334, 0.636, 0.939, 1.121 max_d=1.121 avg_d=0.636 std_dev=0.302
C2' B 0, 0.324, 0.690, 1.055, 1.202 max_d=1.202 avg_d=0.690 std_dev=0.365
C1' B 0, 0.235, 0.602, 0.969, 1.368 max_d=1.368 avg_d=0.602 std_dev=0.367
C3' B 0, 0.410, 0.793, 1.176, 1.379 max_d=1.379 avg_d=0.793 std_dev=0.383
C5' A 0, 0.449, 0.867, 1.284, 1.557 max_d=1.557 avg_d=0.867 std_dev=0.418
O5' A 0, 0.491, 0.946, 1.401, 1.768 max_d=1.768 avg_d=0.946 std_dev=0.455
O3' B 0, 0.468, 0.924, 1.380, 1.537 max_d=1.537 avg_d=0.924 std_dev=0.456
O4' B 0, 0.211, 0.674, 1.137, 1.722 max_d=1.722 avg_d=0.674 std_dev=0.463
C4' B 0, 0.289, 0.793, 1.298, 1.910 max_d=1.910 avg_d=0.793 std_dev=0.505
O2' B 0, 0.303, 0.825, 1.347, 1.577 max_d=1.577 avg_d=0.825 std_dev=0.522
O5' B 0, 0.492, 1.034, 1.575, 1.900 max_d=1.900 avg_d=1.034 std_dev=0.542
C5' B 0, 0.371, 0.952, 1.533, 2.333 max_d=2.333 avg_d=0.952 std_dev=0.581
P B 0, 0.475, 1.182, 1.889, 2.769 max_d=2.769 avg_d=1.182 std_dev=0.707
OP2 B 0, 0.630, 1.350, 2.070, 2.770 max_d=2.770 avg_d=1.350 std_dev=0.720
P A 0, 0.311, 1.071, 1.831, 2.977 max_d=2.977 avg_d=1.071 std_dev=0.760
OP2 A 0, 0.358, 1.343, 2.329, 3.656 max_d=3.656 avg_d=1.343 std_dev=0.985
OP1 A 0, 0.090, 1.271, 2.452, 4.818 max_d=4.818 avg_d=1.271 std_dev=1.181
OP1 B 0, 0.273, 1.558, 2.844, 4.787 max_d=4.787 avg_d=1.558 std_dev=1.286

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.06 0.01 0.19 0.29 0.57 0.22
C2 0.02 0.00 0.09 0.15 0.02 0.04 0.03 0.16 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.13 0.12 0.04 0.36 0.58 0.58 0.29
C2' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.06 0.02 0.14 0.07 0.15 0.04 0.06 0.06 0.20 0.03 0.03 0.01 0.23 0.25 0.41 0.14
C3' 0.02 0.15 0.00 0.00 0.14 0.01 0.17 0.03 0.18 0.09 0.16 0.16 0.19 0.04 0.01 0.02 0.31 0.26 0.28 0.17
C4 0.02 0.02 0.06 0.14 0.00 0.09 0.00 0.24 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.15 0.15 0.03 0.51 0.77 0.66 0.40
C4' 0.02 0.04 0.02 0.01 0.09 0.00 0.11 0.01 0.11 0.05 0.06 0.09 0.05 0.15 0.03 0.01 0.02 0.17 0.43 0.10
C5 0.01 0.03 0.14 0.17 0.00 0.11 0.00 0.26 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.15 0.21 0.07 0.52 0.69 0.70 0.38
C5' 0.07 0.16 0.07 0.03 0.24 0.01 0.26 0.00 0.24 0.17 0.19 0.25 0.14 0.11 0.12 0.04 0.02 0.30 0.40 0.02
C6 0.01 0.01 0.15 0.18 0.02 0.11 0.01 0.24 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.12 0.19 0.08 0.45 0.52 0.67 0.29
N1 0.01 0.01 0.04 0.09 0.01 0.05 0.02 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.08 0.06 0.01 0.34 0.47 0.60 0.25
N3 0.01 0.00 0.06 0.16 0.00 0.06 0.00 0.19 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.15 0.14 0.03 0.45 0.72 0.61 0.36
N4 0.02 0.02 0.06 0.16 0.00 0.09 0.01 0.25 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.17 0.17 0.04 0.55 0.86 0.68 0.45
O2 0.06 0.01 0.20 0.19 0.02 0.05 0.03 0.14 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.19 0.20 0.11 0.28 0.52 0.55 0.25
O2' 0.01 0.13 0.03 0.04 0.15 0.15 0.15 0.11 0.12 0.08 0.15 0.17 0.19 0.00 0.06 0.08 0.08 0.19 0.42 0.12
O3' 0.06 0.12 0.03 0.01 0.15 0.03 0.21 0.12 0.19 0.06 0.14 0.17 0.20 0.06 0.00 0.06 0.27 0.32 0.29 0.19
O4' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.01 0.07 0.04 0.08 0.01 0.03 0.04 0.11 0.08 0.06 0.00 0.24 0.33 0.64 0.32
O5' 0.19 0.36 0.23 0.31 0.51 0.02 0.52 0.02 0.45 0.34 0.45 0.55 0.28 0.08 0.27 0.24 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.29 0.58 0.25 0.26 0.77 0.17 0.69 0.30 0.52 0.47 0.72 0.86 0.52 0.19 0.32 0.33 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.57 0.58 0.41 0.28 0.66 0.43 0.70 0.40 0.67 0.60 0.61 0.68 0.55 0.42 0.29 0.64 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.22 0.29 0.14 0.17 0.40 0.10 0.38 0.02 0.29 0.25 0.36 0.45 0.25 0.12 0.19 0.32 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.30 0.23 0.33 0.33 0.21 0.28 0.17 0.28 0.17 0.18 0.18 0.28 0.26 0.17 0.22 0.44 0.37 0.29 0.33 0.21 1.07 0.64 0.49
C2 0.26 0.22 0.29 0.30 0.19 0.24 0.16 0.26 0.16 0.17 0.16 0.28 0.24 0.16 0.20 0.37 0.32 0.24 0.35 0.20 1.08 0.64 0.50
C2' 0.29 0.21 0.34 0.33 0.21 0.29 0.19 0.25 0.21 0.20 0.20 0.24 0.24 0.19 0.23 0.47 0.38 0.29 0.20 0.24 0.94 0.48 0.33
C3' 0.37 0.27 0.37 0.34 0.28 0.35 0.24 0.28 0.22 0.27 0.22 0.30 0.31 0.24 0.31 0.51 0.37 0.39 0.26 0.23 0.94 0.47 0.32
C4 0.21 0.23 0.25 0.29 0.19 0.22 0.19 0.29 0.19 0.18 0.20 0.28 0.22 0.20 0.19 0.29 0.30 0.18 0.47 0.23 1.23 0.78 0.63
C4' 0.27 0.20 0.29 0.29 0.19 0.23 0.16 0.21 0.17 0.17 0.17 0.23 0.22 0.16 0.20 0.41 0.34 0.26 0.29 0.20 1.08 0.59 0.45
C5 0.21 0.23 0.26 0.29 0.19 0.22 0.19 0.29 0.20 0.18 0.20 0.29 0.23 0.20 0.18 0.30 0.30 0.18 0.48 0.24 1.26 0.81 0.65
C5' 0.36 0.32 0.34 0.33 0.31 0.31 0.30 0.28 0.30 0.30 0.31 0.34 0.33 0.30 0.32 0.43 0.35 0.37 0.44 0.32 1.14 0.66 0.54
C6 0.22 0.22 0.27 0.28 0.18 0.21 0.17 0.26 0.18 0.17 0.18 0.28 0.23 0.18 0.18 0.34 0.30 0.19 0.42 0.23 1.21 0.75 0.59
N1 0.25 0.22 0.29 0.30 0.19 0.24 0.16 0.26 0.17 0.17 0.17 0.28 0.24 0.17 0.19 0.38 0.32 0.23 0.37 0.21 1.13 0.67 0.53
N3 0.24 0.24 0.27 0.29 0.20 0.24 0.18 0.28 0.17 0.18 0.19 0.29 0.24 0.18 0.20 0.32 0.30 0.22 0.41 0.20 1.14 0.69 0.56
N4 0.20 0.22 0.24 0.30 0.19 0.24 0.20 0.33 0.20 0.20 0.21 0.25 0.21 0.22 0.19 0.24 0.31 0.17 0.54 0.24 1.29 0.84 0.69
O2 0.28 0.19 0.31 0.31 0.19 0.27 0.14 0.26 0.14 0.16 0.13 0.24 0.23 0.13 0.20 0.42 0.34 0.28 0.28 0.18 0.98 0.55 0.42
O2' 0.34 0.29 0.38 0.40 0.30 0.36 0.30 0.37 0.31 0.30 0.30 0.29 0.30 0.30 0.30 0.46 0.45 0.36 0.29 0.34 0.97 0.54 0.45
O3' 0.42 0.29 0.42 0.39 0.32 0.42 0.27 0.36 0.24 0.31 0.24 0.30 0.33 0.27 0.35 0.55 0.44 0.45 0.27 0.24 0.89 0.40 0.28
O4' 0.31 0.24 0.36 0.36 0.22 0.29 0.17 0.30 0.17 0.18 0.18 0.30 0.27 0.17 0.22 0.46 0.40 0.28 0.39 0.20 1.17 0.70 0.57
O5' 0.52 0.46 0.45 0.39 0.47 0.46 0.45 0.42 0.43 0.47 0.42 0.46 0.48 0.46 0.48 0.59 0.39 0.54 0.48 0.43 1.32 0.54 0.61
OP1 0.97 0.82 0.80 0.77 0.92 0.94 0.93 0.96 0.89 1.00 0.82 0.75 0.87 0.98 0.97 0.86 0.70 1.06 1.05 0.89 1.75 0.65 1.09
OP2 0.48 0.51 0.48 0.52 0.50 0.46 0.53 0.46 0.57 0.51 0.55 0.51 0.49 0.54 0.49 0.48 0.55 0.48 0.71 0.63 1.20 1.18 0.81
P 0.46 0.37 0.30 0.21 0.40 0.37 0.38 0.33 0.35 0.42 0.33 0.37 0.40 0.40 0.42 0.45 0.16 0.51 0.53 0.35 1.32 0.60 0.62

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.05 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.15 0.01 0.43 0.19 0.16
C2 0.04 0.00 0.13 0.18 0.01 0.08 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.16 0.21 0.03 0.32 0.01 0.96 0.48 0.42
C2' 0.00 0.13 0.00 0.01 0.06 0.03 0.04 0.03 0.05 0.11 0.09 0.17 0.14 0.09 0.03 0.00 0.03 0.04 0.19 0.05 0.46 0.10 0.19
C3' 0.02 0.18 0.01 0.00 0.10 0.01 0.10 0.02 0.10 0.17 0.14 0.22 0.17 0.15 0.07 0.03 0.01 0.01 0.26 0.10 0.44 0.16 0.23
C4 0.02 0.01 0.06 0.10 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.10 0.01 0.34 0.01 0.86 0.44 0.38
C4' 0.02 0.08 0.03 0.01 0.06 0.00 0.07 0.01 0.07 0.09 0.08 0.10 0.08 0.09 0.04 0.08 0.06 0.00 0.01 0.08 0.21 0.23 0.03
C5 0.01 0.01 0.04 0.10 0.00 0.07 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.10 0.03 0.44 0.01 1.00 0.60 0.48
C5' 0.02 0.14 0.03 0.02 0.11 0.01 0.14 0.00 0.15 0.13 0.15 0.14 0.12 0.15 0.08 0.08 0.07 0.02 0.01 0.17 0.28 0.35 0.02
C6 0.01 0.01 0.05 0.10 0.00 0.07 0.01 0.15 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.08 0.11 0.03 0.45 0.01 1.10 0.67 0.53
C8 0.02 0.01 0.11 0.17 0.01 0.09 0.01 0.13 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.19 0.06 0.44 0.02 0.77 0.49 0.39
N1 0.03 0.00 0.09 0.14 0.01 0.08 0.01 0.15 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.13 0.15 0.02 0.39 0.01 1.07 0.59 0.49
N2 0.05 0.00 0.17 0.22 0.01 0.10 0.01 0.14 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.20 0.27 0.05 0.28 0.03 0.95 0.45 0.41
N3 0.04 0.00 0.14 0.17 0.00 0.08 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.20 0.03 0.28 0.01 0.84 0.39 0.36
N7 0.01 0.01 0.09 0.15 0.01 0.09 0.00 0.15 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.18 0.06 0.49 0.02 0.97 0.66 0.50
N9 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.07 0.01 0.31 0.02 0.69 0.35 0.30
O2' 0.02 0.16 0.00 0.03 0.08 0.08 0.06 0.08 0.08 0.08 0.13 0.20 0.15 0.06 0.03 0.00 0.07 0.09 0.11 0.07 0.35 0.13 0.13
O3' 0.02 0.21 0.03 0.01 0.10 0.06 0.10 0.07 0.11 0.19 0.15 0.27 0.20 0.18 0.07 0.07 0.00 0.05 0.26 0.11 0.40 0.34 0.24
O4' 0.01 0.03 0.04 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.06 0.02 0.05 0.03 0.06 0.01 0.09 0.05 0.00 0.11 0.04 0.21 0.25 0.12
O5' 0.15 0.32 0.19 0.26 0.34 0.01 0.44 0.01 0.45 0.44 0.39 0.28 0.28 0.49 0.31 0.11 0.26 0.11 0.00 0.50 0.02 0.02 0.00
O6 0.01 0.01 0.05 0.10 0.01 0.08 0.01 0.17 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.07 0.11 0.04 0.50 0.00 1.17 0.77 0.59
OP1 0.43 0.96 0.46 0.44 0.86 0.21 1.00 0.28 1.10 0.77 1.07 0.95 0.84 0.97 0.69 0.35 0.40 0.21 0.02 1.17 0.00 0.01 0.00
OP2 0.19 0.48 0.10 0.16 0.44 0.23 0.60 0.35 0.67 0.49 0.59 0.45 0.39 0.66 0.35 0.13 0.34 0.25 0.02 0.77 0.01 0.00 0.00
P 0.16 0.42 0.19 0.23 0.38 0.03 0.48 0.02 0.53 0.39 0.49 0.41 0.36 0.50 0.30 0.13 0.24 0.12 0.00 0.59 0.00 0.00 0.00