Doublet Group distance statistics: 48361

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 2, 5, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C5	A	0, 0.004, 0.008, 0.011, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.008 std_dev=0.004
N3	A	0, 0.005, 0.010, 0.014, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.010 std_dev=0.004
N1	A	0, 0.012, 0.021, 0.031, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.021 std_dev=0.010
C1'	A	0, 0.018, 0.029, 0.041, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.029 std_dev=0.012
C2	A	0, 0.019, 0.031, 0.043, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.031 std_dev=0.012
C6	A	0, 0.018, 0.029, 0.041, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.029 std_dev=0.012
C4	A	0, 0.018, 0.031, 0.044, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.031 std_dev=0.013
O2	A	0, 0.051, 0.083, 0.115, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.083 std_dev=0.032
N4	A	0, 0.056, 0.097, 0.137, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.097 std_dev=0.040
O2'	A	0, 0.103, 0.207, 0.310, 0.354 max_d=0.354 avg_d=0.207 std_dev=0.103
C2'	A	0, 0.109, 0.227, 0.346, 0.433 max_d=0.433 avg_d=0.227 std_dev=0.119
O4'	A	0, 0.101, 0.239, 0.377, 0.488 max_d=0.488 avg_d=0.239 std_dev=0.138
N1	B	0, 0.141, 0.315, 0.490, 0.662 max_d=0.662 avg_d=0.315 std_dev=0.174
C4	B	0, 0.293, 0.467, 0.642, 0.647 max_d=0.647 avg_d=0.467 std_dev=0.175
N3	B	0, 0.157, 0.342, 0.528, 0.568 max_d=0.568 avg_d=0.342 std_dev=0.186
C6	B	0, 0.207, 0.394, 0.581, 0.715 max_d=0.715 avg_d=0.394 std_dev=0.187
C3'	A	0, 0.169, 0.386, 0.603, 0.770 max_d=0.770 avg_d=0.386 std_dev=0.217
C4'	A	0, 0.158, 0.378, 0.598, 0.763 max_d=0.763 avg_d=0.378 std_dev=0.220
C2	B	0, 0.105, 0.336, 0.566, 0.691 max_d=0.691 avg_d=0.336 std_dev=0.230
C5	B	0, 0.292, 0.523, 0.753, 0.932 max_d=0.932 avg_d=0.523 std_dev=0.231
O6	B	0, 0.193, 0.446, 0.700, 0.942 max_d=0.942 avg_d=0.446 std_dev=0.254
N9	B	0, 0.377, 0.671, 0.965, 1.026 max_d=1.026 avg_d=0.671 std_dev=0.294
N2	B	0, 0.266, 0.564, 0.862, 1.074 max_d=1.074 avg_d=0.564 std_dev=0.298
O3'	A	0, 0.227, 0.543, 0.859, 1.085 max_d=1.085 avg_d=0.543 std_dev=0.316
C5'	A	0, 0.253, 0.591, 0.930, 1.216 max_d=1.216 avg_d=0.591 std_dev=0.339
C1'	B	0, 0.406, 0.748, 1.089, 1.250 max_d=1.250 avg_d=0.748 std_dev=0.342
O5'	A	0, 0.275, 0.630, 0.986, 1.286 max_d=1.286 avg_d=0.630 std_dev=0.355
N7	B	0, 0.391, 0.758, 1.125, 1.413 max_d=1.413 avg_d=0.758 std_dev=0.367
C2'	B	0, 0.337, 0.724, 1.112, 1.270 max_d=1.270 avg_d=0.724 std_dev=0.388
C8	B	0, 0.451, 0.840, 1.229, 1.440 max_d=1.440 avg_d=0.840 std_dev=0.389
O2'	B	0, 0.335, 0.780, 1.224, 1.602 max_d=1.602 avg_d=0.780 std_dev=0.445
P	A	0, 0.467, 0.999, 1.532, 1.880 max_d=1.880 avg_d=0.999 std_dev=0.533
OP2	A	0, 0.554, 1.121, 1.688, 1.960 max_d=1.960 avg_d=1.121 std_dev=0.567
OP1	A	0, 0.538, 1.232, 1.926, 2.268 max_d=2.268 avg_d=1.232 std_dev=0.694
O4'	B	0, 0.385, 1.144, 1.903, 3.090 max_d=3.090 avg_d=1.144 std_dev=0.759
C3'	B	0, 0.307, 1.076, 1.844, 2.946 max_d=2.946 avg_d=1.076 std_dev=0.769
C4'	B	0, 0.337, 1.203, 2.069, 3.347 max_d=3.347 avg_d=1.203 std_dev=0.866
O3'	B	0, 0.215, 1.258, 2.301, 4.058 max_d=4.058 avg_d=1.258 std_dev=1.043
C5'	B	0, 0.198, 1.660, 3.123, 5.799 max_d=5.799 avg_d=1.660 std_dev=1.463
O5'	B	0, -0.012, 1.594, 3.201, 6.332 max_d=6.332 avg_d=1.594 std_dev=1.606
OP1	B	0, -0.003, 2.069, 4.141, 8.167 max_d=8.167 avg_d=2.069 std_dev=2.072
P	B	0, -0.349, 1.846, 4.040, 8.474 max_d=8.474 avg_d=1.846 std_dev=2.194
OP2	B	0, -0.706, 1.826, 4.359, 9.589 max_d=9.589 avg_d=1.826 std_dev=2.533

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.04	0.08	0.18	0.16
C2	0.01	0.00	0.06	0.08	0.00	0.02	0.00	0.04	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.05	0.09	0.03	0.08	0.12	0.22	0.17
C2'	0.00	0.06	0.00	0.00	0.03	0.01	0.04	0.01	0.06	0.01	0.05	0.03	0.11	0.00	0.02	0.01	0.03	0.10	0.12	0.08
C3'	0.01	0.08	0.00	0.00	0.07	0.00	0.08	0.01	0.08	0.04	0.08	0.08	0.11	0.02	0.01	0.01	0.06	0.16	0.10	0.07
C4	0.01	0.00	0.03	0.07	0.00	0.05	0.00	0.09	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.03	0.08	0.02	0.13	0.15	0.24	0.18
C4'	0.00	0.02	0.01	0.00	0.05	0.00	0.06	0.00	0.06	0.03	0.03	0.05	0.03	0.04	0.01	0.00	0.01	0.08	0.07	0.06
C5	0.01	0.00	0.04	0.08	0.00	0.06	0.00	0.10	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.04	0.09	0.02	0.15	0.16	0.23	0.18
C5'	0.01	0.04	0.01	0.01	0.09	0.00	0.10	0.00	0.09	0.05	0.06	0.10	0.03	0.04	0.03	0.01	0.01	0.07	0.02	0.01
C6	0.01	0.00	0.06	0.08	0.01	0.06	0.00	0.09	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.04	0.09	0.03	0.14	0.13	0.21	0.17
N1	0.00	0.01	0.01	0.04	0.01	0.03	0.00	0.05	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.04	0.01	0.08	0.11	0.21	0.17
N3	0.01	0.00	0.05	0.08	0.00	0.03	0.00	0.06	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.05	0.10	0.02	0.10	0.14	0.23	0.18
N4	0.01	0.00	0.03	0.08	0.00	0.05	0.01	0.10	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.03	0.10	0.02	0.14	0.17	0.24	0.18
O2	0.01	0.00	0.11	0.11	0.01	0.03	0.01	0.03	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.10	0.13	0.04	0.06	0.11	0.22	0.17
O2'	0.01	0.05	0.00	0.02	0.03	0.04	0.04	0.04	0.04	0.02	0.05	0.03	0.10	0.00	0.03	0.03	0.04	0.14	0.11	0.08
O3'	0.01	0.09	0.02	0.01	0.08	0.01	0.09	0.03	0.09	0.04	0.10	0.10	0.13	0.03	0.00	0.01	0.10	0.27	0.14	0.12
O4'	0.00	0.03	0.01	0.01	0.02	0.00	0.02	0.01	0.03	0.01	0.02	0.02	0.04	0.03	0.01	0.00	0.04	0.12	0.18	0.18
O5'	0.04	0.08	0.03	0.06	0.13	0.01	0.15	0.01	0.14	0.08	0.10	0.14	0.06	0.04	0.10	0.04	0.00	0.02	0.02	0.00
OP1	0.08	0.12	0.10	0.16	0.15	0.08	0.16	0.07	0.13	0.11	0.14	0.17	0.11	0.14	0.27	0.12	0.02	0.00	0.01	0.00
OP2	0.18	0.22	0.12	0.10	0.24	0.07	0.23	0.02	0.21	0.21	0.23	0.24	0.22	0.11	0.14	0.18	0.02	0.01	0.00	0.00
P	0.16	0.17	0.08	0.07	0.18	0.06	0.18	0.01	0.17	0.17	0.18	0.18	0.17	0.08	0.12	0.18	0.00	0.00	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.12	0.11	0.25	0.66	0.11	0.55	0.11	0.87	0.11	0.11	0.11	0.13	0.12	0.11	0.12	0.19	0.72	0.31	1.11	0.12	1.31	1.28	1.36
C2	0.14	0.14	0.21	0.56	0.13	0.50	0.12	0.78	0.12	0.12	0.13	0.16	0.14	0.12	0.13	0.19	0.58	0.32	1.01	0.13	1.23	1.07	1.23
C2'	0.16	0.13	0.40	0.82	0.14	0.63	0.14	0.93	0.14	0.15	0.13	0.13	0.14	0.15	0.15	0.21	0.94	0.34	1.16	0.14	1.30	1.32	1.35
C3'	0.19	0.15	0.47	0.84	0.17	0.63	0.17	0.89	0.15	0.18	0.14	0.14	0.16	0.18	0.18	0.27	0.98	0.34	1.10	0.16	1.24	1.21	1.27
C4	0.13	0.14	0.19	0.41	0.13	0.37	0.13	0.56	0.12	0.13	0.13	0.15	0.14	0.13	0.13	0.17	0.42	0.26	0.74	0.12	1.01	0.65	0.91
C4'	0.13	0.11	0.35	0.75	0.12	0.59	0.11	0.89	0.10	0.12	0.10	0.11	0.12	0.12	0.13	0.19	0.86	0.32	1.11	0.11	1.29	1.26	1.33
C5	0.12	0.13	0.21	0.45	0.12	0.38	0.12	0.58	0.12	0.13	0.12	0.15	0.13	0.13	0.12	0.17	0.48	0.24	0.76	0.12	1.02	0.69	0.93
C5'	0.14	0.11	0.36	0.71	0.11	0.56	0.11	0.82	0.09	0.12	0.09	0.11	0.12	0.11	0.13	0.21	0.83	0.29	1.02	0.09	1.21	1.12	1.23
C6	0.12	0.12	0.22	0.53	0.12	0.44	0.11	0.68	0.11	0.12	0.11	0.14	0.12	0.11	0.12	0.17	0.57	0.26	0.88	0.11	1.12	0.89	1.08
N1	0.12	0.12	0.23	0.58	0.12	0.50	0.11	0.78	0.11	0.11	0.11	0.14	0.12	0.11	0.12	0.18	0.63	0.30	1.00	0.11	1.22	1.07	1.22
N3	0.14	0.15	0.18	0.46	0.13	0.43	0.13	0.67	0.13	0.13	0.13	0.16	0.14	0.13	0.13	0.18	0.46	0.30	0.87	0.13	1.11	0.83	1.06
N4	0.13	0.14	0.17	0.31	0.14	0.30	0.14	0.44	0.14	0.14	0.14	0.15	0.14	0.14	0.14	0.16	0.32	0.23	0.59	0.13	0.88	0.49	0.73
O2	0.15	0.15	0.21	0.62	0.14	0.57	0.13	0.89	0.14	0.13	0.14	0.17	0.15	0.13	0.14	0.22	0.64	0.36	1.14	0.15	1.32	1.28	1.38
O2'	0.17	0.15	0.40	0.87	0.16	0.69	0.16	1.03	0.15	0.17	0.15	0.15	0.16	0.16	0.17	0.23	1.00	0.38	1.27	0.16	1.40	1.53	1.50
O3'	0.26	0.19	0.58	0.95	0.23	0.69	0.22	0.93	0.20	0.25	0.19	0.18	0.21	0.23	0.25	0.38	1.13	0.37	1.13	0.20	1.24	1.26	1.28
O4'	0.12	0.12	0.24	0.63	0.11	0.54	0.11	0.85	0.11	0.11	0.11	0.13	0.12	0.11	0.12	0.20	0.70	0.31	1.09	0.11	1.30	1.25	1.34
O5'	0.15	0.12	0.37	0.67	0.12	0.51	0.11	0.72	0.09	0.13	0.09	0.13	0.13	0.12	0.14	0.24	0.78	0.27	0.90	0.08	1.08	0.90	1.06
OP1	0.20	0.16	0.40	0.68	0.18	0.52	0.18	0.72	0.17	0.20	0.15	0.16	0.17	0.20	0.19	0.27	0.79	0.30	0.90	0.18	1.11	0.88	1.06
OP2	0.31	0.26	0.50	0.70	0.29	0.56	0.29	0.70	0.27	0.31	0.25	0.24	0.28	0.30	0.31	0.42	0.79	0.39	0.85	0.26	1.06	0.72	0.97
P	0.25	0.20	0.44	0.71	0.23	0.57	0.23	0.76	0.21	0.25	0.20	0.19	0.22	0.24	0.24	0.33	0.80	0.36	0.94	0.21	1.15	0.89	1.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.03	0.01	0.01	0.02	0.03	0.02	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.07	0.01	0.21	0.19	0.08
C2	0.02	0.00	0.14	0.47	0.00	0.40	0.00	0.61	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.15	0.45	0.23	0.82	0.00	0.96	0.73	0.93
C2'	0.00	0.14	0.00	0.00	0.05	0.01	0.02	0.03	0.04	0.09	0.09	0.18	0.14	0.07	0.03	0.00	0.01	0.01	0.07	0.03	0.09	0.13	0.08
C3'	0.01	0.47	0.00	0.00	0.18	0.00	0.10	0.03	0.15	0.31	0.32	0.62	0.46	0.25	0.09	0.01	0.01	0.01	0.07	0.12	0.17	0.10	0.09
C4	0.01	0.00	0.05	0.18	0.00	0.17	0.00	0.26	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.08	0.15	0.12	0.37	0.00	0.56	0.30	0.41
C4'	0.01	0.40	0.01	0.00	0.17	0.00	0.07	0.01	0.14	0.26	0.29	0.51	0.38	0.19	0.05	0.05	0.02	0.00	0.01	0.10	0.05	0.08	0.01
C5	0.01	0.00	0.02	0.10	0.00	0.07	0.00	0.16	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.07	0.11	0.05	0.26	0.00	0.46	0.49	0.31
C5'	0.03	0.61	0.03	0.03	0.26	0.01	0.16	0.00	0.25	0.40	0.46	0.80	0.55	0.31	0.11	0.06	0.04	0.01	0.01	0.21	0.05	0.18	0.01
C6	0.01	0.00	0.04	0.15	0.00	0.14	0.00	0.25	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.09	0.14	0.10	0.38	0.00	0.63	0.43	0.47
C8	0.01	0.00	0.09	0.31	0.00	0.26	0.00	0.40	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.05	0.30	0.14	0.53	0.01	0.29	0.95	0.54
N1	0.02	0.00	0.09	0.32	0.00	0.29	0.00	0.46	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.12	0.30	0.18	0.64	0.00	0.86	0.53	0.76
N2	0.03	0.00	0.18	0.62	0.00	0.51	0.00	0.80	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.18	0.63	0.28	1.04	0.01	1.16	1.08	1.20
N3	0.02	0.00	0.14	0.46	0.00	0.38	0.00	0.55	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.14	0.41	0.23	0.73	0.00	0.84	0.60	0.79
N7	0.01	0.00	0.07	0.25	0.00	0.19	0.00	0.31	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.05	0.26	0.07	0.43	0.01	0.32	0.96	0.47
N9	0.00	0.01	0.03	0.09	0.00	0.05	0.00	0.11	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.03	0.08	0.01	0.17	0.00	0.27	0.40	0.18
O2'	0.01	0.15	0.00	0.01	0.08	0.05	0.07	0.06	0.09	0.05	0.12	0.18	0.14	0.05	0.03	0.00	0.05	0.06	0.07	0.09	0.10	0.10	0.08
O3'	0.01	0.45	0.01	0.01	0.15	0.02	0.11	0.04	0.14	0.30	0.30	0.63	0.41	0.26	0.08	0.05	0.00	0.01	0.11	0.13	0.34	0.16	0.15
O4'	0.00	0.23	0.01	0.01	0.12	0.00	0.05	0.01	0.10	0.14	0.18	0.28	0.23	0.07	0.01	0.06	0.01	0.00	0.04	0.07	0.26	0.11	0.07
O5'	0.07	0.82	0.07	0.07	0.37	0.01	0.26	0.01	0.38	0.53	0.64	1.04	0.73	0.43	0.17	0.07	0.11	0.04	0.00	0.32	0.01	0.02	0.01
O6	0.01	0.00	0.03	0.12	0.00	0.10	0.00	0.21	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.09	0.13	0.07	0.32	0.00	0.58	0.54	0.41
OP1	0.21	0.96	0.09	0.17	0.56	0.05	0.46	0.05	0.63	0.29	0.86	1.16	0.84	0.32	0.27	0.10	0.34	0.26	0.01	0.58	0.00	0.01	0.00
OP2	0.19	0.73	0.13	0.10	0.30	0.08	0.49	0.18	0.43	0.95	0.53	1.08	0.60	0.96	0.40	0.10	0.16	0.11	0.02	0.54	0.01	0.00	0.00
P	0.08	0.93	0.08	0.09	0.41	0.01	0.31	0.01	0.47	0.54	0.76	1.20	0.79	0.47	0.18	0.08	0.15	0.07	0.01	0.41	0.00	0.00	0.00