ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48369

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.002, 0.010, 0.018, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.003, 0.012, 0.020, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.008, 0.019, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.019 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.008, 0.024, 0.039, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.024 std_dev=0.016
C6 A 0, 0.009, 0.024, 0.040, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.024 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.010, 0.027, 0.043, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.027 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.011, 0.028, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.028 std_dev=0.017
O2 A 0, 0.025, 0.063, 0.102, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.063 std_dev=0.039
N4 A 0, 0.029, 0.081, 0.132, 0.149 max_d=0.149 avg_d=0.081 std_dev=0.052
N1 B 0, 0.086, 0.277, 0.467, 0.596 max_d=0.596 avg_d=0.277 std_dev=0.190
C4 B 0, 0.128, 0.322, 0.516, 0.576 max_d=0.576 avg_d=0.322 std_dev=0.194
C6 B 0, 0.131, 0.328, 0.525, 0.606 max_d=0.606 avg_d=0.328 std_dev=0.197
C5 B 0, 0.173, 0.391, 0.609, 0.662 max_d=0.662 avg_d=0.391 std_dev=0.218
N3 B 0, 0.149, 0.380, 0.610, 0.670 max_d=0.670 avg_d=0.380 std_dev=0.231
C2 B 0, 0.136, 0.389, 0.642, 0.733 max_d=0.733 avg_d=0.389 std_dev=0.253
N9 B 0, 0.169, 0.437, 0.705, 0.774 max_d=0.774 avg_d=0.437 std_dev=0.268
O6 B 0, 0.173, 0.446, 0.719, 0.784 max_d=0.784 avg_d=0.446 std_dev=0.273
C2' B 0, 0.158, 0.501, 0.844, 0.896 max_d=0.896 avg_d=0.501 std_dev=0.343
C1' B 0, 0.156, 0.506, 0.856, 0.991 max_d=0.991 avg_d=0.506 std_dev=0.350
C8 B 0, 0.256, 0.612, 0.969, 1.035 max_d=1.035 avg_d=0.612 std_dev=0.357
N7 B 0, 0.257, 0.614, 0.971, 1.013 max_d=1.013 avg_d=0.614 std_dev=0.357
C3' B 0, 0.186, 0.546, 0.905, 1.015 max_d=1.015 avg_d=0.546 std_dev=0.359
O3' B 0, 0.204, 0.602, 1.001, 1.077 max_d=1.077 avg_d=0.602 std_dev=0.398
O4' B 0, 0.175, 0.574, 0.974, 1.088 max_d=1.088 avg_d=0.574 std_dev=0.399
N2 B 0, 0.167, 0.600, 1.034, 1.109 max_d=1.109 avg_d=0.600 std_dev=0.433
O2' B 0, 0.160, 0.608, 1.055, 1.286 max_d=1.286 avg_d=0.608 std_dev=0.447
C4' B 0, 0.195, 0.675, 1.156, 1.333 max_d=1.333 avg_d=0.675 std_dev=0.481
OP2 B 0, 0.193, 0.776, 1.359, 1.673 max_d=1.673 avg_d=0.776 std_dev=0.583
C5' B 0, 0.186, 0.782, 1.379, 1.703 max_d=1.703 avg_d=0.782 std_dev=0.596
P B 0, 0.195, 0.795, 1.394, 1.708 max_d=1.708 avg_d=0.795 std_dev=0.600
O5' B 0, 0.151, 0.781, 1.410, 1.794 max_d=1.794 avg_d=0.781 std_dev=0.629
OP1 B 0, 0.176, 1.054, 1.932, 2.537 max_d=2.537 avg_d=1.054 std_dev=0.878
C2' A 0, -0.159, 1.044, 2.246, 2.539 max_d=2.539 avg_d=1.044 std_dev=1.203
O4' A 0, -0.138, 1.074, 2.287, 2.587 max_d=2.587 avg_d=1.074 std_dev=1.213
C4' A 0, -0.135, 1.440, 3.015, 3.410 max_d=3.410 avg_d=1.440 std_dev=1.575
O3' A 0, -0.019, 1.562, 3.143, 3.476 max_d=3.476 avg_d=1.562 std_dev=1.581
C3' A 0, -0.131, 1.454, 3.039, 3.410 max_d=3.410 avg_d=1.454 std_dev=1.585
O2' A 0, -0.230, 1.543, 3.317, 3.736 max_d=3.736 avg_d=1.543 std_dev=1.774
C5' A 0, -0.328, 2.662, 5.653, 6.368 max_d=6.368 avg_d=2.662 std_dev=2.990
O5' A 0, 0.000, 3.552, 7.104, 7.896 max_d=7.896 avg_d=3.552 std_dev=3.552
P A 0, 0.259, 4.768, 9.278, 10.168 max_d=10.168 avg_d=4.768 std_dev=4.509
OP2 A 0, 0.905, 5.427, 9.950, 10.414 max_d=10.414 avg_d=5.427 std_dev=4.522
OP1 A 0, 0.189, 4.812, 9.435, 10.323 max_d=10.323 avg_d=4.812 std_dev=4.623

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.37 0.00 0.22 0.33 0.71 0.29
C2 0.02 0.00 0.05 0.07 0.00 0.31 0.01 0.62 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.12 0.14 0.36 0.54 0.46 0.95 0.54
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.22 0.05 0.03 0.05 0.05 0.08 0.00 0.04 0.02 0.29 0.35 0.22 0.15
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.40 0.00 0.56 0.02 0.54 0.24 0.19 0.44 0.28 0.01 0.01 0.01 0.28 0.29 0.12 0.16
C4 0.01 0.00 0.05 0.40 0.00 0.17 0.00 0.18 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.38 0.17 0.02 0.58 0.50 1.87 0.97
C4' 0.00 0.31 0.00 0.00 0.17 0.00 0.51 0.00 0.57 0.11 0.18 0.19 0.74 0.31 0.03 0.00 0.01 0.35 0.27 0.10
C5 0.01 0.01 0.05 0.56 0.00 0.51 0.00 0.78 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.50 0.17 0.28 1.11 1.18 2.38 1.55
C5' 0.06 0.62 0.22 0.02 0.18 0.00 0.78 0.00 0.84 0.07 0.43 0.21 1.33 0.09 0.21 0.02 0.01 0.16 0.31 0.02
C6 0.01 0.01 0.05 0.54 0.01 0.57 0.00 0.84 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.46 0.09 0.38 1.10 1.12 2.11 1.44
N1 0.01 0.01 0.03 0.24 0.01 0.11 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.24 0.14 0.01 0.39 0.29 1.21 0.59
N3 0.02 0.00 0.05 0.19 0.00 0.18 0.01 0.43 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.23 0.11 0.26 0.44 0.25 1.28 0.60
N4 0.01 0.00 0.05 0.44 0.00 0.19 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.41 0.22 0.02 0.64 0.60 2.06 1.09
O2 0.04 0.00 0.08 0.28 0.01 0.74 0.01 1.33 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.14 0.24 0.64 1.20 1.24 0.92 1.16
O2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.38 0.31 0.50 0.09 0.46 0.24 0.23 0.41 0.14 0.00 0.06 0.23 0.05 0.49 0.43 0.25
O3' 0.37 0.14 0.04 0.01 0.17 0.03 0.17 0.21 0.09 0.14 0.11 0.22 0.24 0.06 0.00 0.27 0.34 0.26 0.36 0.30
O4' 0.00 0.36 0.02 0.01 0.02 0.00 0.28 0.02 0.38 0.01 0.26 0.02 0.64 0.23 0.27 0.00 0.38 0.37 0.74 0.38
O5' 0.22 0.54 0.29 0.28 0.58 0.01 1.11 0.01 1.10 0.39 0.44 0.64 1.20 0.05 0.34 0.38 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.33 0.46 0.35 0.29 0.50 0.35 1.18 0.16 1.12 0.29 0.25 0.60 1.24 0.49 0.26 0.37 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.71 0.95 0.22 0.12 1.87 0.27 2.38 0.31 2.11 1.21 1.28 2.06 0.92 0.43 0.36 0.74 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.29 0.54 0.15 0.16 0.97 0.10 1.55 0.02 1.44 0.59 0.60 1.09 1.16 0.25 0.30 0.38 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.24 0.18 0.18 0.07 0.14 0.12 0.11 0.08 0.12 0.10 0.11 0.27 0.20 0.11 0.15 0.32 0.07 0.21 0.60 0.18 0.47 0.30 0.37
C2 0.21 0.19 0.15 0.06 0.13 0.09 0.10 0.11 0.12 0.10 0.10 0.28 0.19 0.11 0.13 0.27 0.06 0.17 0.58 0.19 0.45 0.28 0.35
C2' 0.17 0.11 0.16 0.14 0.07 0.11 0.13 0.05 0.20 0.09 0.13 0.20 0.13 0.16 0.07 0.27 0.20 0.17 0.59 0.30 0.50 0.30 0.35
C3' 0.18 0.18 0.34 0.33 0.11 0.20 0.15 0.13 0.19 0.14 0.13 0.32 0.19 0.21 0.10 0.46 0.46 0.12 0.55 0.29 0.40 0.15 0.24
C4 0.20 0.25 0.15 0.10 0.17 0.10 0.15 0.17 0.14 0.15 0.19 0.34 0.23 0.16 0.16 0.25 0.09 0.17 0.57 0.19 0.40 0.28 0.34
C4' 0.91 0.84 1.02 0.93 0.75 0.88 0.59 0.71 0.50 0.63 0.63 1.00 0.88 0.53 0.76 1.20 1.04 0.84 1.07 0.37 0.91 0.59 0.75
C5 0.20 0.25 0.15 0.09 0.17 0.10 0.15 0.17 0.15 0.15 0.18 0.34 0.23 0.17 0.15 0.25 0.09 0.17 0.57 0.20 0.39 0.28 0.34
C5' 1.73 1.59 1.94 1.83 1.46 1.73 1.14 1.50 0.95 1.24 1.20 1.87 1.69 1.03 1.48 2.20 2.00 1.62 1.72 0.63 1.53 1.10 1.34
C6 0.20 0.22 0.15 0.08 0.15 0.09 0.13 0.15 0.13 0.13 0.15 0.32 0.21 0.15 0.14 0.27 0.07 0.17 0.58 0.20 0.41 0.28 0.34
N1 0.21 0.19 0.15 0.06 0.14 0.09 0.11 0.11 0.12 0.10 0.11 0.29 0.20 0.13 0.13 0.28 0.06 0.18 0.58 0.19 0.44 0.28 0.35
N3 0.20 0.23 0.15 0.07 0.15 0.08 0.12 0.14 0.12 0.11 0.14 0.32 0.21 0.13 0.14 0.26 0.07 0.16 0.57 0.20 0.42 0.28 0.34
N4 0.21 0.27 0.17 0.12 0.20 0.12 0.17 0.19 0.17 0.18 0.23 0.34 0.25 0.19 0.18 0.25 0.11 0.18 0.58 0.18 0.37 0.28 0.34
O2 0.21 0.13 0.15 0.04 0.11 0.10 0.08 0.09 0.13 0.07 0.09 0.21 0.16 0.09 0.12 0.28 0.05 0.17 0.56 0.20 0.47 0.28 0.35
O2' 0.29 0.15 0.22 0.12 0.11 0.21 0.18 0.10 0.29 0.12 0.15 0.32 0.22 0.23 0.13 0.40 0.13 0.28 0.65 0.49 0.62 0.48 0.47
O3' 0.10 0.04 0.08 0.11 0.08 0.05 0.20 0.16 0.24 0.19 0.15 0.15 0.05 0.26 0.10 0.19 0.20 0.15 0.41 0.35 0.26 0.07 0.13
O4' 0.83 0.77 0.83 0.72 0.71 0.74 0.57 0.58 0.50 0.61 0.60 0.88 0.81 0.52 0.72 1.01 0.75 0.78 1.00 0.37 0.84 0.57 0.71
O5' 1.80 1.58 2.08 1.98 1.47 1.84 1.14 1.61 0.95 1.27 1.15 1.87 1.72 1.06 1.52 2.38 2.20 1.68 1.73 0.72 1.58 1.09 1.35
OP1 2.33 1.93 2.57 2.37 1.80 2.33 1.27 2.00 0.95 1.50 1.29 2.29 2.16 1.13 1.90 3.05 2.62 2.22 2.05 0.48 1.77 1.17 1.57
OP2 1.84 1.46 2.14 2.11 1.53 1.99 1.46 1.92 1.41 1.59 1.26 1.64 1.65 1.58 1.63 2.46 2.36 1.80 1.65 1.62 1.68 1.43 1.52
P 2.19 1.80 2.50 2.37 1.72 2.26 1.33 2.02 1.09 1.53 1.27 2.13 2.02 1.28 1.82 2.90 2.64 2.08 1.95 0.92 1.80 1.26 1.57

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.05 0.07 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.27 0.01 0.18 0.12 0.08
C2 0.06 0.00 0.09 0.14 0.01 0.04 0.00 0.14 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.10 0.17 0.06 0.46 0.01 0.37 0.23 0.27
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.06 0.02 0.03 0.02 0.04 0.05 0.07 0.11 0.10 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.29 0.04 0.34 0.09 0.15
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.08 0.00 0.07 0.02 0.10 0.09 0.12 0.16 0.13 0.07 0.02 0.01 0.01 0.01 0.31 0.10 0.47 0.08 0.22
C4 0.02 0.01 0.06 0.08 0.00 0.05 0.00 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.09 0.02 0.47 0.00 0.34 0.21 0.26
C4' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.09 0.07 0.06 0.03 0.03 0.09 0.03 0.04 0.02 0.00 0.02 0.11 0.15 0.28 0.08
C5 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.08 0.00 0.20 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.02 0.52 0.01 0.38 0.29 0.33
C5' 0.03 0.14 0.02 0.02 0.14 0.01 0.20 0.00 0.22 0.16 0.19 0.12 0.11 0.21 0.10 0.04 0.04 0.02 0.01 0.26 0.29 0.38 0.01
C6 0.02 0.00 0.04 0.10 0.00 0.09 0.00 0.22 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.10 0.02 0.53 0.00 0.40 0.32 0.34
C8 0.01 0.01 0.05 0.09 0.01 0.07 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.09 0.04 0.54 0.02 0.36 0.24 0.31
N1 0.05 0.00 0.07 0.12 0.01 0.06 0.01 0.19 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.08 0.14 0.03 0.50 0.01 0.39 0.28 0.32
N2 0.07 0.00 0.11 0.16 0.01 0.03 0.01 0.12 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.12 0.21 0.08 0.44 0.01 0.37 0.21 0.25
N3 0.06 0.01 0.10 0.13 0.01 0.03 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.09 0.16 0.06 0.43 0.00 0.34 0.18 0.23
N7 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.09 0.00 0.21 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.08 0.04 0.56 0.02 0.40 0.33 0.37
N9 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.10 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.45 0.01 0.30 0.16 0.22
O2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.05 0.04 0.03 0.04 0.05 0.03 0.08 0.12 0.09 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.11 0.04 0.18 0.13 0.06
O3' 0.01 0.17 0.02 0.01 0.09 0.02 0.07 0.04 0.10 0.09 0.14 0.21 0.16 0.08 0.02 0.02 0.00 0.01 0.17 0.11 0.50 0.08 0.19
O4' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.08 0.06 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.12 0.03 0.06 0.25 0.12
O5' 0.27 0.46 0.29 0.31 0.47 0.02 0.52 0.01 0.53 0.54 0.50 0.44 0.43 0.56 0.45 0.11 0.17 0.12 0.00 0.53 0.02 0.02 0.00
O6 0.01 0.01 0.04 0.10 0.00 0.11 0.01 0.26 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.11 0.03 0.53 0.00 0.40 0.35 0.36
OP1 0.18 0.37 0.34 0.47 0.34 0.15 0.38 0.29 0.40 0.36 0.39 0.37 0.34 0.40 0.30 0.18 0.50 0.06 0.02 0.40 0.00 0.01 0.00
OP2 0.12 0.23 0.09 0.08 0.21 0.28 0.29 0.38 0.32 0.24 0.28 0.21 0.18 0.33 0.16 0.13 0.08 0.25 0.02 0.35 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.27 0.15 0.22 0.26 0.08 0.33 0.01 0.34 0.31 0.32 0.25 0.23 0.37 0.22 0.06 0.19 0.12 0.00 0.36 0.00 0.00 0.00