ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48370

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.006, 0.011, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.004, 0.010, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.010 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.006, 0.017, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.009, 0.023, 0.037, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.023 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.008, 0.023, 0.038, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.023 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.009, 0.024, 0.039, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.024 std_dev=0.015
C6 A 0, 0.008, 0.024, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.024 std_dev=0.015
O2 A 0, 0.025, 0.061, 0.097, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.061 std_dev=0.036
N4 A 0, 0.025, 0.072, 0.120, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.072 std_dev=0.047
O4' A 0, 0.017, 0.072, 0.126, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.072 std_dev=0.055
C3' A 0, 0.008, 0.080, 0.152, 0.195 max_d=0.195 avg_d=0.080 std_dev=0.072
C2' A 0, 0.046, 0.120, 0.195, 0.203 max_d=0.203 avg_d=0.120 std_dev=0.074
C4' A 0, 0.038, 0.143, 0.249, 0.271 max_d=0.271 avg_d=0.143 std_dev=0.106
O3' A 0, 0.068, 0.215, 0.361, 0.408 max_d=0.408 avg_d=0.215 std_dev=0.146
C6 B 0, 0.106, 0.270, 0.434, 0.433 max_d=0.433 avg_d=0.270 std_dev=0.164
N1 B 0, 0.119, 0.284, 0.450, 0.400 max_d=0.400 avg_d=0.284 std_dev=0.165
C2 B 0, 0.129, 0.314, 0.499, 0.479 max_d=0.479 avg_d=0.314 std_dev=0.185
C5' A 0, 0.088, 0.277, 0.466, 0.534 max_d=0.534 avg_d=0.277 std_dev=0.189
O2' A 0, 0.132, 0.324, 0.517, 0.494 max_d=0.494 avg_d=0.324 std_dev=0.192
N3 B 0, 0.100, 0.296, 0.492, 0.539 max_d=0.539 avg_d=0.296 std_dev=0.196
O6 B 0, 0.119, 0.334, 0.548, 0.592 max_d=0.592 avg_d=0.334 std_dev=0.214
C5 B 0, 0.074, 0.290, 0.505, 0.602 max_d=0.602 avg_d=0.290 std_dev=0.215
C4 B 0, 0.012, 0.256, 0.499, 0.651 max_d=0.651 avg_d=0.256 std_dev=0.244
C4' B 0, 0.109, 0.366, 0.622, 0.718 max_d=0.718 avg_d=0.366 std_dev=0.256
O4' B 0, 0.098, 0.382, 0.666, 0.700 max_d=0.700 avg_d=0.382 std_dev=0.284
N2 B 0, 0.127, 0.414, 0.701, 0.798 max_d=0.798 avg_d=0.414 std_dev=0.287
N7 B 0, 0.138, 0.437, 0.736, 0.807 max_d=0.807 avg_d=0.437 std_dev=0.299
N9 B 0, 0.033, 0.344, 0.655, 0.843 max_d=0.843 avg_d=0.344 std_dev=0.311
C1' B 0, 0.025, 0.356, 0.686, 0.890 max_d=0.890 avg_d=0.356 std_dev=0.331
C8 B 0, 0.136, 0.478, 0.819, 0.963 max_d=0.963 avg_d=0.478 std_dev=0.341
C3' B 0, 0.123, 0.477, 0.832, 0.854 max_d=0.854 avg_d=0.477 std_dev=0.355
C2' B 0, 0.108, 0.493, 0.878, 1.080 max_d=1.080 avg_d=0.493 std_dev=0.385
O5' B 0, 0.121, 0.539, 0.958, 1.116 max_d=1.116 avg_d=0.539 std_dev=0.418
O2' B 0, 0.176, 0.661, 1.147, 1.358 max_d=1.358 avg_d=0.661 std_dev=0.485
O3' B 0, 0.164, 0.700, 1.236, 1.294 max_d=1.294 avg_d=0.700 std_dev=0.536
C5' B 0, 0.037, 0.588, 1.138, 1.406 max_d=1.406 avg_d=0.588 std_dev=0.550
OP2 B 0, 0.594, 1.569, 2.545, 2.506 max_d=2.506 avg_d=1.569 std_dev=0.975
O5' A 0, 0.260, 1.261, 2.262, 2.385 max_d=2.385 avg_d=1.261 std_dev=1.001
P A 0, 0.361, 1.544, 2.726, 2.715 max_d=2.715 avg_d=1.544 std_dev=1.182
P B 0, 0.807, 2.025, 3.243, 3.074 max_d=3.074 avg_d=2.025 std_dev=1.218
OP2 A 0, 0.388, 1.698, 3.009, 3.107 max_d=3.107 avg_d=1.698 std_dev=1.311
OP1 A 0, 0.424, 1.855, 3.287, 3.361 max_d=3.361 avg_d=1.855 std_dev=1.431
OP1 B 0, 1.441, 3.443, 5.445, 4.931 max_d=4.931 avg_d=3.443 std_dev=2.002

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.16 0.17 0.17 0.16
C2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.04 0.01 0.49 0.47 0.62 0.53
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.04 0.04 0.04 0.01 0.01 0.00 0.26 0.23 0.20 0.23
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.02 0.04 0.04 0.04 0.02 0.00 0.02 0.34 0.31 0.14 0.28
C4 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.05 0.01 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.04 0.02 0.69 0.76 0.95 0.82
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.01 0.06 0.03 0.04 0.06 0.03 0.03 0.04 0.01 0.02 0.12 0.22 0.04
C5 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.06 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.69 0.74 0.87 0.80
C5' 0.02 0.05 0.03 0.04 0.09 0.01 0.10 0.00 0.08 0.04 0.07 0.10 0.04 0.03 0.07 0.02 0.00 0.12 0.38 0.01
C6 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.56 0.55 0.60 0.60
N1 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.43 0.39 0.47 0.44
N3 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.05 0.01 0.61 0.64 0.83 0.70
N4 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.05 0.03 0.76 0.89 1.11 0.93
O2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.05 0.01 0.39 0.37 0.52 0.42
O2' 0.02 0.06 0.01 0.02 0.05 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.06 0.05 0.07 0.00 0.03 0.03 0.04 0.19 0.05 0.04
O3' 0.02 0.04 0.01 0.00 0.04 0.04 0.03 0.07 0.03 0.02 0.05 0.05 0.05 0.03 0.00 0.03 0.25 0.25 0.05 0.19
O4' 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.00 0.08 0.15 0.17 0.07
O5' 0.16 0.49 0.26 0.34 0.69 0.02 0.69 0.00 0.56 0.43 0.61 0.76 0.39 0.04 0.25 0.08 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.17 0.47 0.23 0.31 0.76 0.12 0.74 0.12 0.55 0.39 0.64 0.89 0.37 0.19 0.25 0.15 0.03 0.00 0.01 0.00
OP2 0.17 0.62 0.20 0.14 0.95 0.22 0.87 0.38 0.60 0.47 0.83 1.11 0.52 0.05 0.05 0.17 0.03 0.01 0.00 0.00
P 0.16 0.53 0.23 0.28 0.82 0.04 0.80 0.01 0.60 0.44 0.70 0.93 0.42 0.04 0.19 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.08 0.04 0.09 0.07 0.06 0.08 0.07 0.05 0.10 0.07 0.07 0.03 0.05 0.08 0.06 0.18 0.12 0.08 0.10 0.13 0.73 0.31 0.28
C2 0.08 0.06 0.07 0.04 0.06 0.06 0.07 0.06 0.09 0.06 0.08 0.06 0.06 0.06 0.06 0.17 0.07 0.08 0.11 0.12 0.70 0.31 0.26
C2' 0.06 0.08 0.08 0.07 0.04 0.06 0.05 0.07 0.08 0.03 0.10 0.11 0.05 0.04 0.03 0.17 0.13 0.08 0.13 0.11 0.69 0.32 0.26
C3' 0.06 0.07 0.06 0.06 0.03 0.05 0.03 0.10 0.06 0.04 0.08 0.10 0.05 0.03 0.04 0.16 0.10 0.09 0.15 0.08 0.67 0.34 0.25
C4 0.10 0.07 0.07 0.05 0.09 0.05 0.10 0.10 0.11 0.09 0.08 0.07 0.08 0.10 0.09 0.15 0.05 0.10 0.16 0.15 0.68 0.35 0.27
C4' 0.07 0.05 0.09 0.07 0.05 0.07 0.05 0.06 0.07 0.04 0.07 0.05 0.05 0.04 0.05 0.19 0.13 0.08 0.12 0.10 0.72 0.33 0.27
C5 0.10 0.07 0.08 0.05 0.09 0.06 0.10 0.10 0.12 0.11 0.08 0.07 0.08 0.12 0.10 0.16 0.06 0.10 0.15 0.16 0.72 0.36 0.29
C5' 0.09 0.06 0.08 0.05 0.07 0.07 0.06 0.09 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.18 0.10 0.10 0.14 0.09 0.71 0.34 0.26
C6 0.10 0.06 0.09 0.05 0.08 0.07 0.10 0.08 0.11 0.10 0.07 0.06 0.07 0.11 0.09 0.17 0.08 0.09 0.13 0.16 0.73 0.35 0.29
N1 0.08 0.05 0.08 0.05 0.06 0.06 0.08 0.06 0.10 0.07 0.07 0.05 0.06 0.08 0.07 0.17 0.08 0.08 0.12 0.14 0.72 0.32 0.28
N3 0.09 0.08 0.06 0.03 0.07 0.05 0.08 0.09 0.10 0.07 0.09 0.07 0.08 0.07 0.07 0.15 0.04 0.09 0.14 0.13 0.67 0.33 0.26
N4 0.11 0.08 0.07 0.06 0.09 0.05 0.11 0.12 0.12 0.10 0.08 0.07 0.09 0.11 0.10 0.13 0.07 0.11 0.17 0.16 0.65 0.36 0.27
O2 0.06 0.06 0.07 0.05 0.04 0.06 0.05 0.04 0.08 0.03 0.09 0.08 0.05 0.04 0.04 0.17 0.10 0.07 0.09 0.10 0.68 0.29 0.25
O2' 0.08 0.14 0.16 0.15 0.10 0.12 0.11 0.09 0.14 0.08 0.15 0.16 0.11 0.10 0.08 0.25 0.23 0.07 0.12 0.16 0.73 0.31 0.29
O3' 0.07 0.08 0.08 0.08 0.04 0.06 0.05 0.11 0.05 0.09 0.09 0.14 0.05 0.08 0.06 0.17 0.12 0.11 0.17 0.07 0.66 0.35 0.25
O4' 0.09 0.04 0.09 0.07 0.06 0.08 0.08 0.05 0.09 0.08 0.06 0.05 0.05 0.09 0.07 0.19 0.12 0.09 0.09 0.14 0.75 0.32 0.29
O5' 0.38 0.41 0.25 0.32 0.44 0.37 0.49 0.50 0.50 0.48 0.47 0.35 0.39 0.51 0.44 0.10 0.19 0.44 0.60 0.53 1.02 0.86 0.72
OP1 0.42 0.41 0.27 0.34 0.49 0.40 0.57 0.56 0.58 0.57 0.50 0.32 0.40 0.62 0.49 0.16 0.21 0.49 0.67 0.64 1.07 0.98 0.81
OP2 0.71 0.67 0.59 0.69 0.77 0.75 0.86 0.92 0.86 0.88 0.76 0.54 0.67 0.92 0.79 0.41 0.56 0.79 1.04 0.91 1.42 1.34 1.18
P 0.47 0.49 0.33 0.42 0.55 0.47 0.62 0.63 0.64 0.61 0.57 0.40 0.47 0.66 0.55 0.16 0.28 0.54 0.75 0.69 1.17 1.05 0.89

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.02 0.38 0.10 0.14
C2 0.03 0.00 0.08 0.12 0.01 0.03 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.11 0.04 0.15 0.01 0.63 0.27 0.22
C2' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.05 0.05 0.07 0.09 0.08 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.05 0.47 0.10 0.15
C3' 0.01 0.12 0.01 0.00 0.09 0.01 0.11 0.04 0.14 0.09 0.14 0.12 0.10 0.10 0.06 0.01 0.01 0.04 0.08 0.15 0.44 0.09 0.15
C4 0.01 0.01 0.04 0.09 0.00 0.05 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.08 0.02 0.14 0.02 0.54 0.22 0.18
C4' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.05 0.00 0.10 0.01 0.10 0.12 0.07 0.02 0.02 0.13 0.06 0.04 0.02 0.00 0.03 0.14 0.20 0.05 0.07
C5 0.01 0.00 0.02 0.11 0.00 0.10 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.11 0.01 0.22 0.02 0.58 0.31 0.25
C5' 0.01 0.09 0.03 0.04 0.12 0.01 0.20 0.00 0.21 0.21 0.16 0.06 0.07 0.24 0.12 0.06 0.06 0.02 0.01 0.26 0.09 0.01 0.02
C6 0.01 0.01 0.05 0.14 0.01 0.10 0.01 0.21 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.13 0.01 0.26 0.01 0.66 0.39 0.30
C8 0.01 0.01 0.05 0.09 0.00 0.12 0.01 0.21 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.11 0.03 0.18 0.04 0.41 0.17 0.15
N1 0.02 0.00 0.07 0.14 0.01 0.07 0.01 0.16 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07 0.13 0.03 0.22 0.01 0.67 0.35 0.28
N2 0.04 0.00 0.09 0.12 0.01 0.02 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.08 0.12 0.06 0.13 0.02 0.64 0.26 0.22
N3 0.02 0.01 0.08 0.10 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.09 0.04 0.11 0.00 0.57 0.21 0.18
N7 0.01 0.01 0.03 0.10 0.00 0.13 0.01 0.24 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.11 0.02 0.24 0.04 0.51 0.30 0.25
N9 0.01 0.01 0.01 0.06 0.00 0.06 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.10 0.03 0.45 0.13 0.13
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.05 0.04 0.04 0.06 0.05 0.03 0.07 0.08 0.07 0.04 0.03 0.00 0.03 0.04 0.07 0.04 0.38 0.08 0.11
O3' 0.02 0.11 0.02 0.01 0.08 0.02 0.11 0.06 0.13 0.11 0.13 0.12 0.09 0.11 0.06 0.03 0.00 0.02 0.12 0.16 0.42 0.12 0.17
O4' 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.06 0.04 0.02 0.01 0.04 0.02 0.00 0.14 0.03 0.29 0.18 0.22
O5' 0.04 0.15 0.05 0.08 0.14 0.03 0.22 0.01 0.26 0.18 0.22 0.13 0.11 0.24 0.10 0.07 0.12 0.14 0.00 0.31 0.02 0.01 0.01
O6 0.02 0.01 0.05 0.15 0.02 0.14 0.02 0.26 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.04 0.03 0.04 0.16 0.03 0.31 0.00 0.69 0.47 0.37
OP1 0.38 0.63 0.47 0.44 0.54 0.20 0.58 0.09 0.66 0.41 0.67 0.64 0.57 0.51 0.45 0.38 0.42 0.29 0.02 0.69 0.00 0.02 0.00
OP2 0.10 0.27 0.10 0.09 0.22 0.05 0.31 0.01 0.39 0.17 0.35 0.26 0.21 0.30 0.13 0.08 0.12 0.18 0.01 0.47 0.02 0.00 0.01
P 0.14 0.22 0.15 0.15 0.18 0.07 0.25 0.02 0.30 0.15 0.28 0.22 0.18 0.25 0.13 0.11 0.17 0.22 0.01 0.37 0.00 0.01 0.00