ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48371

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.005, 0.011, 0.018, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.005, 0.013, 0.021, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.006, 0.018, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.018 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.009, 0.021, 0.033, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.021 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.009, 0.022, 0.035, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.022 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.010, 0.025, 0.039, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.025 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.012, 0.029, 0.046, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.029 std_dev=0.017
O2 A 0, 0.018, 0.046, 0.074, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.046 std_dev=0.028
N4 A 0, 0.027, 0.068, 0.110, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.068 std_dev=0.042
O2' A 0, 0.043, 0.223, 0.404, 0.503 max_d=0.503 avg_d=0.223 std_dev=0.181
C1' B 0, 0.107, 0.322, 0.536, 0.568 max_d=0.568 avg_d=0.322 std_dev=0.215
O4' A 0, -0.025, 0.206, 0.437, 0.598 max_d=0.598 avg_d=0.206 std_dev=0.231
C2' A 0, -0.008, 0.224, 0.456, 0.612 max_d=0.612 avg_d=0.224 std_dev=0.232
N3 B 0, 0.179, 0.425, 0.671, 0.594 max_d=0.594 avg_d=0.425 std_dev=0.246
N9 B 0, 0.161, 0.425, 0.688, 0.660 max_d=0.660 avg_d=0.425 std_dev=0.263
C2 B 0, 0.197, 0.476, 0.756, 0.683 max_d=0.683 avg_d=0.476 std_dev=0.280
C4 B 0, 0.198, 0.478, 0.758, 0.711 max_d=0.711 avg_d=0.478 std_dev=0.280
N2 B 0, 0.203, 0.502, 0.801, 0.742 max_d=0.742 avg_d=0.502 std_dev=0.299
C4' A 0, -0.002, 0.372, 0.747, 0.980 max_d=0.980 avg_d=0.372 std_dev=0.375
C3' A 0, 0.004, 0.387, 0.770, 1.013 max_d=1.013 avg_d=0.387 std_dev=0.383
C8 B 0, 0.248, 0.649, 1.051, 1.083 max_d=1.083 avg_d=0.649 std_dev=0.401
N1 B 0, 0.220, 0.633, 1.047, 1.038 max_d=1.038 avg_d=0.633 std_dev=0.414
C5 B 0, 0.251, 0.702, 1.153, 1.144 max_d=1.144 avg_d=0.702 std_dev=0.451
O3' A 0, 0.025, 0.572, 1.118, 1.457 max_d=1.457 avg_d=0.572 std_dev=0.547
C6 B 0, 0.248, 0.796, 1.344, 1.316 max_d=1.316 avg_d=0.796 std_dev=0.548
N7 B 0, 0.275, 0.833, 1.392, 1.427 max_d=1.427 avg_d=0.833 std_dev=0.559
O4' B 0, 0.280, 0.860, 1.440, 1.613 max_d=1.613 avg_d=0.860 std_dev=0.580
C5' A 0, 0.020, 0.621, 1.223, 1.599 max_d=1.599 avg_d=0.621 std_dev=0.602
O6 B 0, 0.267, 1.023, 1.778, 1.786 max_d=1.786 avg_d=1.023 std_dev=0.756
C3' B 0, 0.384, 1.286, 2.189, 2.547 max_d=2.547 avg_d=1.286 std_dev=0.903
O3' B 0, 0.600, 1.504, 2.409, 2.401 max_d=2.401 avg_d=1.504 std_dev=0.905
C2' B 0, -0.048, 0.880, 1.808, 2.441 max_d=2.441 avg_d=0.880 std_dev=0.928
C4' B 0, 0.454, 1.404, 2.354, 2.663 max_d=2.663 avg_d=1.404 std_dev=0.950
O2' B 0, -0.118, 1.248, 2.613, 3.474 max_d=3.474 avg_d=1.248 std_dev=1.366
C5' B 0, 0.566, 2.150, 3.734, 4.472 max_d=4.472 avg_d=2.150 std_dev=1.584
O5' A 0, -0.384, 1.236, 2.856, 4.014 max_d=4.014 avg_d=1.236 std_dev=1.620
O5' B 0, 0.176, 2.288, 4.400, 5.736 max_d=5.736 avg_d=2.288 std_dev=2.112
P A 0, -0.397, 1.798, 3.992, 5.523 max_d=5.523 avg_d=1.798 std_dev=2.194
OP2 A 0, 0.318, 2.858, 5.399, 6.668 max_d=6.668 avg_d=2.858 std_dev=2.540
OP1 A 0, 0.064, 2.993, 5.923, 7.497 max_d=7.497 avg_d=2.993 std_dev=2.929
P B 0, 0.789, 3.961, 7.133, 8.863 max_d=8.863 avg_d=3.961 std_dev=3.172
OP1 B 0, 0.943, 4.482, 8.022, 9.901 max_d=9.901 avg_d=4.482 std_dev=3.539
OP2 B 0, 0.985, 4.531, 8.077, 9.947 max_d=9.947 avg_d=4.531 std_dev=3.546

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.17 0.54 0.17 0.24
C2 0.01 0.00 0.11 0.13 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.15 0.03 0.41 0.86 0.69 0.51
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.08 0.02 0.10 0.04 0.19 0.00 0.01 0.00 0.28 0.46 0.21 0.27
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.10 0.04 0.12 0.08 0.19 0.01 0.01 0.01 0.38 0.57 0.19 0.33
C4 0.00 0.01 0.04 0.07 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.10 0.01 0.59 1.24 1.06 0.78
C4' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.05 0.03 0.05 0.05 0.05 0.02 0.02 0.00 0.01 0.22 0.21 0.01
C5 0.01 0.01 0.06 0.08 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.08 0.02 0.62 1.35 1.00 0.82
C5' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.09 0.00 0.10 0.00 0.08 0.06 0.08 0.10 0.06 0.02 0.01 0.00 0.01 0.36 0.34 0.01
C6 0.01 0.01 0.08 0.10 0.01 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.09 0.03 0.54 1.17 0.74 0.68
N1 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.40 0.87 0.56 0.49
N3 0.00 0.00 0.10 0.12 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.15 0.03 0.50 1.04 0.93 0.65
N4 0.00 0.01 0.04 0.08 0.00 0.05 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.11 0.02 0.62 1.33 1.21 0.85
O2 0.01 0.00 0.19 0.19 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.14 0.22 0.05 0.31 0.67 0.57 0.39
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.06 0.01 0.06 0.02 0.14 0.00 0.04 0.03 0.03 0.17 0.18 0.03
O3' 0.01 0.15 0.01 0.01 0.10 0.02 0.08 0.01 0.09 0.04 0.15 0.11 0.22 0.04 0.00 0.01 0.29 0.65 0.19 0.26
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.05 0.03 0.01 0.00 0.03 0.43 0.14 0.14
O5' 0.17 0.41 0.28 0.38 0.59 0.01 0.62 0.01 0.54 0.40 0.50 0.62 0.31 0.03 0.29 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.54 0.86 0.46 0.57 1.24 0.22 1.35 0.36 1.17 0.87 1.04 1.33 0.67 0.17 0.65 0.43 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.17 0.69 0.21 0.19 1.06 0.21 1.00 0.34 0.74 0.56 0.93 1.21 0.57 0.18 0.19 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.24 0.51 0.27 0.33 0.78 0.01 0.82 0.01 0.68 0.49 0.65 0.85 0.39 0.03 0.26 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.08 0.11 0.63 0.49 0.11 0.12 0.15 0.19 0.17 0.14 0.15 0.12 0.11 0.17 0.10 0.52 0.30 0.28 0.64 0.22 0.72 1.12 0.62
C2 0.08 0.10 0.55 0.45 0.10 0.11 0.15 0.17 0.18 0.13 0.14 0.14 0.10 0.17 0.09 0.40 0.26 0.26 0.70 0.23 0.58 1.24 0.70
C2' 0.31 0.23 0.86 0.65 0.21 0.15 0.18 0.16 0.19 0.19 0.18 0.30 0.26 0.18 0.23 0.85 0.40 0.09 0.69 0.25 0.71 1.09 0.59
C3' 0.29 0.23 0.81 0.63 0.21 0.17 0.18 0.18 0.19 0.19 0.17 0.29 0.26 0.18 0.22 0.76 0.39 0.08 0.76 0.26 0.64 1.22 0.70
C4 0.08 0.12 0.34 0.44 0.11 0.15 0.15 0.23 0.15 0.16 0.12 0.16 0.11 0.18 0.11 0.12 0.23 0.21 0.96 0.19 0.53 1.75 1.11
C4' 0.08 0.10 0.61 0.47 0.10 0.12 0.14 0.19 0.17 0.13 0.13 0.13 0.10 0.16 0.09 0.49 0.30 0.25 0.67 0.22 0.71 1.17 0.66
C5 0.08 0.11 0.36 0.46 0.11 0.15 0.15 0.24 0.15 0.16 0.12 0.15 0.11 0.18 0.11 0.12 0.25 0.21 0.98 0.18 0.56 1.79 1.13
C5' 0.02 0.09 0.51 0.44 0.09 0.17 0.15 0.24 0.17 0.15 0.13 0.10 0.07 0.18 0.09 0.33 0.33 0.26 0.73 0.23 0.68 1.32 0.79
C6 0.07 0.11 0.46 0.47 0.11 0.13 0.14 0.21 0.15 0.15 0.12 0.14 0.10 0.17 0.10 0.22 0.26 0.24 0.87 0.19 0.53 1.58 0.96
N1 0.07 0.10 0.54 0.47 0.10 0.11 0.14 0.18 0.16 0.14 0.13 0.13 0.10 0.16 0.10 0.37 0.28 0.26 0.74 0.21 0.58 1.32 0.76
N3 0.07 0.11 0.44 0.43 0.10 0.11 0.15 0.18 0.17 0.15 0.12 0.16 0.10 0.18 0.10 0.23 0.23 0.24 0.82 0.23 0.48 1.47 0.88
N4 0.09 0.12 0.23 0.43 0.11 0.18 0.14 0.28 0.14 0.17 0.13 0.17 0.10 0.19 0.12 0.20 0.23 0.19 1.09 0.17 0.66 2.00 1.31
O2 0.09 0.10 0.64 0.45 0.10 0.12 0.15 0.19 0.19 0.13 0.17 0.12 0.10 0.16 0.09 0.58 0.29 0.29 0.55 0.24 0.76 0.96 0.50
O2' 0.31 0.22 0.92 0.63 0.21 0.09 0.18 0.12 0.19 0.20 0.18 0.27 0.26 0.18 0.24 0.99 0.38 0.14 0.55 0.25 0.88 0.85 0.43
O3' 0.41 0.29 0.93 0.70 0.28 0.23 0.23 0.19 0.22 0.26 0.21 0.36 0.34 0.23 0.31 0.94 0.45 0.07 0.75 0.28 0.68 1.15 0.64
O4' 0.08 0.11 0.49 0.40 0.13 0.18 0.17 0.22 0.18 0.17 0.15 0.08 0.11 0.19 0.13 0.31 0.30 0.35 0.63 0.21 0.72 1.17 0.66
O5' 0.28 0.36 0.68 0.61 0.36 0.26 0.43 0.38 0.47 0.39 0.44 0.34 0.32 0.44 0.34 0.41 0.35 0.09 1.07 0.53 0.59 1.67 1.12
OP1 0.85 0.94 0.97 0.97 1.00 0.84 1.15 0.96 1.21 1.10 1.11 0.82 0.90 1.20 0.98 0.64 0.70 0.83 1.52 1.35 1.04 2.11 1.56
OP2 0.84 0.81 1.15 1.10 0.90 0.83 1.00 0.95 1.03 1.00 0.93 0.72 0.80 1.05 0.91 0.86 0.75 0.71 1.64 1.12 1.10 2.30 1.75
P 0.42 0.52 0.75 0.71 0.54 0.39 0.64 0.54 0.70 0.59 0.63 0.47 0.47 0.67 0.51 0.39 0.28 0.26 1.30 0.79 0.66 1.97 1.37

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.05 0.03 0.02 0.05 0.08 0.07 0.00 0.00 0.02 0.30 0.01 0.37 0.02 0.30 0.46 0.29
C2 0.07 0.00 0.49 0.36 0.01 0.13 0.01 0.15 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.35 0.25 0.30 0.58 0.01 0.48 0.99 0.51
C2' 0.00 0.49 0.00 0.00 0.26 0.01 0.14 0.19 0.23 0.20 0.39 0.57 0.48 0.09 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.18 0.37 0.26 0.10
C3' 0.01 0.36 0.00 0.00 0.31 0.00 0.37 0.01 0.41 0.32 0.40 0.35 0.31 0.37 0.23 0.02 0.01 0.02 0.07 0.43 0.38 0.40 0.19
C4 0.03 0.01 0.26 0.31 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.10 0.10 0.15 0.76 0.01 0.14 1.21 0.75
C4' 0.01 0.13 0.01 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.10 0.27 0.07 0.21 0.14 0.24 0.10 0.26 0.02 0.00 0.01 0.14 0.51 0.28 0.19
C5 0.02 0.01 0.14 0.37 0.00 0.12 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.22 0.08 0.05 1.04 0.01 0.43 1.76 1.16
C5' 0.05 0.15 0.19 0.01 0.06 0.00 0.15 0.00 0.13 0.30 0.09 0.24 0.16 0.30 0.08 0.07 0.18 0.00 0.00 0.20 0.10 0.17 0.00
C6 0.03 0.01 0.23 0.41 0.01 0.10 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.12 0.11 1.03 0.00 0.41 1.82 1.16
C8 0.02 0.00 0.20 0.32 0.01 0.27 0.01 0.30 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.46 0.18 0.19 1.18 0.01 0.74 1.83 1.35
N1 0.05 0.00 0.39 0.40 0.01 0.07 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.19 0.18 0.21 0.82 0.01 0.25 1.43 0.84
N2 0.08 0.00 0.57 0.35 0.01 0.21 0.00 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.52 0.34 0.37 0.42 0.01 0.77 0.74 0.33
N3 0.07 0.00 0.48 0.31 0.00 0.14 0.01 0.16 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.36 0.26 0.30 0.50 0.01 0.50 0.81 0.41
N7 0.00 0.01 0.09 0.37 0.00 0.24 0.00 0.30 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.44 0.18 0.11 1.27 0.01 0.85 2.16 1.52
N9 0.00 0.02 0.03 0.23 0.01 0.10 0.01 0.08 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.18 0.08 0.00 0.79 0.01 0.15 1.15 0.79
O2' 0.02 0.35 0.00 0.02 0.10 0.26 0.22 0.07 0.17 0.46 0.19 0.52 0.36 0.44 0.18 0.00 0.04 0.20 0.07 0.25 0.27 0.29 0.09
O3' 0.30 0.25 0.02 0.01 0.10 0.02 0.08 0.18 0.12 0.18 0.18 0.34 0.26 0.18 0.08 0.04 0.00 0.20 0.12 0.16 0.49 0.64 0.32
O4' 0.01 0.30 0.02 0.02 0.15 0.00 0.05 0.00 0.11 0.19 0.21 0.37 0.30 0.11 0.00 0.20 0.20 0.00 0.38 0.06 0.36 0.37 0.26
O5' 0.37 0.58 0.02 0.07 0.76 0.01 1.04 0.00 1.03 1.18 0.82 0.42 0.50 1.27 0.79 0.07 0.12 0.38 0.00 1.17 0.01 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.18 0.43 0.01 0.14 0.01 0.20 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.25 0.16 0.06 1.17 0.00 0.64 2.14 1.39
OP1 0.30 0.48 0.37 0.38 0.14 0.51 0.43 0.10 0.41 0.74 0.25 0.77 0.50 0.85 0.15 0.27 0.49 0.36 0.01 0.64 0.00 0.01 0.00
OP2 0.46 0.99 0.26 0.40 1.21 0.28 1.76 0.17 1.82 1.83 1.43 0.74 0.81 2.16 1.15 0.29 0.64 0.37 0.02 2.14 0.01 0.00 0.01
P 0.29 0.51 0.10 0.19 0.75 0.19 1.16 0.00 1.16 1.35 0.84 0.33 0.41 1.52 0.79 0.09 0.32 0.26 0.00 1.39 0.00 0.01 0.00