Doublet Group distance statistics: 48372

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
N3	A	0, 0.001, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C5	A	0, 0.001, 0.005, 0.009, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.004
N1	A	0, 0.006, 0.022, 0.039, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.022 std_dev=0.017
C1'	A	0, 0.005, 0.026, 0.048, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.026 std_dev=0.021
C6	A	0, 0.005, 0.026, 0.048, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.026 std_dev=0.022
C2	A	0, 0.005, 0.027, 0.050, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.027 std_dev=0.023
C4	A	0, 0.005, 0.028, 0.051, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.028 std_dev=0.023
O2	A	0, 0.014, 0.064, 0.114, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.064 std_dev=0.050
N4	A	0, 0.012, 0.085, 0.158, 0.178 max_d=0.178 avg_d=0.085 std_dev=0.073
N9	B	0, 0.113, 0.424, 0.735, 0.736 max_d=0.736 avg_d=0.424 std_dev=0.311
C4	B	0, 0.115, 0.427, 0.738, 0.735 max_d=0.735 avg_d=0.427 std_dev=0.312
C8	B	0, 0.129, 0.454, 0.779, 0.744 max_d=0.744 avg_d=0.454 std_dev=0.325
N3	B	0, 0.106, 0.438, 0.770, 0.804 max_d=0.804 avg_d=0.438 std_dev=0.332
C5	B	0, 0.132, 0.465, 0.797, 0.759 max_d=0.759 avg_d=0.465 std_dev=0.332
N7	B	0, 0.141, 0.487, 0.833, 0.772 max_d=0.772 avg_d=0.487 std_dev=0.346
C1'	B	0, 0.108, 0.461, 0.814, 0.857 max_d=0.857 avg_d=0.461 std_dev=0.353
C2	B	0, 0.112, 0.472, 0.831, 0.871 max_d=0.871 avg_d=0.472 std_dev=0.359
C6	B	0, 0.145, 0.517, 0.890, 0.863 max_d=0.863 avg_d=0.517 std_dev=0.373
O4'	A	0, 0.145, 0.520, 0.895, 0.869 max_d=0.869 avg_d=0.520 std_dev=0.375
N1	B	0, 0.134, 0.512, 0.890, 0.900 max_d=0.900 avg_d=0.512 std_dev=0.378
C2'	A	0, 0.148, 0.528, 0.908, 0.877 max_d=0.877 avg_d=0.528 std_dev=0.380
N2	B	0, 0.108, 0.517, 0.927, 1.002 max_d=1.002 avg_d=0.517 std_dev=0.410
O6	B	0, 0.166, 0.593, 1.020, 0.990 max_d=0.990 avg_d=0.593 std_dev=0.427
O2'	A	0, 0.165, 0.594, 1.023, 0.997 max_d=0.997 avg_d=0.594 std_dev=0.429
C4'	A	0, 0.224, 0.801, 1.377, 1.335 max_d=1.335 avg_d=0.801 std_dev=0.577
C3'	A	0, 0.237, 0.848, 1.459, 1.414 max_d=1.414 avg_d=0.848 std_dev=0.611
O3'	A	0, 0.345, 1.227, 2.109, 2.033 max_d=2.033 avg_d=1.227 std_dev=0.882
C5'	A	0, 0.364, 1.306, 2.247, 2.184 max_d=2.184 avg_d=1.306 std_dev=0.941
C2'	B	0, 0.466, 1.652, 2.839, 2.734 max_d=2.734 avg_d=1.652 std_dev=1.187
O2'	B	0, 0.481, 1.833, 3.185, 3.221 max_d=3.221 avg_d=1.833 std_dev=1.352
O4'	B	0, 0.562, 1.967, 3.373, 3.197 max_d=3.197 avg_d=1.967 std_dev=1.405
O5'	A	0, 0.436, 1.860, 3.284, 3.458 max_d=3.458 avg_d=1.860 std_dev=1.424
OP2	A	0, 0.413, 1.999, 3.584, 3.879 max_d=3.879 avg_d=1.999 std_dev=1.586
P	A	0, 0.541, 2.257, 3.974, 4.159 max_d=4.159 avg_d=2.257 std_dev=1.717
C4'	B	0, 0.788, 2.709, 4.630, 4.233 max_d=4.233 avg_d=2.709 std_dev=1.921
C3'	B	0, 0.837, 2.865, 4.894, 4.416 max_d=4.416 avg_d=2.865 std_dev=2.028
OP1	A	0, 0.705, 2.792, 4.880, 5.019 max_d=5.019 avg_d=2.792 std_dev=2.088
O3'	B	0, 1.131, 3.889, 6.646, 6.084 max_d=6.084 avg_d=3.889 std_dev=2.757
C5'	B	0, 1.293, 4.426, 7.558, 6.806 max_d=6.806 avg_d=4.426 std_dev=3.133
O5'	B	0, 1.308, 4.468, 7.627, 6.772 max_d=6.772 avg_d=4.468 std_dev=3.160
OP2	B	0, 1.777, 6.068, 10.359, 9.146 max_d=9.146 avg_d=6.068 std_dev=4.291
P	B	0, 1.814, 6.194, 10.574, 9.354 max_d=9.354 avg_d=6.194 std_dev=4.380
OP1	B	0, 2.047, 6.991, 11.935, 10.559 max_d=10.559 avg_d=6.991 std_dev=4.944

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.13	0.13	0.25	0.04
C2	0.00	0.00	0.10	0.08	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.10	0.10	0.04	0.31	0.20	0.12	0.14
C2'	0.00	0.10	0.00	0.00	0.03	0.01	0.04	0.01	0.07	0.01	0.08	0.04	0.16	0.00	0.01	0.00	0.25	0.30	0.07	0.17
C3'	0.01	0.08	0.00	0.00	0.02	0.00	0.07	0.01	0.10	0.02	0.07	0.03	0.13	0.01	0.00	0.00	0.35	0.39	0.04	0.27
C4	0.01	0.00	0.03	0.02	0.00	0.03	0.00	0.05	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.04	0.03	0.03	0.53	0.32	0.14	0.34
C4'	0.00	0.01	0.01	0.00	0.03	0.00	0.05	0.00	0.05	0.01	0.01	0.03	0.04	0.03	0.01	0.00	0.01	0.12	0.28	0.02
C5	0.01	0.00	0.04	0.07	0.00	0.05	0.00	0.07	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.02	0.09	0.01	0.60	0.34	0.19	0.40
C5'	0.01	0.01	0.01	0.01	0.05	0.00	0.07	0.00	0.06	0.03	0.03	0.06	0.01	0.03	0.02	0.00	0.01	0.10	0.32	0.01
C6	0.00	0.00	0.07	0.10	0.01	0.05	0.00	0.06	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.04	0.12	0.02	0.52	0.29	0.07	0.31
N1	0.00	0.00	0.01	0.02	0.00	0.01	0.00	0.03	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.02	0.02	0.01	0.34	0.21	0.13	0.16
N3	0.00	0.00	0.08	0.07	0.00	0.01	0.00	0.03	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.09	0.09	0.04	0.42	0.26	0.05	0.23
N4	0.01	0.00	0.04	0.03	0.00	0.03	0.01	0.06	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.05	0.04	0.04	0.58	0.35	0.24	0.41
O2	0.01	0.00	0.16	0.13	0.00	0.04	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.16	0.17	0.04	0.20	0.15	0.20	0.05
O2'	0.01	0.10	0.00	0.01	0.04	0.03	0.02	0.03	0.04	0.02	0.09	0.05	0.16	0.00	0.01	0.02	0.08	0.23	0.15	0.06
O3'	0.00	0.10	0.01	0.00	0.03	0.01	0.09	0.02	0.12	0.02	0.09	0.04	0.17	0.01	0.00	0.01	0.29	0.47	0.12	0.30
O4'	0.00	0.04	0.00	0.00	0.03	0.00	0.01	0.00	0.02	0.01	0.04	0.04	0.04	0.02	0.01	0.00	0.06	0.01	0.41	0.14
O5'	0.13	0.31	0.25	0.35	0.53	0.01	0.60	0.01	0.52	0.34	0.42	0.58	0.20	0.08	0.29	0.06	0.00	0.02	0.02	0.00
OP1	0.13	0.20	0.30	0.39	0.32	0.12	0.34	0.10	0.29	0.21	0.26	0.35	0.15	0.23	0.47	0.01	0.02	0.00	0.01	0.00
OP2	0.25	0.12	0.07	0.04	0.14	0.28	0.19	0.32	0.07	0.13	0.05	0.24	0.20	0.15	0.12	0.41	0.02	0.01	0.00	0.00
P	0.04	0.14	0.17	0.27	0.34	0.02	0.40	0.01	0.31	0.16	0.23	0.41	0.05	0.06	0.30	0.14	0.00	0.00	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.14	0.09	0.26	0.69	0.08	0.71	0.04	1.13	0.06	0.05	0.02	0.16	0.12	0.05	0.09	0.17	0.73	0.42	0.85	0.13	1.79	0.83	1.15
C2	0.14	0.15	0.21	0.50	0.09	0.57	0.03	0.94	0.03	0.04	0.05	0.24	0.15	0.03	0.09	0.22	0.50	0.38	0.69	0.11	1.55	0.67	0.95
C2'	0.27	0.20	0.48	0.97	0.21	0.91	0.17	1.34	0.16	0.20	0.15	0.24	0.24	0.17	0.23	0.26	1.05	0.56	1.05	0.18	1.95	1.00	1.33
C3'	0.37	0.25	0.64	1.08	0.27	0.97	0.20	1.34	0.14	0.26	0.15	0.29	0.31	0.20	0.31	0.45	1.21	0.61	1.02	0.14	1.87	0.91	1.25
C4	0.10	0.16	0.19	0.33	0.08	0.36	0.02	0.60	0.02	0.01	0.10	0.23	0.14	0.03	0.06	0.18	0.35	0.23	0.35	0.09	1.06	0.41	0.53
C4'	0.27	0.17	0.49	0.92	0.18	0.87	0.11	1.26	0.08	0.16	0.08	0.21	0.22	0.11	0.21	0.31	1.03	0.53	0.94	0.12	1.85	0.85	1.21
C5	0.09	0.14	0.21	0.40	0.07	0.39	0.02	0.64	0.04	0.01	0.08	0.20	0.13	0.04	0.05	0.17	0.44	0.22	0.36	0.11	1.11	0.42	0.55
C5'	0.29	0.17	0.53	0.92	0.19	0.84	0.11	1.19	0.07	0.17	0.07	0.22	0.23	0.12	0.22	0.38	1.04	0.51	0.85	0.14	1.71	0.73	1.08
C6	0.10	0.12	0.23	0.51	0.06	0.49	0.02	0.80	0.05	0.00	0.05	0.19	0.12	0.04	0.06	0.17	0.55	0.27	0.52	0.12	1.34	0.50	0.74
N1	0.12	0.12	0.23	0.57	0.07	0.59	0.01	0.95	0.04	0.02	0.02	0.19	0.13	0.03	0.07	0.18	0.59	0.35	0.68	0.12	1.55	0.65	0.94
N3	0.13	0.18	0.19	0.38	0.10	0.45	0.04	0.75	0.01	0.04	0.11	0.25	0.16	0.03	0.09	0.21	0.37	0.32	0.50	0.09	1.27	0.50	0.72
N4	0.08	0.16	0.16	0.22	0.08	0.23	0.02	0.41	0.03	0.02	0.13	0.21	0.13	0.04	0.05	0.16	0.25	0.17	0.22	0.06	0.80	0.46	0.38
O2	0.16	0.15	0.20	0.55	0.10	0.67	0.04	1.10	0.04	0.06	0.05	0.24	0.16	0.04	0.11	0.27	0.52	0.46	0.87	0.11	1.78	0.88	1.18
O2'	0.25	0.20	0.44	1.01	0.21	0.98	0.19	1.47	0.19	0.20	0.19	0.22	0.23	0.19	0.23	0.18	1.10	0.60	1.21	0.21	2.17	1.21	1.55
O3'	0.48	0.32	0.81	1.29	0.36	1.13	0.27	1.50	0.19	0.34	0.21	0.34	0.40	0.27	0.40	0.63	1.47	0.72	1.17	0.16	2.01	1.03	1.40
O4'	0.16	0.11	0.30	0.70	0.09	0.71	0.02	1.11	0.04	0.05	0.01	0.17	0.14	0.03	0.10	0.20	0.76	0.42	0.81	0.12	1.74	0.76	1.10
O5'	0.67	0.56	0.82	1.11	0.60	1.04	0.56	1.29	0.51	0.61	0.52	0.55	0.61	0.57	0.63	0.71	1.19	0.80	0.91	0.47	1.68	0.61	1.05
OP1	0.70	0.53	0.93	1.19	0.58	1.07	0.49	1.27	0.41	0.57	0.44	0.54	0.61	0.50	0.62	0.86	1.32	0.80	0.85	0.32	1.59	0.49	0.95
OP2	0.45	0.32	0.62	0.83	0.37	0.75	0.31	0.94	0.25	0.37	0.25	0.32	0.38	0.33	0.40	0.55	0.90	0.54	0.54	0.20	1.27	0.24	0.64
P	0.57	0.45	0.74	0.99	0.49	0.91	0.44	1.13	0.38	0.49	0.39	0.45	0.50	0.44	0.52	0.66	1.09	0.68	0.73	0.34	1.49	0.40	0.84

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.04	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.10	0.01	0.11	0.13	0.11
C2	0.01	0.00	0.04	0.38	0.00	0.46	0.00	0.79	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.17	0.32	0.30	0.59	0.01	1.21	0.55	0.76
C2'	0.00	0.04	0.00	0.00	0.04	0.02	0.08	0.01	0.08	0.08	0.06	0.05	0.03	0.09	0.05	0.00	0.02	0.01	0.14	0.10	0.04	0.19	0.12
C3'	0.01	0.38	0.00	0.00	0.11	0.00	0.10	0.02	0.10	0.33	0.23	0.52	0.38	0.28	0.10	0.01	0.01	0.02	0.22	0.12	0.13	0.29	0.18
C4	0.01	0.00	0.04	0.11	0.00	0.18	0.00	0.33	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.08	0.09	0.16	0.21	0.01	0.55	0.25	0.28
C4'	0.00	0.46	0.02	0.00	0.18	0.00	0.04	0.00	0.14	0.28	0.32	0.59	0.44	0.19	0.03	0.07	0.01	0.00	0.00	0.08	0.03	0.02	0.00
C5	0.01	0.00	0.08	0.10	0.00	0.04	0.00	0.14	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.06	0.16	0.07	0.19	0.00	0.38	0.38	0.25
C5'	0.04	0.79	0.01	0.02	0.33	0.00	0.14	0.00	0.30	0.40	0.59	1.01	0.71	0.28	0.06	0.06	0.01	0.01	0.01	0.21	0.02	0.01	0.01
C6	0.01	0.01	0.08	0.10	0.00	0.14	0.00	0.30	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.10	0.15	0.14	0.18	0.00	0.63	0.33	0.28
C8	0.01	0.00	0.08	0.33	0.00	0.28	0.00	0.40	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.07	0.32	0.16	0.60	0.00	0.41	0.73	0.65
N1	0.01	0.00	0.06	0.23	0.00	0.32	0.00	0.59	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.14	0.19	0.23	0.40	0.01	1.02	0.39	0.56
N2	0.02	0.00	0.05	0.52	0.00	0.59	0.00	1.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.21	0.48	0.36	0.80	0.01	1.56	0.78	1.04
N3	0.01	0.00	0.03	0.38	0.00	0.44	0.00	0.71	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.15	0.31	0.29	0.53	0.01	1.01	0.47	0.65
N7	0.00	0.00	0.09	0.28	0.00	0.19	0.00	0.28	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.05	0.31	0.08	0.51	0.00	0.32	0.76	0.60
N9	0.00	0.00	0.05	0.10	0.00	0.03	0.00	0.06	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.11	0.01	0.20	0.00	0.17	0.29	0.22
O2'	0.01	0.17	0.00	0.01	0.08	0.07	0.06	0.06	0.10	0.07	0.14	0.21	0.15	0.05	0.01	0.00	0.03	0.04	0.09	0.10	0.14	0.10	0.09
O3'	0.01	0.32	0.02	0.01	0.09	0.01	0.16	0.01	0.15	0.32	0.19	0.48	0.31	0.31	0.11	0.03	0.00	0.01	0.24	0.21	0.30	0.37	0.25
O4'	0.01	0.30	0.01	0.02	0.16	0.00	0.07	0.01	0.14	0.16	0.23	0.36	0.29	0.08	0.01	0.04	0.01	0.00	0.11	0.10	0.13	0.15	0.10
O5'	0.10	0.59	0.14	0.22	0.21	0.00	0.19	0.01	0.18	0.60	0.40	0.80	0.53	0.51	0.20	0.09	0.24	0.11	0.00	0.17	0.01	0.02	0.00
O6	0.01	0.01	0.10	0.12	0.01	0.08	0.00	0.21	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.10	0.21	0.10	0.17	0.00	0.52	0.42	0.26
OP1	0.11	1.21	0.04	0.13	0.55	0.03	0.38	0.02	0.63	0.41	1.02	1.56	1.01	0.32	0.17	0.14	0.30	0.13	0.01	0.52	0.00	0.01	0.00
OP2	0.13	0.55	0.19	0.29	0.25	0.02	0.38	0.01	0.33	0.73	0.39	0.78	0.47	0.76	0.29	0.10	0.37	0.15	0.02	0.42	0.01	0.00	0.00
P	0.11	0.76	0.12	0.18	0.28	0.00	0.25	0.01	0.28	0.65	0.56	1.04	0.65	0.60	0.22	0.09	0.25	0.10	0.00	0.26	0.00	0.00	0.00