ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48373

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.012 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.001, 0.010, 0.019, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.010 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.005, 0.018, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.018 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.005, 0.018, 0.032, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.018 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.004, 0.018, 0.032, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.018 std_dev=0.014
O2 A 0, 0.011, 0.048, 0.085, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.048 std_dev=0.037
N4 A 0, 0.008, 0.050, 0.092, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.050 std_dev=0.042
O4' A 0, 0.002, 0.077, 0.152, 0.179 max_d=0.179 avg_d=0.077 std_dev=0.075
C2' A 0, 0.001, 0.079, 0.157, 0.186 max_d=0.186 avg_d=0.079 std_dev=0.078
O2' A 0, 0.019, 0.133, 0.246, 0.277 max_d=0.277 avg_d=0.133 std_dev=0.114
N1 B 0, 0.007, 0.121, 0.235, 0.274 max_d=0.274 avg_d=0.121 std_dev=0.114
C4' A 0, 0.001, 0.120, 0.240, 0.284 max_d=0.284 avg_d=0.120 std_dev=0.120
C3' A 0, 0.008, 0.129, 0.250, 0.290 max_d=0.290 avg_d=0.129 std_dev=0.121
O5' A 0, 0.039, 0.201, 0.363, 0.398 max_d=0.398 avg_d=0.201 std_dev=0.162
C4 B 0, 0.069, 0.236, 0.404, 0.365 max_d=0.365 avg_d=0.236 std_dev=0.167
C5' A 0, -0.003, 0.171, 0.345, 0.410 max_d=0.410 avg_d=0.171 std_dev=0.174
C4' B 0, 0.083, 0.290, 0.497, 0.471 max_d=0.471 avg_d=0.290 std_dev=0.207
O3' A 0, -0.038, 0.173, 0.385, 0.471 max_d=0.471 avg_d=0.173 std_dev=0.211
C2 B 0, -0.010, 0.210, 0.429, 0.513 max_d=0.513 avg_d=0.210 std_dev=0.219
N9 B 0, 0.093, 0.320, 0.546, 0.491 max_d=0.491 avg_d=0.320 std_dev=0.226
OP2 A 0, 0.099, 0.350, 0.601, 0.576 max_d=0.576 avg_d=0.350 std_dev=0.251
C5' B 0, 0.099, 0.364, 0.629, 0.625 max_d=0.625 avg_d=0.364 std_dev=0.265
P A 0, 0.067, 0.341, 0.614, 0.669 max_d=0.669 avg_d=0.341 std_dev=0.273
C5 B 0, 0.060, 0.340, 0.620, 0.686 max_d=0.686 avg_d=0.340 std_dev=0.280
N3 B 0, 0.027, 0.319, 0.612, 0.707 max_d=0.707 avg_d=0.319 std_dev=0.293
C8 B 0, 0.118, 0.441, 0.763, 0.765 max_d=0.765 avg_d=0.441 std_dev=0.323
C6 B 0, 0.003, 0.342, 0.680, 0.803 max_d=0.803 avg_d=0.342 std_dev=0.339
O4' B 0, 0.063, 0.414, 0.766, 0.859 max_d=0.859 avg_d=0.414 std_dev=0.352
N2 B 0, -0.016, 0.390, 0.795, 0.949 max_d=0.949 avg_d=0.390 std_dev=0.406
C1' B 0, 0.113, 0.530, 0.947, 1.019 max_d=1.019 avg_d=0.530 std_dev=0.417
C3' B 0, 0.174, 0.599, 1.024, 0.938 max_d=0.938 avg_d=0.599 std_dev=0.425
OP1 A 0, 0.058, 0.497, 0.937, 1.068 max_d=1.068 avg_d=0.497 std_dev=0.439
N7 B 0, 0.070, 0.530, 0.990, 1.121 max_d=1.121 avg_d=0.530 std_dev=0.460
O3' B 0, 0.183, 0.698, 1.212, 1.227 max_d=1.227 avg_d=0.698 std_dev=0.515
O6 B 0, -0.023, 0.549, 1.121, 1.339 max_d=1.339 avg_d=0.549 std_dev=0.572
C2' B 0, 0.183, 0.824, 1.465, 1.562 max_d=1.562 avg_d=0.824 std_dev=0.641
OP1 B 0, 0.316, 1.085, 1.854, 1.685 max_d=1.685 avg_d=1.085 std_dev=0.769
O5' B 0, 0.403, 1.407, 2.411, 2.276 max_d=2.276 avg_d=1.407 std_dev=1.004
P B 0, 0.346, 1.381, 2.415, 2.489 max_d=2.489 avg_d=1.381 std_dev=1.034
O2' B 0, 0.127, 1.258, 2.390, 2.743 max_d=2.743 avg_d=1.258 std_dev=1.131
OP2 B 0, 0.302, 1.615, 2.927, 3.215 max_d=3.215 avg_d=1.615 std_dev=1.313

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.03 0.03 0.10 0.03
C2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.03 0.05 0.07 0.16 0.06
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.06 0.02
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.05 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.07 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.04 0.02 0.03
C4 0.00 0.00 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.09 0.15 0.23 0.12
C4' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.04 0.06 0.02 0.00 0.01 0.03 0.04 0.01
C5 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.09 0.15 0.22 0.12
C5' 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.05 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02
C6 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.07 0.10 0.16 0.08
N1 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.07 0.14 0.05
N3 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.02 0.07 0.12 0.20 0.09
N4 0.01 0.00 0.05 0.07 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.09 0.00 0.10 0.19 0.26 0.14
O2 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.02 0.04 0.14 0.03
O2' 0.03 0.02 0.00 0.02 0.03 0.06 0.01 0.06 0.02 0.00 0.04 0.05 0.02 0.00 0.03 0.06 0.05 0.05 0.02 0.04
O3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.07 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.06 0.09 0.01 0.03 0.00 0.02 0.06 0.07 0.04 0.06
O4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.05 0.06 0.02 0.00 0.05 0.01 0.10 0.03
O5' 0.03 0.05 0.01 0.04 0.09 0.01 0.09 0.01 0.07 0.05 0.07 0.10 0.02 0.05 0.06 0.05 0.00 0.01 0.03 0.00
OP1 0.03 0.07 0.04 0.04 0.15 0.03 0.15 0.02 0.10 0.07 0.12 0.19 0.04 0.05 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.10 0.16 0.06 0.02 0.23 0.04 0.22 0.01 0.16 0.14 0.20 0.26 0.14 0.02 0.04 0.10 0.03 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.06 0.02 0.03 0.12 0.01 0.12 0.02 0.08 0.05 0.09 0.14 0.03 0.04 0.06 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.06 0.05 0.07 0.14 0.04 0.06 0.03 0.19 0.05 0.03 0.02 0.10 0.07 0.03 0.04 0.41 0.14 0.08 0.36 0.09 0.28 0.13 0.28
C2 0.05 0.06 0.08 0.13 0.01 0.05 0.07 0.20 0.10 0.05 0.03 0.17 0.07 0.09 0.01 0.47 0.11 0.04 0.39 0.16 0.28 0.13 0.30
C2' 0.12 0.09 0.11 0.14 0.13 0.11 0.14 0.26 0.12 0.16 0.09 0.06 0.11 0.16 0.14 0.36 0.18 0.16 0.37 0.13 0.32 0.12 0.28
C3' 0.12 0.09 0.12 0.13 0.14 0.12 0.16 0.29 0.15 0.19 0.11 0.06 0.11 0.19 0.15 0.36 0.17 0.16 0.39 0.17 0.33 0.07 0.28
C4 0.05 0.02 0.09 0.13 0.07 0.03 0.13 0.18 0.14 0.12 0.06 0.10 0.00 0.16 0.08 0.45 0.09 0.07 0.41 0.21 0.27 0.11 0.29
C4' 0.08 0.07 0.09 0.14 0.08 0.07 0.07 0.23 0.06 0.09 0.05 0.08 0.08 0.08 0.09 0.38 0.15 0.11 0.37 0.07 0.29 0.08 0.28
C5 0.04 0.02 0.07 0.14 0.06 0.04 0.10 0.18 0.10 0.10 0.04 0.08 0.02 0.12 0.07 0.42 0.10 0.07 0.39 0.15 0.26 0.12 0.26
C5' 0.06 0.06 0.08 0.13 0.06 0.06 0.06 0.23 0.06 0.07 0.04 0.07 0.07 0.07 0.07 0.39 0.12 0.09 0.39 0.08 0.29 0.06 0.28
C6 0.01 0.02 0.07 0.14 0.03 0.04 0.06 0.18 0.08 0.06 0.03 0.08 0.02 0.08 0.03 0.41 0.11 0.03 0.38 0.12 0.26 0.07 0.26
N1 0.03 0.04 0.07 0.14 0.01 0.05 0.05 0.19 0.07 0.03 0.03 0.11 0.05 0.06 0.01 0.43 0.12 0.03 0.38 0.12 0.27 0.09 0.28
N3 0.03 0.05 0.10 0.12 0.04 0.03 0.11 0.19 0.14 0.10 0.05 0.16 0.04 0.14 0.05 0.49 0.09 0.03 0.41 0.21 0.28 0.09 0.31
N4 0.08 0.00 0.11 0.12 0.10 0.03 0.17 0.17 0.18 0.18 0.06 0.09 0.03 0.21 0.12 0.46 0.11 0.12 0.44 0.27 0.28 0.19 0.30
O2 0.09 0.10 0.09 0.14 0.03 0.07 0.05 0.21 0.08 0.02 0.02 0.22 0.11 0.07 0.04 0.50 0.14 0.09 0.39 0.15 0.30 0.23 0.33
O2' 0.20 0.13 0.13 0.15 0.20 0.16 0.19 0.30 0.16 0.23 0.13 0.09 0.17 0.22 0.22 0.38 0.23 0.25 0.39 0.15 0.37 0.22 0.32
O3' 0.17 0.11 0.14 0.15 0.21 0.16 0.25 0.34 0.24 0.29 0.16 0.05 0.14 0.30 0.22 0.34 0.21 0.22 0.40 0.27 0.37 0.08 0.29
O4' 0.05 0.04 0.06 0.15 0.02 0.05 0.04 0.18 0.07 0.03 0.03 0.10 0.06 0.05 0.03 0.41 0.13 0.06 0.36 0.11 0.27 0.11 0.28
O5' 0.08 0.09 0.12 0.10 0.09 0.09 0.09 0.27 0.09 0.09 0.08 0.10 0.09 0.09 0.09 0.44 0.12 0.09 0.43 0.10 0.32 0.06 0.31
OP1 0.16 0.16 0.19 0.11 0.19 0.18 0.22 0.39 0.22 0.23 0.18 0.13 0.16 0.24 0.20 0.49 0.15 0.19 0.51 0.24 0.40 0.07 0.38
OP2 0.16 0.19 0.27 0.15 0.19 0.20 0.20 0.42 0.21 0.19 0.21 0.19 0.18 0.20 0.18 0.56 0.19 0.15 0.53 0.23 0.40 0.06 0.39
P 0.09 0.11 0.16 0.09 0.11 0.11 0.11 0.32 0.12 0.12 0.11 0.12 0.11 0.12 0.11 0.48 0.12 0.10 0.47 0.13 0.34 0.07 0.33

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.08 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.09 0.00 0.11 0.00 0.20 0.14 0.03
C2 0.03 0.00 0.05 0.13 0.01 0.03 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.35 0.09 0.03 0.32 0.01 0.26 0.06 0.21
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.05 0.03 0.07 0.10 0.08 0.06 0.06 0.05 0.05 0.07 0.04 0.00 0.01 0.01 0.36 0.09 0.42 0.55 0.41
C3' 0.03 0.13 0.00 0.00 0.15 0.00 0.17 0.01 0.16 0.20 0.14 0.12 0.12 0.20 0.15 0.01 0.01 0.03 0.28 0.17 0.40 0.48 0.34
C4 0.01 0.01 0.05 0.15 0.00 0.03 0.00 0.18 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.25 0.09 0.01 0.28 0.00 0.20 0.16 0.12
C4' 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.03 0.03 0.03 0.03 0.05 0.02 0.26 0.03 0.00 0.00 0.06 0.25 0.22 0.06
C5 0.01 0.01 0.07 0.17 0.00 0.05 0.00 0.23 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.26 0.16 0.01 0.32 0.01 0.19 0.33 0.14
C5' 0.08 0.16 0.10 0.01 0.18 0.00 0.23 0.00 0.24 0.21 0.21 0.13 0.13 0.25 0.16 0.17 0.19 0.01 0.01 0.27 0.19 0.24 0.01
C6 0.00 0.01 0.08 0.16 0.00 0.05 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.32 0.16 0.00 0.35 0.00 0.20 0.26 0.17
C8 0.01 0.01 0.06 0.20 0.00 0.03 0.00 0.21 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.10 0.21 0.03 0.25 0.01 0.14 0.58 0.19
N1 0.02 0.00 0.06 0.14 0.01 0.03 0.01 0.21 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.35 0.11 0.02 0.36 0.01 0.24 0.07 0.21
N2 0.04 0.00 0.05 0.12 0.01 0.03 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.35 0.12 0.04 0.32 0.01 0.28 0.18 0.25
N3 0.02 0.00 0.05 0.12 0.00 0.03 0.01 0.13 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.31 0.09 0.03 0.28 0.01 0.24 0.07 0.17
N7 0.01 0.01 0.07 0.20 0.00 0.05 0.00 0.25 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.18 0.23 0.02 0.30 0.01 0.15 0.60 0.17
N9 0.01 0.01 0.04 0.15 0.00 0.02 0.00 0.16 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.14 0.08 0.01 0.22 0.01 0.17 0.25 0.09
O2' 0.01 0.35 0.00 0.01 0.25 0.26 0.26 0.17 0.32 0.10 0.35 0.35 0.31 0.18 0.14 0.00 0.09 0.15 0.14 0.32 0.23 0.58 0.25
O3' 0.09 0.09 0.01 0.01 0.09 0.03 0.16 0.19 0.16 0.21 0.11 0.12 0.09 0.23 0.08 0.09 0.00 0.07 0.19 0.19 0.32 0.51 0.26
O4' 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.04 0.03 0.02 0.01 0.15 0.07 0.00 0.15 0.01 0.06 0.36 0.22
O5' 0.11 0.32 0.36 0.28 0.28 0.00 0.32 0.01 0.35 0.25 0.36 0.32 0.28 0.30 0.22 0.14 0.19 0.15 0.00 0.37 0.01 0.02 0.00
O6 0.00 0.01 0.09 0.17 0.00 0.06 0.01 0.27 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.32 0.19 0.01 0.37 0.00 0.19 0.35 0.17
OP1 0.20 0.26 0.42 0.40 0.20 0.25 0.19 0.19 0.20 0.14 0.24 0.28 0.24 0.15 0.17 0.23 0.32 0.06 0.01 0.19 0.00 0.00 0.00
OP2 0.14 0.06 0.55 0.48 0.16 0.22 0.33 0.24 0.26 0.58 0.07 0.18 0.07 0.60 0.25 0.58 0.51 0.36 0.02 0.35 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.21 0.41 0.34 0.12 0.06 0.14 0.01 0.17 0.19 0.21 0.25 0.17 0.17 0.09 0.25 0.26 0.22 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00