ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48374

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.014 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.001, 0.013, 0.024, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.013 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.005, 0.022, 0.038, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.022 std_dev=0.017
C6 A 0, 0.006, 0.026, 0.046, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.026 std_dev=0.020
C2 A 0, 0.001, 0.021, 0.042, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.021 std_dev=0.021
N1 A 0, 0.005, 0.026, 0.047, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.026 std_dev=0.021
C1' A 0, 0.008, 0.030, 0.052, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.030 std_dev=0.022
O2 A 0, -0.003, 0.047, 0.097, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.047 std_dev=0.050
N4 A 0, 0.010, 0.062, 0.114, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.062 std_dev=0.052
C2 B 0, 0.054, 0.217, 0.381, 0.395 max_d=0.395 avg_d=0.217 std_dev=0.164
N2 B 0, 0.051, 0.229, 0.408, 0.435 max_d=0.435 avg_d=0.229 std_dev=0.178
N3 B 0, 0.060, 0.240, 0.419, 0.433 max_d=0.433 avg_d=0.240 std_dev=0.180
C2' A 0, -0.014, 0.169, 0.352, 0.423 max_d=0.423 avg_d=0.169 std_dev=0.183
N1 B 0, 0.058, 0.254, 0.451, 0.479 max_d=0.479 avg_d=0.254 std_dev=0.197
O2' A 0, 0.080, 0.277, 0.474, 0.441 max_d=0.441 avg_d=0.277 std_dev=0.197
O4' A 0, 0.062, 0.275, 0.489, 0.519 max_d=0.519 avg_d=0.275 std_dev=0.213
C4 B 0, 0.068, 0.329, 0.590, 0.638 max_d=0.638 avg_d=0.329 std_dev=0.261
C1' B 0, 0.097, 0.384, 0.671, 0.689 max_d=0.689 avg_d=0.384 std_dev=0.287
C6 B 0, 0.046, 0.345, 0.645, 0.730 max_d=0.730 avg_d=0.345 std_dev=0.299
N9 B 0, 0.084, 0.397, 0.709, 0.763 max_d=0.763 avg_d=0.397 std_dev=0.312
C2' B 0, 0.135, 0.464, 0.793, 0.724 max_d=0.724 avg_d=0.464 std_dev=0.329
C3' A 0, 0.114, 0.447, 0.780, 0.797 max_d=0.797 avg_d=0.447 std_dev=0.333
C5 B 0, 0.054, 0.389, 0.723, 0.817 max_d=0.817 avg_d=0.389 std_dev=0.334
O6 B 0, 0.043, 0.404, 0.765, 0.876 max_d=0.876 avg_d=0.404 std_dev=0.361
C4' A 0, 0.161, 0.560, 0.958, 0.897 max_d=0.897 avg_d=0.560 std_dev=0.399
C8 B 0, 0.095, 0.523, 0.951, 1.049 max_d=1.049 avg_d=0.523 std_dev=0.428
OP1 A 0, 0.166, 0.601, 1.037, 1.015 max_d=1.015 avg_d=0.601 std_dev=0.435
O3' A 0, 0.157, 0.593, 1.029, 1.035 max_d=1.035 avg_d=0.593 std_dev=0.436
P A 0, 0.176, 0.618, 1.061, 1.007 max_d=1.007 avg_d=0.618 std_dev=0.442
N7 B 0, 0.067, 0.513, 0.959, 1.087 max_d=1.087 avg_d=0.513 std_dev=0.446
OP1 B 0, 0.113, 0.598, 1.082, 1.187 max_d=1.187 avg_d=0.598 std_dev=0.485
OP2 A 0, 0.190, 0.689, 1.187, 1.163 max_d=1.163 avg_d=0.689 std_dev=0.498
O4' B 0, 0.095, 0.618, 1.141, 1.278 max_d=1.278 avg_d=0.618 std_dev=0.523
O2' B 0, 0.028, 0.564, 1.101, 1.285 max_d=1.285 avg_d=0.564 std_dev=0.536
P B 0, 0.223, 0.763, 1.303, 1.174 max_d=1.174 avg_d=0.763 std_dev=0.540
O5' A 0, 0.256, 0.887, 1.518, 1.420 max_d=1.420 avg_d=0.887 std_dev=0.631
C4' B 0, 0.161, 0.851, 1.540, 1.689 max_d=1.689 avg_d=0.851 std_dev=0.689
C5' A 0, 0.285, 0.999, 1.712, 1.622 max_d=1.622 avg_d=0.999 std_dev=0.713
C3' B 0, 0.297, 1.017, 1.738, 1.575 max_d=1.575 avg_d=1.017 std_dev=0.720
OP2 B 0, 0.269, 1.054, 1.838, 1.881 max_d=1.881 avg_d=1.054 std_dev=0.784
O5' B 0, 0.314, 1.125, 1.935, 1.878 max_d=1.878 avg_d=1.125 std_dev=0.810
O3' B 0, 0.397, 1.477, 2.557, 2.551 max_d=2.551 avg_d=1.477 std_dev=1.080
C5' B 0, 0.107, 1.200, 2.294, 2.645 max_d=2.645 avg_d=1.200 std_dev=1.094

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.05 0.02 0.02 0.00 0.19 0.12 0.20 0.08
C2 0.03 0.00 0.08 0.10 0.01 0.07 0.01 0.14 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.10 0.11 0.03 0.28 0.18 0.12 0.13
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.06 0.02 0.15 0.00 0.02 0.00 0.17 0.22 0.08 0.06
C3' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.09 0.00 0.09 0.01 0.08 0.04 0.10 0.10 0.16 0.01 0.01 0.01 0.19 0.31 0.10 0.13
C4 0.02 0.01 0.02 0.09 0.00 0.10 0.00 0.20 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.09 0.04 0.32 0.17 0.07 0.15
C4' 0.00 0.07 0.01 0.00 0.10 0.00 0.10 0.00 0.08 0.05 0.09 0.11 0.09 0.01 0.00 0.00 0.01 0.11 0.26 0.08
C5 0.02 0.01 0.02 0.09 0.00 0.10 0.00 0.19 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.09 0.04 0.34 0.16 0.08 0.16
C5' 0.02 0.14 0.01 0.01 0.20 0.00 0.19 0.00 0.14 0.10 0.18 0.23 0.13 0.01 0.03 0.02 0.01 0.19 0.28 0.01
C6 0.02 0.00 0.03 0.08 0.01 0.08 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.04 0.33 0.16 0.12 0.14
N1 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.05 0.01 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.04 0.03 0.29 0.17 0.14 0.12
N3 0.03 0.00 0.06 0.10 0.00 0.09 0.00 0.18 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.09 0.10 0.03 0.30 0.18 0.09 0.14
N4 0.03 0.01 0.02 0.10 0.00 0.11 0.01 0.23 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.10 0.04 0.33 0.16 0.07 0.16
O2 0.05 0.00 0.15 0.16 0.00 0.09 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.17 0.20 0.04 0.26 0.19 0.14 0.14
O2' 0.02 0.10 0.00 0.01 0.06 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.09 0.06 0.17 0.00 0.03 0.04 0.01 0.10 0.20 0.09
O3' 0.02 0.11 0.02 0.01 0.09 0.00 0.09 0.03 0.08 0.04 0.10 0.10 0.20 0.03 0.00 0.01 0.12 0.36 0.19 0.16
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.04 0.00 0.04 0.02 0.04 0.03 0.03 0.04 0.04 0.04 0.01 0.00 0.14 0.09 0.30 0.14
O5' 0.19 0.28 0.17 0.19 0.32 0.01 0.34 0.01 0.33 0.29 0.30 0.33 0.26 0.01 0.12 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.12 0.18 0.22 0.31 0.17 0.11 0.16 0.19 0.16 0.17 0.18 0.16 0.19 0.10 0.36 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.20 0.12 0.08 0.10 0.07 0.26 0.08 0.28 0.12 0.14 0.09 0.07 0.14 0.20 0.19 0.30 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.13 0.06 0.13 0.15 0.08 0.16 0.01 0.14 0.12 0.14 0.16 0.14 0.09 0.16 0.14 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.06 0.06 0.42 0.52 0.06 0.19 0.07 0.29 0.07 0.06 0.06 0.08 0.07 0.07 0.06 0.08 0.34 0.07 0.23 0.09 0.25 0.40 0.31
C2 0.07 0.08 0.38 0.48 0.08 0.15 0.09 0.25 0.10 0.08 0.09 0.09 0.08 0.09 0.08 0.07 0.28 0.10 0.28 0.11 0.29 0.41 0.34
C2' 0.15 0.13 0.52 0.52 0.13 0.19 0.11 0.27 0.10 0.12 0.10 0.14 0.14 0.11 0.14 0.14 0.29 0.12 0.22 0.08 0.20 0.33 0.24
C3' 0.24 0.21 0.53 0.51 0.23 0.23 0.21 0.28 0.20 0.23 0.19 0.21 0.23 0.22 0.23 0.18 0.23 0.24 0.34 0.18 0.27 0.28 0.27
C4 0.10 0.11 0.36 0.55 0.10 0.21 0.09 0.30 0.09 0.09 0.11 0.12 0.11 0.09 0.10 0.08 0.34 0.08 0.29 0.08 0.29 0.36 0.32
C4' 0.17 0.15 0.46 0.52 0.17 0.21 0.17 0.29 0.17 0.18 0.16 0.15 0.16 0.18 0.17 0.03 0.30 0.18 0.31 0.18 0.26 0.32 0.29
C5 0.10 0.11 0.36 0.56 0.10 0.21 0.09 0.31 0.09 0.09 0.10 0.12 0.11 0.09 0.10 0.10 0.35 0.08 0.30 0.09 0.28 0.35 0.31
C5' 0.29 0.26 0.48 0.54 0.29 0.29 0.30 0.35 0.29 0.31 0.27 0.24 0.27 0.32 0.30 0.11 0.26 0.31 0.45 0.30 0.33 0.28 0.34
C6 0.09 0.09 0.37 0.54 0.09 0.19 0.09 0.30 0.09 0.09 0.09 0.10 0.09 0.09 0.09 0.09 0.33 0.09 0.29 0.09 0.28 0.37 0.32
N1 0.08 0.08 0.38 0.51 0.08 0.17 0.08 0.27 0.09 0.08 0.08 0.09 0.08 0.09 0.08 0.08 0.31 0.10 0.28 0.10 0.28 0.40 0.33
N3 0.09 0.09 0.37 0.51 0.08 0.18 0.08 0.26 0.08 0.08 0.08 0.11 0.09 0.08 0.08 0.07 0.30 0.09 0.29 0.10 0.29 0.39 0.33
N4 0.12 0.14 0.34 0.57 0.13 0.23 0.12 0.31 0.14 0.11 0.15 0.14 0.13 0.11 0.12 0.08 0.36 0.07 0.30 0.13 0.28 0.33 0.30
O2 0.08 0.10 0.37 0.42 0.10 0.11 0.12 0.19 0.14 0.11 0.13 0.09 0.09 0.12 0.09 0.07 0.24 0.14 0.29 0.16 0.31 0.44 0.36
O2' 0.12 0.07 0.56 0.57 0.08 0.24 0.05 0.33 0.02 0.06 0.03 0.09 0.09 0.04 0.09 0.21 0.43 0.02 0.09 0.01 0.17 0.42 0.26
O3' 0.29 0.23 0.61 0.54 0.26 0.26 0.24 0.30 0.21 0.26 0.20 0.22 0.26 0.25 0.27 0.30 0.23 0.26 0.34 0.19 0.25 0.23 0.23
O4' 0.08 0.08 0.39 0.52 0.08 0.19 0.09 0.30 0.09 0.08 0.08 0.09 0.08 0.09 0.08 0.10 0.35 0.09 0.26 0.11 0.26 0.39 0.31
O5' 0.21 0.21 0.49 0.60 0.21 0.29 0.22 0.37 0.23 0.21 0.23 0.20 0.21 0.22 0.21 0.30 0.51 0.19 0.21 0.24 0.44 0.62 0.47
OP1 0.14 0.13 0.45 0.55 0.13 0.21 0.11 0.29 0.12 0.11 0.13 0.14 0.13 0.10 0.13 0.22 0.41 0.11 0.19 0.11 0.35 0.46 0.37
OP2 0.15 0.16 0.44 0.59 0.15 0.21 0.13 0.31 0.14 0.12 0.15 0.17 0.15 0.12 0.14 0.05 0.37 0.05 0.24 0.14 0.28 0.35 0.29
P 0.11 0.11 0.43 0.57 0.10 0.22 0.09 0.32 0.10 0.09 0.10 0.12 0.11 0.08 0.10 0.15 0.41 0.06 0.19 0.10 0.34 0.46 0.36

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.22 0.00 0.22 0.00 0.22 0.40 0.27
C2 0.02 0.00 0.35 0.41 0.01 0.13 0.00 0.22 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.12 0.22 0.07 0.22 0.01 0.25 0.44 0.32
C2' 0.00 0.35 0.00 0.01 0.17 0.02 0.07 0.11 0.13 0.15 0.25 0.42 0.35 0.08 0.01 0.01 0.00 0.02 0.53 0.08 0.53 0.55 0.53
C3' 0.02 0.41 0.01 0.00 0.33 0.01 0.36 0.03 0.40 0.23 0.43 0.43 0.36 0.30 0.23 0.01 0.01 0.02 0.32 0.40 0.34 0.07 0.21
C4 0.01 0.01 0.17 0.33 0.00 0.12 0.00 0.18 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.20 0.13 0.03 0.25 0.01 0.28 0.45 0.33
C4' 0.00 0.13 0.02 0.01 0.12 0.00 0.15 0.01 0.16 0.15 0.15 0.13 0.11 0.16 0.10 0.27 0.02 0.00 0.02 0.16 0.11 0.28 0.05
C5 0.01 0.00 0.07 0.36 0.00 0.15 0.00 0.23 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.29 0.16 0.00 0.29 0.01 0.32 0.45 0.35
C5' 0.02 0.22 0.11 0.03 0.18 0.01 0.23 0.00 0.25 0.18 0.25 0.22 0.18 0.23 0.13 0.14 0.21 0.01 0.01 0.26 0.14 0.37 0.02
C6 0.01 0.01 0.13 0.40 0.00 0.16 0.00 0.25 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.29 0.20 0.02 0.29 0.00 0.32 0.44 0.35
C8 0.00 0.00 0.15 0.23 0.00 0.15 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.29 0.10 0.08 0.31 0.01 0.32 0.47 0.35
N1 0.01 0.00 0.25 0.43 0.01 0.15 0.00 0.25 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.21 0.22 0.05 0.25 0.01 0.29 0.44 0.34
N2 0.02 0.00 0.42 0.43 0.01 0.13 0.00 0.22 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.27 0.08 0.19 0.01 0.23 0.43 0.31
N3 0.01 0.00 0.35 0.36 0.00 0.11 0.00 0.18 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.09 0.19 0.07 0.21 0.01 0.24 0.44 0.31
N7 0.01 0.00 0.08 0.30 0.00 0.16 0.00 0.23 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.34 0.17 0.05 0.32 0.01 0.34 0.46 0.36
N9 0.00 0.01 0.01 0.23 0.00 0.10 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.19 0.04 0.01 0.26 0.01 0.27 0.44 0.33
O2' 0.01 0.12 0.01 0.01 0.20 0.27 0.29 0.14 0.29 0.29 0.21 0.09 0.09 0.34 0.19 0.00 0.02 0.19 0.22 0.34 0.27 0.50 0.29
O3' 0.22 0.22 0.00 0.01 0.13 0.02 0.16 0.21 0.20 0.10 0.22 0.27 0.19 0.17 0.04 0.02 0.00 0.12 0.15 0.22 0.45 0.20 0.21
O4' 0.00 0.07 0.02 0.02 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.08 0.05 0.08 0.07 0.05 0.01 0.19 0.12 0.00 0.02 0.02 0.05 0.38 0.19
O5' 0.22 0.22 0.53 0.32 0.25 0.02 0.29 0.01 0.29 0.31 0.25 0.19 0.21 0.32 0.26 0.22 0.15 0.02 0.00 0.31 0.01 0.01 0.00
O6 0.00 0.01 0.08 0.40 0.01 0.16 0.01 0.26 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.34 0.22 0.02 0.31 0.00 0.35 0.43 0.36
OP1 0.22 0.25 0.53 0.34 0.28 0.11 0.32 0.14 0.32 0.32 0.29 0.23 0.24 0.34 0.27 0.27 0.45 0.05 0.01 0.35 0.00 0.01 0.00
OP2 0.40 0.44 0.55 0.07 0.45 0.28 0.45 0.37 0.44 0.47 0.44 0.43 0.44 0.46 0.44 0.50 0.20 0.38 0.01 0.43 0.01 0.00 0.01
P 0.27 0.32 0.53 0.21 0.33 0.05 0.35 0.02 0.35 0.35 0.34 0.31 0.31 0.36 0.33 0.29 0.21 0.19 0.00 0.36 0.00 0.01 0.00