ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48375

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.000, 0.015, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.000, 0.016, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N4 A 0, 0.000, 0.020, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.020 std_dev=0.020
O2 A 0, 0.000, 0.032, 0.064, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.032 std_dev=0.032
O4' A 0, 0.000, 0.088, 0.176, 0.176 max_d=0.176 avg_d=0.088 std_dev=0.088
C2' A 0, 0.000, 0.099, 0.198, 0.198 max_d=0.198 avg_d=0.099 std_dev=0.099
O2' A 0, 0.000, 0.119, 0.237, 0.237 max_d=0.237 avg_d=0.119 std_dev=0.119
C3' A 0, 0.000, 0.144, 0.288, 0.288 max_d=0.288 avg_d=0.144 std_dev=0.144
C4' A 0, 0.000, 0.147, 0.295, 0.295 max_d=0.295 avg_d=0.147 std_dev=0.147
N3 B 0, 0.000, 0.172, 0.344, 0.344 max_d=0.344 avg_d=0.172 std_dev=0.172
O3' A 0, 0.000, 0.216, 0.432, 0.432 max_d=0.432 avg_d=0.216 std_dev=0.216
C5' A 0, 0.000, 0.232, 0.464, 0.464 max_d=0.464 avg_d=0.232 std_dev=0.232
C2 B 0, 0.000, 0.238, 0.477, 0.477 max_d=0.477 avg_d=0.238 std_dev=0.238
C4 B 0, 0.000, 0.247, 0.494, 0.494 max_d=0.494 avg_d=0.247 std_dev=0.247
C5 B 0, 0.000, 0.384, 0.769, 0.769 max_d=0.769 avg_d=0.384 std_dev=0.384
N2 B 0, 0.000, 0.390, 0.780, 0.780 max_d=0.780 avg_d=0.390 std_dev=0.390
N1 B 0, 0.000, 0.414, 0.827, 0.827 max_d=0.827 avg_d=0.414 std_dev=0.414
C3' B 0, 0.000, 0.425, 0.849, 0.849 max_d=0.849 avg_d=0.425 std_dev=0.425
N9 B 0, 0.000, 0.442, 0.883, 0.883 max_d=0.883 avg_d=0.442 std_dev=0.442
C6 B 0, 0.000, 0.488, 0.976, 0.976 max_d=0.976 avg_d=0.488 std_dev=0.488
O3' B 0, 0.000, 0.512, 1.025, 1.025 max_d=1.025 avg_d=0.512 std_dev=0.512
N7 B 0, 0.000, 0.557, 1.114, 1.114 max_d=1.114 avg_d=0.557 std_dev=0.557
C2' B 0, 0.000, 0.566, 1.132, 1.132 max_d=1.132 avg_d=0.566 std_dev=0.566
C8 B 0, 0.000, 0.567, 1.133, 1.133 max_d=1.133 avg_d=0.567 std_dev=0.567
C1' B 0, 0.000, 0.650, 1.300, 1.300 max_d=1.300 avg_d=0.650 std_dev=0.650
OP1 B 0, 0.000, 0.688, 1.377, 1.377 max_d=1.377 avg_d=0.688 std_dev=0.688
O6 B 0, 0.000, 0.704, 1.408, 1.408 max_d=1.408 avg_d=0.704 std_dev=0.704
C4' B 0, 0.000, 0.721, 1.442, 1.442 max_d=1.442 avg_d=0.721 std_dev=0.721
C5' B 0, 0.000, 0.763, 1.527, 1.527 max_d=1.527 avg_d=0.763 std_dev=0.763
P B 0, 0.000, 0.773, 1.545, 1.545 max_d=1.545 avg_d=0.773 std_dev=0.773
OP2 B 0, 0.000, 0.810, 1.619, 1.619 max_d=1.619 avg_d=0.810 std_dev=0.810
O4' B 0, 0.000, 0.847, 1.694, 1.694 max_d=1.694 avg_d=0.847 std_dev=0.847
O2' B 0, 0.000, 0.926, 1.852, 1.852 max_d=1.852 avg_d=0.926 std_dev=0.926
O5' A 0, 0.000, 1.049, 2.099, 2.099 max_d=2.099 avg_d=1.049 std_dev=1.049
O5' B 0, 0.000, 1.158, 2.315, 2.315 max_d=2.315 avg_d=1.158 std_dev=1.158
P A 0, 0.000, 1.805, 3.611, 3.611 max_d=3.611 avg_d=1.805 std_dev=1.805
OP1 A 0, 0.000, 2.174, 4.348, 4.348 max_d=4.348 avg_d=2.174 std_dev=2.174
OP2 A 0, 0.000, 2.290, 4.580, 4.580 max_d=4.580 avg_d=2.290 std_dev=2.290

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.08 0.19 0.23 0.06
C2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.28 0.09 0.65 0.36
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.02 0.08 0.00 0.00 0.00 0.20 0.14 0.26 0.11
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.08 0.00 0.00 0.00 0.28 0.01 0.21 0.18
C4 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.42 0.44 1.01 0.65
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.26 0.09 0.09
C5 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.41 0.47 0.98 0.67
C5' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.06 0.02 0.02 0.05 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.18 0.00
C6 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.32 0.29 0.73 0.49
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.24 0.07 0.55 0.31
N3 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.37 0.27 0.87 0.52
N4 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.47 0.55 1.15 0.75
O2 0.03 0.00 0.08 0.08 0.00 0.05 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.09 0.03 0.21 0.08 0.51 0.22
O2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.07 0.00 0.01 0.00 0.04 0.42 0.03 0.12
O3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.02 0.09 0.01 0.00 0.00 0.24 0.10 0.06 0.08
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.06 0.24 0.05 0.05
O5' 0.08 0.28 0.20 0.28 0.42 0.01 0.41 0.00 0.32 0.24 0.37 0.47 0.21 0.04 0.24 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.19 0.09 0.14 0.01 0.44 0.26 0.47 0.02 0.29 0.07 0.27 0.55 0.08 0.42 0.10 0.24 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.23 0.65 0.26 0.21 1.01 0.09 0.98 0.18 0.73 0.55 0.87 1.15 0.51 0.03 0.06 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.06 0.36 0.11 0.18 0.65 0.09 0.67 0.00 0.49 0.31 0.52 0.75 0.22 0.12 0.08 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.05 0.07 0.13 0.06 0.04 0.02 0.16 0.05 0.21 0.16 0.08 0.22 0.07 0.23 0.04 0.22 0.12 0.00 0.11 0.34 0.15 0.27 0.02
C2 0.02 0.07 0.06 0.01 0.07 0.04 0.19 0.10 0.22 0.20 0.06 0.23 0.03 0.25 0.10 0.12 0.06 0.08 0.17 0.34 0.18 0.24 0.06
C2' 0.13 0.14 0.17 0.12 0.04 0.10 0.07 0.04 0.11 0.07 0.01 0.29 0.14 0.14 0.03 0.25 0.15 0.09 0.00 0.22 0.06 0.34 0.06
C3' 0.11 0.16 0.16 0.11 0.05 0.08 0.07 0.03 0.09 0.08 0.04 0.31 0.15 0.14 0.03 0.24 0.14 0.07 0.02 0.19 0.07 0.32 0.05
C4 0.11 0.09 0.01 0.03 0.11 0.13 0.21 0.19 0.17 0.28 0.02 0.23 0.01 0.32 0.17 0.05 0.04 0.19 0.31 0.29 0.24 0.16 0.14
C4' 0.08 0.11 0.15 0.08 0.01 0.04 0.14 0.03 0.17 0.14 0.03 0.26 0.11 0.21 0.02 0.24 0.13 0.03 0.09 0.29 0.13 0.27 0.01
C5 0.10 0.08 0.03 0.02 0.11 0.12 0.21 0.19 0.19 0.28 0.01 0.23 0.02 0.33 0.16 0.08 0.06 0.18 0.31 0.31 0.24 0.15 0.15
C5' 0.04 0.11 0.11 0.04 0.03 0.00 0.16 0.08 0.18 0.19 0.03 0.27 0.09 0.26 0.06 0.21 0.10 0.02 0.15 0.30 0.17 0.21 0.06
C6 0.06 0.06 0.05 0.00 0.10 0.09 0.22 0.16 0.22 0.25 0.05 0.22 0.02 0.31 0.14 0.12 0.07 0.14 0.26 0.35 0.23 0.18 0.12
N1 0.01 0.06 0.07 0.02 0.08 0.04 0.20 0.11 0.23 0.21 0.07 0.22 0.04 0.27 0.10 0.15 0.08 0.08 0.19 0.35 0.19 0.22 0.08
N3 0.07 0.09 0.03 0.01 0.09 0.09 0.20 0.14 0.19 0.23 0.01 0.24 0.02 0.28 0.13 0.07 0.05 0.14 0.23 0.32 0.21 0.21 0.09
N4 0.17 0.09 0.03 0.06 0.12 0.19 0.21 0.24 0.12 0.32 0.07 0.22 0.01 0.34 0.20 0.01 0.02 0.26 0.38 0.20 0.27 0.12 0.18
O2 0.02 0.05 0.07 0.02 0.06 0.01 0.17 0.05 0.22 0.15 0.10 0.22 0.04 0.21 0.06 0.14 0.06 0.02 0.10 0.31 0.16 0.27 0.03
O2' 0.19 0.13 0.22 0.16 0.07 0.16 0.05 0.10 0.12 0.02 0.03 0.26 0.16 0.10 0.08 0.32 0.19 0.16 0.08 0.23 0.02 0.39 0.12
O3' 0.17 0.20 0.20 0.15 0.10 0.15 0.01 0.10 0.04 0.02 0.08 0.33 0.20 0.08 0.09 0.27 0.17 0.15 0.07 0.14 0.00 0.37 0.12
O4' 0.03 0.06 0.11 0.04 0.06 0.01 0.19 0.09 0.23 0.19 0.09 0.21 0.06 0.27 0.07 0.21 0.10 0.03 0.16 0.36 0.18 0.23 0.06
O5' 0.32 0.18 0.16 0.22 0.39 0.34 0.55 0.43 0.55 0.60 0.35 0.03 0.22 0.68 0.44 0.05 0.10 0.41 0.57 0.69 0.55 0.23 0.48
OP1 0.05 0.11 0.16 0.06 0.15 0.08 0.39 0.23 0.40 0.46 0.12 0.39 0.08 0.57 0.22 0.32 0.21 0.17 0.40 0.61 0.38 0.16 0.34
OP2 0.88 0.58 0.66 0.76 0.91 0.93 1.12 1.08 1.08 1.24 0.78 0.28 0.66 1.32 1.01 0.53 0.61 1.02 1.26 1.26 1.22 0.98 1.18
P 0.41 0.22 0.21 0.30 0.49 0.44 0.69 0.58 0.69 0.77 0.43 0.05 0.26 0.87 0.55 0.07 0.15 0.53 0.75 0.88 0.72 0.46 0.67

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.20 0.14 0.08
C2 0.04 0.00 0.04 0.07 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.10 0.03 0.00 0.01 0.14 0.34 0.03
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.05 0.05 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.25 0.17 0.10
C3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.09 0.04 0.10 0.07 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.23 0.22 0.06
C4 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.10 0.34 0.04
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.24 0.09 0.12
C5 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.43 0.12
C5' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.07 0.01 0.04 0.02 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.12 0.18 0.00
C6 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.45 0.13
C8 0.01 0.01 0.05 0.09 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.10 0.01 0.00 0.01 0.03 0.41 0.13
N1 0.03 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.06 0.02 0.01 0.01 0.08 0.41 0.09
N2 0.04 0.00 0.05 0.10 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.14 0.04 0.00 0.02 0.19 0.31 0.00
N3 0.04 0.00 0.05 0.07 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.03 0.00 0.00 0.16 0.29 0.00
N7 0.00 0.01 0.04 0.07 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.08 0.01 0.01 0.01 0.06 0.48 0.17
N9 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.09 0.30 0.03
O2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.34 0.03 0.20
O3' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.10 0.06 0.14 0.09 0.08 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.28 0.19 0.10
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.19 0.07 0.10
O5' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00
O6 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.50 0.16
OP1 0.20 0.14 0.25 0.23 0.10 0.24 0.02 0.12 0.02 0.03 0.08 0.19 0.16 0.06 0.09 0.34 0.28 0.19 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.14 0.34 0.17 0.22 0.34 0.09 0.43 0.18 0.45 0.41 0.41 0.31 0.29 0.48 0.30 0.03 0.19 0.07 0.00 0.50 0.00 0.00 0.00
P 0.08 0.03 0.10 0.06 0.04 0.12 0.12 0.00 0.13 0.13 0.09 0.00 0.00 0.17 0.03 0.20 0.10 0.10 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00