ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48376

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.000, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.000, 0.006, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
O2 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
O4' A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N4 A 0, 0.000, 0.017, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.017
O3' A 0, 0.000, 0.029, 0.059, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.029 std_dev=0.029
C3' A 0, 0.000, 0.035, 0.070, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.035 std_dev=0.035
C4' A 0, 0.000, 0.036, 0.073, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.036 std_dev=0.036
C2' A 0, 0.000, 0.046, 0.092, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.046 std_dev=0.046
O2' A 0, 0.000, 0.071, 0.142, 0.142 max_d=0.142 avg_d=0.071 std_dev=0.071
C5' A 0, 0.000, 0.132, 0.264, 0.264 max_d=0.264 avg_d=0.132 std_dev=0.132
N3 B 0, 0.000, 0.158, 0.317, 0.317 max_d=0.317 avg_d=0.158 std_dev=0.158
C2 B 0, 0.000, 0.162, 0.323, 0.323 max_d=0.323 avg_d=0.162 std_dev=0.162
N2 B 0, 0.000, 0.164, 0.328, 0.328 max_d=0.328 avg_d=0.164 std_dev=0.164
C4 B 0, 0.000, 0.176, 0.351, 0.351 max_d=0.351 avg_d=0.176 std_dev=0.176
O5' A 0, 0.000, 0.176, 0.352, 0.352 max_d=0.352 avg_d=0.176 std_dev=0.176
P B 0, 0.000, 0.189, 0.377, 0.377 max_d=0.377 avg_d=0.189 std_dev=0.189
C5 B 0, 0.000, 0.205, 0.410, 0.410 max_d=0.410 avg_d=0.205 std_dev=0.205
O5' B 0, 0.000, 0.208, 0.415, 0.415 max_d=0.415 avg_d=0.208 std_dev=0.208
OP2 B 0, 0.000, 0.221, 0.442, 0.442 max_d=0.442 avg_d=0.221 std_dev=0.221
N1 B 0, 0.000, 0.226, 0.453, 0.453 max_d=0.453 avg_d=0.226 std_dev=0.226
N7 B 0, 0.000, 0.233, 0.466, 0.466 max_d=0.466 avg_d=0.233 std_dev=0.233
N9 B 0, 0.000, 0.238, 0.476, 0.476 max_d=0.476 avg_d=0.238 std_dev=0.238
C8 B 0, 0.000, 0.238, 0.476, 0.476 max_d=0.476 avg_d=0.238 std_dev=0.238
C6 B 0, 0.000, 0.251, 0.501, 0.501 max_d=0.501 avg_d=0.251 std_dev=0.251
O6 B 0, 0.000, 0.326, 0.653, 0.653 max_d=0.653 avg_d=0.326 std_dev=0.326
P A 0, 0.000, 0.337, 0.674, 0.674 max_d=0.674 avg_d=0.337 std_dev=0.337
C5' B 0, 0.000, 0.339, 0.677, 0.677 max_d=0.677 avg_d=0.339 std_dev=0.339
C1' B 0, 0.000, 0.359, 0.717, 0.717 max_d=0.717 avg_d=0.359 std_dev=0.359
O4' B 0, 0.000, 0.367, 0.735, 0.735 max_d=0.735 avg_d=0.367 std_dev=0.367
OP1 B 0, 0.000, 0.394, 0.788, 0.788 max_d=0.788 avg_d=0.394 std_dev=0.394
C4' B 0, 0.000, 0.412, 0.824, 0.824 max_d=0.824 avg_d=0.412 std_dev=0.412
C3' B 0, 0.000, 0.427, 0.853, 0.853 max_d=0.853 avg_d=0.427 std_dev=0.427
OP1 A 0, 0.000, 0.447, 0.895, 0.895 max_d=0.895 avg_d=0.447 std_dev=0.447
OP2 A 0, 0.000, 0.451, 0.902, 0.902 max_d=0.902 avg_d=0.451 std_dev=0.451
C2' B 0, 0.000, 0.455, 0.911, 0.911 max_d=0.911 avg_d=0.455 std_dev=0.455
O3' B 0, 0.000, 0.639, 1.278, 1.278 max_d=1.278 avg_d=0.639 std_dev=0.639
O2' B 0, 0.000, 0.645, 1.289, 1.289 max_d=1.289 avg_d=0.645 std_dev=0.645

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.10 0.08
C2 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.09 0.20 0.15
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.03 0.02
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.03 0.02
C4 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.11 0.17 0.27 0.20
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.00
C5 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.11 0.18 0.27 0.20
C5' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.06 0.04 0.05 0.07 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.13 0.21 0.17
N1 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.08 0.17 0.13
N3 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.10 0.13 0.24 0.18
N4 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.11 0.20 0.29 0.21
O2 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.08 0.06 0.18 0.13
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.10 0.01 0.00
O3' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.14 0.08 0.07
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.08 0.06
O5' 0.04 0.09 0.02 0.00 0.11 0.00 0.11 0.00 0.10 0.08 0.10 0.11 0.08 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.01 0.09 0.05 0.08 0.17 0.06 0.18 0.04 0.13 0.08 0.13 0.20 0.06 0.10 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.10 0.20 0.03 0.03 0.27 0.00 0.27 0.01 0.21 0.17 0.24 0.29 0.18 0.01 0.08 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.08 0.15 0.02 0.02 0.20 0.00 0.20 0.00 0.17 0.13 0.18 0.21 0.13 0.00 0.07 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.07 0.07 0.05 0.05 0.10 0.07 0.14 0.04 0.17 0.13 0.13 0.02 0.06 0.16 0.10 0.04 0.05 0.08 0.00 0.21 0.05 0.06 0.02
C2 0.08 0.03 0.05 0.04 0.09 0.07 0.14 0.03 0.16 0.14 0.10 0.03 0.04 0.16 0.10 0.04 0.03 0.10 0.01 0.21 0.06 0.07 0.03
C2' 0.10 0.09 0.11 0.10 0.11 0.10 0.15 0.07 0.16 0.14 0.13 0.05 0.08 0.16 0.12 0.11 0.12 0.10 0.02 0.19 0.02 0.06 0.01
C3' 0.12 0.09 0.12 0.10 0.12 0.12 0.15 0.08 0.16 0.16 0.13 0.05 0.09 0.17 0.13 0.13 0.12 0.12 0.03 0.19 0.02 0.06 0.00
C4 0.09 0.00 0.03 0.01 0.08 0.06 0.12 0.03 0.10 0.15 0.02 0.06 0.03 0.16 0.10 0.03 0.02 0.12 0.02 0.15 0.09 0.09 0.04
C4' 0.08 0.07 0.06 0.06 0.10 0.07 0.15 0.04 0.17 0.14 0.13 0.03 0.06 0.16 0.10 0.06 0.06 0.09 0.00 0.21 0.05 0.06 0.02
C5 0.09 0.01 0.03 0.01 0.08 0.06 0.12 0.02 0.11 0.14 0.04 0.04 0.03 0.16 0.10 0.03 0.02 0.12 0.02 0.16 0.09 0.09 0.05
C5' 0.11 0.09 0.08 0.07 0.13 0.10 0.18 0.07 0.20 0.18 0.15 0.04 0.09 0.20 0.14 0.07 0.06 0.12 0.03 0.24 0.02 0.03 0.01
C6 0.08 0.03 0.04 0.02 0.09 0.06 0.13 0.03 0.14 0.14 0.08 0.02 0.04 0.16 0.10 0.03 0.00 0.11 0.01 0.19 0.08 0.08 0.04
N1 0.08 0.05 0.05 0.04 0.10 0.07 0.14 0.03 0.16 0.14 0.10 0.01 0.05 0.16 0.10 0.04 0.03 0.10 0.01 0.21 0.06 0.07 0.03
N3 0.08 0.00 0.04 0.02 0.08 0.07 0.13 0.03 0.13 0.14 0.04 0.06 0.03 0.16 0.10 0.04 0.00 0.11 0.01 0.19 0.07 0.08 0.04
N4 0.09 0.03 0.02 0.00 0.07 0.06 0.10 0.02 0.06 0.14 0.02 0.08 0.01 0.15 0.10 0.03 0.04 0.13 0.02 0.09 0.10 0.10 0.05
O2 0.07 0.05 0.06 0.05 0.10 0.07 0.14 0.04 0.17 0.13 0.13 0.02 0.05 0.16 0.10 0.05 0.06 0.08 0.00 0.21 0.04 0.05 0.02
O2' 0.07 0.09 0.10 0.10 0.10 0.09 0.13 0.06 0.15 0.12 0.13 0.06 0.07 0.14 0.10 0.10 0.13 0.07 0.02 0.18 0.02 0.05 0.01
O3' 0.12 0.09 0.13 0.12 0.12 0.12 0.14 0.08 0.15 0.15 0.12 0.06 0.09 0.16 0.13 0.15 0.14 0.12 0.03 0.17 0.01 0.06 0.00
O4' 0.06 0.07 0.04 0.04 0.10 0.06 0.14 0.03 0.17 0.13 0.13 0.02 0.05 0.16 0.10 0.02 0.03 0.08 0.01 0.22 0.06 0.06 0.03
O5' 0.18 0.14 0.14 0.12 0.19 0.16 0.23 0.13 0.24 0.24 0.18 0.08 0.14 0.26 0.20 0.13 0.11 0.20 0.09 0.28 0.03 0.02 0.07
OP1 0.17 0.11 0.12 0.12 0.18 0.16 0.25 0.14 0.25 0.26 0.17 0.04 0.12 0.29 0.20 0.11 0.10 0.20 0.11 0.31 0.06 0.06 0.10
OP2 0.32 0.23 0.27 0.26 0.32 0.31 0.37 0.28 0.36 0.40 0.28 0.15 0.25 0.42 0.35 0.26 0.23 0.36 0.25 0.41 0.18 0.18 0.23
P 0.24 0.18 0.19 0.18 0.25 0.23 0.30 0.20 0.30 0.32 0.23 0.11 0.19 0.34 0.27 0.18 0.16 0.27 0.16 0.36 0.10 0.11 0.15

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01
C2 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.06 0.00 0.07 0.01 0.10 0.14 0.10
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.03 0.07 0.06 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.05 0.03 0.03
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.02 0.04 0.09 0.00 0.06 0.04 0.09 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.06 0.03 0.04
C4 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.09 0.01 0.11 0.13 0.10
C4' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.06 0.00 0.03 0.02 0.06 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.13 0.00 0.17 0.19 0.16
C5' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.05 0.00 0.09 0.00 0.09 0.11 0.06 0.01 0.01 0.12 0.06 0.02 0.03 0.01 0.01 0.10 0.01 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.14 0.00 0.19 0.22 0.17
C8 0.00 0.00 0.05 0.09 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.10 0.01 0.14 0.01 0.16 0.14 0.14
N1 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.00 0.11 0.01 0.15 0.19 0.14
N2 0.01 0.00 0.07 0.06 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.10 0.00 0.06 0.01 0.08 0.13 0.08
N3 0.01 0.00 0.06 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.07 0.00 0.05 0.01 0.07 0.10 0.07
N7 0.00 0.00 0.04 0.09 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.11 0.01 0.17 0.00 0.21 0.22 0.19
N9 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.09 0.09 0.08
O2' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.09 0.07 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00
O3' 0.01 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.03 0.04 0.10 0.02 0.10 0.07 0.11 0.03 0.03 0.00 0.00 0.05 0.07 0.10 0.05 0.07
O4' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.05 0.05
O5' 0.01 0.07 0.03 0.03 0.09 0.01 0.13 0.01 0.14 0.14 0.11 0.06 0.05 0.17 0.08 0.01 0.05 0.04 0.00 0.16 0.00 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.04 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.01 0.16 0.00 0.23 0.26 0.21
OP1 0.02 0.10 0.05 0.06 0.11 0.00 0.17 0.01 0.19 0.16 0.15 0.08 0.07 0.21 0.09 0.02 0.10 0.04 0.00 0.23 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.14 0.03 0.03 0.13 0.02 0.19 0.02 0.22 0.14 0.19 0.13 0.10 0.22 0.09 0.01 0.05 0.05 0.01 0.26 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.10 0.03 0.04 0.10 0.01 0.16 0.01 0.17 0.14 0.14 0.08 0.07 0.19 0.08 0.00 0.07 0.05 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00