ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48377

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.002, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.009
O2 A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
N4 A 0, 0.000, 0.022, 0.044, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.022
O4' A 0, 0.000, 0.117, 0.234, 0.234 max_d=0.234 avg_d=0.117 std_dev=0.117
C4' A 0, 0.000, 0.184, 0.368, 0.368 max_d=0.368 avg_d=0.184 std_dev=0.184
C2' A 0, 0.000, 0.202, 0.404, 0.404 max_d=0.404 avg_d=0.202 std_dev=0.202
N1 B 0, 0.000, 0.239, 0.478, 0.478 max_d=0.478 avg_d=0.239 std_dev=0.239
C4 B 0, 0.000, 0.243, 0.485, 0.485 max_d=0.485 avg_d=0.243 std_dev=0.243
N9 B 0, 0.000, 0.251, 0.503, 0.503 max_d=0.503 avg_d=0.251 std_dev=0.251
C3' A 0, 0.000, 0.311, 0.622, 0.622 max_d=0.622 avg_d=0.311 std_dev=0.311
C2 B 0, 0.000, 0.331, 0.663, 0.663 max_d=0.663 avg_d=0.331 std_dev=0.331
C4' B 0, 0.000, 0.334, 0.667, 0.667 max_d=0.667 avg_d=0.334 std_dev=0.334
C5' A 0, 0.000, 0.335, 0.671, 0.671 max_d=0.671 avg_d=0.335 std_dev=0.335
O2' A 0, 0.000, 0.336, 0.672, 0.672 max_d=0.672 avg_d=0.336 std_dev=0.336
C5' B 0, 0.000, 0.338, 0.677, 0.677 max_d=0.677 avg_d=0.338 std_dev=0.338
C3' B 0, 0.000, 0.351, 0.702, 0.702 max_d=0.702 avg_d=0.351 std_dev=0.351
N3 B 0, 0.000, 0.383, 0.766, 0.766 max_d=0.766 avg_d=0.383 std_dev=0.383
C1' B 0, 0.000, 0.385, 0.770, 0.770 max_d=0.770 avg_d=0.385 std_dev=0.385
C5 B 0, 0.000, 0.394, 0.787, 0.787 max_d=0.787 avg_d=0.394 std_dev=0.394
O4' B 0, 0.000, 0.400, 0.800, 0.800 max_d=0.800 avg_d=0.400 std_dev=0.400
C8 B 0, 0.000, 0.417, 0.834, 0.834 max_d=0.834 avg_d=0.417 std_dev=0.417
O5' B 0, 0.000, 0.440, 0.880, 0.880 max_d=0.880 avg_d=0.440 std_dev=0.440
C6 B 0, 0.000, 0.444, 0.888, 0.888 max_d=0.888 avg_d=0.444 std_dev=0.444
C2' B 0, 0.000, 0.461, 0.923, 0.923 max_d=0.923 avg_d=0.461 std_dev=0.461
O3' B 0, 0.000, 0.528, 1.056, 1.056 max_d=1.056 avg_d=0.528 std_dev=0.528
O5' A 0, 0.000, 0.537, 1.075, 1.075 max_d=1.075 avg_d=0.537 std_dev=0.537
O3' A 0, 0.000, 0.539, 1.077, 1.077 max_d=1.077 avg_d=0.539 std_dev=0.539
N2 B 0, 0.000, 0.549, 1.097, 1.097 max_d=1.097 avg_d=0.549 std_dev=0.549
N7 B 0, 0.000, 0.584, 1.169, 1.169 max_d=1.169 avg_d=0.584 std_dev=0.584
OP1 B 0, 0.000, 0.662, 1.325, 1.325 max_d=1.325 avg_d=0.662 std_dev=0.662
P B 0, 0.000, 0.695, 1.390, 1.390 max_d=1.390 avg_d=0.695 std_dev=0.695
O6 B 0, 0.000, 0.699, 1.398, 1.398 max_d=1.398 avg_d=0.699 std_dev=0.699
O2' B 0, 0.000, 0.758, 1.516, 1.516 max_d=1.516 avg_d=0.758 std_dev=0.758
OP2 B 0, 0.000, 0.847, 1.695, 1.695 max_d=1.695 avg_d=0.847 std_dev=0.847
P A 0, 0.000, 0.903, 1.807, 1.807 max_d=1.807 avg_d=0.903 std_dev=0.903
OP2 A 0, 0.000, 0.986, 1.973, 1.973 max_d=1.973 avg_d=0.986 std_dev=0.986
OP1 A 0, 0.000, 1.111, 2.221, 2.221 max_d=2.221 avg_d=1.111 std_dev=1.111

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01
C2 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.01 0.04 0.00 0.03 0.06
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.07 0.02 0.01 0.05 0.07 0.00 0.01 0.00 0.02 0.09 0.05 0.03
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.10 0.00 0.14 0.00 0.13 0.05 0.05 0.11 0.04 0.01 0.00 0.00 0.02 0.11 0.05 0.05
C4 0.00 0.00 0.04 0.10 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.14 0.00 0.10 0.10 0.12 0.13
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.07 0.03 0.03 0.06 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.07 0.14 0.00 0.07 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.18 0.01 0.13 0.14 0.16 0.16
C5' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.07 0.00 0.09 0.00 0.08 0.04 0.05 0.08 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.07 0.13 0.00 0.07 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.16 0.01 0.11 0.11 0.11 0.13
N1 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.05 0.02 0.04 0.07
N3 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.01 0.06 0.03 0.07 0.09
N4 0.00 0.00 0.05 0.11 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.16 0.00 0.11 0.12 0.15 0.15
O2 0.01 0.00 0.07 0.04 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.07 0.02 0.00 0.06 0.00 0.02
O2' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.03 0.04 0.01 0.04 0.00 0.11 0.00 0.02 0.03 0.01 0.06 0.02 0.00
O3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.14 0.01 0.18 0.00 0.16 0.06 0.06 0.16 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01 0.13 0.03 0.05
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03
O5' 0.00 0.04 0.02 0.02 0.10 0.00 0.13 0.01 0.11 0.05 0.06 0.11 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.00 0.09 0.11 0.10 0.03 0.14 0.01 0.11 0.02 0.03 0.12 0.06 0.06 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.03 0.05 0.05 0.12 0.02 0.16 0.00 0.11 0.04 0.07 0.15 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.06 0.03 0.05 0.13 0.01 0.16 0.00 0.13 0.07 0.09 0.15 0.02 0.00 0.05 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.07 0.06 0.11 0.14 0.05 0.09 0.03 0.13 0.01 0.04 0.03 0.08 0.07 0.03 0.06 0.03 0.15 0.07 0.18 0.02 0.20 0.29 0.23
C2 0.10 0.11 0.12 0.14 0.08 0.12 0.03 0.15 0.00 0.05 0.04 0.16 0.11 0.02 0.08 0.06 0.14 0.10 0.18 0.05 0.21 0.28 0.24
C2' 0.01 0.01 0.05 0.07 0.04 0.01 0.07 0.03 0.09 0.06 0.06 0.04 0.00 0.09 0.03 0.02 0.08 0.02 0.08 0.13 0.09 0.17 0.12
C3' 0.01 0.03 0.06 0.08 0.01 0.02 0.04 0.05 0.05 0.04 0.01 0.08 0.02 0.06 0.01 0.01 0.09 0.01 0.10 0.08 0.12 0.21 0.15
C4 0.14 0.16 0.11 0.12 0.13 0.14 0.07 0.18 0.05 0.08 0.11 0.20 0.16 0.05 0.12 0.07 0.10 0.15 0.20 0.03 0.24 0.31 0.27
C4' 0.04 0.04 0.08 0.12 0.03 0.06 0.02 0.10 0.01 0.02 0.02 0.06 0.04 0.01 0.03 0.00 0.12 0.03 0.16 0.01 0.19 0.28 0.21
C5 0.14 0.15 0.11 0.13 0.12 0.14 0.08 0.18 0.06 0.09 0.11 0.18 0.15 0.06 0.12 0.06 0.10 0.14 0.21 0.00 0.25 0.32 0.28
C5' 0.06 0.07 0.10 0.14 0.06 0.08 0.05 0.13 0.05 0.06 0.06 0.09 0.07 0.05 0.06 0.01 0.15 0.05 0.19 0.04 0.23 0.33 0.26
C6 0.11 0.12 0.11 0.13 0.10 0.12 0.07 0.17 0.05 0.07 0.08 0.15 0.12 0.05 0.10 0.05 0.12 0.12 0.20 0.00 0.24 0.32 0.27
N1 0.10 0.10 0.11 0.14 0.08 0.11 0.05 0.15 0.03 0.06 0.05 0.13 0.10 0.04 0.08 0.05 0.14 0.09 0.19 0.02 0.22 0.30 0.25
N3 0.13 0.15 0.12 0.13 0.11 0.13 0.05 0.17 0.02 0.06 0.08 0.20 0.15 0.03 0.10 0.07 0.12 0.13 0.19 0.06 0.22 0.29 0.25
N4 0.16 0.18 0.11 0.11 0.15 0.16 0.09 0.20 0.06 0.10 0.13 0.22 0.18 0.06 0.14 0.08 0.08 0.17 0.21 0.03 0.25 0.31 0.28
O2 0.08 0.06 0.12 0.15 0.05 0.10 0.00 0.13 0.03 0.03 0.01 0.12 0.08 0.00 0.05 0.06 0.16 0.07 0.17 0.07 0.19 0.26 0.21
O2' 0.11 0.12 0.04 0.01 0.13 0.09 0.16 0.06 0.17 0.15 0.15 0.09 0.11 0.16 0.13 0.11 0.00 0.12 0.02 0.19 0.01 0.08 0.02
O3' 0.06 0.02 0.00 0.02 0.06 0.06 0.09 0.03 0.09 0.10 0.05 0.03 0.03 0.12 0.08 0.07 0.02 0.08 0.02 0.12 0.04 0.14 0.07
O4' 0.09 0.08 0.13 0.17 0.08 0.12 0.07 0.16 0.06 0.08 0.06 0.08 0.08 0.07 0.08 0.04 0.17 0.08 0.22 0.04 0.25 0.34 0.28
O5' 0.10 0.12 0.13 0.17 0.10 0.12 0.09 0.17 0.09 0.08 0.10 0.14 0.11 0.08 0.09 0.05 0.17 0.09 0.23 0.07 0.28 0.36 0.29
OP1 0.01 0.06 0.06 0.11 0.03 0.04 0.03 0.09 0.04 0.01 0.06 0.07 0.04 0.02 0.02 0.03 0.12 0.01 0.16 0.03 0.23 0.32 0.23
OP2 0.13 0.16 0.16 0.20 0.14 0.16 0.13 0.21 0.13 0.12 0.15 0.18 0.15 0.12 0.13 0.07 0.20 0.12 0.27 0.11 0.34 0.42 0.35
P 0.13 0.15 0.16 0.21 0.14 0.16 0.13 0.21 0.14 0.13 0.15 0.16 0.14 0.13 0.13 0.07 0.22 0.12 0.28 0.13 0.34 0.43 0.35

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.06 0.05
C2 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.08 0.01 0.01 0.09 0.01 0.10 0.20 0.15
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.08 0.03 0.01 0.01 0.08 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.05 0.00 0.00
C4 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.10 0.00 0.11 0.19 0.15
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.05 0.07 0.03 0.01 0.00 0.07 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.06 0.04 0.00 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.14 0.01 0.18 0.25 0.21
C5' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.07 0.00 0.11 0.00 0.11 0.12 0.08 0.03 0.04 0.13 0.07 0.02 0.02 0.00 0.01 0.13 0.03 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.01 0.15 0.00 0.20 0.27 0.22
C8 0.01 0.00 0.02 0.08 0.00 0.07 0.00 0.12 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.00 0.14 0.01 0.17 0.20 0.19
N1 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.02 0.01 0.13 0.01 0.16 0.24 0.19
N2 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.11 0.04 0.01 0.08 0.01 0.08 0.19 0.13
N3 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.08 0.01 0.01 0.08 0.00 0.07 0.17 0.13
N7 0.01 0.01 0.02 0.08 0.01 0.07 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.10 0.00 0.16 0.01 0.22 0.27 0.23
N9 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.09 0.01 0.09 0.15 0.13
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.04 0.03 0.03 0.02 0.04 0.01 0.07 0.11 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03
O3' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.06 0.02 0.06 0.09 0.02 0.04 0.01 0.10 0.04 0.01 0.00 0.01 0.03 0.08 0.06 0.01 0.01
O4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01
O5' 0.02 0.09 0.02 0.01 0.10 0.00 0.14 0.01 0.15 0.14 0.13 0.08 0.08 0.16 0.09 0.03 0.03 0.02 0.00 0.17 0.01 0.01 0.00
O6 0.00 0.01 0.01 0.07 0.00 0.06 0.01 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.08 0.01 0.17 0.00 0.25 0.31 0.26
OP1 0.00 0.10 0.03 0.05 0.11 0.04 0.18 0.03 0.20 0.17 0.16 0.08 0.07 0.22 0.09 0.03 0.06 0.02 0.01 0.25 0.00 0.00 0.00
OP2 0.06 0.20 0.02 0.00 0.19 0.00 0.25 0.00 0.27 0.20 0.24 0.19 0.17 0.27 0.15 0.04 0.01 0.01 0.01 0.31 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.15 0.02 0.00 0.15 0.01 0.21 0.00 0.22 0.19 0.19 0.13 0.13 0.23 0.13 0.03 0.01 0.01 0.00 0.26 0.00 0.00 0.00