ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48378

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C1' A 0, 0.000, 0.011, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.000, 0.014, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.000, 0.020, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.020 std_dev=0.020
N3 A 0, 0.000, 0.020, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.020 std_dev=0.020
C6 A 0, 0.000, 0.028, 0.057, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.028 std_dev=0.028
C2 A 0, 0.000, 0.030, 0.059, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.030 std_dev=0.030
C5 A 0, 0.000, 0.031, 0.062, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.031 std_dev=0.031
O4' A 0, 0.000, 0.058, 0.117, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.058 std_dev=0.058
C2 B 0, 0.000, 0.105, 0.210, 0.210 max_d=0.210 avg_d=0.105 std_dev=0.105
C2' A 0, 0.000, 0.105, 0.211, 0.211 max_d=0.211 avg_d=0.105 std_dev=0.105
P B 0, 0.000, 0.116, 0.231, 0.231 max_d=0.231 avg_d=0.116 std_dev=0.116
OP1 B 0, 0.000, 0.152, 0.304, 0.304 max_d=0.304 avg_d=0.152 std_dev=0.152
N3 B 0, 0.000, 0.181, 0.361, 0.361 max_d=0.361 avg_d=0.181 std_dev=0.181
O2 A 0, 0.000, 0.195, 0.390, 0.390 max_d=0.390 avg_d=0.195 std_dev=0.195
N2 B 0, 0.000, 0.198, 0.396, 0.396 max_d=0.396 avg_d=0.198 std_dev=0.198
N4 A 0, 0.000, 0.199, 0.398, 0.398 max_d=0.398 avg_d=0.199 std_dev=0.199
OP2 B 0, 0.000, 0.200, 0.400, 0.400 max_d=0.400 avg_d=0.200 std_dev=0.200
C4' A 0, 0.000, 0.209, 0.418, 0.418 max_d=0.418 avg_d=0.209 std_dev=0.209
C4 B 0, 0.000, 0.213, 0.426, 0.426 max_d=0.426 avg_d=0.213 std_dev=0.213
N9 B 0, 0.000, 0.232, 0.464, 0.464 max_d=0.464 avg_d=0.232 std_dev=0.232
O2' A 0, 0.000, 0.265, 0.530, 0.530 max_d=0.530 avg_d=0.265 std_dev=0.265
N1 B 0, 0.000, 0.283, 0.567, 0.567 max_d=0.567 avg_d=0.283 std_dev=0.283
C3' A 0, 0.000, 0.285, 0.571, 0.571 max_d=0.571 avg_d=0.285 std_dev=0.285
O5' B 0, 0.000, 0.325, 0.649, 0.649 max_d=0.649 avg_d=0.325 std_dev=0.325
C5' A 0, 0.000, 0.343, 0.686, 0.686 max_d=0.686 avg_d=0.343 std_dev=0.343
C1' B 0, 0.000, 0.352, 0.704, 0.704 max_d=0.704 avg_d=0.352 std_dev=0.352
O5' A 0, 0.000, 0.414, 0.827, 0.827 max_d=0.827 avg_d=0.414 std_dev=0.414
O4' B 0, 0.000, 0.418, 0.836, 0.836 max_d=0.836 avg_d=0.418 std_dev=0.418
C5' B 0, 0.000, 0.444, 0.888, 0.888 max_d=0.888 avg_d=0.444 std_dev=0.444
C5 B 0, 0.000, 0.456, 0.913, 0.913 max_d=0.913 avg_d=0.456 std_dev=0.456
O3' A 0, 0.000, 0.475, 0.951, 0.951 max_d=0.951 avg_d=0.475 std_dev=0.475
C8 B 0, 0.000, 0.492, 0.984, 0.984 max_d=0.984 avg_d=0.492 std_dev=0.492
C6 B 0, 0.000, 0.517, 1.033, 1.033 max_d=1.033 avg_d=0.517 std_dev=0.517
C4' B 0, 0.000, 0.585, 1.170, 1.170 max_d=1.170 avg_d=0.585 std_dev=0.585
C2' B 0, 0.000, 0.595, 1.189, 1.189 max_d=1.189 avg_d=0.595 std_dev=0.595
P A 0, 0.000, 0.602, 1.204, 1.204 max_d=1.204 avg_d=0.602 std_dev=0.602
O6 B 0, 0.000, 0.648, 1.296, 1.296 max_d=1.296 avg_d=0.648 std_dev=0.648
N7 B 0, 0.000, 0.658, 1.317, 1.317 max_d=1.317 avg_d=0.658 std_dev=0.658
C3' B 0, 0.000, 0.689, 1.378, 1.378 max_d=1.378 avg_d=0.689 std_dev=0.689
OP2 A 0, 0.000, 0.772, 1.544, 1.544 max_d=1.544 avg_d=0.772 std_dev=0.772
O2' B 0, 0.000, 0.909, 1.818, 1.818 max_d=1.818 avg_d=0.909 std_dev=0.909
OP1 A 0, 0.000, 0.919, 1.838, 1.838 max_d=1.838 avg_d=0.919 std_dev=0.919
O3' B 0, 0.000, 1.118, 2.236, 2.236 max_d=2.236 avg_d=1.118 std_dev=1.118

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.07 0.02
C2 0.02 0.00 0.02 0.08 0.00 0.06 0.03 0.09 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.07 0.07 0.03 0.14 0.12 0.25 0.14
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.03 0.05 0.03 0.07 0.02 0.03 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.09 0.12 0.11 0.10
C3' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.13 0.00 0.15 0.03 0.15 0.07 0.11 0.11 0.08 0.02 0.00 0.00 0.12 0.17 0.13 0.14
C4 0.00 0.00 0.03 0.13 0.00 0.08 0.02 0.14 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.14 0.02 0.20 0.21 0.36 0.22
C4' 0.01 0.06 0.03 0.00 0.08 0.00 0.10 0.00 0.11 0.05 0.08 0.09 0.04 0.07 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03
C5 0.00 0.03 0.05 0.15 0.02 0.10 0.00 0.15 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.00 0.17 0.02 0.20 0.21 0.34 0.21
C5' 0.01 0.09 0.03 0.03 0.14 0.00 0.15 0.00 0.14 0.07 0.12 0.15 0.06 0.07 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04
C6 0.02 0.04 0.07 0.15 0.01 0.11 0.02 0.14 0.00 0.01 0.02 0.00 0.05 0.03 0.16 0.04 0.17 0.16 0.25 0.16
N1 0.00 0.03 0.02 0.07 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.06 0.01 0.11 0.08 0.18 0.10
N3 0.02 0.01 0.03 0.11 0.00 0.08 0.03 0.12 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.06 0.11 0.03 0.18 0.17 0.32 0.19
N4 0.01 0.01 0.01 0.11 0.00 0.09 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.07 0.12 0.04 0.21 0.24 0.40 0.25
O2 0.01 0.00 0.05 0.08 0.02 0.04 0.04 0.06 0.05 0.03 0.02 0.02 0.00 0.08 0.06 0.00 0.12 0.09 0.22 0.11
O2' 0.01 0.07 0.00 0.02 0.05 0.07 0.00 0.07 0.03 0.03 0.06 0.07 0.08 0.00 0.01 0.03 0.11 0.14 0.12 0.12
O3' 0.02 0.07 0.00 0.00 0.14 0.01 0.17 0.02 0.16 0.06 0.11 0.12 0.06 0.01 0.00 0.01 0.13 0.24 0.15 0.18
O4' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.02
O5' 0.03 0.14 0.09 0.12 0.20 0.02 0.20 0.01 0.17 0.11 0.18 0.21 0.12 0.11 0.13 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01
OP1 0.00 0.12 0.12 0.17 0.21 0.02 0.21 0.03 0.16 0.08 0.17 0.24 0.09 0.14 0.24 0.05 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.07 0.25 0.11 0.13 0.36 0.02 0.34 0.01 0.25 0.18 0.32 0.40 0.22 0.12 0.15 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.14 0.10 0.14 0.22 0.03 0.21 0.04 0.16 0.10 0.19 0.25 0.11 0.12 0.18 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.16 0.06 0.30 0.33 0.11 0.22 0.06 0.18 0.05 0.10 0.06 0.08 0.07 0.04 0.11 0.32 0.44 0.13 0.06 0.07 0.02 0.12 0.03
C2 0.17 0.07 0.32 0.36 0.11 0.24 0.06 0.20 0.04 0.09 0.05 0.09 0.08 0.03 0.12 0.35 0.47 0.15 0.08 0.04 0.00 0.11 0.01
C2' 0.15 0.06 0.26 0.29 0.11 0.19 0.09 0.16 0.09 0.12 0.08 0.07 0.06 0.08 0.12 0.27 0.37 0.12 0.03 0.11 0.03 0.13 0.05
C3' 0.06 0.02 0.19 0.23 0.04 0.10 0.02 0.07 0.03 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.19 0.31 0.03 0.06 0.05 0.13 0.22 0.14
C4 0.11 0.02 0.29 0.36 0.08 0.21 0.06 0.17 0.07 0.08 0.05 0.03 0.03 0.04 0.08 0.29 0.48 0.07 0.06 0.08 0.03 0.12 0.04
C4' 0.10 0.01 0.24 0.28 0.06 0.16 0.03 0.12 0.03 0.05 0.02 0.04 0.02 0.01 0.06 0.26 0.39 0.07 0.01 0.05 0.09 0.19 0.10
C5 0.09 0.01 0.27 0.34 0.07 0.18 0.06 0.15 0.08 0.07 0.05 0.01 0.01 0.04 0.07 0.26 0.47 0.05 0.04 0.11 0.04 0.12 0.05
C5' 0.04 0.03 0.20 0.24 0.01 0.10 0.02 0.06 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.04 0.01 0.22 0.36 0.00 0.07 0.01 0.15 0.25 0.17
C6 0.12 0.03 0.29 0.35 0.09 0.20 0.07 0.17 0.09 0.09 0.06 0.04 0.03 0.06 0.09 0.29 0.47 0.08 0.06 0.12 0.02 0.11 0.03
N1 0.14 0.05 0.30 0.34 0.10 0.22 0.06 0.18 0.05 0.09 0.05 0.07 0.06 0.04 0.10 0.31 0.45 0.11 0.06 0.07 0.02 0.12 0.03
N3 0.16 0.05 0.32 0.37 0.11 0.24 0.06 0.20 0.04 0.09 0.05 0.07 0.07 0.03 0.11 0.33 0.48 0.13 0.08 0.04 0.00 0.10 0.01
N4 0.14 0.06 0.32 0.39 0.11 0.24 0.09 0.20 0.11 0.11 0.08 0.06 0.06 0.06 0.11 0.31 0.51 0.10 0.09 0.11 0.01 0.09 0.01
O2 0.15 0.03 0.29 0.33 0.07 0.22 0.01 0.18 0.02 0.06 0.00 0.05 0.05 0.01 0.09 0.33 0.43 0.13 0.05 0.01 0.01 0.13 0.03
O2' 0.28 0.18 0.38 0.41 0.23 0.32 0.19 0.29 0.17 0.23 0.18 0.20 0.19 0.18 0.24 0.40 0.48 0.27 0.15 0.18 0.10 0.01 0.08
O3' 0.05 0.02 0.17 0.21 0.04 0.08 0.02 0.05 0.03 0.05 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.17 0.28 0.02 0.08 0.05 0.14 0.24 0.16
O4' 0.14 0.05 0.29 0.34 0.09 0.21 0.05 0.17 0.04 0.08 0.04 0.07 0.06 0.02 0.10 0.32 0.45 0.11 0.05 0.06 0.04 0.14 0.05
O5' 0.08 0.13 0.10 0.16 0.09 0.01 0.10 0.05 0.08 0.09 0.10 0.10 0.14 0.12 0.10 0.11 0.29 0.12 0.16 0.05 0.24 0.33 0.26
OP1 0.13 0.17 0.09 0.15 0.14 0.05 0.15 0.10 0.12 0.15 0.13 0.13 0.18 0.18 0.15 0.09 0.30 0.19 0.21 0.10 0.29 0.38 0.32
OP2 0.31 0.31 0.10 0.05 0.29 0.24 0.29 0.29 0.25 0.30 0.27 0.26 0.34 0.32 0.31 0.11 0.09 0.37 0.40 0.23 0.49 0.57 0.51
P 0.13 0.16 0.08 0.14 0.13 0.05 0.15 0.09 0.12 0.15 0.13 0.13 0.18 0.17 0.15 0.08 0.29 0.19 0.20 0.09 0.29 0.38 0.31

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.07 0.09 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.03 0.16 0.21 0.17
C2 0.09 0.00 0.19 0.22 0.05 0.13 0.00 0.10 0.04 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.19 0.26 0.08 0.03 0.04 0.09 0.18 0.09
C2' 0.00 0.19 0.00 0.00 0.08 0.02 0.08 0.04 0.09 0.02 0.16 0.18 0.17 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.10 0.08 0.13 0.13 0.11
C3' 0.02 0.22 0.00 0.00 0.11 0.00 0.12 0.04 0.14 0.01 0.20 0.20 0.19 0.08 0.06 0.01 0.01 0.00 0.02 0.13 0.11 0.03 0.05
C4 0.02 0.05 0.08 0.11 0.00 0.05 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.06 0.14 0.01 0.12 0.03 0.17 0.24 0.16
C4' 0.01 0.13 0.02 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.07 0.01 0.11 0.12 0.11 0.06 0.03 0.05 0.01 0.01 0.04 0.04 0.05 0.03 0.03
C5 0.02 0.00 0.08 0.12 0.00 0.07 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.06 0.16 0.01 0.10 0.04 0.18 0.25 0.16
C5' 0.02 0.10 0.04 0.04 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.08 0.09 0.08 0.02 0.00 0.05 0.03 0.03 0.00 0.00 0.05 0.01 0.00
C6 0.01 0.04 0.09 0.14 0.01 0.07 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.04 0.06 0.01 0.00 0.07 0.19 0.01 0.08 0.00 0.18 0.23 0.15
C8 0.01 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.04 0.04 0.03 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.19 0.04 0.25 0.31 0.23
N1 0.07 0.01 0.16 0.20 0.04 0.11 0.01 0.08 0.02 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.15 0.26 0.05 0.05 0.01 0.13 0.21 0.12
N2 0.09 0.01 0.18 0.20 0.03 0.12 0.01 0.09 0.04 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.19 0.25 0.08 0.04 0.02 0.08 0.18 0.09
N3 0.09 0.01 0.17 0.19 0.01 0.11 0.03 0.08 0.06 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.05 0.16 0.21 0.07 0.06 0.07 0.10 0.19 0.11
N7 0.01 0.00 0.03 0.08 0.01 0.06 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.10 0.00 0.11 0.07 0.22 0.28 0.18
N9 0.01 0.06 0.03 0.06 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.05 0.00 0.00 0.01 0.07 0.00 0.16 0.04 0.19 0.25 0.18
O2' 0.01 0.19 0.00 0.01 0.06 0.05 0.06 0.05 0.07 0.02 0.15 0.19 0.16 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.09 0.07 0.09 0.11 0.09
O3' 0.01 0.26 0.01 0.01 0.14 0.01 0.16 0.03 0.19 0.03 0.26 0.25 0.21 0.10 0.07 0.02 0.00 0.00 0.08 0.20 0.02 0.10 0.05
O4' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.05 0.08 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.21 0.06 0.17 0.22 0.19
O5' 0.17 0.03 0.10 0.02 0.12 0.04 0.10 0.00 0.08 0.19 0.05 0.04 0.06 0.11 0.16 0.09 0.08 0.21 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00
O6 0.03 0.04 0.08 0.13 0.03 0.04 0.04 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.07 0.07 0.04 0.07 0.20 0.06 0.11 0.00 0.23 0.29 0.20
OP1 0.16 0.09 0.13 0.11 0.17 0.05 0.18 0.05 0.18 0.25 0.13 0.08 0.10 0.22 0.19 0.09 0.02 0.17 0.01 0.23 0.00 0.00 0.00
OP2 0.21 0.18 0.13 0.03 0.24 0.03 0.25 0.01 0.23 0.31 0.21 0.18 0.19 0.28 0.25 0.11 0.10 0.22 0.01 0.29 0.00 0.00 0.01
P 0.17 0.09 0.11 0.05 0.16 0.03 0.16 0.00 0.15 0.23 0.12 0.09 0.11 0.18 0.18 0.09 0.05 0.19 0.00 0.20 0.00 0.01 0.00