ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48388

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 0, 2, 4, 5, 9, 11, 11, 8, 10, 9, 7, 8, 2, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.011, 0.018, 0.025, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.018 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.011 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.018, 0.031, 0.044, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.031 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.027, 0.042, 0.056, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.042 std_dev=0.015
C6 A 0, 0.023, 0.040, 0.056, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.040 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.025, 0.042, 0.059, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.042 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.025, 0.042, 0.060, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.042 std_dev=0.017
O2 A 0, 0.069, 0.117, 0.165, 0.252 max_d=0.252 avg_d=0.117 std_dev=0.048
N4 A 0, 0.076, 0.128, 0.179, 0.252 max_d=0.252 avg_d=0.128 std_dev=0.052
O4' A 0, 0.340, 0.463, 0.587, 0.793 max_d=0.793 avg_d=0.463 std_dev=0.123
C2' A 0, 0.333, 0.467, 0.600, 0.801 max_d=0.801 avg_d=0.467 std_dev=0.134
O5' A 0, 0.700, 0.883, 1.067, 1.354 max_d=1.354 avg_d=0.883 std_dev=0.184
P A 0, 0.659, 0.848, 1.037, 1.359 max_d=1.359 avg_d=0.848 std_dev=0.189
C4' A 0, 0.815, 1.012, 1.209, 1.399 max_d=1.399 avg_d=1.012 std_dev=0.197
C3' A 0, 1.052, 1.277, 1.502, 1.655 max_d=1.655 avg_d=1.277 std_dev=0.225
C5' A 0, 0.757, 1.004, 1.252, 1.642 max_d=1.642 avg_d=1.004 std_dev=0.247
OP2 A 0, 0.787, 1.037, 1.286, 1.653 max_d=1.653 avg_d=1.037 std_dev=0.250
N1 B 0, 0.442, 0.695, 0.948, 1.266 max_d=1.266 avg_d=0.695 std_dev=0.253
N6 B 0, 0.457, 0.711, 0.965, 1.365 max_d=1.365 avg_d=0.711 std_dev=0.254
C6 B 0, 0.488, 0.747, 1.006, 1.320 max_d=1.320 avg_d=0.747 std_dev=0.259
OP1 A 0, 0.723, 0.989, 1.254, 1.677 max_d=1.677 avg_d=0.989 std_dev=0.266
O2' A 0, 1.320, 1.614, 1.908, 1.899 max_d=1.899 avg_d=1.614 std_dev=0.294
C2 B 0, 0.505, 0.800, 1.095, 1.695 max_d=1.695 avg_d=0.800 std_dev=0.295
N3 B 0, 0.598, 0.915, 1.233, 1.803 max_d=1.803 avg_d=0.915 std_dev=0.318
C5 B 0, 0.616, 0.938, 1.260, 1.512 max_d=1.512 avg_d=0.938 std_dev=0.322
C4 B 0, 0.657, 0.985, 1.314, 1.545 max_d=1.545 avg_d=0.985 std_dev=0.328
N9 B 0, 0.789, 1.203, 1.618, 1.885 max_d=1.885 avg_d=1.203 std_dev=0.414
N7 B 0, 0.753, 1.169, 1.585, 1.920 max_d=1.920 avg_d=1.169 std_dev=0.416
O3' A 0, 1.950, 2.402, 2.854, 3.055 max_d=3.055 avg_d=2.402 std_dev=0.452
C8 B 0, 0.860, 1.321, 1.782, 2.111 max_d=2.111 avg_d=1.321 std_dev=0.461
C2' B 0, 0.674, 1.138, 1.601, 2.137 max_d=2.137 avg_d=1.138 std_dev=0.464
C1' B 0, 0.843, 1.313, 1.782, 2.175 max_d=2.175 avg_d=1.313 std_dev=0.469
O2' B 0, 0.662, 1.165, 1.668, 2.352 max_d=2.352 avg_d=1.165 std_dev=0.503
C3' B 0, 0.866, 1.432, 1.998, 2.448 max_d=2.448 avg_d=1.432 std_dev=0.566
O4' B 0, 1.048, 1.639, 2.229, 2.677 max_d=2.677 avg_d=1.639 std_dev=0.590
O3' B 0, 0.922, 1.534, 2.147, 2.681 max_d=2.681 avg_d=1.534 std_dev=0.613
C4' B 0, 1.074, 1.720, 2.365, 2.819 max_d=2.819 avg_d=1.720 std_dev=0.645
O5' B 0, 1.250, 1.978, 2.706, 3.190 max_d=3.190 avg_d=1.978 std_dev=0.728
C5' B 0, 1.320, 2.069, 2.818, 3.318 max_d=3.318 avg_d=2.069 std_dev=0.749
OP2 B 0, 1.258, 2.047, 2.836, 4.552 max_d=4.552 avg_d=2.047 std_dev=0.789
P B 0, 1.347, 2.199, 3.051, 4.833 max_d=4.833 avg_d=2.199 std_dev=0.852
OP1 B 0, 1.534, 2.512, 3.491, 6.189 max_d=6.189 avg_d=2.512 std_dev=0.978

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.08 0.01 0.09 0.08 0.14 0.10
C2 0.01 0.00 0.07 0.09 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.09 0.08 0.03 0.12 0.14 0.21 0.15
C2' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.06 0.05 0.02 0.06 0.05 0.12 0.00 0.02 0.02 0.14 0.14 0.20 0.15
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.14 0.00 0.16 0.02 0.14 0.09 0.11 0.15 0.09 0.02 0.01 0.02 0.05 0.07 0.09 0.05
C4 0.01 0.01 0.04 0.14 0.00 0.07 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.13 0.10 0.04 0.17 0.22 0.29 0.22
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.07 0.00 0.09 0.01 0.09 0.04 0.04 0.08 0.04 0.12 0.02 0.00 0.02 0.05 0.04 0.02
C5 0.02 0.01 0.05 0.16 0.00 0.09 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.11 0.13 0.05 0.18 0.23 0.28 0.23
C5' 0.03 0.05 0.06 0.02 0.11 0.01 0.12 0.00 0.11 0.06 0.08 0.12 0.04 0.07 0.08 0.02 0.01 0.05 0.02 0.02
C6 0.01 0.01 0.05 0.14 0.01 0.09 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.11 0.06 0.15 0.18 0.21 0.18
N1 0.01 0.01 0.02 0.09 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.04 0.02 0.12 0.13 0.19 0.14
N3 0.01 0.01 0.06 0.11 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.12 0.08 0.03 0.15 0.18 0.26 0.19
N4 0.02 0.02 0.05 0.15 0.01 0.08 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.14 0.11 0.05 0.19 0.26 0.33 0.25
O2 0.02 0.01 0.12 0.09 0.02 0.04 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.11 0.16 0.05 0.11 0.11 0.19 0.13
O2' 0.03 0.09 0.00 0.02 0.13 0.12 0.11 0.07 0.09 0.07 0.12 0.14 0.11 0.00 0.05 0.09 0.10 0.10 0.20 0.12
O3' 0.08 0.08 0.02 0.01 0.10 0.02 0.13 0.08 0.11 0.04 0.08 0.11 0.16 0.05 0.00 0.06 0.13 0.18 0.16 0.14
O4' 0.01 0.03 0.02 0.02 0.04 0.00 0.05 0.02 0.06 0.02 0.03 0.05 0.05 0.09 0.06 0.00 0.07 0.07 0.10 0.07
O5' 0.09 0.12 0.14 0.05 0.17 0.02 0.18 0.01 0.15 0.12 0.15 0.19 0.11 0.10 0.13 0.07 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.08 0.14 0.14 0.07 0.22 0.05 0.23 0.05 0.18 0.13 0.18 0.26 0.11 0.10 0.18 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.14 0.21 0.20 0.09 0.29 0.04 0.28 0.02 0.21 0.19 0.26 0.33 0.19 0.20 0.16 0.10 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.15 0.15 0.05 0.22 0.02 0.23 0.02 0.18 0.14 0.19 0.25 0.13 0.12 0.14 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.20 0.24 0.19 0.19 0.18 0.18 0.14 0.19 0.13 0.14 0.19 0.23 0.12 0.12 0.17 0.22 0.21 0.18 0.12 0.15 0.15 0.15
C2 0.17 0.26 0.16 0.16 0.18 0.16 0.14 0.19 0.16 0.12 0.24 0.23 0.12 0.11 0.16 0.19 0.19 0.15 0.12 0.15 0.17 0.16
C2' 0.23 0.26 0.21 0.21 0.21 0.22 0.18 0.25 0.17 0.18 0.21 0.26 0.18 0.18 0.20 0.24 0.22 0.23 0.17 0.20 0.22 0.23
C3' 0.22 0.25 0.23 0.23 0.20 0.22 0.17 0.25 0.16 0.17 0.19 0.25 0.16 0.16 0.19 0.24 0.26 0.21 0.15 0.19 0.21 0.21
C4 0.17 0.26 0.17 0.18 0.19 0.17 0.17 0.21 0.20 0.14 0.25 0.24 0.18 0.14 0.17 0.18 0.21 0.16 0.18 0.22 0.24 0.22
C4' 0.22 0.24 0.24 0.26 0.20 0.23 0.16 0.23 0.14 0.16 0.18 0.24 0.12 0.14 0.19 0.26 0.30 0.21 0.16 0.19 0.18 0.18
C5 0.17 0.26 0.16 0.17 0.19 0.16 0.16 0.20 0.18 0.13 0.24 0.23 0.16 0.13 0.16 0.18 0.20 0.15 0.15 0.19 0.21 0.19
C5' 0.22 0.24 0.24 0.25 0.20 0.22 0.15 0.22 0.14 0.15 0.19 0.24 0.12 0.13 0.19 0.26 0.30 0.20 0.16 0.19 0.17 0.17
C6 0.18 0.25 0.17 0.17 0.18 0.16 0.15 0.19 0.16 0.12 0.22 0.23 0.13 0.12 0.16 0.19 0.20 0.16 0.13 0.16 0.17 0.16
N1 0.18 0.25 0.17 0.17 0.18 0.16 0.14 0.18 0.15 0.12 0.22 0.23 0.11 0.11 0.16 0.20 0.19 0.16 0.12 0.14 0.16 0.15
N3 0.17 0.27 0.17 0.17 0.19 0.16 0.16 0.21 0.19 0.13 0.26 0.24 0.17 0.13 0.16 0.18 0.20 0.15 0.15 0.20 0.22 0.20
N4 0.19 0.27 0.18 0.21 0.21 0.19 0.19 0.24 0.22 0.17 0.26 0.24 0.21 0.18 0.18 0.19 0.24 0.17 0.23 0.29 0.30 0.28
O2 0.18 0.26 0.17 0.17 0.18 0.16 0.14 0.19 0.14 0.12 0.23 0.23 0.11 0.11 0.16 0.19 0.19 0.16 0.11 0.14 0.16 0.16
O2' 0.23 0.23 0.24 0.24 0.20 0.23 0.18 0.25 0.18 0.19 0.18 0.24 0.21 0.19 0.20 0.26 0.26 0.23 0.18 0.22 0.23 0.24
O3' 0.34 0.35 0.39 0.40 0.32 0.36 0.28 0.37 0.27 0.29 0.29 0.35 0.25 0.27 0.31 0.40 0.44 0.33 0.29 0.32 0.31 0.33
O4' 0.23 0.26 0.24 0.25 0.21 0.23 0.18 0.22 0.17 0.18 0.21 0.25 0.14 0.16 0.21 0.26 0.28 0.21 0.18 0.21 0.18 0.19
O5' 0.20 0.25 0.21 0.21 0.19 0.19 0.15 0.20 0.15 0.14 0.20 0.24 0.13 0.13 0.17 0.24 0.24 0.18 0.15 0.14 0.15 0.16
OP1 0.20 0.24 0.21 0.20 0.19 0.18 0.15 0.20 0.15 0.14 0.19 0.23 0.13 0.13 0.17 0.24 0.24 0.18 0.15 0.15 0.16 0.16
OP2 0.26 0.31 0.24 0.22 0.26 0.23 0.24 0.26 0.25 0.22 0.28 0.29 0.23 0.22 0.24 0.27 0.22 0.25 0.22 0.20 0.22 0.23
P 0.21 0.26 0.21 0.20 0.20 0.19 0.17 0.20 0.18 0.16 0.22 0.25 0.16 0.15 0.19 0.24 0.23 0.19 0.17 0.16 0.17 0.17

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.10 0.13 0.10 0.11
C2 0.02 0.00 0.07 0.08 0.01 0.03 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.10 0.02 0.14 0.15 0.15 0.15
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.05 0.04 0.06 0.07 0.05 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.08 0.13 0.09 0.08
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.06 0.07 0.07 0.07 0.07 0.06 0.03 0.02 0.01 0.01 0.06 0.15 0.08 0.06
C4 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.06 0.02 0.14 0.15 0.14 0.14
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.06 0.04 0.03 0.07 0.06 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.08 0.07 0.04
C5 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.05 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.06 0.02 0.15 0.15 0.15 0.15
C5' 0.03 0.08 0.02 0.02 0.09 0.01 0.12 0.00 0.12 0.12 0.11 0.07 0.14 0.14 0.08 0.04 0.03 0.02 0.01 0.10 0.11 0.02
C6 0.01 0.01 0.05 0.06 0.01 0.05 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.08 0.02 0.15 0.15 0.16 0.15
C8 0.01 0.01 0.04 0.07 0.01 0.06 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.08 0.03 0.16 0.15 0.14 0.15
N1 0.02 0.00 0.06 0.07 0.01 0.04 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.09 0.02 0.14 0.15 0.16 0.15
N3 0.02 0.01 0.07 0.07 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.09 0.02 0.13 0.15 0.14 0.14
N6 0.02 0.01 0.05 0.07 0.01 0.07 0.01 0.14 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.06 0.09 0.04 0.14 0.15 0.16 0.15
N7 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.06 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.08 0.03 0.16 0.15 0.15 0.16
N9 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.14 0.14 0.13 0.14
O2' 0.02 0.09 0.00 0.02 0.05 0.04 0.04 0.04 0.06 0.03 0.08 0.09 0.06 0.03 0.02 0.00 0.04 0.05 0.04 0.11 0.08 0.06
O3' 0.02 0.10 0.02 0.01 0.06 0.01 0.06 0.03 0.08 0.08 0.09 0.09 0.09 0.08 0.04 0.04 0.00 0.02 0.06 0.17 0.10 0.07
O4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.04 0.03 0.01 0.05 0.02 0.00 0.09 0.13 0.11 0.12
O5' 0.10 0.14 0.08 0.06 0.14 0.01 0.15 0.01 0.15 0.16 0.14 0.13 0.14 0.16 0.14 0.04 0.06 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.13 0.15 0.13 0.15 0.15 0.08 0.15 0.10 0.15 0.15 0.15 0.15 0.15 0.15 0.14 0.11 0.17 0.13 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.10 0.15 0.09 0.08 0.14 0.07 0.15 0.11 0.16 0.14 0.16 0.14 0.16 0.15 0.13 0.08 0.10 0.11 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.15 0.08 0.06 0.14 0.04 0.15 0.02 0.15 0.15 0.15 0.14 0.15 0.16 0.14 0.06 0.07 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00