ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48389

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 4, 7, 14, 8, 9, 7, 3, 5, 6, 1, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.011, 0.020, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.011 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.002, 0.015, 0.028, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.015 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.018 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.005, 0.019, 0.033, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.019 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.006, 0.020, 0.034, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.020 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.005, 0.019, 0.034, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.019 std_dev=0.014
O2 A 0, 0.011, 0.048, 0.086, 0.191 max_d=0.191 avg_d=0.048 std_dev=0.037
N4 A 0, 0.014, 0.052, 0.090, 0.169 max_d=0.169 avg_d=0.052 std_dev=0.038
O4' A 0, 0.063, 0.217, 0.370, 0.599 max_d=0.599 avg_d=0.217 std_dev=0.153
C2' A 0, 0.035, 0.210, 0.385, 0.639 max_d=0.639 avg_d=0.210 std_dev=0.175
N6 B 0, 0.225, 0.439, 0.654, 1.189 max_d=1.189 avg_d=0.439 std_dev=0.215
C6 B 0, 0.154, 0.389, 0.623, 1.150 max_d=1.150 avg_d=0.389 std_dev=0.235
O2' A 0, 0.061, 0.306, 0.551, 1.134 max_d=1.134 avg_d=0.306 std_dev=0.245
C4' A 0, 0.103, 0.357, 0.610, 0.942 max_d=0.942 avg_d=0.357 std_dev=0.253
N1 B 0, 0.150, 0.409, 0.669, 1.236 max_d=1.236 avg_d=0.409 std_dev=0.259
C5 B 0, 0.195, 0.466, 0.737, 1.250 max_d=1.250 avg_d=0.466 std_dev=0.271
C3' A 0, 0.104, 0.383, 0.662, 1.007 max_d=1.007 avg_d=0.383 std_dev=0.279
C2 B 0, 0.241, 0.530, 0.819, 1.403 max_d=1.403 avg_d=0.530 std_dev=0.289
C4 B 0, 0.266, 0.570, 0.873, 1.419 max_d=1.419 avg_d=0.570 std_dev=0.304
N3 B 0, 0.310, 0.620, 0.930, 1.408 max_d=1.408 avg_d=0.620 std_dev=0.310
O5' A 0, 0.151, 0.470, 0.789, 1.548 max_d=1.548 avg_d=0.470 std_dev=0.319
N7 B 0, 0.221, 0.557, 0.892, 1.528 max_d=1.528 avg_d=0.557 std_dev=0.335
N9 B 0, 0.325, 0.702, 1.079, 1.792 max_d=1.792 avg_d=0.702 std_dev=0.377
C8 B 0, 0.276, 0.666, 1.055, 1.818 max_d=1.818 avg_d=0.666 std_dev=0.390
P A 0, 0.128, 0.551, 0.975, 2.700 max_d=2.700 avg_d=0.551 std_dev=0.424
O3' A 0, 0.163, 0.590, 1.017, 1.734 max_d=1.734 avg_d=0.590 std_dev=0.427
C5' A 0, 0.100, 0.534, 0.967, 1.527 max_d=1.527 avg_d=0.534 std_dev=0.434
C1' B 0, 0.474, 0.941, 1.407, 2.257 max_d=2.257 avg_d=0.941 std_dev=0.467
O4' B 0, 0.648, 1.182, 1.716, 2.799 max_d=2.799 avg_d=1.182 std_dev=0.534
C2' B 0, 0.657, 1.231, 1.805, 2.703 max_d=2.703 avg_d=1.231 std_dev=0.574
OP2 A 0, 0.021, 0.611, 1.201, 4.881 max_d=4.881 avg_d=0.611 std_dev=0.590
OP1 A 0, 0.061, 0.655, 1.248, 3.991 max_d=3.991 avg_d=0.655 std_dev=0.593
C3' B 0, 0.961, 1.599, 2.237, 3.289 max_d=3.289 avg_d=1.599 std_dev=0.638
C4' B 0, 0.900, 1.545, 2.191, 3.437 max_d=3.437 avg_d=1.545 std_dev=0.645
O2' B 0, 0.768, 1.426, 2.084, 3.100 max_d=3.100 avg_d=1.426 std_dev=0.658
O5' B 0, 1.021, 1.729, 2.438, 3.678 max_d=3.678 avg_d=1.729 std_dev=0.709
C5' B 0, 1.108, 1.818, 2.527, 3.796 max_d=3.796 avg_d=1.818 std_dev=0.709
O3' B 0, 1.295, 2.071, 2.848, 4.003 max_d=4.003 avg_d=2.071 std_dev=0.776
P B 0, 1.186, 1.990, 2.795, 4.321 max_d=4.321 avg_d=1.990 std_dev=0.805
OP1 B 0, 1.573, 2.401, 3.228, 4.618 max_d=4.618 avg_d=2.401 std_dev=0.827
OP2 B 0, 0.865, 2.079, 3.292, 6.060 max_d=6.060 avg_d=2.079 std_dev=1.214

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.13 0.27 0.13 0.07
C2 0.02 0.00 0.11 0.12 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.13 0.15 0.05 0.20 0.22 0.29 0.14
C2' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.05 0.02 0.06 0.02 0.08 0.02 0.10 0.06 0.19 0.00 0.02 0.01 0.16 0.30 0.22 0.14
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.12 0.01 0.14 0.03 0.14 0.07 0.13 0.13 0.17 0.02 0.01 0.01 0.19 0.29 0.25 0.20
C4 0.02 0.01 0.05 0.12 0.00 0.08 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.13 0.04 0.27 0.23 0.47 0.28
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.08 0.00 0.11 0.01 0.11 0.05 0.06 0.09 0.07 0.08 0.02 0.01 0.03 0.24 0.13 0.11
C5 0.02 0.01 0.06 0.14 0.01 0.11 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.06 0.16 0.04 0.29 0.24 0.47 0.29
C5' 0.04 0.10 0.02 0.03 0.18 0.01 0.21 0.00 0.18 0.10 0.14 0.19 0.07 0.07 0.05 0.02 0.01 0.10 0.13 0.02
C6 0.02 0.01 0.08 0.14 0.01 0.11 0.01 0.18 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.06 0.15 0.04 0.26 0.20 0.35 0.20
N1 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.06 0.02 0.20 0.21 0.25 0.12
N3 0.02 0.00 0.10 0.13 0.00 0.06 0.01 0.14 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.16 0.05 0.24 0.21 0.39 0.21
N4 0.03 0.02 0.06 0.13 0.01 0.09 0.02 0.19 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.11 0.16 0.05 0.28 0.25 0.54 0.32
O2 0.04 0.01 0.19 0.17 0.01 0.07 0.02 0.07 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.21 0.23 0.07 0.18 0.25 0.23 0.10
O2' 0.02 0.13 0.00 0.02 0.09 0.08 0.06 0.07 0.06 0.05 0.13 0.11 0.21 0.00 0.05 0.06 0.08 0.36 0.18 0.15
O3' 0.02 0.15 0.02 0.01 0.13 0.02 0.16 0.05 0.15 0.06 0.16 0.16 0.23 0.05 0.00 0.02 0.20 0.37 0.33 0.26
O4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.05 0.05 0.07 0.06 0.02 0.00 0.11 0.30 0.15 0.15
O5' 0.13 0.20 0.16 0.19 0.27 0.03 0.29 0.01 0.26 0.20 0.24 0.28 0.18 0.08 0.20 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.27 0.22 0.30 0.29 0.23 0.24 0.24 0.10 0.20 0.21 0.21 0.25 0.25 0.36 0.37 0.30 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 0.29 0.22 0.25 0.47 0.13 0.47 0.13 0.35 0.25 0.39 0.54 0.23 0.18 0.33 0.15 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.14 0.14 0.20 0.28 0.11 0.29 0.02 0.20 0.12 0.21 0.32 0.10 0.15 0.26 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.24 0.29 0.31 0.39 0.20 0.22 0.14 0.30 0.12 0.14 0.20 0.29 0.15 0.13 0.19 0.31 0.50 0.23 0.44 0.63 0.77 0.61
C2 0.21 0.32 0.22 0.27 0.20 0.16 0.13 0.25 0.13 0.12 0.26 0.29 0.13 0.11 0.17 0.25 0.36 0.22 0.39 0.58 0.75 0.56
C2' 0.36 0.36 0.52 0.57 0.32 0.37 0.27 0.40 0.25 0.28 0.28 0.37 0.26 0.26 0.32 0.46 0.68 0.32 0.52 0.67 0.82 0.64
C3' 0.39 0.38 0.54 0.58 0.34 0.39 0.29 0.41 0.26 0.30 0.30 0.40 0.26 0.28 0.35 0.50 0.69 0.34 0.52 0.66 0.82 0.64
C4 0.23 0.34 0.20 0.20 0.24 0.17 0.19 0.24 0.22 0.16 0.31 0.30 0.17 0.15 0.21 0.25 0.26 0.25 0.34 0.53 0.76 0.50
C4' 0.29 0.32 0.42 0.47 0.24 0.29 0.15 0.34 0.13 0.16 0.21 0.33 0.14 0.14 0.23 0.40 0.59 0.26 0.48 0.65 0.79 0.63
C5 0.23 0.33 0.20 0.22 0.23 0.16 0.17 0.23 0.19 0.15 0.29 0.30 0.15 0.14 0.19 0.25 0.30 0.25 0.35 0.54 0.76 0.52
C5' 0.24 0.29 0.35 0.40 0.19 0.22 0.11 0.27 0.11 0.11 0.18 0.29 0.15 0.11 0.18 0.36 0.52 0.21 0.44 0.61 0.78 0.61
C6 0.22 0.32 0.22 0.27 0.21 0.16 0.14 0.24 0.15 0.12 0.25 0.29 0.12 0.11 0.18 0.26 0.37 0.23 0.37 0.58 0.76 0.55
N1 0.22 0.31 0.24 0.31 0.20 0.17 0.13 0.25 0.13 0.12 0.23 0.29 0.12 0.11 0.17 0.26 0.40 0.22 0.40 0.59 0.76 0.57
N3 0.23 0.34 0.20 0.22 0.23 0.16 0.17 0.24 0.20 0.14 0.31 0.30 0.13 0.13 0.20 0.25 0.28 0.23 0.35 0.54 0.75 0.52
N4 0.26 0.34 0.21 0.19 0.27 0.20 0.24 0.26 0.27 0.21 0.33 0.31 0.24 0.20 0.24 0.26 0.23 0.28 0.36 0.50 0.79 0.49
O2 0.21 0.31 0.24 0.32 0.19 0.18 0.12 0.28 0.12 0.12 0.22 0.28 0.19 0.13 0.17 0.26 0.40 0.21 0.42 0.60 0.75 0.59
O2' 0.44 0.41 0.60 0.66 0.39 0.46 0.33 0.48 0.30 0.35 0.32 0.44 0.30 0.33 0.40 0.55 0.77 0.40 0.61 0.74 0.86 0.71
O3' 0.55 0.49 0.73 0.74 0.49 0.55 0.42 0.54 0.38 0.46 0.40 0.53 0.35 0.42 0.50 0.69 0.85 0.48 0.63 0.74 0.89 0.72
O4' 0.24 0.31 0.28 0.35 0.21 0.21 0.15 0.29 0.15 0.15 0.22 0.30 0.16 0.15 0.20 0.31 0.47 0.24 0.45 0.64 0.78 0.63
O5' 0.37 0.41 0.37 0.38 0.34 0.32 0.29 0.35 0.29 0.28 0.35 0.41 0.26 0.26 0.33 0.41 0.47 0.38 0.45 0.61 0.76 0.60
OP1 0.32 0.36 0.35 0.38 0.30 0.28 0.26 0.30 0.26 0.26 0.30 0.35 0.27 0.25 0.29 0.38 0.49 0.34 0.44 0.59 0.77 0.59
OP2 0.42 0.43 0.31 0.30 0.40 0.37 0.40 0.43 0.40 0.41 0.41 0.42 0.41 0.41 0.40 0.36 0.33 0.49 0.50 0.63 0.83 0.65
P 0.28 0.33 0.26 0.28 0.26 0.22 0.23 0.28 0.24 0.22 0.28 0.32 0.24 0.23 0.25 0.30 0.39 0.32 0.40 0.58 0.75 0.57

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.13 0.19 0.19 0.15
C2 0.03 0.00 0.23 0.29 0.01 0.08 0.02 0.19 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.14 0.36 0.08 0.30 0.38 0.54 0.39
C2' 0.01 0.23 0.00 0.01 0.12 0.01 0.07 0.04 0.12 0.09 0.19 0.23 0.09 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.16 0.23 0.14 0.16
C3' 0.01 0.29 0.01 0.00 0.18 0.00 0.15 0.03 0.20 0.10 0.26 0.26 0.18 0.09 0.07 0.02 0.01 0.01 0.21 0.31 0.10 0.18
C4 0.02 0.01 0.12 0.18 0.00 0.08 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.07 0.20 0.05 0.27 0.34 0.48 0.35
C4' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.08 0.00 0.10 0.01 0.10 0.10 0.10 0.07 0.11 0.11 0.06 0.06 0.02 0.00 0.02 0.14 0.15 0.03
C5 0.01 0.02 0.07 0.15 0.01 0.10 0.00 0.24 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.17 0.03 0.33 0.43 0.61 0.44
C5' 0.07 0.19 0.04 0.03 0.19 0.01 0.24 0.00 0.24 0.23 0.22 0.16 0.26 0.26 0.17 0.05 0.05 0.02 0.01 0.19 0.24 0.02
C6 0.02 0.01 0.12 0.20 0.01 0.10 0.01 0.24 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.07 0.25 0.04 0.36 0.48 0.68 0.48
C8 0.01 0.02 0.09 0.10 0.01 0.10 0.01 0.23 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.07 0.11 0.07 0.30 0.35 0.51 0.36
N1 0.03 0.00 0.19 0.26 0.01 0.10 0.02 0.22 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.11 0.33 0.07 0.34 0.45 0.63 0.46
N3 0.03 0.00 0.23 0.26 0.01 0.07 0.01 0.16 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.13 0.31 0.08 0.25 0.32 0.45 0.33
N6 0.02 0.02 0.09 0.18 0.01 0.11 0.01 0.26 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.07 0.23 0.04 0.38 0.54 0.75 0.53
N7 0.01 0.03 0.05 0.09 0.02 0.11 0.01 0.26 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.06 0.10 0.04 0.35 0.44 0.65 0.45
N9 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.06 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.07 0.01 0.23 0.28 0.38 0.28
O2' 0.02 0.14 0.00 0.02 0.07 0.06 0.05 0.05 0.07 0.07 0.11 0.13 0.07 0.06 0.03 0.00 0.03 0.07 0.07 0.16 0.10 0.07
O3' 0.01 0.36 0.02 0.01 0.20 0.02 0.17 0.05 0.25 0.11 0.33 0.31 0.23 0.10 0.07 0.03 0.00 0.02 0.19 0.42 0.14 0.18
O4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.05 0.00 0.03 0.02 0.04 0.07 0.07 0.08 0.04 0.04 0.01 0.07 0.02 0.00 0.11 0.22 0.15 0.11
O5' 0.13 0.30 0.16 0.21 0.27 0.02 0.33 0.01 0.36 0.30 0.34 0.25 0.38 0.35 0.23 0.07 0.19 0.11 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.19 0.38 0.23 0.31 0.34 0.14 0.43 0.19 0.48 0.35 0.45 0.32 0.54 0.44 0.28 0.16 0.42 0.22 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.19 0.54 0.14 0.10 0.48 0.15 0.61 0.24 0.68 0.51 0.63 0.45 0.75 0.65 0.38 0.10 0.14 0.15 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.15 0.39 0.16 0.18 0.35 0.03 0.44 0.02 0.48 0.36 0.46 0.33 0.53 0.45 0.28 0.07 0.18 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00