ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48391

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 3, 5, 8, 3, 7, 2, 4, 2, 5, 1, 4, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.005, 0.009, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.005 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.007 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.007, 0.013, 0.020, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.013 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.011, 0.019, 0.027, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.019 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.009, 0.018, 0.027, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.018 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.011, 0.019, 0.028, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.019 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.011, 0.020, 0.028, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.020 std_dev=0.009
O2 A 0, 0.027, 0.047, 0.067, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.047 std_dev=0.020
N4 A 0, 0.028, 0.059, 0.089, 0.148 max_d=0.148 avg_d=0.059 std_dev=0.031
C2' A 0, 0.038, 0.115, 0.192, 0.427 max_d=0.427 avg_d=0.115 std_dev=0.077
O2' A 0, 0.068, 0.151, 0.234, 0.411 max_d=0.411 avg_d=0.151 std_dev=0.083
O4' A 0, 0.016, 0.100, 0.183, 0.414 max_d=0.414 avg_d=0.100 std_dev=0.083
C3' A 0, 0.051, 0.183, 0.315, 0.692 max_d=0.692 avg_d=0.183 std_dev=0.132
C4' A 0, 0.032, 0.166, 0.301, 0.640 max_d=0.640 avg_d=0.166 std_dev=0.135
O3' A 0, 0.087, 0.278, 0.470, 0.982 max_d=0.982 avg_d=0.278 std_dev=0.192
O5' A 0, 0.070, 0.266, 0.462, 0.882 max_d=0.882 avg_d=0.266 std_dev=0.196
C5' A 0, 0.039, 0.254, 0.469, 1.075 max_d=1.075 avg_d=0.254 std_dev=0.215
N1 B 0, 0.215, 0.452, 0.690, 1.143 max_d=1.143 avg_d=0.452 std_dev=0.237
P A 0, 0.091, 0.332, 0.573, 1.048 max_d=1.048 avg_d=0.332 std_dev=0.241
C2 B 0, 0.234, 0.478, 0.723, 1.010 max_d=1.010 avg_d=0.478 std_dev=0.245
OP2 A 0, 0.148, 0.397, 0.645, 1.081 max_d=1.081 avg_d=0.397 std_dev=0.248
C6 B 0, 0.190, 0.448, 0.707, 1.207 max_d=1.207 avg_d=0.448 std_dev=0.259
OP1 A 0, 0.125, 0.408, 0.692, 1.387 max_d=1.387 avg_d=0.408 std_dev=0.283
N6 B 0, 0.179, 0.462, 0.746, 1.643 max_d=1.643 avg_d=0.462 std_dev=0.283
N3 B 0, 0.228, 0.524, 0.821, 1.168 max_d=1.168 avg_d=0.524 std_dev=0.296
C5 B 0, 0.196, 0.497, 0.798, 1.199 max_d=1.199 avg_d=0.497 std_dev=0.301
C4 B 0, 0.215, 0.537, 0.860, 1.318 max_d=1.318 avg_d=0.537 std_dev=0.323
N7 B 0, 0.204, 0.568, 0.932, 1.562 max_d=1.562 avg_d=0.568 std_dev=0.364
N9 B 0, 0.243, 0.654, 1.065, 1.779 max_d=1.779 avg_d=0.654 std_dev=0.411
C8 B 0, 0.228, 0.655, 1.082, 1.867 max_d=1.867 avg_d=0.655 std_dev=0.427
C1' B 0, 0.303, 0.813, 1.322, 2.167 max_d=2.167 avg_d=0.813 std_dev=0.510
O5' B 0, 0.256, 0.808, 1.359, 2.039 max_d=2.039 avg_d=0.808 std_dev=0.552
C2' B 0, 0.313, 0.880, 1.448, 2.222 max_d=2.222 avg_d=0.880 std_dev=0.568
O4' B 0, 0.337, 0.924, 1.511, 2.449 max_d=2.449 avg_d=0.924 std_dev=0.587
OP2 B 0, 0.183, 0.779, 1.374, 2.073 max_d=2.073 avg_d=0.779 std_dev=0.595
C3' B 0, 0.339, 0.938, 1.537, 2.262 max_d=2.262 avg_d=0.938 std_dev=0.599
P B 0, 0.222, 0.852, 1.481, 2.308 max_d=2.308 avg_d=0.852 std_dev=0.629
C4' B 0, 0.356, 1.017, 1.679, 2.578 max_d=2.578 avg_d=1.017 std_dev=0.662
O2' B 0, 0.353, 1.043, 1.734, 2.652 max_d=2.652 avg_d=1.043 std_dev=0.691
C5' B 0, 0.329, 1.028, 1.728, 2.584 max_d=2.584 avg_d=1.028 std_dev=0.700
OP1 B 0, 0.253, 0.969, 1.684, 2.671 max_d=2.671 avg_d=0.969 std_dev=0.716
O3' B 0, 0.372, 1.142, 1.911, 2.582 max_d=2.582 avg_d=1.142 std_dev=0.770

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.06 0.07 0.04
C2 0.01 0.00 0.04 0.06 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.07 0.01 0.09 0.09 0.10 0.08
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.04 0.07 0.00 0.01 0.01 0.03 0.07 0.06 0.03
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.08 0.04 0.07 0.08 0.07 0.02 0.01 0.01 0.04 0.08 0.07 0.05
C4 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.09 0.02 0.13 0.13 0.14 0.13
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.05 0.03 0.03 0.05 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.07 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.04 0.08 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.11 0.02 0.14 0.13 0.14 0.13
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.09 0.00 0.10 0.00 0.08 0.05 0.07 0.10 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.08 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.08 0.01 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.09 0.02 0.12 0.11 0.10 0.10
N1 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.08 0.08 0.09 0.07
N3 0.01 0.00 0.04 0.07 0.00 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.08 0.02 0.11 0.11 0.12 0.11
N4 0.01 0.01 0.04 0.08 0.00 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.11 0.02 0.14 0.15 0.16 0.15
O2 0.02 0.00 0.07 0.07 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.09 0.02 0.07 0.08 0.09 0.07
O2' 0.01 0.05 0.00 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.04 0.04 0.08 0.00 0.04 0.03 0.04 0.08 0.06 0.04
O3' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.09 0.02 0.11 0.03 0.09 0.05 0.08 0.11 0.09 0.04 0.00 0.01 0.07 0.12 0.12 0.08
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.04 0.06 0.09 0.05
O5' 0.04 0.09 0.03 0.04 0.13 0.01 0.14 0.01 0.12 0.08 0.11 0.14 0.07 0.04 0.07 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.06 0.09 0.07 0.08 0.13 0.07 0.13 0.08 0.11 0.08 0.11 0.15 0.08 0.08 0.12 0.06 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.10 0.06 0.07 0.14 0.03 0.14 0.02 0.10 0.09 0.12 0.16 0.09 0.06 0.12 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.08 0.03 0.05 0.13 0.02 0.13 0.01 0.10 0.07 0.11 0.15 0.07 0.04 0.08 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.30 0.25 0.35 0.36 0.26 0.32 0.25 0.30 0.25 0.26 0.25 0.27 0.26 0.25 0.27 0.35 0.40 0.30 0.27 0.25 0.24 0.23
C2 0.30 0.25 0.33 0.34 0.26 0.31 0.26 0.30 0.26 0.27 0.25 0.27 0.27 0.26 0.27 0.32 0.37 0.29 0.26 0.24 0.24 0.23
C2' 0.28 0.24 0.31 0.32 0.25 0.29 0.24 0.27 0.24 0.24 0.24 0.26 0.25 0.24 0.25 0.32 0.35 0.27 0.25 0.24 0.23 0.22
C3' 0.23 0.21 0.28 0.28 0.20 0.24 0.19 0.23 0.20 0.20 0.20 0.22 0.22 0.19 0.21 0.29 0.32 0.22 0.21 0.19 0.19 0.17
C4 0.19 0.18 0.24 0.26 0.18 0.21 0.20 0.21 0.21 0.19 0.19 0.18 0.25 0.20 0.18 0.22 0.30 0.18 0.19 0.16 0.20 0.16
C4' 0.26 0.22 0.31 0.32 0.22 0.27 0.21 0.26 0.21 0.22 0.21 0.24 0.23 0.21 0.23 0.32 0.36 0.24 0.23 0.20 0.20 0.18
C5 0.18 0.18 0.24 0.26 0.17 0.20 0.19 0.20 0.20 0.18 0.18 0.18 0.24 0.20 0.17 0.22 0.30 0.16 0.19 0.15 0.20 0.16
C5' 0.23 0.20 0.29 0.29 0.19 0.24 0.18 0.22 0.19 0.19 0.19 0.21 0.21 0.19 0.20 0.29 0.34 0.21 0.20 0.17 0.17 0.16
C6 0.21 0.20 0.27 0.29 0.20 0.23 0.21 0.22 0.22 0.20 0.21 0.21 0.25 0.21 0.20 0.26 0.33 0.20 0.21 0.17 0.20 0.17
N1 0.27 0.24 0.32 0.33 0.24 0.29 0.24 0.27 0.24 0.24 0.24 0.25 0.26 0.24 0.25 0.31 0.37 0.26 0.24 0.22 0.22 0.21
N3 0.25 0.22 0.29 0.31 0.23 0.27 0.24 0.26 0.25 0.24 0.24 0.23 0.27 0.24 0.24 0.27 0.34 0.24 0.23 0.20 0.23 0.20
N4 0.16 0.16 0.21 0.24 0.15 0.18 0.17 0.19 0.19 0.17 0.15 0.16 0.24 0.19 0.16 0.18 0.28 0.15 0.17 0.15 0.20 0.16
O2 0.36 0.29 0.39 0.39 0.31 0.38 0.30 0.36 0.28 0.32 0.28 0.31 0.29 0.30 0.33 0.39 0.42 0.36 0.32 0.30 0.29 0.29
O2' 0.34 0.28 0.37 0.37 0.30 0.36 0.28 0.34 0.27 0.30 0.27 0.31 0.28 0.28 0.31 0.38 0.40 0.34 0.31 0.30 0.27 0.28
O3' 0.23 0.20 0.28 0.28 0.19 0.24 0.18 0.22 0.19 0.19 0.19 0.21 0.21 0.18 0.20 0.30 0.32 0.21 0.21 0.19 0.20 0.17
O4' 0.29 0.24 0.35 0.36 0.25 0.32 0.24 0.29 0.23 0.25 0.23 0.26 0.25 0.24 0.26 0.35 0.41 0.28 0.26 0.23 0.22 0.21
O5' 0.20 0.19 0.25 0.26 0.18 0.21 0.17 0.20 0.18 0.17 0.17 0.19 0.20 0.17 0.18 0.26 0.31 0.19 0.19 0.16 0.17 0.15
OP1 0.18 0.16 0.22 0.22 0.15 0.18 0.15 0.18 0.16 0.16 0.15 0.17 0.20 0.17 0.16 0.23 0.26 0.18 0.20 0.18 0.21 0.18
OP2 0.19 0.16 0.21 0.21 0.17 0.20 0.17 0.21 0.17 0.19 0.15 0.17 0.21 0.19 0.18 0.22 0.24 0.20 0.22 0.21 0.24 0.22
P 0.19 0.17 0.23 0.24 0.17 0.20 0.17 0.20 0.17 0.17 0.16 0.18 0.20 0.18 0.17 0.24 0.28 0.18 0.20 0.17 0.20 0.17

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.05 0.05 0.16 0.07
C2 0.03 0.00 0.07 0.08 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.11 0.03 0.11 0.10 0.19 0.10
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.06 0.02 0.07 0.06 0.07 0.07 0.08 0.07 0.03 0.00 0.02 0.00 0.09 0.09 0.11 0.06
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.06 0.00 0.09 0.02 0.09 0.11 0.08 0.07 0.12 0.12 0.05 0.01 0.01 0.01 0.12 0.12 0.09 0.08
C4 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.07 0.01 0.11 0.09 0.18 0.10
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.06 0.04 0.03 0.06 0.06 0.03 0.04 0.03 0.00 0.01 0.06 0.12 0.03
C5 0.01 0.01 0.06 0.09 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.11 0.02 0.13 0.12 0.19 0.12
C5' 0.02 0.07 0.02 0.02 0.06 0.00 0.09 0.00 0.09 0.09 0.08 0.06 0.11 0.10 0.06 0.04 0.03 0.01 0.01 0.07 0.13 0.01
C6 0.02 0.01 0.07 0.09 0.01 0.05 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.13 0.02 0.14 0.13 0.20 0.13
C8 0.01 0.01 0.06 0.11 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.13 0.03 0.14 0.10 0.18 0.11
N1 0.02 0.00 0.07 0.08 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.11 0.02 0.13 0.12 0.20 0.12
N3 0.02 0.00 0.07 0.07 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.09 0.03 0.10 0.09 0.18 0.09
N6 0.02 0.01 0.08 0.12 0.01 0.06 0.01 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.17 0.03 0.15 0.15 0.21 0.15
N7 0.01 0.01 0.07 0.12 0.00 0.06 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.15 0.03 0.15 0.13 0.19 0.13
N9 0.00 0.01 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.10 0.08 0.17 0.08
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.05 0.04 0.05 0.04 0.06 0.04 0.08 0.09 0.07 0.05 0.02 0.00 0.03 0.03 0.04 0.09 0.11 0.03
O3' 0.02 0.11 0.02 0.01 0.07 0.03 0.11 0.03 0.13 0.13 0.11 0.09 0.17 0.15 0.05 0.03 0.00 0.02 0.12 0.17 0.11 0.10
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.01 0.03 0.02 0.00 0.05 0.05 0.18 0.08
O5' 0.05 0.11 0.09 0.12 0.11 0.01 0.13 0.01 0.14 0.14 0.13 0.10 0.15 0.15 0.10 0.04 0.12 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.05 0.10 0.09 0.12 0.09 0.06 0.12 0.07 0.13 0.10 0.12 0.09 0.15 0.13 0.08 0.09 0.17 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.16 0.19 0.11 0.09 0.18 0.12 0.19 0.13 0.20 0.18 0.20 0.18 0.21 0.19 0.17 0.11 0.11 0.18 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.10 0.06 0.08 0.10 0.03 0.12 0.01 0.13 0.11 0.12 0.09 0.15 0.13 0.08 0.03 0.10 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00