ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48392

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 3, 2, 1, 4, 2, 6, 6, 2, 3, 3, 3, 0, 4, 1, 3, 1, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.001, 0.009, 0.017, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.009 std_dev=0.008
C5 A 0, -0.001, 0.008, 0.017, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.008 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.006, 0.016, 0.027, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.003, 0.014, 0.026, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.014 std_dev=0.011
N1 A 0, -0.001, 0.013, 0.026, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.013 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.009, 0.034, 0.059, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.034 std_dev=0.025
N4 A 0, 0.016, 0.046, 0.076, 0.166 max_d=0.166 avg_d=0.046 std_dev=0.030
O4' A 0, -0.008, 0.145, 0.299, 0.638 max_d=0.638 avg_d=0.145 std_dev=0.153
C2' A 0, 0.009, 0.162, 0.316, 0.602 max_d=0.602 avg_d=0.162 std_dev=0.154
O2' A 0, 0.050, 0.239, 0.428, 0.728 max_d=0.728 avg_d=0.239 std_dev=0.189
C4' A 0, 0.017, 0.242, 0.467, 0.956 max_d=0.956 avg_d=0.242 std_dev=0.225
C3' A 0, 0.036, 0.274, 0.513, 0.983 max_d=0.983 avg_d=0.274 std_dev=0.239
O5' A 0, 0.065, 0.407, 0.749, 1.748 max_d=1.748 avg_d=0.407 std_dev=0.342
O3' A 0, 0.080, 0.432, 0.784, 1.407 max_d=1.407 avg_d=0.432 std_dev=0.352
OP2 A 0, 0.204, 0.557, 0.911, 1.362 max_d=1.362 avg_d=0.557 std_dev=0.353
C6 B 0, 0.253, 0.610, 0.967, 1.330 max_d=1.330 avg_d=0.610 std_dev=0.357
N6 B 0, 0.255, 0.626, 0.997, 1.381 max_d=1.381 avg_d=0.626 std_dev=0.371
C5' A 0, 0.025, 0.401, 0.778, 1.575 max_d=1.575 avg_d=0.401 std_dev=0.376
P A 0, 0.152, 0.533, 0.914, 1.429 max_d=1.429 avg_d=0.533 std_dev=0.381
N1 B 0, 0.199, 0.598, 0.997, 1.448 max_d=1.448 avg_d=0.598 std_dev=0.399
C4 B 0, 0.354, 0.773, 1.192, 1.615 max_d=1.615 avg_d=0.773 std_dev=0.419
C5 B 0, 0.335, 0.758, 1.181, 1.573 max_d=1.573 avg_d=0.758 std_dev=0.423
N3 B 0, 0.314, 0.738, 1.162, 1.624 max_d=1.624 avg_d=0.738 std_dev=0.424
C2 B 0, 0.256, 0.695, 1.134, 1.657 max_d=1.657 avg_d=0.695 std_dev=0.439
C2' B 0, 0.482, 0.943, 1.404, 2.240 max_d=2.240 avg_d=0.943 std_dev=0.461
O2' B 0, 0.509, 0.982, 1.455, 2.303 max_d=2.303 avg_d=0.982 std_dev=0.473
OP1 A 0, 0.150, 0.649, 1.147, 1.799 max_d=1.799 avg_d=0.649 std_dev=0.498
N9 B 0, 0.452, 0.975, 1.497, 2.032 max_d=2.032 avg_d=0.975 std_dev=0.523
C1' B 0, 0.523, 1.084, 1.645, 2.414 max_d=2.414 avg_d=1.084 std_dev=0.561
N7 B 0, 0.388, 0.982, 1.577, 2.353 max_d=2.353 avg_d=0.982 std_dev=0.594
C3' B 0, 0.472, 1.100, 1.729, 3.100 max_d=3.100 avg_d=1.100 std_dev=0.629
C8 B 0, 0.449, 1.101, 1.752, 2.604 max_d=2.604 avg_d=1.101 std_dev=0.651
O3' B 0, 0.442, 1.130, 1.817, 3.474 max_d=3.474 avg_d=1.130 std_dev=0.688
C4' B 0, 0.545, 1.311, 2.076, 3.427 max_d=3.427 avg_d=1.311 std_dev=0.765
O4' B 0, 0.544, 1.319, 2.094, 3.028 max_d=3.028 avg_d=1.319 std_dev=0.775
C5' B 0, 0.529, 1.583, 2.637, 4.447 max_d=4.447 avg_d=1.583 std_dev=1.054
OP1 B 0, 0.399, 1.709, 3.020, 4.938 max_d=4.938 avg_d=1.709 std_dev=1.310
O5' B 0, 0.432, 1.771, 3.110, 4.835 max_d=4.835 avg_d=1.771 std_dev=1.339
P B 0, 0.302, 1.877, 3.452, 5.488 max_d=5.488 avg_d=1.877 std_dev=1.575
OP2 B 0, 0.301, 2.185, 4.070, 6.460 max_d=6.460 avg_d=2.185 std_dev=1.885

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.06 0.07 0.11 0.07
C2 0.02 0.00 0.09 0.10 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.12 0.04 0.11 0.13 0.18 0.13
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.03 0.06 0.02 0.07 0.03 0.08 0.06 0.14 0.00 0.03 0.02 0.05 0.12 0.17 0.09
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.11 0.00 0.13 0.02 0.12 0.07 0.11 0.12 0.14 0.03 0.01 0.02 0.08 0.15 0.20 0.12
C4 0.02 0.01 0.05 0.11 0.00 0.06 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.14 0.05 0.16 0.21 0.26 0.20
C4' 0.01 0.04 0.03 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.07 0.03 0.05 0.07 0.05 0.10 0.01 0.01 0.02 0.07 0.07 0.03
C5 0.02 0.01 0.06 0.13 0.00 0.08 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.15 0.06 0.17 0.21 0.25 0.21
C5' 0.02 0.06 0.02 0.02 0.11 0.01 0.12 0.00 0.11 0.06 0.08 0.12 0.06 0.09 0.03 0.03 0.01 0.06 0.03 0.02
C6 0.02 0.01 0.07 0.12 0.01 0.07 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.14 0.06 0.14 0.16 0.18 0.16
N1 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.07 0.03 0.10 0.11 0.16 0.11
N3 0.02 0.00 0.08 0.11 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.14 0.04 0.14 0.17 0.22 0.17
N4 0.02 0.01 0.06 0.12 0.01 0.07 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.08 0.16 0.05 0.18 0.24 0.29 0.24
O2 0.03 0.01 0.14 0.14 0.02 0.05 0.02 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.15 0.18 0.06 0.09 0.11 0.16 0.11
O2' 0.01 0.10 0.00 0.03 0.07 0.10 0.05 0.09 0.05 0.04 0.10 0.08 0.15 0.00 0.06 0.06 0.07 0.16 0.16 0.10
O3' 0.02 0.12 0.03 0.01 0.14 0.01 0.15 0.03 0.14 0.07 0.14 0.16 0.18 0.06 0.00 0.01 0.12 0.24 0.27 0.18
O4' 0.01 0.04 0.02 0.02 0.05 0.01 0.06 0.03 0.06 0.03 0.04 0.05 0.06 0.06 0.01 0.00 0.08 0.08 0.10 0.09
O5' 0.06 0.11 0.05 0.08 0.16 0.02 0.17 0.01 0.14 0.10 0.14 0.18 0.09 0.07 0.12 0.08 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.07 0.13 0.12 0.15 0.21 0.07 0.21 0.06 0.16 0.11 0.17 0.24 0.11 0.16 0.24 0.08 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.11 0.18 0.17 0.20 0.26 0.07 0.25 0.03 0.18 0.16 0.22 0.29 0.16 0.16 0.27 0.10 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.13 0.09 0.12 0.20 0.03 0.21 0.02 0.16 0.11 0.17 0.24 0.11 0.10 0.18 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.26 0.35 0.26 0.21 0.23 0.20 0.15 0.23 0.15 0.15 0.25 0.33 0.19 0.15 0.21 0.33 0.24 0.22 0.38 0.40 0.37 0.46
C2 0.28 0.44 0.28 0.22 0.28 0.20 0.20 0.24 0.23 0.16 0.39 0.39 0.16 0.14 0.24 0.35 0.23 0.22 0.33 0.38 0.37 0.41
C2' 0.32 0.35 0.34 0.31 0.27 0.30 0.20 0.32 0.19 0.22 0.23 0.36 0.24 0.20 0.27 0.41 0.35 0.31 0.34 0.36 0.37 0.37
C3' 0.36 0.37 0.35 0.32 0.30 0.32 0.22 0.34 0.19 0.23 0.25 0.38 0.19 0.20 0.30 0.42 0.34 0.34 0.34 0.35 0.35 0.36
C4 0.33 0.49 0.32 0.26 0.36 0.25 0.31 0.28 0.36 0.24 0.47 0.44 0.31 0.24 0.31 0.38 0.27 0.27 0.32 0.40 0.41 0.39
C4' 0.29 0.34 0.27 0.23 0.24 0.23 0.16 0.25 0.15 0.16 0.23 0.34 0.17 0.15 0.23 0.34 0.25 0.26 0.38 0.39 0.37 0.45
C5 0.31 0.46 0.31 0.24 0.33 0.23 0.27 0.27 0.31 0.22 0.42 0.42 0.26 0.21 0.28 0.36 0.26 0.26 0.33 0.41 0.38 0.42
C5' 0.30 0.36 0.28 0.22 0.25 0.23 0.17 0.25 0.16 0.16 0.25 0.35 0.14 0.14 0.24 0.35 0.24 0.26 0.40 0.42 0.38 0.48
C6 0.28 0.42 0.28 0.22 0.29 0.21 0.22 0.25 0.24 0.18 0.36 0.38 0.18 0.16 0.24 0.34 0.24 0.23 0.35 0.40 0.36 0.44
N1 0.27 0.41 0.27 0.21 0.26 0.20 0.18 0.24 0.19 0.15 0.33 0.37 0.15 0.14 0.22 0.34 0.23 0.22 0.35 0.39 0.36 0.43
N3 0.31 0.49 0.31 0.24 0.35 0.23 0.29 0.26 0.34 0.21 0.47 0.44 0.27 0.20 0.29 0.37 0.26 0.25 0.32 0.38 0.41 0.38
N4 0.37 0.52 0.35 0.29 0.41 0.28 0.37 0.31 0.43 0.30 0.51 0.48 0.40 0.30 0.36 0.40 0.31 0.32 0.33 0.41 0.47 0.38
O2 0.26 0.43 0.27 0.21 0.26 0.20 0.16 0.24 0.17 0.14 0.35 0.38 0.19 0.14 0.22 0.34 0.23 0.22 0.34 0.37 0.37 0.41
O2' 0.33 0.31 0.32 0.31 0.29 0.30 0.29 0.32 0.31 0.29 0.28 0.33 0.40 0.31 0.30 0.38 0.35 0.33 0.40 0.40 0.43 0.42
O3' 0.43 0.38 0.42 0.39 0.36 0.41 0.29 0.42 0.26 0.32 0.28 0.42 0.27 0.29 0.37 0.48 0.41 0.43 0.37 0.36 0.40 0.35
O4' 0.27 0.37 0.26 0.21 0.24 0.20 0.18 0.23 0.18 0.17 0.27 0.34 0.19 0.17 0.22 0.33 0.22 0.23 0.43 0.44 0.42 0.53
O5' 0.30 0.38 0.30 0.25 0.28 0.24 0.21 0.26 0.21 0.19 0.30 0.37 0.17 0.18 0.26 0.36 0.26 0.27 0.42 0.46 0.38 0.50
OP1 0.32 0.40 0.31 0.25 0.30 0.26 0.23 0.27 0.23 0.21 0.31 0.39 0.20 0.20 0.28 0.38 0.26 0.29 0.43 0.49 0.39 0.53
OP2 0.35 0.44 0.34 0.28 0.35 0.29 0.32 0.30 0.32 0.31 0.39 0.42 0.31 0.31 0.33 0.40 0.27 0.33 0.47 0.57 0.42 0.59
P 0.30 0.39 0.29 0.23 0.29 0.23 0.23 0.25 0.24 0.22 0.31 0.37 0.22 0.22 0.26 0.35 0.23 0.27 0.45 0.52 0.41 0.57

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.11 0.25 0.26 0.15
C2 0.04 0.00 0.10 0.13 0.01 0.06 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.15 0.15 0.04 0.23 0.29 0.31 0.28
C2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.05 0.03 0.04 0.03 0.05 0.07 0.08 0.10 0.05 0.05 0.03 0.00 0.03 0.02 0.17 0.19 0.14 0.15
C3' 0.01 0.13 0.01 0.00 0.09 0.01 0.11 0.03 0.12 0.13 0.12 0.12 0.13 0.13 0.07 0.03 0.01 0.01 0.22 0.23 0.11 0.16
C4 0.02 0.01 0.05 0.09 0.00 0.07 0.01 0.16 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.10 0.03 0.22 0.29 0.32 0.25
C4' 0.01 0.06 0.03 0.01 0.07 0.00 0.10 0.01 0.10 0.11 0.08 0.05 0.11 0.12 0.06 0.09 0.03 0.00 0.02 0.13 0.21 0.04
C5 0.02 0.01 0.04 0.11 0.01 0.10 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.12 0.04 0.26 0.33 0.39 0.29
C5' 0.04 0.16 0.03 0.03 0.16 0.01 0.21 0.00 0.22 0.21 0.20 0.13 0.25 0.24 0.14 0.09 0.03 0.02 0.02 0.15 0.24 0.03
C6 0.02 0.01 0.05 0.12 0.01 0.10 0.01 0.22 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.08 0.13 0.03 0.27 0.33 0.39 0.31
C8 0.01 0.01 0.07 0.13 0.01 0.11 0.01 0.21 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.14 0.04 0.27 0.33 0.40 0.25
N1 0.03 0.00 0.08 0.12 0.02 0.08 0.01 0.20 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.12 0.14 0.03 0.25 0.31 0.35 0.31
N3 0.04 0.01 0.10 0.12 0.01 0.05 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.14 0.13 0.04 0.20 0.27 0.29 0.25
N6 0.03 0.01 0.05 0.13 0.02 0.11 0.01 0.25 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.08 0.15 0.04 0.28 0.36 0.43 0.34
N7 0.01 0.01 0.05 0.13 0.01 0.12 0.01 0.24 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.15 0.05 0.28 0.35 0.45 0.29
N9 0.01 0.02 0.03 0.07 0.01 0.06 0.01 0.14 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.07 0.02 0.20 0.29 0.31 0.22
O2' 0.02 0.15 0.00 0.03 0.07 0.09 0.05 0.09 0.08 0.05 0.12 0.14 0.08 0.04 0.02 0.00 0.07 0.08 0.09 0.17 0.16 0.10
O3' 0.02 0.15 0.03 0.01 0.10 0.03 0.12 0.03 0.13 0.14 0.14 0.13 0.15 0.15 0.07 0.07 0.00 0.03 0.21 0.32 0.17 0.16
O4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.02 0.03 0.04 0.03 0.04 0.04 0.05 0.02 0.08 0.03 0.00 0.10 0.28 0.30 0.13
O5' 0.11 0.23 0.17 0.22 0.22 0.02 0.26 0.02 0.27 0.27 0.25 0.20 0.28 0.28 0.20 0.09 0.21 0.10 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.25 0.29 0.19 0.23 0.29 0.13 0.33 0.15 0.33 0.33 0.31 0.27 0.36 0.35 0.29 0.17 0.32 0.28 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.26 0.31 0.14 0.11 0.32 0.21 0.39 0.24 0.39 0.40 0.35 0.29 0.43 0.45 0.31 0.16 0.17 0.30 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.15 0.28 0.15 0.16 0.25 0.04 0.29 0.03 0.31 0.25 0.31 0.25 0.34 0.29 0.22 0.10 0.16 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00