ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48393

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 2, 7, 1, 11, 7, 3, 1, 1, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C1' A 0, 0.016, 0.023, 0.030, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.023 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.010, 0.017, 0.024, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.017 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.013, 0.020, 0.027, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.020 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.015, 0.022, 0.030, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.022 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.007, 0.017, 0.027, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.017 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.005, 0.015, 0.025, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.015 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.026, 0.037, 0.048, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.037 std_dev=0.011
O2 A 0, 0.037, 0.054, 0.070, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.054 std_dev=0.017
N4 A 0, 0.059, 0.084, 0.108, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.084 std_dev=0.025
O4' A 0, 0.027, 0.089, 0.151, 0.309 max_d=0.309 avg_d=0.089 std_dev=0.062
C4' A 0, 0.078, 0.156, 0.233, 0.420 max_d=0.420 avg_d=0.156 std_dev=0.078
C2' A 0, 0.009, 0.099, 0.190, 0.388 max_d=0.388 avg_d=0.099 std_dev=0.090
C3' A 0, 0.016, 0.145, 0.275, 0.563 max_d=0.563 avg_d=0.145 std_dev=0.129
O2' A 0, 0.010, 0.142, 0.274, 0.549 max_d=0.549 avg_d=0.142 std_dev=0.132
O3' A 0, 0.049, 0.220, 0.390, 0.753 max_d=0.753 avg_d=0.220 std_dev=0.170
C5' A 0, 0.139, 0.317, 0.496, 0.919 max_d=0.919 avg_d=0.317 std_dev=0.178
N1 B 0, 0.175, 0.359, 0.544, 1.173 max_d=1.173 avg_d=0.359 std_dev=0.185
C2 B 0, 0.204, 0.427, 0.649, 1.396 max_d=1.396 avg_d=0.427 std_dev=0.222
N6 B 0, 0.180, 0.405, 0.631, 1.325 max_d=1.325 avg_d=0.405 std_dev=0.226
C6 B 0, 0.179, 0.417, 0.655, 1.437 max_d=1.437 avg_d=0.417 std_dev=0.238
N3 B 0, 0.256, 0.553, 0.849, 1.817 max_d=1.817 avg_d=0.553 std_dev=0.297
C5 B 0, 0.260, 0.582, 0.904, 1.906 max_d=1.906 avg_d=0.582 std_dev=0.322
C4 B 0, 0.269, 0.616, 0.962, 2.026 max_d=2.026 avg_d=0.616 std_dev=0.346
O5' A 0, 0.097, 0.481, 0.865, 1.834 max_d=1.834 avg_d=0.481 std_dev=0.384
N7 B 0, 0.352, 0.760, 1.168, 2.327 max_d=2.327 avg_d=0.760 std_dev=0.408
N9 B 0, 0.335, 0.780, 1.225, 2.458 max_d=2.458 avg_d=0.780 std_dev=0.445
P A 0, 0.017, 0.484, 0.950, 3.067 max_d=3.067 avg_d=0.484 std_dev=0.466
C8 B 0, 0.395, 0.874, 1.352, 2.630 max_d=2.630 avg_d=0.874 std_dev=0.479
C1' B 0, 0.333, 0.850, 1.366, 2.711 max_d=2.711 avg_d=0.850 std_dev=0.517
C2' B 0, 0.357, 0.911, 1.465, 2.914 max_d=2.914 avg_d=0.911 std_dev=0.554
OP2 A 0, 0.221, 0.784, 1.348, 3.553 max_d=3.553 avg_d=0.784 std_dev=0.563
O2' B 0, 0.350, 0.930, 1.510, 2.980 max_d=2.980 avg_d=0.930 std_dev=0.580
O4' B 0, 0.377, 0.984, 1.590, 3.181 max_d=3.181 avg_d=0.984 std_dev=0.607
C3' B 0, 0.380, 1.037, 1.694, 3.396 max_d=3.396 avg_d=1.037 std_dev=0.657
OP1 A 0, 0.274, 0.951, 1.628, 3.557 max_d=3.557 avg_d=0.951 std_dev=0.677
C4' B 0, 0.414, 1.108, 1.801, 3.610 max_d=3.610 avg_d=1.108 std_dev=0.693
O3' B 0, 0.469, 1.198, 1.927, 3.804 max_d=3.804 avg_d=1.198 std_dev=0.729
O5' B 0, 0.271, 1.012, 1.754, 3.709 max_d=3.709 avg_d=1.012 std_dev=0.741
OP2 B 0, 0.108, 0.889, 1.670, 3.735 max_d=3.735 avg_d=0.889 std_dev=0.781
C5' B 0, 0.438, 1.224, 2.010, 4.071 max_d=4.071 avg_d=1.224 std_dev=0.786
P B 0, 0.126, 1.001, 1.875, 4.257 max_d=4.257 avg_d=1.001 std_dev=0.874
OP1 B 0, 0.174, 1.270, 2.365, 6.032 max_d=6.032 avg_d=1.270 std_dev=1.095

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.06 0.14 0.18 0.09
C2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.04 0.02 0.09 0.15 0.25 0.11
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.03 0.04 0.07 0.00 0.02 0.01 0.06 0.26 0.23 0.12
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.06 0.00 0.08 0.02 0.08 0.03 0.05 0.07 0.07 0.02 0.01 0.01 0.10 0.32 0.24 0.15
C4 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.03 0.13 0.17 0.33 0.15
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.05 0.03 0.04 0.05 0.04 0.03 0.02 0.00 0.02 0.15 0.11 0.05
C5 0.02 0.01 0.05 0.08 0.01 0.06 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.10 0.03 0.15 0.19 0.34 0.16
C5' 0.02 0.06 0.02 0.02 0.08 0.01 0.09 0.00 0.07 0.05 0.07 0.09 0.05 0.03 0.03 0.01 0.01 0.08 0.04 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.08 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.09 0.03 0.14 0.17 0.29 0.15
N1 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.09 0.14 0.24 0.11
N3 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.02 0.11 0.16 0.29 0.13
N4 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.08 0.03 0.14 0.19 0.35 0.16
O2 0.02 0.00 0.07 0.07 0.01 0.04 0.02 0.05 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.07 0.08 0.03 0.08 0.17 0.23 0.10
O2' 0.01 0.04 0.00 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.04 0.03 0.07 0.00 0.05 0.03 0.05 0.27 0.21 0.11
O3' 0.02 0.04 0.02 0.01 0.07 0.02 0.10 0.03 0.09 0.03 0.05 0.08 0.08 0.05 0.00 0.02 0.15 0.44 0.29 0.20
O4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.00 0.09 0.13 0.15 0.10
O5' 0.06 0.09 0.06 0.10 0.13 0.02 0.15 0.01 0.14 0.09 0.11 0.14 0.08 0.05 0.15 0.09 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.14 0.15 0.26 0.32 0.17 0.15 0.19 0.08 0.17 0.14 0.16 0.19 0.17 0.27 0.44 0.13 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.18 0.25 0.23 0.24 0.33 0.11 0.34 0.04 0.29 0.24 0.29 0.35 0.23 0.21 0.29 0.15 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.09 0.11 0.12 0.15 0.15 0.05 0.16 0.01 0.15 0.11 0.13 0.16 0.10 0.11 0.20 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.13 0.18 0.18 0.11 0.14 0.09 0.15 0.08 0.10 0.09 0.14 0.09 0.08 0.12 0.19 0.21 0.13 0.18 0.20 0.24 0.17
C2 0.10 0.12 0.10 0.11 0.09 0.09 0.07 0.11 0.06 0.07 0.09 0.12 0.08 0.06 0.09 0.12 0.12 0.09 0.15 0.17 0.21 0.13
C2' 0.18 0.14 0.22 0.21 0.14 0.18 0.11 0.17 0.09 0.13 0.10 0.16 0.10 0.10 0.15 0.24 0.24 0.17 0.17 0.17 0.20 0.16
C3' 0.23 0.16 0.26 0.24 0.17 0.23 0.13 0.21 0.10 0.17 0.11 0.19 0.09 0.13 0.19 0.29 0.27 0.23 0.18 0.18 0.17 0.17
C4 0.15 0.16 0.14 0.14 0.15 0.15 0.14 0.16 0.14 0.15 0.15 0.16 0.15 0.15 0.15 0.15 0.15 0.15 0.18 0.18 0.21 0.16
C4' 0.19 0.14 0.22 0.21 0.14 0.19 0.10 0.17 0.08 0.13 0.10 0.16 0.08 0.10 0.15 0.26 0.25 0.18 0.17 0.18 0.20 0.15
C5 0.14 0.14 0.14 0.13 0.13 0.14 0.13 0.15 0.12 0.14 0.13 0.15 0.13 0.14 0.14 0.15 0.13 0.15 0.16 0.17 0.19 0.14
C5' 0.23 0.16 0.24 0.22 0.17 0.22 0.14 0.20 0.11 0.17 0.11 0.19 0.10 0.15 0.19 0.28 0.25 0.23 0.18 0.19 0.17 0.16
C6 0.13 0.13 0.13 0.12 0.11 0.12 0.09 0.12 0.08 0.11 0.10 0.13 0.10 0.10 0.11 0.16 0.14 0.12 0.14 0.15 0.18 0.12
N1 0.11 0.12 0.13 0.13 0.10 0.11 0.07 0.12 0.06 0.08 0.08 0.13 0.08 0.07 0.10 0.15 0.15 0.11 0.15 0.17 0.20 0.13
N3 0.12 0.15 0.12 0.12 0.13 0.12 0.11 0.14 0.11 0.11 0.14 0.15 0.11 0.11 0.12 0.13 0.13 0.12 0.16 0.17 0.20 0.14
N4 0.19 0.18 0.18 0.19 0.18 0.19 0.19 0.22 0.18 0.20 0.18 0.18 0.19 0.20 0.19 0.18 0.19 0.20 0.22 0.22 0.24 0.21
O2 0.09 0.12 0.10 0.11 0.09 0.09 0.07 0.12 0.07 0.07 0.07 0.12 0.11 0.07 0.08 0.11 0.13 0.09 0.17 0.21 0.24 0.17
O2' 0.20 0.16 0.25 0.26 0.17 0.22 0.14 0.21 0.13 0.16 0.14 0.18 0.13 0.14 0.18 0.27 0.29 0.19 0.22 0.23 0.27 0.22
O3' 0.26 0.17 0.30 0.28 0.19 0.27 0.14 0.24 0.11 0.18 0.12 0.21 0.10 0.14 0.21 0.34 0.31 0.26 0.21 0.21 0.17 0.20
O4' 0.15 0.14 0.19 0.19 0.12 0.15 0.09 0.15 0.07 0.10 0.09 0.15 0.08 0.08 0.12 0.21 0.22 0.13 0.18 0.20 0.24 0.16
O5' 0.33 0.21 0.31 0.28 0.25 0.31 0.21 0.29 0.16 0.26 0.15 0.26 0.14 0.22 0.28 0.35 0.28 0.34 0.24 0.26 0.17 0.23
OP1 0.49 0.34 0.44 0.42 0.39 0.48 0.34 0.46 0.27 0.41 0.27 0.40 0.23 0.36 0.43 0.50 0.41 0.52 0.39 0.42 0.29 0.39
OP2 0.44 0.33 0.39 0.36 0.37 0.42 0.34 0.41 0.31 0.39 0.29 0.37 0.30 0.36 0.40 0.43 0.35 0.46 0.35 0.37 0.27 0.36
P 0.36 0.23 0.32 0.29 0.28 0.33 0.24 0.31 0.19 0.30 0.18 0.28 0.18 0.26 0.31 0.36 0.29 0.37 0.25 0.27 0.18 0.25

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.06 0.08 0.10 0.06
C2 0.04 0.00 0.09 0.09 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.11 0.12 0.03 0.10 0.12 0.15 0.09
C2' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.06 0.01 0.05 0.01 0.06 0.03 0.09 0.09 0.06 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.09 0.08 0.04
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.06 0.00 0.05 0.01 0.07 0.05 0.09 0.09 0.06 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.11 0.07 0.05
C4 0.02 0.01 0.06 0.06 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.07 0.01 0.10 0.10 0.14 0.08
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.05 0.04 0.05 0.04 0.05 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.06 0.04 0.03
C5 0.01 0.01 0.05 0.05 0.01 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.05 0.07 0.02 0.12 0.12 0.16 0.10
C5' 0.03 0.05 0.01 0.01 0.05 0.01 0.07 0.00 0.07 0.09 0.06 0.05 0.09 0.10 0.05 0.03 0.02 0.02 0.01 0.06 0.02 0.01
C6 0.02 0.01 0.06 0.07 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.09 0.02 0.12 0.14 0.18 0.12
C8 0.02 0.01 0.03 0.05 0.01 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.06 0.03 0.12 0.10 0.15 0.08
N1 0.04 0.01 0.09 0.09 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.10 0.12 0.02 0.11 0.13 0.17 0.11
N3 0.04 0.01 0.09 0.09 0.00 0.05 0.02 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.11 0.11 0.03 0.09 0.11 0.14 0.09
N6 0.02 0.01 0.06 0.06 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07 0.09 0.02 0.14 0.15 0.20 0.14
N7 0.01 0.02 0.03 0.05 0.01 0.05 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.06 0.04 0.13 0.12 0.17 0.11
N9 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.09 0.09 0.13 0.07
O2' 0.01 0.11 0.00 0.02 0.06 0.03 0.05 0.03 0.07 0.02 0.10 0.11 0.07 0.03 0.02 0.00 0.03 0.03 0.04 0.09 0.07 0.04
O3' 0.02 0.12 0.02 0.01 0.07 0.01 0.07 0.02 0.09 0.06 0.12 0.11 0.09 0.06 0.04 0.03 0.00 0.01 0.06 0.15 0.10 0.07
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.00 0.06 0.09 0.12 0.08
O5' 0.06 0.10 0.04 0.04 0.10 0.02 0.12 0.01 0.12 0.12 0.11 0.09 0.14 0.13 0.09 0.04 0.06 0.06 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.08 0.12 0.09 0.11 0.10 0.06 0.12 0.06 0.14 0.10 0.13 0.11 0.15 0.12 0.09 0.09 0.15 0.09 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.10 0.15 0.08 0.07 0.14 0.04 0.16 0.02 0.18 0.15 0.17 0.14 0.20 0.17 0.13 0.07 0.10 0.12 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.09 0.04 0.05 0.08 0.03 0.10 0.01 0.12 0.08 0.11 0.09 0.14 0.11 0.07 0.04 0.07 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00