ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48394

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 12, 7, 10, 3, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.003 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.003, 0.006, 0.009, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.007, 0.011, 0.016, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.006, 0.011, 0.017, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.011 std_dev=0.006
O2 A 0, 0.012, 0.025, 0.037, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.025 std_dev=0.013
N4 A 0, 0.013, 0.033, 0.053, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.033 std_dev=0.020
C2' A 0, 0.036, 0.069, 0.102, 0.140 max_d=0.140 avg_d=0.069 std_dev=0.033
O4' A 0, 0.029, 0.067, 0.105, 0.148 max_d=0.148 avg_d=0.067 std_dev=0.038
O2' A 0, 0.054, 0.094, 0.134, 0.189 max_d=0.189 avg_d=0.094 std_dev=0.040
C3' A 0, 0.073, 0.125, 0.178, 0.235 max_d=0.235 avg_d=0.125 std_dev=0.052
C4' A 0, 0.064, 0.120, 0.176, 0.225 max_d=0.225 avg_d=0.120 std_dev=0.056
O3' A 0, 0.123, 0.199, 0.274, 0.326 max_d=0.326 avg_d=0.199 std_dev=0.075
C5' A 0, 0.092, 0.184, 0.275, 0.368 max_d=0.368 avg_d=0.184 std_dev=0.092
O5' A 0, 0.095, 0.191, 0.287, 0.429 max_d=0.429 avg_d=0.191 std_dev=0.096
C2 B 0, 0.181, 0.308, 0.436, 0.636 max_d=0.636 avg_d=0.308 std_dev=0.128
N1 B 0, 0.177, 0.305, 0.433, 0.623 max_d=0.623 avg_d=0.305 std_dev=0.128
C6 B 0, 0.202, 0.335, 0.469, 0.745 max_d=0.745 avg_d=0.335 std_dev=0.133
N6 B 0, 0.211, 0.351, 0.490, 0.790 max_d=0.790 avg_d=0.351 std_dev=0.139
P A 0, 0.118, 0.261, 0.405, 0.584 max_d=0.584 avg_d=0.261 std_dev=0.143
N3 B 0, 0.197, 0.341, 0.485, 0.651 max_d=0.651 avg_d=0.341 std_dev=0.144
C5 B 0, 0.209, 0.366, 0.522, 0.858 max_d=0.858 avg_d=0.366 std_dev=0.156
C4 B 0, 0.207, 0.367, 0.528, 0.789 max_d=0.789 avg_d=0.367 std_dev=0.161
OP2 A 0, 0.114, 0.286, 0.458, 0.737 max_d=0.737 avg_d=0.286 std_dev=0.172
OP1 A 0, 0.159, 0.334, 0.510, 0.724 max_d=0.724 avg_d=0.334 std_dev=0.175
N7 B 0, 0.220, 0.413, 0.606, 1.035 max_d=1.035 avg_d=0.413 std_dev=0.193
N9 B 0, 0.220, 0.415, 0.610, 0.933 max_d=0.933 avg_d=0.415 std_dev=0.195
C1' B 0, 0.236, 0.444, 0.652, 0.945 max_d=0.945 avg_d=0.444 std_dev=0.208
O2' B 0, 0.254, 0.469, 0.684, 0.972 max_d=0.972 avg_d=0.469 std_dev=0.215
C8 B 0, 0.223, 0.439, 0.655, 1.073 max_d=1.073 avg_d=0.439 std_dev=0.216
C2' B 0, 0.261, 0.480, 0.700, 0.971 max_d=0.971 avg_d=0.480 std_dev=0.220
O4' B 0, 0.262, 0.486, 0.709, 0.984 max_d=0.984 avg_d=0.486 std_dev=0.223
OP2 B 0, 0.324, 0.567, 0.810, 1.051 max_d=1.051 avg_d=0.567 std_dev=0.243
C3' B 0, 0.277, 0.528, 0.780, 1.008 max_d=1.008 avg_d=0.528 std_dev=0.252
C4' B 0, 0.282, 0.535, 0.788, 1.011 max_d=1.011 avg_d=0.535 std_dev=0.253
O3' B 0, 0.279, 0.537, 0.796, 1.056 max_d=1.056 avg_d=0.537 std_dev=0.258
P B 0, 0.315, 0.584, 0.854, 1.133 max_d=1.133 avg_d=0.584 std_dev=0.269
O5' B 0, 0.314, 0.583, 0.853, 1.142 max_d=1.142 avg_d=0.583 std_dev=0.270
C5' B 0, 0.308, 0.581, 0.854, 1.054 max_d=1.054 avg_d=0.581 std_dev=0.273
OP1 B 0, 0.330, 0.690, 1.050, 1.454 max_d=1.454 avg_d=0.690 std_dev=0.360

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.07 0.04
C2 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.05 0.02 0.05 0.06 0.10 0.06
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.05 0.00 0.01 0.00 0.03 0.05 0.06 0.03
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.05 0.03 0.05 0.06 0.05 0.01 0.00 0.00 0.03 0.06 0.05 0.03
C4 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.01 0.08 0.10 0.13 0.10
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.03 0.04 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.02 0.09 0.10 0.13 0.10
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.06 0.03 0.04 0.07 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.02 0.07 0.07 0.10 0.07
N1 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.05 0.05 0.09 0.06
N3 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.06 0.01 0.07 0.08 0.12 0.08
N4 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.08 0.02 0.09 0.11 0.14 0.11
O2 0.02 0.00 0.05 0.05 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.06 0.02 0.04 0.05 0.10 0.06
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.04 0.03 0.06 0.00 0.03 0.02 0.03 0.06 0.05 0.03
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.06 0.01 0.07 0.02 0.06 0.03 0.06 0.08 0.06 0.03 0.00 0.01 0.04 0.10 0.07 0.05
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.08 0.05
O5' 0.03 0.05 0.03 0.03 0.08 0.01 0.09 0.00 0.07 0.05 0.07 0.09 0.04 0.03 0.04 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.06 0.05 0.06 0.10 0.04 0.10 0.04 0.07 0.05 0.08 0.11 0.05 0.06 0.10 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.10 0.06 0.05 0.13 0.03 0.13 0.01 0.10 0.09 0.12 0.14 0.10 0.05 0.07 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.06 0.03 0.03 0.10 0.01 0.10 0.01 0.07 0.06 0.08 0.11 0.06 0.03 0.05 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.10 0.09 0.08 0.09 0.09 0.10 0.10 0.12 0.10 0.11 0.09 0.13 0.10 0.09 0.11 0.09 0.11 0.10 0.11 0.20 0.13
C2 0.09 0.11 0.09 0.08 0.10 0.09 0.11 0.10 0.13 0.10 0.13 0.09 0.15 0.11 0.09 0.10 0.08 0.11 0.11 0.11 0.20 0.13
C2' 0.09 0.10 0.09 0.08 0.09 0.10 0.10 0.10 0.12 0.09 0.12 0.09 0.13 0.10 0.09 0.11 0.10 0.11 0.10 0.10 0.19 0.12
C3' 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.09 0.09 0.10 0.08 0.10 0.08 0.12 0.09 0.08 0.11 0.10 0.10 0.09 0.09 0.19 0.11
C4 0.09 0.08 0.08 0.08 0.08 0.10 0.09 0.12 0.11 0.08 0.10 0.09 0.14 0.09 0.08 0.10 0.08 0.11 0.11 0.14 0.23 0.15
C4' 0.09 0.09 0.09 0.08 0.09 0.09 0.09 0.10 0.11 0.09 0.10 0.09 0.12 0.10 0.09 0.11 0.09 0.10 0.10 0.11 0.21 0.13
C5 0.09 0.08 0.09 0.08 0.08 0.10 0.09 0.11 0.10 0.09 0.09 0.09 0.13 0.09 0.09 0.10 0.08 0.11 0.11 0.15 0.23 0.15
C5' 0.09 0.09 0.10 0.09 0.09 0.09 0.10 0.10 0.11 0.10 0.10 0.09 0.13 0.11 0.09 0.12 0.10 0.10 0.11 0.13 0.22 0.14
C6 0.08 0.08 0.08 0.07 0.08 0.09 0.09 0.10 0.10 0.08 0.09 0.08 0.12 0.09 0.08 0.10 0.08 0.10 0.10 0.13 0.22 0.14
N1 0.08 0.09 0.08 0.07 0.09 0.09 0.10 0.10 0.11 0.09 0.11 0.08 0.13 0.10 0.08 0.10 0.08 0.10 0.10 0.12 0.21 0.13
N3 0.08 0.10 0.08 0.07 0.09 0.09 0.11 0.10 0.13 0.09 0.13 0.08 0.15 0.11 0.08 0.10 0.07 0.10 0.11 0.12 0.21 0.13
N4 0.11 0.11 0.10 0.10 0.10 0.12 0.10 0.14 0.11 0.09 0.10 0.11 0.14 0.10 0.10 0.11 0.10 0.13 0.13 0.16 0.24 0.17
O2 0.11 0.14 0.11 0.10 0.13 0.11 0.14 0.12 0.15 0.12 0.15 0.13 0.16 0.13 0.12 0.12 0.10 0.12 0.12 0.12 0.20 0.13
O2' 0.12 0.13 0.12 0.11 0.12 0.12 0.13 0.13 0.14 0.12 0.14 0.12 0.15 0.12 0.12 0.13 0.10 0.13 0.12 0.12 0.20 0.14
O3' 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.09 0.09 0.10 0.08 0.10 0.07 0.12 0.08 0.07 0.11 0.10 0.10 0.09 0.08 0.19 0.10
O4' 0.09 0.09 0.10 0.09 0.09 0.09 0.10 0.10 0.11 0.10 0.10 0.09 0.13 0.10 0.09 0.12 0.09 0.11 0.11 0.12 0.21 0.14
O5' 0.10 0.10 0.11 0.10 0.10 0.10 0.11 0.11 0.11 0.10 0.11 0.10 0.13 0.11 0.10 0.12 0.10 0.11 0.11 0.14 0.23 0.15
OP1 0.11 0.12 0.11 0.10 0.12 0.12 0.13 0.13 0.13 0.12 0.12 0.12 0.15 0.13 0.12 0.12 0.10 0.13 0.13 0.18 0.26 0.18
OP2 0.15 0.16 0.15 0.14 0.15 0.16 0.16 0.17 0.16 0.15 0.16 0.16 0.17 0.16 0.15 0.14 0.13 0.17 0.16 0.22 0.29 0.21
P 0.11 0.12 0.11 0.10 0.12 0.12 0.12 0.13 0.13 0.12 0.12 0.12 0.14 0.13 0.12 0.11 0.10 0.13 0.12 0.17 0.26 0.18

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.04 0.10 0.05
C2 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.07 0.03 0.06 0.07 0.16 0.09
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.07 0.08 0.05
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.08 0.05 0.04
C4 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.05 0.02 0.06 0.07 0.15 0.08
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.04 0.02
C5 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.04 0.01 0.08 0.10 0.17 0.10
C5' 0.02 0.05 0.02 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.06 0.07 0.06 0.04 0.07 0.07 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.07 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.05 0.02 0.08 0.11 0.17 0.10
C8 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.03 0.08 0.09 0.15 0.09
N1 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.06 0.03 0.07 0.10 0.17 0.10
N3 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.07 0.03 0.06 0.06 0.15 0.08
N6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.04 0.02 0.08 0.13 0.18 0.11
N7 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.02 0.02 0.08 0.11 0.17 0.11
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.06 0.06 0.13 0.07
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.06 0.01 0.06 0.02 0.07 0.04 0.08 0.09 0.07 0.05 0.03 0.00 0.03 0.01 0.05 0.09 0.10 0.07
O3' 0.03 0.07 0.01 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.05 0.02 0.06 0.07 0.04 0.02 0.03 0.03 0.00 0.03 0.04 0.08 0.05 0.04
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.06 0.10 0.06
O5' 0.04 0.06 0.04 0.04 0.06 0.01 0.08 0.00 0.08 0.08 0.07 0.06 0.08 0.08 0.06 0.05 0.04 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.07 0.07 0.08 0.07 0.06 0.10 0.07 0.11 0.09 0.10 0.06 0.13 0.11 0.06 0.09 0.08 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.10 0.16 0.08 0.05 0.15 0.04 0.17 0.02 0.17 0.15 0.17 0.15 0.18 0.17 0.13 0.10 0.05 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.09 0.05 0.04 0.08 0.02 0.10 0.01 0.10 0.09 0.10 0.08 0.11 0.11 0.07 0.07 0.04 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00