ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48395

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 3, 1, 9, 5, 2, 0, 0, 2, 1, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.001, 0.011, 0.021, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.011 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.002, 0.013, 0.024, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.013 std_dev=0.011
C5 A 0, -0.002, 0.010, 0.022, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.010 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.003, 0.016, 0.029, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.016 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.018 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.003, 0.019, 0.034, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.019 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.002, 0.018, 0.034, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.018 std_dev=0.016
O2 A 0, 0.009, 0.044, 0.079, 0.177 max_d=0.177 avg_d=0.044 std_dev=0.035
N4 A 0, 0.008, 0.049, 0.090, 0.213 max_d=0.213 avg_d=0.049 std_dev=0.041
C2' A 0, 0.110, 0.267, 0.424, 0.646 max_d=0.646 avg_d=0.267 std_dev=0.157
O2' A 0, 0.127, 0.289, 0.450, 0.687 max_d=0.687 avg_d=0.289 std_dev=0.161
O4' A 0, 0.076, 0.240, 0.405, 0.626 max_d=0.626 avg_d=0.240 std_dev=0.164
C4' A 0, 0.173, 0.425, 0.677, 1.060 max_d=1.060 avg_d=0.425 std_dev=0.252
N9 B 0, 0.477, 0.731, 0.986, 1.387 max_d=1.387 avg_d=0.731 std_dev=0.254
C3' A 0, 0.187, 0.444, 0.701, 1.086 max_d=1.086 avg_d=0.444 std_dev=0.257
C4 B 0, 0.526, 0.791, 1.056, 1.389 max_d=1.389 avg_d=0.791 std_dev=0.265
C1' B 0, 0.616, 0.902, 1.188, 1.492 max_d=1.492 avg_d=0.902 std_dev=0.286
C5 B 0, 0.424, 0.714, 1.004, 1.338 max_d=1.338 avg_d=0.714 std_dev=0.290
C8 B 0, 0.357, 0.652, 0.948, 1.341 max_d=1.341 avg_d=0.652 std_dev=0.295
N3 B 0, 0.739, 1.043, 1.347, 1.642 max_d=1.642 avg_d=1.043 std_dev=0.304
C2' B 0, 0.630, 0.943, 1.257, 1.584 max_d=1.584 avg_d=0.943 std_dev=0.313
N7 B 0, 0.331, 0.644, 0.958, 1.315 max_d=1.315 avg_d=0.644 std_dev=0.314
O3' A 0, 0.284, 0.621, 0.958, 1.360 max_d=1.360 avg_d=0.621 std_dev=0.337
C6 B 0, 0.552, 0.895, 1.237, 1.714 max_d=1.714 avg_d=0.895 std_dev=0.343
O4' B 0, 0.649, 1.006, 1.364, 1.603 max_d=1.603 avg_d=1.006 std_dev=0.358
C2 B 0, 0.809, 1.167, 1.525, 2.079 max_d=2.079 avg_d=1.167 std_dev=0.358
O5' A 0, 0.441, 0.815, 1.189, 1.751 max_d=1.751 avg_d=0.815 std_dev=0.374
N1 B 0, 0.731, 1.112, 1.494, 2.158 max_d=2.158 avg_d=1.112 std_dev=0.381
O2' B 0, 0.877, 1.265, 1.653, 2.065 max_d=2.065 avg_d=1.265 std_dev=0.388
C3' B 0, 0.650, 1.040, 1.429, 1.775 max_d=1.775 avg_d=1.040 std_dev=0.389
N6 B 0, 0.591, 0.982, 1.373, 2.119 max_d=2.119 avg_d=0.982 std_dev=0.391
C4' B 0, 0.747, 1.177, 1.608, 1.753 max_d=1.753 avg_d=1.177 std_dev=0.431
P A 0, 0.780, 1.226, 1.672, 1.973 max_d=1.973 avg_d=1.226 std_dev=0.446
C5' A 0, 0.336, 0.804, 1.272, 2.161 max_d=2.161 avg_d=0.804 std_dev=0.468
OP2 A 0, 1.039, 1.519, 1.998, 2.297 max_d=2.297 avg_d=1.519 std_dev=0.480
O3' B 0, 0.756, 1.268, 1.780, 2.345 max_d=2.345 avg_d=1.268 std_dev=0.512
OP1 A 0, 0.844, 1.395, 1.946, 2.474 max_d=2.474 avg_d=1.395 std_dev=0.551
C5' B 0, 0.769, 1.334, 1.898, 2.139 max_d=2.139 avg_d=1.334 std_dev=0.564
O5' B 0, 0.904, 1.480, 2.056, 2.486 max_d=2.486 avg_d=1.480 std_dev=0.576
P B 0, 1.015, 1.814, 2.614, 3.427 max_d=3.427 avg_d=1.814 std_dev=0.800
OP2 B 0, 0.916, 1.837, 2.759, 3.747 max_d=3.747 avg_d=1.837 std_dev=0.922
OP1 B 0, 1.174, 2.147, 3.120, 4.179 max_d=4.179 avg_d=2.147 std_dev=0.973

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.16 0.16 0.30 0.10
C2 0.02 0.00 0.07 0.08 0.02 0.03 0.03 0.11 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.08 0.09 0.04 0.28 0.13 0.40 0.16
C2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.06 0.01 0.07 0.03 0.07 0.03 0.06 0.07 0.12 0.00 0.02 0.01 0.20 0.17 0.29 0.08
C3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.08 0.00 0.10 0.03 0.10 0.05 0.08 0.09 0.11 0.03 0.01 0.02 0.25 0.23 0.28 0.15
C4 0.02 0.02 0.06 0.08 0.00 0.05 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.07 0.12 0.04 0.38 0.23 0.50 0.28
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.06 0.03 0.04 0.06 0.04 0.07 0.02 0.00 0.02 0.15 0.23 0.11
C5 0.02 0.03 0.07 0.10 0.00 0.07 0.00 0.17 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.06 0.14 0.04 0.40 0.25 0.49 0.29
C5' 0.03 0.11 0.03 0.03 0.16 0.01 0.17 0.00 0.15 0.10 0.14 0.18 0.08 0.07 0.03 0.02 0.01 0.13 0.20 0.02
C6 0.01 0.01 0.07 0.10 0.01 0.06 0.01 0.15 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.05 0.13 0.04 0.36 0.17 0.42 0.21
N1 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.03 0.02 0.10 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.06 0.02 0.28 0.11 0.37 0.14
N3 0.02 0.01 0.06 0.08 0.01 0.04 0.01 0.14 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.08 0.10 0.04 0.33 0.16 0.45 0.21
N4 0.02 0.02 0.07 0.09 0.00 0.06 0.01 0.18 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.08 0.14 0.04 0.40 0.29 0.55 0.32
O2 0.04 0.01 0.12 0.11 0.03 0.04 0.03 0.08 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.11 0.13 0.06 0.25 0.13 0.37 0.14
O2' 0.02 0.08 0.00 0.03 0.07 0.07 0.06 0.07 0.05 0.03 0.08 0.08 0.11 0.00 0.05 0.06 0.11 0.22 0.23 0.09
O3' 0.01 0.09 0.02 0.01 0.12 0.02 0.14 0.03 0.13 0.06 0.10 0.14 0.13 0.05 0.00 0.02 0.23 0.31 0.27 0.20
O4' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.02 0.04 0.02 0.04 0.04 0.06 0.06 0.02 0.00 0.12 0.24 0.32 0.19
O5' 0.16 0.28 0.20 0.25 0.38 0.02 0.40 0.01 0.36 0.28 0.33 0.40 0.25 0.11 0.23 0.12 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.16 0.13 0.17 0.23 0.23 0.15 0.25 0.13 0.17 0.11 0.16 0.29 0.13 0.22 0.31 0.24 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.30 0.40 0.29 0.28 0.50 0.23 0.49 0.20 0.42 0.37 0.45 0.55 0.37 0.23 0.27 0.32 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.10 0.16 0.08 0.15 0.28 0.11 0.29 0.02 0.21 0.14 0.21 0.32 0.14 0.09 0.20 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.30 0.33 0.28 0.27 0.23 0.24 0.16 0.21 0.18 0.15 0.22 0.34 0.28 0.15 0.22 0.37 0.34 0.29 0.50 0.52 0.78 0.58
C2 0.25 0.36 0.26 0.26 0.21 0.19 0.15 0.18 0.17 0.13 0.26 0.33 0.27 0.15 0.19 0.31 0.33 0.23 0.51 0.54 0.78 0.59
C2' 0.31 0.30 0.30 0.29 0.23 0.28 0.18 0.26 0.21 0.17 0.21 0.32 0.32 0.18 0.23 0.38 0.35 0.33 0.47 0.46 0.74 0.54
C3' 0.30 0.30 0.30 0.29 0.23 0.27 0.19 0.25 0.21 0.18 0.21 0.32 0.31 0.20 0.23 0.37 0.35 0.31 0.46 0.47 0.76 0.55
C4 0.23 0.41 0.27 0.30 0.24 0.20 0.19 0.21 0.22 0.17 0.36 0.35 0.23 0.18 0.20 0.29 0.37 0.20 0.54 0.62 0.85 0.65
C4' 0.29 0.30 0.28 0.27 0.21 0.23 0.15 0.21 0.17 0.14 0.20 0.32 0.27 0.16 0.20 0.37 0.34 0.29 0.49 0.50 0.78 0.57
C5 0.23 0.40 0.27 0.29 0.23 0.19 0.18 0.20 0.20 0.16 0.33 0.35 0.22 0.18 0.19 0.30 0.36 0.21 0.54 0.61 0.86 0.65
C5' 0.25 0.29 0.25 0.26 0.20 0.19 0.17 0.18 0.19 0.18 0.20 0.30 0.30 0.21 0.19 0.33 0.34 0.25 0.51 0.55 0.83 0.61
C6 0.24 0.37 0.26 0.27 0.22 0.18 0.16 0.17 0.18 0.14 0.28 0.34 0.24 0.16 0.19 0.31 0.34 0.22 0.52 0.58 0.83 0.62
N1 0.25 0.35 0.26 0.26 0.22 0.19 0.15 0.18 0.17 0.13 0.25 0.33 0.26 0.15 0.19 0.33 0.34 0.25 0.51 0.54 0.80 0.59
N3 0.23 0.40 0.27 0.28 0.23 0.19 0.16 0.19 0.19 0.14 0.33 0.35 0.23 0.15 0.19 0.30 0.35 0.21 0.52 0.58 0.81 0.62
N4 0.25 0.42 0.30 0.34 0.28 0.24 0.24 0.26 0.29 0.22 0.40 0.36 0.28 0.23 0.23 0.30 0.40 0.22 0.56 0.66 0.87 0.68
O2 0.26 0.33 0.26 0.26 0.21 0.21 0.16 0.19 0.20 0.15 0.23 0.32 0.33 0.17 0.20 0.33 0.33 0.26 0.50 0.51 0.75 0.57
O2' 0.35 0.30 0.31 0.29 0.25 0.32 0.20 0.30 0.24 0.20 0.24 0.33 0.35 0.20 0.26 0.41 0.34 0.38 0.48 0.46 0.73 0.53
O3' 0.32 0.29 0.33 0.32 0.24 0.31 0.20 0.29 0.22 0.21 0.21 0.32 0.32 0.22 0.25 0.40 0.37 0.35 0.45 0.44 0.74 0.52
O4' 0.30 0.34 0.30 0.28 0.24 0.24 0.16 0.22 0.18 0.15 0.24 0.35 0.26 0.15 0.23 0.39 0.36 0.29 0.52 0.55 0.79 0.60
O5' 0.47 0.53 0.43 0.39 0.44 0.41 0.37 0.39 0.37 0.34 0.45 0.53 0.35 0.32 0.42 0.50 0.43 0.48 0.64 0.68 0.91 0.73
OP1 0.30 0.35 0.24 0.26 0.26 0.23 0.21 0.23 0.22 0.21 0.27 0.35 0.25 0.21 0.25 0.30 0.34 0.32 0.53 0.60 0.86 0.65
OP2 0.57 0.65 0.54 0.53 0.56 0.53 0.51 0.54 0.52 0.48 0.59 0.64 0.48 0.46 0.54 0.57 0.56 0.58 0.56 0.62 0.85 0.65
P 0.34 0.42 0.31 0.31 0.32 0.28 0.26 0.29 0.27 0.24 0.34 0.41 0.26 0.23 0.29 0.36 0.38 0.35 0.52 0.60 0.85 0.64

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.17 0.15 0.24 0.16
C2 0.02 0.00 0.20 0.25 0.01 0.09 0.01 0.12 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.12 0.31 0.06 0.36 0.34 0.58 0.41
C2' 0.00 0.20 0.00 0.01 0.11 0.01 0.08 0.02 0.11 0.07 0.16 0.19 0.10 0.04 0.03 0.01 0.02 0.01 0.26 0.25 0.21 0.22
C3' 0.01 0.25 0.01 0.00 0.16 0.01 0.15 0.02 0.20 0.10 0.24 0.23 0.19 0.11 0.08 0.03 0.01 0.01 0.36 0.37 0.16 0.29
C4 0.02 0.01 0.11 0.16 0.00 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.19 0.04 0.39 0.37 0.55 0.42
C4' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.06 0.00 0.08 0.01 0.09 0.09 0.09 0.07 0.10 0.10 0.05 0.05 0.02 0.00 0.02 0.12 0.23 0.04
C5 0.01 0.01 0.08 0.15 0.01 0.08 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.18 0.03 0.50 0.53 0.72 0.57
C5' 0.03 0.12 0.02 0.02 0.11 0.01 0.14 0.00 0.16 0.15 0.14 0.10 0.18 0.17 0.09 0.05 0.03 0.02 0.01 0.17 0.37 0.02
C6 0.02 0.01 0.11 0.20 0.01 0.09 0.01 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.24 0.04 0.51 0.56 0.79 0.61
C8 0.01 0.02 0.07 0.10 0.01 0.09 0.01 0.15 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.05 0.11 0.05 0.51 0.52 0.63 0.55
N1 0.02 0.01 0.16 0.24 0.01 0.09 0.01 0.14 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.10 0.30 0.05 0.44 0.47 0.71 0.53
N3 0.03 0.01 0.19 0.23 0.00 0.07 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.27 0.06 0.31 0.28 0.48 0.34
N6 0.01 0.01 0.10 0.19 0.01 0.10 0.01 0.18 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.06 0.25 0.04 0.57 0.66 0.90 0.70
N7 0.01 0.02 0.04 0.11 0.01 0.10 0.00 0.17 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.13 0.04 0.57 0.62 0.79 0.66
N9 0.01 0.01 0.03 0.08 0.00 0.05 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.08 0.02 0.36 0.33 0.46 0.37
O2' 0.01 0.12 0.01 0.03 0.06 0.05 0.05 0.05 0.07 0.05 0.10 0.12 0.06 0.04 0.02 0.00 0.05 0.05 0.05 0.21 0.11 0.06
O3' 0.02 0.31 0.02 0.01 0.19 0.02 0.18 0.03 0.24 0.11 0.30 0.27 0.25 0.13 0.08 0.05 0.00 0.02 0.28 0.38 0.13 0.24
O4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.02 0.04 0.05 0.05 0.06 0.04 0.04 0.02 0.05 0.02 0.00 0.08 0.11 0.22 0.10
O5' 0.17 0.36 0.26 0.36 0.39 0.02 0.50 0.01 0.51 0.51 0.44 0.31 0.57 0.57 0.36 0.05 0.28 0.08 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.15 0.34 0.25 0.37 0.37 0.12 0.53 0.17 0.56 0.52 0.47 0.28 0.66 0.62 0.33 0.21 0.38 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.24 0.58 0.21 0.16 0.55 0.23 0.72 0.37 0.79 0.63 0.71 0.48 0.90 0.79 0.46 0.11 0.13 0.22 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.16 0.41 0.22 0.29 0.42 0.04 0.57 0.02 0.61 0.55 0.53 0.34 0.70 0.66 0.37 0.06 0.24 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00