ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48396

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 3, 1, 3, 2, 1, 2, 1, 0, 0, 1, 3, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.008, 0.015, 0.023, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.003, 0.011, 0.018, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.013, 0.022, 0.032, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.022 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.011, 0.021, 0.031, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.012, 0.022, 0.032, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.022 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.007, 0.018, 0.028, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.018 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.002, 0.018, 0.034, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.018 std_dev=0.016
O2 A 0, 0.019, 0.035, 0.051, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.035 std_dev=0.016
N4 A 0, 0.015, 0.041, 0.067, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.041 std_dev=0.026
O4' A 0, 0.098, 0.161, 0.224, 0.283 max_d=0.283 avg_d=0.161 std_dev=0.063
C4' A 0, 0.075, 0.175, 0.274, 0.391 max_d=0.391 avg_d=0.175 std_dev=0.099
C2' A 0, 0.148, 0.258, 0.369, 0.426 max_d=0.426 avg_d=0.258 std_dev=0.111
C3' A 0, 0.100, 0.235, 0.371, 0.504 max_d=0.504 avg_d=0.235 std_dev=0.136
O5' A 0, 0.149, 0.313, 0.477, 0.615 max_d=0.615 avg_d=0.313 std_dev=0.164
O2' A 0, 0.343, 0.522, 0.701, 0.692 max_d=0.692 avg_d=0.522 std_dev=0.179
C5' A 0, 0.063, 0.251, 0.439, 0.662 max_d=0.662 avg_d=0.251 std_dev=0.188
O3' A 0, 0.185, 0.375, 0.565, 0.698 max_d=0.698 avg_d=0.375 std_dev=0.190
P A 0, 0.204, 0.428, 0.652, 0.787 max_d=0.787 avg_d=0.428 std_dev=0.224
OP2 A 0, 0.262, 0.506, 0.749, 0.948 max_d=0.948 avg_d=0.506 std_dev=0.244
N7 B 0, 0.204, 0.502, 0.800, 1.053 max_d=1.053 avg_d=0.502 std_dev=0.298
N6 B 0, 0.116, 0.424, 0.731, 1.031 max_d=1.031 avg_d=0.424 std_dev=0.308
OP1 A 0, 0.201, 0.511, 0.821, 1.122 max_d=1.122 avg_d=0.511 std_dev=0.310
C8 B 0, 0.276, 0.609, 0.942, 1.269 max_d=1.269 avg_d=0.609 std_dev=0.333
C5 B 0, 0.279, 0.620, 0.960, 1.190 max_d=1.190 avg_d=0.620 std_dev=0.340
C6 B 0, 0.248, 0.604, 0.959, 1.214 max_d=1.214 avg_d=0.604 std_dev=0.355
N9 B 0, 0.382, 0.791, 1.200, 1.523 max_d=1.523 avg_d=0.791 std_dev=0.409
C4 B 0, 0.401, 0.820, 1.239, 1.510 max_d=1.510 avg_d=0.820 std_dev=0.419
N1 B 0, 0.360, 0.814, 1.268, 1.539 max_d=1.539 avg_d=0.814 std_dev=0.454
O4' B 0, 0.484, 0.943, 1.403, 1.667 max_d=1.667 avg_d=0.943 std_dev=0.459
C1' B 0, 0.482, 0.970, 1.458, 1.732 max_d=1.732 avg_d=0.970 std_dev=0.488
N3 B 0, 0.520, 1.029, 1.539, 1.935 max_d=1.935 avg_d=1.029 std_dev=0.510
C2 B 0, 0.494, 1.011, 1.528, 1.933 max_d=1.933 avg_d=1.011 std_dev=0.517
C4' B 0, 0.466, 1.027, 1.589, 2.149 max_d=2.149 avg_d=1.027 std_dev=0.562
O5' B 0, 0.296, 0.864, 1.433, 2.506 max_d=2.506 avg_d=0.864 std_dev=0.568
C5' B 0, 0.410, 1.010, 1.609, 2.529 max_d=2.529 avg_d=1.010 std_dev=0.599
C3' B 0, 0.457, 1.057, 1.657, 2.323 max_d=2.323 avg_d=1.057 std_dev=0.600
C2' B 0, 0.529, 1.140, 1.751, 2.084 max_d=2.084 avg_d=1.140 std_dev=0.611
OP2 B 0, 0.208, 0.855, 1.502, 2.739 max_d=2.739 avg_d=0.855 std_dev=0.647
O3' B 0, 0.491, 1.156, 1.822, 2.778 max_d=2.778 avg_d=1.156 std_dev=0.666
P B 0, 0.234, 0.904, 1.573, 2.993 max_d=2.993 avg_d=0.904 std_dev=0.670
O2' B 0, 0.750, 1.438, 2.126, 2.447 max_d=2.447 avg_d=1.438 std_dev=0.688
OP1 B 0, 0.257, 1.020, 1.783, 3.552 max_d=3.552 avg_d=1.020 std_dev=0.763

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.05 0.08 0.04
C2 0.02 0.00 0.06 0.06 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.14 0.05 0.03 0.07 0.08 0.15 0.10
C2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.05 0.05 0.09 0.01 0.02 0.01 0.06 0.08 0.09 0.06
C3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.12 0.01 0.15 0.02 0.14 0.08 0.09 0.13 0.07 0.03 0.01 0.01 0.05 0.07 0.07 0.04
C4 0.02 0.01 0.04 0.12 0.00 0.07 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.13 0.05 0.14 0.18 0.24 0.19
C4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.00 0.10 0.01 0.09 0.04 0.04 0.08 0.04 0.09 0.02 0.01 0.02 0.05 0.04 0.03
C5 0.02 0.02 0.05 0.15 0.01 0.10 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.16 0.06 0.16 0.21 0.25 0.21
C5' 0.02 0.04 0.02 0.02 0.11 0.01 0.14 0.00 0.12 0.05 0.07 0.12 0.04 0.08 0.03 0.02 0.01 0.05 0.02 0.02
C6 0.02 0.01 0.05 0.14 0.01 0.09 0.01 0.12 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.14 0.05 0.13 0.14 0.17 0.15
N1 0.01 0.01 0.02 0.08 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.06 0.03 0.07 0.08 0.13 0.09
N3 0.02 0.01 0.05 0.09 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.08 0.04 0.10 0.13 0.20 0.14
N4 0.03 0.02 0.05 0.13 0.01 0.08 0.01 0.12 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.11 0.15 0.06 0.16 0.22 0.28 0.22
O2 0.03 0.01 0.09 0.07 0.01 0.04 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.20 0.10 0.03 0.06 0.07 0.13 0.07
O2' 0.01 0.14 0.01 0.03 0.09 0.09 0.04 0.08 0.03 0.05 0.14 0.11 0.20 0.00 0.05 0.07 0.04 0.06 0.07 0.04
O3' 0.03 0.05 0.02 0.01 0.13 0.02 0.16 0.03 0.14 0.06 0.08 0.15 0.10 0.05 0.00 0.03 0.08 0.09 0.09 0.07
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.01 0.06 0.02 0.05 0.03 0.04 0.06 0.03 0.07 0.03 0.00 0.07 0.06 0.09 0.06
O5' 0.04 0.07 0.06 0.05 0.14 0.02 0.16 0.01 0.13 0.07 0.10 0.16 0.06 0.04 0.08 0.07 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.05 0.08 0.08 0.07 0.18 0.05 0.21 0.05 0.14 0.08 0.13 0.22 0.07 0.06 0.09 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.08 0.15 0.09 0.07 0.24 0.04 0.25 0.02 0.17 0.13 0.20 0.28 0.13 0.07 0.09 0.09 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.10 0.06 0.04 0.19 0.03 0.21 0.02 0.15 0.09 0.14 0.22 0.07 0.04 0.07 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.14 0.25 0.23 0.12 0.16 0.10 0.12 0.09 0.11 0.11 0.14 0.09 0.11 0.12 0.30 0.29 0.11 0.13 0.15 0.17 0.14
C2 0.08 0.13 0.15 0.13 0.08 0.09 0.07 0.11 0.08 0.07 0.12 0.11 0.06 0.07 0.08 0.18 0.17 0.08 0.16 0.22 0.26 0.21
C2' 0.22 0.27 0.33 0.31 0.22 0.23 0.19 0.19 0.19 0.18 0.24 0.26 0.16 0.17 0.21 0.38 0.36 0.19 0.20 0.20 0.22 0.19
C3' 0.23 0.29 0.35 0.31 0.22 0.23 0.17 0.18 0.17 0.16 0.24 0.27 0.12 0.14 0.20 0.42 0.38 0.19 0.17 0.17 0.20 0.17
C4 0.13 0.14 0.14 0.15 0.13 0.16 0.13 0.21 0.13 0.14 0.14 0.13 0.13 0.14 0.13 0.16 0.16 0.16 0.26 0.34 0.37 0.33
C4' 0.23 0.22 0.35 0.32 0.19 0.24 0.15 0.19 0.13 0.16 0.17 0.23 0.11 0.14 0.19 0.42 0.40 0.19 0.17 0.17 0.16 0.14
C5 0.11 0.13 0.15 0.15 0.11 0.13 0.11 0.18 0.11 0.12 0.13 0.12 0.11 0.12 0.11 0.18 0.18 0.13 0.22 0.30 0.33 0.29
C5' 0.20 0.20 0.32 0.29 0.16 0.21 0.12 0.15 0.10 0.12 0.15 0.21 0.08 0.11 0.16 0.40 0.37 0.16 0.13 0.14 0.16 0.12
C6 0.09 0.12 0.18 0.15 0.09 0.10 0.08 0.12 0.08 0.09 0.11 0.11 0.08 0.09 0.08 0.22 0.20 0.09 0.16 0.22 0.26 0.22
N1 0.10 0.13 0.19 0.16 0.09 0.10 0.07 0.09 0.07 0.08 0.11 0.12 0.06 0.08 0.08 0.23 0.21 0.08 0.14 0.19 0.23 0.18
N3 0.11 0.15 0.13 0.14 0.12 0.13 0.11 0.18 0.12 0.11 0.15 0.13 0.11 0.11 0.11 0.15 0.15 0.13 0.23 0.30 0.33 0.29
N4 0.18 0.16 0.16 0.19 0.16 0.22 0.17 0.28 0.16 0.19 0.16 0.16 0.17 0.19 0.17 0.16 0.19 0.21 0.32 0.42 0.44 0.41
O2 0.09 0.14 0.16 0.15 0.09 0.09 0.08 0.10 0.08 0.07 0.13 0.12 0.07 0.07 0.08 0.19 0.19 0.07 0.15 0.20 0.24 0.20
O2' 0.39 0.41 0.49 0.48 0.38 0.41 0.35 0.38 0.35 0.35 0.39 0.41 0.30 0.33 0.37 0.54 0.53 0.36 0.37 0.36 0.33 0.34
O3' 0.35 0.42 0.48 0.44 0.33 0.35 0.27 0.29 0.27 0.25 0.35 0.41 0.19 0.22 0.31 0.56 0.51 0.30 0.28 0.25 0.24 0.24
O4' 0.15 0.14 0.26 0.24 0.12 0.17 0.10 0.13 0.09 0.12 0.10 0.14 0.10 0.12 0.13 0.32 0.31 0.13 0.13 0.15 0.16 0.12
O5' 0.14 0.18 0.26 0.22 0.12 0.14 0.09 0.09 0.08 0.09 0.13 0.17 0.08 0.09 0.11 0.33 0.29 0.10 0.11 0.15 0.22 0.16
OP1 0.15 0.20 0.27 0.21 0.13 0.14 0.08 0.07 0.08 0.08 0.15 0.19 0.08 0.08 0.11 0.36 0.29 0.11 0.10 0.16 0.25 0.19
OP2 0.10 0.13 0.12 0.11 0.10 0.13 0.12 0.20 0.11 0.16 0.11 0.11 0.15 0.17 0.11 0.18 0.13 0.15 0.25 0.34 0.41 0.36
P 0.08 0.13 0.18 0.13 0.06 0.07 0.06 0.08 0.06 0.08 0.09 0.12 0.10 0.10 0.06 0.26 0.20 0.07 0.13 0.21 0.29 0.23

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.05 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.06 0.04 0.04
C2 0.06 0.00 0.11 0.08 0.01 0.06 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.17 0.11 0.04 0.08 0.09 0.15 0.10
C2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.05 0.01 0.05 0.03 0.07 0.04 0.10 0.10 0.06 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.05 0.09 0.07 0.05
C3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.04 0.09 0.06 0.08 0.04 0.08 0.05 0.02 0.01 0.01 0.04 0.08 0.06 0.04
C4 0.02 0.01 0.05 0.04 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.08 0.05 0.02 0.10 0.11 0.14 0.11
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.03 0.09 0.04 0.06 0.04 0.09 0.04 0.04 0.02 0.00 0.01 0.06 0.02 0.02
C5 0.01 0.01 0.05 0.05 0.01 0.04 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.05 0.03 0.14 0.16 0.20 0.17
C5' 0.02 0.05 0.03 0.02 0.05 0.01 0.09 0.00 0.08 0.13 0.05 0.05 0.10 0.14 0.06 0.04 0.02 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01
C6 0.03 0.01 0.07 0.04 0.01 0.03 0.01 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.05 0.03 0.14 0.17 0.23 0.18
C8 0.02 0.01 0.04 0.09 0.01 0.09 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.09 0.06 0.16 0.17 0.15 0.17
N1 0.05 0.01 0.10 0.06 0.02 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.15 0.08 0.03 0.11 0.13 0.20 0.15
N3 0.05 0.01 0.10 0.08 0.00 0.06 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.15 0.10 0.04 0.07 0.08 0.11 0.08
N6 0.02 0.02 0.06 0.04 0.02 0.04 0.01 0.10 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.10 0.05 0.03 0.16 0.21 0.27 0.22
N7 0.01 0.01 0.03 0.08 0.01 0.09 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.08 0.05 0.19 0.21 0.23 0.22
N9 0.01 0.02 0.02 0.05 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.05 0.02 0.10 0.10 0.10 0.09
O2' 0.01 0.17 0.01 0.02 0.08 0.04 0.07 0.04 0.11 0.03 0.15 0.15 0.10 0.03 0.02 0.00 0.05 0.04 0.04 0.08 0.05 0.03
O3' 0.02 0.11 0.03 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.05 0.09 0.08 0.10 0.05 0.08 0.05 0.05 0.00 0.02 0.06 0.10 0.07 0.06
O4' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.06 0.03 0.04 0.03 0.05 0.02 0.04 0.02 0.00 0.04 0.06 0.06 0.05
O5' 0.05 0.08 0.05 0.04 0.10 0.01 0.14 0.01 0.14 0.16 0.11 0.07 0.16 0.19 0.10 0.04 0.06 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.06 0.09 0.09 0.08 0.11 0.06 0.16 0.06 0.17 0.17 0.13 0.08 0.21 0.21 0.10 0.08 0.10 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.04 0.15 0.07 0.06 0.14 0.02 0.20 0.01 0.23 0.15 0.20 0.11 0.27 0.23 0.10 0.05 0.07 0.06 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.10 0.05 0.04 0.11 0.02 0.17 0.01 0.18 0.17 0.15 0.08 0.22 0.22 0.09 0.03 0.06 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00