ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48397

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 5, 3, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.011, 0.018, 0.026, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.018 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.019, 0.028, 0.036, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.028 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.017, 0.026, 0.035, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.026 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.006, 0.015, 0.025, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.015 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.014, 0.026, 0.037, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.026 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.020, 0.032, 0.044, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.032 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.015, 0.029, 0.042, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.029 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.033, 0.059, 0.086, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.059 std_dev=0.026
N4 A 0, 0.017, 0.049, 0.080, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.049 std_dev=0.032
C2' A 0, 0.073, 0.153, 0.234, 0.264 max_d=0.264 avg_d=0.153 std_dev=0.081
O4' A 0, 0.036, 0.135, 0.233, 0.332 max_d=0.332 avg_d=0.135 std_dev=0.098
C4' A 0, 0.056, 0.179, 0.303, 0.496 max_d=0.496 avg_d=0.179 std_dev=0.123
C3' A 0, 0.121, 0.252, 0.382, 0.469 max_d=0.469 avg_d=0.252 std_dev=0.130
O2' A 0, 0.106, 0.241, 0.375, 0.477 max_d=0.477 avg_d=0.241 std_dev=0.134
C5' A 0, 0.184, 0.381, 0.579, 0.776 max_d=0.776 avg_d=0.381 std_dev=0.197
O3' A 0, 0.232, 0.446, 0.661, 0.767 max_d=0.767 avg_d=0.446 std_dev=0.215
N6 B 0, 0.370, 0.589, 0.808, 1.006 max_d=1.006 avg_d=0.589 std_dev=0.219
C6 B 0, 0.408, 0.630, 0.852, 0.997 max_d=0.997 avg_d=0.630 std_dev=0.222
N1 B 0, 0.322, 0.550, 0.779, 0.968 max_d=0.968 avg_d=0.550 std_dev=0.228
C2 B 0, 0.339, 0.616, 0.894, 1.182 max_d=1.182 avg_d=0.616 std_dev=0.278
C5 B 0, 0.493, 0.775, 1.058, 1.122 max_d=1.122 avg_d=0.775 std_dev=0.282
C4 B 0, 0.501, 0.814, 1.128, 1.167 max_d=1.167 avg_d=0.814 std_dev=0.314
N3 B 0, 0.428, 0.743, 1.059, 1.263 max_d=1.263 avg_d=0.743 std_dev=0.316
O5' A 0, 0.408, 0.739, 1.069, 1.068 max_d=1.068 avg_d=0.739 std_dev=0.331
N7 B 0, 0.541, 0.897, 1.252, 1.375 max_d=1.375 avg_d=0.897 std_dev=0.355
O2' B 0, 0.737, 1.111, 1.485, 1.482 max_d=1.482 avg_d=1.111 std_dev=0.374
N9 B 0, 0.574, 0.956, 1.338, 1.401 max_d=1.401 avg_d=0.956 std_dev=0.382
C2' B 0, 0.795, 1.200, 1.606, 1.652 max_d=1.652 avg_d=1.200 std_dev=0.406
C8 B 0, 0.592, 1.000, 1.408, 1.562 max_d=1.562 avg_d=1.000 std_dev=0.408
C1' B 0, 0.604, 1.036, 1.469, 1.541 max_d=1.541 avg_d=1.036 std_dev=0.432
O4' B 0, 0.940, 1.465, 1.991, 2.280 max_d=2.280 avg_d=1.465 std_dev=0.525
C3' B 0, 1.134, 1.671, 2.208, 2.170 max_d=2.170 avg_d=1.671 std_dev=0.537
P A 0, 0.999, 1.559, 2.120, 2.295 max_d=2.295 avg_d=1.559 std_dev=0.560
C4' B 0, 1.161, 1.755, 2.349, 2.472 max_d=2.472 avg_d=1.755 std_dev=0.594
O3' B 0, 1.368, 1.974, 2.579, 2.512 max_d=2.512 avg_d=1.974 std_dev=0.606
OP2 A 0, 1.265, 1.878, 2.491, 2.569 max_d=2.569 avg_d=1.878 std_dev=0.613
OP1 B 0, 1.144, 1.812, 2.480, 2.902 max_d=2.902 avg_d=1.812 std_dev=0.668
P B 0, 1.560, 2.252, 2.944, 3.151 max_d=3.151 avg_d=2.252 std_dev=0.692
C5' B 0, 1.505, 2.211, 2.917, 3.202 max_d=3.202 avg_d=2.211 std_dev=0.706
O5' B 0, 1.669, 2.380, 3.091, 3.177 max_d=3.177 avg_d=2.380 std_dev=0.711
OP2 B 0, 1.737, 2.500, 3.263, 3.312 max_d=3.312 avg_d=2.500 std_dev=0.763
OP1 A 0, 0.960, 1.775, 2.590, 2.928 max_d=2.928 avg_d=1.775 std_dev=0.815

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.05 0.02 0.02 0.01 0.06 0.16 0.17 0.06
C2 0.03 0.00 0.06 0.06 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.07 0.04 0.09 0.16 0.22 0.08
C2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.06 0.02 0.06 0.01 0.06 0.04 0.06 0.07 0.08 0.01 0.02 0.01 0.05 0.25 0.22 0.11
C3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.08 0.01 0.09 0.02 0.08 0.05 0.07 0.10 0.08 0.06 0.02 0.01 0.09 0.28 0.22 0.15
C4 0.02 0.01 0.06 0.08 0.00 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.10 0.03 0.12 0.16 0.25 0.12
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.05 0.00 0.06 0.01 0.05 0.03 0.05 0.06 0.05 0.05 0.04 0.01 0.01 0.16 0.11 0.05
C5 0.02 0.01 0.06 0.09 0.01 0.06 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.11 0.02 0.13 0.15 0.23 0.12
C5' 0.02 0.07 0.01 0.02 0.10 0.01 0.10 0.00 0.09 0.06 0.08 0.10 0.06 0.05 0.07 0.01 0.04 0.12 0.04 0.02
C6 0.01 0.01 0.06 0.08 0.01 0.05 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.09 0.02 0.12 0.13 0.20 0.10
N1 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.05 0.02 0.09 0.14 0.20 0.07
N3 0.03 0.01 0.06 0.07 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.05 0.09 0.04 0.10 0.16 0.25 0.10
N4 0.03 0.01 0.07 0.10 0.01 0.06 0.01 0.10 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.04 0.12 0.03 0.13 0.18 0.27 0.14
O2 0.05 0.01 0.08 0.08 0.02 0.05 0.02 0.06 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.09 0.08 0.05 0.07 0.17 0.22 0.08
O2' 0.02 0.06 0.01 0.06 0.04 0.05 0.05 0.05 0.04 0.03 0.05 0.04 0.09 0.00 0.09 0.04 0.07 0.26 0.22 0.11
O3' 0.02 0.07 0.02 0.02 0.10 0.04 0.11 0.07 0.09 0.05 0.09 0.12 0.08 0.09 0.00 0.03 0.15 0.38 0.26 0.21
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.05 0.04 0.03 0.00 0.10 0.15 0.12 0.07
O5' 0.06 0.09 0.05 0.09 0.12 0.01 0.13 0.04 0.12 0.09 0.10 0.13 0.07 0.07 0.15 0.10 0.00 0.07 0.03 0.01
OP1 0.16 0.16 0.25 0.28 0.16 0.16 0.15 0.12 0.13 0.14 0.16 0.18 0.17 0.26 0.38 0.15 0.07 0.00 0.03 0.01
OP2 0.17 0.22 0.22 0.22 0.25 0.11 0.23 0.04 0.20 0.20 0.25 0.27 0.22 0.22 0.26 0.12 0.03 0.03 0.00 0.01
P 0.06 0.08 0.11 0.15 0.12 0.05 0.12 0.02 0.10 0.07 0.10 0.14 0.08 0.11 0.21 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.16 0.18 0.17 0.17 0.15 0.15 0.13 0.15 0.12 0.13 0.15 0.18 0.10 0.12 0.15 0.19 0.19 0.16 0.15 0.14 0.29 0.15
C2 0.09 0.11 0.10 0.11 0.09 0.08 0.08 0.09 0.08 0.08 0.10 0.11 0.08 0.07 0.09 0.11 0.13 0.09 0.10 0.09 0.28 0.11
C2' 0.15 0.17 0.16 0.16 0.14 0.15 0.11 0.15 0.11 0.12 0.14 0.17 0.09 0.11 0.14 0.18 0.19 0.16 0.15 0.13 0.29 0.15
C3' 0.11 0.15 0.13 0.13 0.09 0.11 0.07 0.11 0.07 0.08 0.11 0.13 0.08 0.07 0.09 0.16 0.17 0.12 0.10 0.08 0.28 0.10
C4 0.11 0.10 0.13 0.12 0.11 0.11 0.11 0.12 0.10 0.13 0.10 0.10 0.11 0.12 0.12 0.13 0.13 0.11 0.12 0.08 0.27 0.09
C4' 0.13 0.16 0.15 0.15 0.11 0.12 0.08 0.12 0.08 0.09 0.12 0.15 0.08 0.08 0.11 0.18 0.18 0.13 0.11 0.09 0.27 0.11
C5 0.10 0.10 0.12 0.12 0.10 0.10 0.10 0.11 0.09 0.12 0.10 0.10 0.10 0.12 0.11 0.13 0.13 0.11 0.10 0.07 0.27 0.08
C5' 0.12 0.16 0.14 0.14 0.11 0.12 0.10 0.12 0.10 0.11 0.13 0.14 0.10 0.11 0.11 0.17 0.18 0.13 0.12 0.09 0.28 0.11
C6 0.11 0.13 0.13 0.12 0.10 0.11 0.09 0.11 0.08 0.10 0.11 0.12 0.08 0.10 0.11 0.14 0.14 0.12 0.10 0.08 0.28 0.09
N1 0.12 0.14 0.13 0.13 0.11 0.11 0.09 0.11 0.09 0.10 0.12 0.13 0.08 0.09 0.11 0.14 0.15 0.12 0.11 0.10 0.28 0.11
N3 0.08 0.11 0.11 0.11 0.09 0.09 0.08 0.09 0.08 0.08 0.10 0.10 0.08 0.08 0.09 0.11 0.12 0.09 0.10 0.07 0.27 0.09
N4 0.16 0.13 0.17 0.17 0.15 0.16 0.16 0.17 0.15 0.19 0.13 0.14 0.17 0.19 0.17 0.17 0.16 0.17 0.17 0.13 0.27 0.13
O2 0.11 0.13 0.11 0.12 0.11 0.10 0.10 0.11 0.11 0.10 0.11 0.13 0.13 0.10 0.11 0.13 0.15 0.11 0.13 0.13 0.30 0.15
O2' 0.24 0.24 0.24 0.24 0.22 0.23 0.19 0.23 0.17 0.19 0.21 0.25 0.15 0.17 0.22 0.27 0.27 0.24 0.23 0.22 0.35 0.24
O3' 0.12 0.17 0.17 0.16 0.10 0.12 0.07 0.12 0.08 0.09 0.13 0.15 0.08 0.08 0.10 0.20 0.21 0.12 0.13 0.10 0.28 0.12
O4' 0.15 0.17 0.16 0.16 0.14 0.15 0.11 0.14 0.11 0.12 0.14 0.17 0.09 0.10 0.14 0.19 0.19 0.15 0.14 0.12 0.28 0.13
O5' 0.16 0.16 0.17 0.15 0.13 0.16 0.11 0.16 0.10 0.14 0.12 0.16 0.11 0.13 0.14 0.20 0.18 0.18 0.13 0.12 0.30 0.13
OP1 0.37 0.31 0.41 0.39 0.31 0.37 0.27 0.34 0.24 0.32 0.25 0.33 0.22 0.29 0.33 0.45 0.41 0.36 0.33 0.32 0.42 0.32
OP2 0.32 0.30 0.36 0.34 0.29 0.31 0.28 0.28 0.26 0.30 0.26 0.31 0.27 0.29 0.30 0.39 0.36 0.30 0.29 0.27 0.40 0.29
P 0.20 0.18 0.24 0.22 0.16 0.19 0.14 0.16 0.12 0.17 0.14 0.19 0.13 0.16 0.17 0.27 0.25 0.18 0.16 0.14 0.33 0.17

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.15 0.07
C2 0.02 0.00 0.10 0.12 0.00 0.07 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.16 0.02 0.09 0.09 0.21 0.09
C2' 0.00 0.10 0.00 0.01 0.06 0.01 0.05 0.02 0.08 0.04 0.09 0.10 0.08 0.04 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.08 0.06 0.03
C3' 0.01 0.12 0.01 0.00 0.08 0.01 0.08 0.03 0.10 0.08 0.12 0.11 0.10 0.07 0.05 0.04 0.01 0.02 0.05 0.09 0.07 0.05
C4 0.01 0.00 0.06 0.08 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.09 0.01 0.07 0.07 0.23 0.10
C4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.05 0.06 0.06 0.06 0.04 0.02 0.04 0.03 0.01 0.01 0.09 0.06 0.03
C5 0.01 0.01 0.05 0.08 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.09 0.02 0.08 0.07 0.28 0.11
C5' 0.02 0.07 0.02 0.03 0.04 0.01 0.05 0.00 0.06 0.06 0.06 0.06 0.08 0.06 0.03 0.04 0.05 0.01 0.02 0.10 0.03 0.02
C6 0.02 0.01 0.08 0.10 0.01 0.05 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.12 0.02 0.10 0.09 0.28 0.11
C8 0.02 0.01 0.04 0.08 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.09 0.03 0.10 0.07 0.31 0.13
N1 0.02 0.00 0.09 0.12 0.01 0.06 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.15 0.02 0.10 0.09 0.24 0.10
N3 0.03 0.00 0.10 0.11 0.01 0.06 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.13 0.02 0.08 0.08 0.19 0.09
N6 0.02 0.01 0.08 0.10 0.01 0.06 0.02 0.08 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.07 0.13 0.03 0.12 0.10 0.30 0.12
N7 0.02 0.01 0.04 0.07 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.09 0.03 0.10 0.08 0.34 0.13
N9 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.06 0.06 0.23 0.10
O2' 0.01 0.09 0.01 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.07 0.02 0.08 0.08 0.07 0.03 0.02 0.00 0.07 0.03 0.05 0.11 0.06 0.04
O3' 0.01 0.16 0.02 0.01 0.09 0.03 0.09 0.05 0.12 0.09 0.15 0.13 0.13 0.09 0.05 0.07 0.00 0.02 0.08 0.11 0.15 0.10
O4' 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.02 0.00 0.04 0.09 0.16 0.09
O5' 0.03 0.09 0.04 0.05 0.07 0.01 0.08 0.02 0.10 0.10 0.10 0.08 0.12 0.10 0.06 0.05 0.08 0.04 0.00 0.04 0.04 0.00
OP1 0.07 0.09 0.08 0.09 0.07 0.09 0.07 0.10 0.09 0.07 0.09 0.08 0.10 0.08 0.06 0.11 0.11 0.09 0.04 0.00 0.01 0.02
OP2 0.15 0.21 0.06 0.07 0.23 0.06 0.28 0.03 0.28 0.31 0.24 0.19 0.30 0.34 0.23 0.06 0.15 0.16 0.04 0.01 0.00 0.02
P 0.07 0.09 0.03 0.05 0.10 0.03 0.11 0.02 0.11 0.13 0.10 0.09 0.12 0.13 0.10 0.04 0.10 0.09 0.00 0.02 0.02 0.00