ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48398

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.012, 0.022, 0.032, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.022 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.013, 0.024, 0.034, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.024 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.003, 0.016, 0.028, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.016 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.016, 0.028, 0.041, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.028 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.016, 0.030, 0.044, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.030 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.018, 0.032, 0.046, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.032 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.019, 0.034, 0.048, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.034 std_dev=0.015
O2 A 0, 0.041, 0.070, 0.100, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.070 std_dev=0.029
N4 A 0, 0.047, 0.101, 0.156, 0.151 max_d=0.151 avg_d=0.101 std_dev=0.054
O4' A 0, 0.141, 0.341, 0.540, 0.728 max_d=0.728 avg_d=0.341 std_dev=0.199
C2' A 0, 0.132, 0.342, 0.552, 0.725 max_d=0.725 avg_d=0.342 std_dev=0.210
C4' A 0, 0.231, 0.565, 0.899, 1.227 max_d=1.227 avg_d=0.565 std_dev=0.334
O2' A 0, 0.229, 0.606, 0.982, 1.327 max_d=1.327 avg_d=0.606 std_dev=0.376
C3' A 0, 0.170, 0.580, 0.990, 1.484 max_d=1.484 avg_d=0.580 std_dev=0.410
N3 B 0, 0.315, 0.725, 1.136, 1.380 max_d=1.380 avg_d=0.725 std_dev=0.410
C4 B 0, 0.261, 0.676, 1.091, 1.313 max_d=1.313 avg_d=0.676 std_dev=0.415
C2' B 0, 0.400, 0.829, 1.258, 1.667 max_d=1.667 avg_d=0.829 std_dev=0.429
C5 B 0, 0.266, 0.704, 1.142, 1.454 max_d=1.454 avg_d=0.704 std_dev=0.438
N6 B 0, 0.386, 0.837, 1.287, 1.773 max_d=1.773 avg_d=0.837 std_dev=0.451
C6 B 0, 0.266, 0.717, 1.168, 1.591 max_d=1.591 avg_d=0.717 std_dev=0.451
N7 B 0, 0.376, 0.831, 1.285, 1.509 max_d=1.509 avg_d=0.831 std_dev=0.455
C2 B 0, 0.289, 0.744, 1.199, 1.539 max_d=1.539 avg_d=0.744 std_dev=0.455
N1 B 0, 0.274, 0.733, 1.191, 1.615 max_d=1.615 avg_d=0.733 std_dev=0.458
C5' A 0, 0.467, 0.928, 1.390, 1.465 max_d=1.465 avg_d=0.928 std_dev=0.461
N9 B 0, 0.239, 0.706, 1.173, 1.467 max_d=1.467 avg_d=0.706 std_dev=0.467
O5' A 0, 0.406, 0.881, 1.356, 1.485 max_d=1.485 avg_d=0.881 std_dev=0.475
C1' B 0, 0.327, 0.807, 1.288, 1.588 max_d=1.588 avg_d=0.807 std_dev=0.480
C8 B 0, 0.328, 0.815, 1.301, 1.584 max_d=1.584 avg_d=0.815 std_dev=0.487
O2' B 0, 0.509, 1.024, 1.538, 1.785 max_d=1.785 avg_d=1.024 std_dev=0.515
P A 0, 0.482, 1.016, 1.549, 1.751 max_d=1.751 avg_d=1.016 std_dev=0.534
C3' B 0, 0.337, 0.873, 1.408, 1.870 max_d=1.870 avg_d=0.873 std_dev=0.536
O3' B 0, 0.369, 0.920, 1.471, 1.987 max_d=1.987 avg_d=0.920 std_dev=0.551
O4' B 0, 0.428, 0.982, 1.536, 1.813 max_d=1.813 avg_d=0.982 std_dev=0.554
OP2 A 0, 0.399, 0.976, 1.553, 1.906 max_d=1.906 avg_d=0.976 std_dev=0.577
OP1 A 0, 0.539, 1.165, 1.792, 2.075 max_d=2.075 avg_d=1.165 std_dev=0.626
C4' B 0, 0.363, 1.056, 1.749, 2.068 max_d=2.068 avg_d=1.056 std_dev=0.693
O5' B 0, 1.073, 1.789, 2.506, 2.507 max_d=2.507 avg_d=1.789 std_dev=0.717
O3' A 0, 0.224, 0.964, 1.704, 2.664 max_d=2.664 avg_d=0.964 std_dev=0.740
C5' B 0, 0.529, 1.318, 2.107, 2.314 max_d=2.314 avg_d=1.318 std_dev=0.789
P B 0, 1.182, 2.025, 2.868, 3.356 max_d=3.356 avg_d=2.025 std_dev=0.843
OP1 B 0, 0.968, 2.073, 3.178, 4.121 max_d=4.121 avg_d=2.073 std_dev=1.105
OP2 B 0, 1.990, 3.288, 4.586, 4.850 max_d=4.850 avg_d=3.288 std_dev=1.298

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.19 0.01 0.12 0.11 0.15 0.12
C2 0.01 0.00 0.10 0.18 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.19 0.10 0.05 0.15 0.14 0.15 0.15
C2' 0.00 0.10 0.00 0.01 0.04 0.03 0.07 0.08 0.08 0.03 0.08 0.04 0.17 0.01 0.04 0.02 0.17 0.19 0.27 0.20
C3' 0.02 0.18 0.01 0.00 0.29 0.01 0.33 0.02 0.30 0.19 0.24 0.32 0.14 0.05 0.02 0.02 0.13 0.12 0.13 0.12
C4 0.02 0.01 0.04 0.29 0.00 0.13 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.24 0.19 0.06 0.27 0.28 0.30 0.28
C4' 0.02 0.04 0.03 0.01 0.13 0.00 0.17 0.01 0.15 0.07 0.08 0.15 0.03 0.24 0.05 0.01 0.02 0.06 0.04 0.03
C5 0.03 0.01 0.07 0.33 0.00 0.17 0.00 0.24 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.21 0.28 0.08 0.29 0.28 0.27 0.28
C5' 0.04 0.09 0.08 0.02 0.20 0.01 0.24 0.00 0.19 0.10 0.14 0.24 0.05 0.15 0.11 0.02 0.01 0.06 0.03 0.03
C6 0.03 0.01 0.08 0.30 0.01 0.15 0.00 0.19 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.24 0.09 0.21 0.18 0.12 0.17
N1 0.01 0.00 0.03 0.19 0.01 0.07 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.07 0.04 0.13 0.11 0.10 0.12
N3 0.01 0.01 0.08 0.24 0.01 0.08 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.24 0.10 0.05 0.20 0.21 0.23 0.22
N4 0.01 0.02 0.04 0.32 0.00 0.15 0.02 0.24 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.27 0.23 0.06 0.32 0.36 0.40 0.36
O2 0.02 0.01 0.17 0.14 0.02 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.20 0.24 0.07 0.12 0.11 0.13 0.12
O2' 0.03 0.19 0.01 0.05 0.24 0.24 0.21 0.15 0.15 0.13 0.24 0.27 0.20 0.00 0.10 0.18 0.12 0.16 0.28 0.15
O3' 0.19 0.10 0.04 0.02 0.19 0.05 0.28 0.11 0.24 0.07 0.10 0.23 0.24 0.10 0.00 0.15 0.28 0.39 0.34 0.33
O4' 0.01 0.05 0.02 0.02 0.06 0.01 0.08 0.02 0.09 0.04 0.05 0.06 0.07 0.18 0.15 0.00 0.12 0.10 0.15 0.12
O5' 0.12 0.15 0.17 0.13 0.27 0.02 0.29 0.01 0.21 0.13 0.20 0.32 0.12 0.12 0.28 0.12 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.11 0.14 0.19 0.12 0.28 0.06 0.28 0.06 0.18 0.11 0.21 0.36 0.11 0.16 0.39 0.10 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.15 0.15 0.27 0.13 0.30 0.04 0.27 0.03 0.12 0.10 0.23 0.40 0.13 0.28 0.34 0.15 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.15 0.20 0.12 0.28 0.03 0.28 0.03 0.17 0.12 0.22 0.36 0.12 0.15 0.33 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.36 0.50 0.40 0.32 0.29 0.29 0.12 0.29 0.10 0.12 0.30 0.47 0.25 0.14 0.25 0.50 0.37 0.28 0.57 0.73 1.08 0.80
C2 0.40 0.64 0.44 0.37 0.38 0.32 0.21 0.33 0.24 0.16 0.52 0.56 0.15 0.13 0.31 0.51 0.42 0.30 0.55 0.71 1.04 0.78
C2' 0.46 0.49 0.49 0.43 0.37 0.43 0.26 0.44 0.24 0.27 0.30 0.50 0.36 0.27 0.36 0.57 0.47 0.42 0.57 0.67 0.96 0.72
C3' 0.43 0.47 0.44 0.38 0.35 0.38 0.22 0.39 0.20 0.23 0.30 0.48 0.25 0.21 0.33 0.52 0.42 0.39 0.58 0.70 1.00 0.75
C4 0.43 0.70 0.50 0.46 0.48 0.39 0.39 0.41 0.48 0.29 0.68 0.61 0.38 0.27 0.39 0.53 0.51 0.33 0.54 0.75 1.03 0.80
C4' 0.35 0.43 0.38 0.32 0.27 0.30 0.14 0.31 0.12 0.15 0.26 0.43 0.22 0.16 0.25 0.47 0.38 0.28 0.63 0.80 1.14 0.85
C5 0.43 0.69 0.49 0.45 0.46 0.37 0.35 0.40 0.43 0.27 0.63 0.60 0.32 0.25 0.38 0.53 0.50 0.32 0.56 0.78 1.07 0.83
C5' 0.37 0.49 0.39 0.31 0.31 0.28 0.15 0.26 0.15 0.12 0.34 0.47 0.08 0.08 0.27 0.49 0.36 0.29 0.63 0.83 1.19 0.89
C6 0.41 0.64 0.46 0.40 0.41 0.34 0.27 0.36 0.31 0.20 0.54 0.57 0.19 0.18 0.33 0.53 0.46 0.30 0.57 0.78 1.10 0.84
N1 0.39 0.61 0.44 0.37 0.37 0.32 0.20 0.33 0.22 0.16 0.47 0.54 0.15 0.14 0.30 0.52 0.42 0.29 0.57 0.75 1.08 0.81
N3 0.42 0.70 0.48 0.43 0.45 0.36 0.33 0.37 0.41 0.24 0.66 0.60 0.24 0.20 0.37 0.52 0.48 0.31 0.53 0.72 1.01 0.77
N4 0.45 0.70 0.52 0.52 0.52 0.44 0.47 0.47 0.57 0.36 0.71 0.61 0.54 0.36 0.44 0.53 0.56 0.36 0.53 0.74 0.98 0.78
O2 0.37 0.59 0.40 0.32 0.32 0.29 0.12 0.29 0.09 0.11 0.39 0.52 0.33 0.13 0.26 0.49 0.37 0.28 0.55 0.68 1.02 0.76
O2' 0.38 0.34 0.42 0.42 0.32 0.39 0.36 0.45 0.41 0.34 0.31 0.38 0.60 0.41 0.32 0.48 0.46 0.35 0.66 0.74 1.02 0.79
O3' 0.58 0.56 0.65 0.64 0.50 0.58 0.42 0.59 0.40 0.43 0.44 0.59 0.42 0.40 0.50 0.70 0.70 0.54 0.80 0.89 1.14 0.92
O4' 0.34 0.49 0.37 0.30 0.28 0.26 0.14 0.27 0.13 0.15 0.31 0.46 0.23 0.18 0.24 0.48 0.35 0.25 0.64 0.83 1.20 0.89
O5' 0.41 0.58 0.42 0.32 0.38 0.30 0.23 0.27 0.25 0.16 0.45 0.54 0.09 0.10 0.33 0.52 0.35 0.33 0.66 0.87 1.21 0.93
OP1 0.42 0.56 0.42 0.33 0.39 0.31 0.25 0.28 0.27 0.18 0.44 0.53 0.14 0.13 0.33 0.52 0.37 0.33 0.67 0.91 1.24 0.95
OP2 0.47 0.66 0.48 0.40 0.48 0.38 0.38 0.37 0.41 0.30 0.58 0.61 0.31 0.28 0.42 0.54 0.42 0.39 0.69 0.92 1.21 0.96
P 0.44 0.62 0.44 0.34 0.43 0.32 0.30 0.29 0.33 0.21 0.52 0.58 0.19 0.17 0.36 0.53 0.37 0.35 0.68 0.92 1.25 0.97

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.05 0.05 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.21 0.23 0.23 0.23
C2 0.05 0.00 0.13 0.16 0.01 0.10 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.10 0.21 0.04 0.45 0.46 0.72 0.54
C2' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.08 0.02 0.07 0.02 0.09 0.04 0.12 0.12 0.07 0.04 0.03 0.00 0.05 0.01 0.30 0.28 0.31 0.27
C3' 0.01 0.16 0.01 0.00 0.11 0.00 0.11 0.04 0.13 0.08 0.16 0.14 0.12 0.08 0.06 0.02 0.01 0.02 0.43 0.39 0.35 0.36
C4 0.03 0.01 0.08 0.11 0.00 0.08 0.00 0.11 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.13 0.02 0.46 0.47 0.65 0.53
C4' 0.01 0.10 0.02 0.00 0.08 0.00 0.08 0.01 0.09 0.07 0.11 0.09 0.09 0.08 0.06 0.05 0.02 0.00 0.04 0.21 0.22 0.11
C5 0.02 0.01 0.07 0.11 0.00 0.08 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.13 0.02 0.59 0.65 0.86 0.72
C5' 0.03 0.13 0.02 0.04 0.11 0.01 0.14 0.00 0.15 0.13 0.15 0.11 0.16 0.15 0.09 0.05 0.09 0.02 0.01 0.24 0.40 0.02
C6 0.03 0.01 0.09 0.13 0.01 0.09 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.07 0.16 0.02 0.61 0.70 0.96 0.77
C8 0.02 0.01 0.04 0.08 0.01 0.07 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.09 0.04 0.59 0.61 0.68 0.66
N1 0.05 0.01 0.12 0.16 0.02 0.11 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.09 0.21 0.04 0.54 0.60 0.87 0.68
N3 0.05 0.00 0.12 0.14 0.01 0.09 0.02 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.09 0.18 0.05 0.38 0.37 0.58 0.44
N6 0.02 0.01 0.07 0.12 0.01 0.09 0.01 0.16 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.06 0.15 0.03 0.68 0.83 1.10 0.89
N7 0.01 0.02 0.04 0.08 0.01 0.08 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.09 0.04 0.67 0.75 0.92 0.81
N9 0.00 0.02 0.03 0.06 0.01 0.06 0.01 0.09 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.07 0.01 0.42 0.41 0.50 0.46
O2' 0.02 0.10 0.00 0.02 0.05 0.05 0.05 0.05 0.07 0.04 0.09 0.09 0.06 0.03 0.02 0.00 0.08 0.04 0.14 0.22 0.18 0.14
O3' 0.03 0.21 0.05 0.01 0.13 0.02 0.13 0.09 0.16 0.09 0.21 0.18 0.15 0.09 0.07 0.08 0.00 0.02 0.41 0.38 0.35 0.33
O4' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.04 0.05 0.03 0.04 0.01 0.04 0.02 0.00 0.13 0.21 0.18 0.17
O5' 0.21 0.45 0.30 0.43 0.46 0.04 0.59 0.01 0.61 0.59 0.54 0.38 0.68 0.67 0.42 0.14 0.41 0.13 0.00 0.02 0.04 0.01
OP1 0.23 0.46 0.28 0.39 0.47 0.21 0.65 0.24 0.70 0.61 0.60 0.37 0.83 0.75 0.41 0.22 0.38 0.21 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.23 0.72 0.31 0.35 0.65 0.22 0.86 0.40 0.96 0.68 0.87 0.58 1.10 0.92 0.50 0.18 0.35 0.18 0.04 0.02 0.00 0.00
P 0.23 0.54 0.27 0.36 0.53 0.11 0.72 0.02 0.77 0.66 0.68 0.44 0.89 0.81 0.46 0.14 0.33 0.17 0.01 0.01 0.00 0.00