ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48399

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 2, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.011, 0.016, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.011 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.007, 0.013, 0.018, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.013 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.009, 0.017, 0.024, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.017 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.007, 0.015, 0.022, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.012, 0.021, 0.030, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.021 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.008, 0.020, 0.031, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.020 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.016, 0.030, 0.044, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.030 std_dev=0.014
N4 A 0, 0.017, 0.040, 0.063, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.040 std_dev=0.023
C2' A 0, 0.024, 0.054, 0.084, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.054 std_dev=0.030
O2 A 0, 0.034, 0.065, 0.095, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.065 std_dev=0.031
O4' A 0, 0.032, 0.068, 0.105, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.068 std_dev=0.036
C4' A 0, 0.031, 0.073, 0.116, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.073 std_dev=0.043
O2' A 0, 0.053, 0.104, 0.155, 0.167 max_d=0.167 avg_d=0.104 std_dev=0.051
C3' A 0, 0.031, 0.095, 0.158, 0.215 max_d=0.215 avg_d=0.095 std_dev=0.064
C5' A 0, 0.046, 0.119, 0.191, 0.220 max_d=0.220 avg_d=0.119 std_dev=0.072
C4 B 0, 0.115, 0.255, 0.395, 0.453 max_d=0.453 avg_d=0.255 std_dev=0.140
O5' A 0, 0.034, 0.178, 0.323, 0.511 max_d=0.511 avg_d=0.178 std_dev=0.144
O3' A 0, 0.024, 0.169, 0.314, 0.469 max_d=0.469 avg_d=0.169 std_dev=0.145
N9 B 0, 0.124, 0.274, 0.423, 0.486 max_d=0.486 avg_d=0.274 std_dev=0.149
C4' B 0, 0.123, 0.277, 0.431, 0.476 max_d=0.476 avg_d=0.277 std_dev=0.154
C5 B 0, 0.099, 0.260, 0.421, 0.504 max_d=0.504 avg_d=0.260 std_dev=0.161
C3' B 0, 0.132, 0.294, 0.456, 0.582 max_d=0.582 avg_d=0.294 std_dev=0.162
C5' B 0, 0.138, 0.303, 0.468, 0.580 max_d=0.580 avg_d=0.303 std_dev=0.165
O3' B 0, 0.226, 0.391, 0.557, 0.581 max_d=0.581 avg_d=0.391 std_dev=0.166
C8 B 0, 0.125, 0.299, 0.474, 0.575 max_d=0.575 avg_d=0.299 std_dev=0.175
OP2 A 0, 0.029, 0.207, 0.385, 0.604 max_d=0.604 avg_d=0.207 std_dev=0.178
C1' B 0, 0.141, 0.337, 0.533, 0.622 max_d=0.622 avg_d=0.337 std_dev=0.196
N3 B 0, 0.091, 0.289, 0.488, 0.594 max_d=0.594 avg_d=0.289 std_dev=0.198
O4' B 0, 0.151, 0.351, 0.550, 0.694 max_d=0.694 avg_d=0.351 std_dev=0.200
P A 0, 0.001, 0.206, 0.411, 0.688 max_d=0.688 avg_d=0.206 std_dev=0.205
N7 B 0, 0.099, 0.306, 0.513, 0.615 max_d=0.615 avg_d=0.306 std_dev=0.207
C6 B 0, 0.063, 0.274, 0.484, 0.721 max_d=0.721 avg_d=0.274 std_dev=0.210
C2 B 0, 0.060, 0.290, 0.520, 0.760 max_d=0.760 avg_d=0.290 std_dev=0.230
N1 B 0, 0.038, 0.272, 0.507, 0.807 max_d=0.807 avg_d=0.272 std_dev=0.234
OP1 A 0, 0.049, 0.288, 0.527, 0.826 max_d=0.826 avg_d=0.288 std_dev=0.239
O5' B 0, 0.141, 0.382, 0.622, 0.812 max_d=0.812 avg_d=0.382 std_dev=0.240
C2' B 0, 0.100, 0.345, 0.590, 0.755 max_d=0.755 avg_d=0.345 std_dev=0.245
N6 B 0, 0.031, 0.322, 0.613, 0.992 max_d=0.992 avg_d=0.322 std_dev=0.291
P B 0, 0.190, 0.527, 0.863, 0.999 max_d=0.999 avg_d=0.527 std_dev=0.337
OP1 B 0, 0.196, 0.564, 0.932, 1.062 max_d=1.062 avg_d=0.564 std_dev=0.368
OP2 B 0, 0.202, 0.595, 0.988, 1.185 max_d=1.185 avg_d=0.595 std_dev=0.393
O2' B 0, 0.016, 0.420, 0.824, 1.143 max_d=1.143 avg_d=0.420 std_dev=0.404

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.04 0.05 0.05 0.06
C2 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.05 0.02 0.04 0.05 0.04 0.05
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.06 0.06 0.05 0.06
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.06 0.01 0.08 0.02 0.08 0.05 0.04 0.06 0.03 0.01 0.01 0.01 0.07 0.07 0.06 0.06
C4 0.01 0.01 0.01 0.06 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.09 0.03 0.05 0.05 0.05 0.05
C4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.02 0.04 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.04 0.03 0.03
C5 0.01 0.01 0.02 0.08 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.11 0.03 0.06 0.04 0.04 0.04
C5' 0.03 0.04 0.03 0.02 0.05 0.01 0.05 0.00 0.04 0.03 0.04 0.07 0.04 0.03 0.03 0.02 0.01 0.04 0.02 0.02
C6 0.01 0.01 0.03 0.08 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.10 0.03 0.05 0.04 0.03 0.03
N1 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.02 0.03 0.04 0.04 0.04
N3 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.06 0.02 0.04 0.05 0.05 0.05
N4 0.03 0.02 0.02 0.06 0.01 0.04 0.02 0.07 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.09 0.04 0.07 0.07 0.07 0.07
O2 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.05 0.05 0.03 0.05 0.06 0.05 0.06
O2' 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.03 0.05 0.00 0.02 0.04 0.05 0.05 0.04 0.05
O3' 0.02 0.05 0.02 0.01 0.09 0.02 0.11 0.03 0.10 0.06 0.06 0.09 0.05 0.02 0.00 0.02 0.08 0.10 0.10 0.09
O4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.04 0.03 0.04 0.02 0.00 0.05 0.06 0.07 0.06
O5' 0.04 0.04 0.06 0.07 0.05 0.02 0.06 0.01 0.05 0.03 0.04 0.07 0.05 0.05 0.08 0.05 0.00 0.02 0.03 0.00
OP1 0.05 0.05 0.06 0.07 0.05 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.07 0.06 0.05 0.10 0.06 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.04 0.05 0.06 0.05 0.03 0.04 0.02 0.03 0.04 0.05 0.07 0.05 0.04 0.10 0.07 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.05 0.06 0.06 0.05 0.03 0.04 0.02 0.03 0.04 0.05 0.07 0.06 0.05 0.09 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.15 0.20 0.24 0.12 0.16 0.18 0.15 0.26 0.13 0.25 0.11 0.34 0.18 0.11 0.16 0.33 0.15 0.14 0.14 0.11 0.12
C2 0.13 0.14 0.20 0.24 0.11 0.15 0.18 0.14 0.26 0.12 0.26 0.10 0.34 0.18 0.10 0.15 0.33 0.13 0.13 0.13 0.11 0.12
C2' 0.15 0.19 0.22 0.24 0.14 0.16 0.20 0.16 0.28 0.14 0.28 0.13 0.35 0.19 0.13 0.18 0.33 0.17 0.15 0.15 0.12 0.14
C3' 0.15 0.20 0.24 0.26 0.16 0.16 0.22 0.15 0.30 0.16 0.29 0.15 0.38 0.22 0.14 0.19 0.34 0.15 0.15 0.14 0.12 0.13
C4 0.11 0.09 0.18 0.23 0.09 0.13 0.16 0.12 0.23 0.13 0.18 0.10 0.34 0.19 0.09 0.13 0.30 0.09 0.12 0.11 0.11 0.11
C4' 0.15 0.15 0.21 0.25 0.13 0.16 0.19 0.16 0.26 0.14 0.25 0.12 0.35 0.19 0.12 0.17 0.33 0.16 0.15 0.14 0.12 0.14
C5 0.11 0.09 0.18 0.23 0.09 0.13 0.16 0.12 0.22 0.13 0.16 0.11 0.33 0.18 0.09 0.14 0.30 0.09 0.12 0.11 0.11 0.11
C5' 0.16 0.13 0.22 0.25 0.13 0.18 0.17 0.17 0.23 0.14 0.20 0.13 0.31 0.17 0.13 0.18 0.33 0.17 0.17 0.16 0.15 0.16
C6 0.12 0.10 0.19 0.24 0.10 0.14 0.17 0.13 0.23 0.13 0.19 0.10 0.33 0.18 0.10 0.15 0.32 0.11 0.13 0.12 0.11 0.12
N1 0.13 0.12 0.20 0.24 0.11 0.15 0.18 0.14 0.25 0.13 0.23 0.10 0.34 0.18 0.10 0.15 0.33 0.13 0.13 0.13 0.11 0.12
N3 0.12 0.10 0.19 0.24 0.10 0.14 0.18 0.13 0.26 0.12 0.24 0.10 0.34 0.18 0.10 0.14 0.32 0.11 0.13 0.12 0.11 0.12
N4 0.09 0.11 0.16 0.21 0.08 0.11 0.15 0.10 0.21 0.13 0.12 0.12 0.34 0.19 0.08 0.12 0.28 0.06 0.10 0.10 0.10 0.09
O2 0.13 0.18 0.20 0.24 0.12 0.15 0.19 0.15 0.27 0.12 0.29 0.10 0.33 0.18 0.10 0.16 0.34 0.15 0.13 0.14 0.11 0.12
O2' 0.18 0.21 0.22 0.24 0.16 0.19 0.20 0.19 0.27 0.15 0.29 0.15 0.34 0.19 0.15 0.20 0.32 0.21 0.17 0.18 0.13 0.17
O3' 0.15 0.24 0.25 0.26 0.18 0.16 0.25 0.14 0.33 0.18 0.33 0.17 0.40 0.24 0.16 0.20 0.34 0.14 0.15 0.14 0.10 0.12
O4' 0.14 0.13 0.20 0.24 0.11 0.16 0.18 0.15 0.25 0.13 0.22 0.11 0.34 0.18 0.11 0.16 0.33 0.15 0.14 0.13 0.12 0.12
O5' 0.17 0.14 0.23 0.26 0.14 0.18 0.17 0.18 0.23 0.15 0.20 0.14 0.33 0.18 0.14 0.19 0.34 0.17 0.18 0.17 0.16 0.17
OP1 0.19 0.14 0.23 0.26 0.14 0.20 0.15 0.21 0.19 0.14 0.16 0.16 0.28 0.16 0.15 0.19 0.33 0.20 0.20 0.20 0.20 0.21
OP2 0.18 0.15 0.23 0.26 0.14 0.19 0.15 0.20 0.18 0.14 0.15 0.17 0.27 0.16 0.15 0.19 0.33 0.17 0.19 0.19 0.19 0.20
P 0.17 0.13 0.22 0.25 0.13 0.18 0.15 0.19 0.20 0.14 0.16 0.15 0.30 0.17 0.14 0.18 0.32 0.17 0.18 0.18 0.18 0.18

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.05 0.05 0.07 0.05
C2 0.03 0.00 0.11 0.13 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.11 0.18 0.02 0.11 0.13 0.22 0.17
C2' 0.00 0.11 0.00 0.01 0.07 0.01 0.05 0.02 0.07 0.05 0.09 0.11 0.05 0.05 0.03 0.00 0.05 0.01 0.06 0.06 0.08 0.06
C3' 0.01 0.13 0.01 0.00 0.10 0.01 0.11 0.03 0.12 0.10 0.13 0.11 0.12 0.12 0.07 0.01 0.01 0.02 0.08 0.07 0.07 0.06
C4 0.01 0.00 0.07 0.10 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.12 0.02 0.11 0.13 0.18 0.16
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.09 0.05 0.04 0.07 0.09 0.04 0.05 0.02 0.01 0.01 0.05 0.03 0.01
C5 0.01 0.00 0.05 0.11 0.00 0.06 0.00 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.14 0.02 0.17 0.20 0.26 0.22
C5' 0.02 0.06 0.02 0.03 0.08 0.01 0.13 0.00 0.12 0.15 0.09 0.05 0.15 0.17 0.08 0.04 0.06 0.01 0.01 0.06 0.03 0.01
C6 0.02 0.00 0.07 0.12 0.01 0.06 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.16 0.02 0.17 0.22 0.29 0.24
C8 0.01 0.01 0.05 0.10 0.00 0.09 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.11 0.02 0.16 0.18 0.18 0.19
N1 0.03 0.01 0.09 0.13 0.01 0.05 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.18 0.02 0.15 0.18 0.27 0.21
N3 0.03 0.00 0.11 0.11 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.10 0.16 0.02 0.09 0.10 0.17 0.13
N6 0.01 0.01 0.05 0.12 0.01 0.07 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.16 0.03 0.20 0.28 0.34 0.29
N7 0.01 0.00 0.05 0.12 0.00 0.09 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.14 0.01 0.20 0.24 0.28 0.26
N9 0.00 0.01 0.03 0.07 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.08 0.01 0.10 0.10 0.13 0.12
O2' 0.02 0.11 0.00 0.01 0.05 0.05 0.04 0.04 0.05 0.03 0.09 0.10 0.04 0.03 0.02 0.00 0.08 0.04 0.03 0.05 0.05 0.02
O3' 0.03 0.18 0.05 0.01 0.12 0.02 0.14 0.06 0.16 0.11 0.18 0.16 0.16 0.14 0.08 0.08 0.00 0.01 0.10 0.12 0.09 0.08
O4' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.08 0.07 0.07 0.06
O5' 0.05 0.11 0.06 0.08 0.11 0.01 0.17 0.01 0.17 0.16 0.15 0.09 0.20 0.20 0.10 0.03 0.10 0.08 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.05 0.13 0.06 0.07 0.13 0.05 0.20 0.06 0.22 0.18 0.18 0.10 0.28 0.24 0.10 0.05 0.12 0.07 0.02 0.00 0.00 0.01
OP2 0.07 0.22 0.08 0.07 0.18 0.03 0.26 0.03 0.29 0.18 0.27 0.17 0.34 0.28 0.13 0.05 0.09 0.07 0.03 0.00 0.00 0.02
P 0.05 0.17 0.06 0.06 0.16 0.01 0.22 0.01 0.24 0.19 0.21 0.13 0.29 0.26 0.12 0.02 0.08 0.06 0.01 0.01 0.02 0.00