ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48401

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.006, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.006 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.001, 0.005, 0.010, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.005 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.001, 0.006, 0.012, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.001, 0.007, 0.013, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.007 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.002, 0.009, 0.015, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.007
O2 A 0, 0.002, 0.013, 0.024, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.013 std_dev=0.011
N4 A 0, 0.005, 0.017, 0.028, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.017 std_dev=0.011
O4' A 0, 0.037, 0.099, 0.161, 0.187 max_d=0.187 avg_d=0.099 std_dev=0.062
C2' A 0, 0.041, 0.116, 0.192, 0.219 max_d=0.219 avg_d=0.116 std_dev=0.076
C4' A 0, 0.080, 0.169, 0.258, 0.264 max_d=0.264 avg_d=0.169 std_dev=0.089
O2' A 0, 0.017, 0.132, 0.247, 0.345 max_d=0.345 avg_d=0.132 std_dev=0.115
C3' A 0, 0.087, 0.207, 0.327, 0.354 max_d=0.354 avg_d=0.207 std_dev=0.120
C5' A 0, 0.120, 0.268, 0.416, 0.450 max_d=0.450 avg_d=0.268 std_dev=0.148
O5' A 0, 0.193, 0.399, 0.606, 0.598 max_d=0.598 avg_d=0.399 std_dev=0.207
O3' A 0, 0.154, 0.378, 0.602, 0.676 max_d=0.676 avg_d=0.378 std_dev=0.224
C6 B 0, 0.300, 0.654, 1.007, 0.961 max_d=0.961 avg_d=0.654 std_dev=0.354
N6 B 0, 0.332, 0.697, 1.063, 1.063 max_d=1.063 avg_d=0.697 std_dev=0.366
N1 B 0, 0.195, 0.598, 1.001, 1.083 max_d=1.083 avg_d=0.598 std_dev=0.403
C5 B 0, 0.426, 0.876, 1.326, 1.205 max_d=1.205 avg_d=0.876 std_dev=0.450
C2 B 0, 0.367, 0.898, 1.428, 1.447 max_d=1.447 avg_d=0.898 std_dev=0.530
N7 B 0, 0.501, 1.043, 1.585, 1.567 max_d=1.567 avg_d=1.043 std_dev=0.542
C4 B 0, 0.528, 1.087, 1.646, 1.549 max_d=1.549 avg_d=1.087 std_dev=0.559
P A 0, 0.501, 1.112, 1.723, 1.716 max_d=1.716 avg_d=1.112 std_dev=0.611
N3 B 0, 0.539, 1.158, 1.777, 1.702 max_d=1.702 avg_d=1.158 std_dev=0.619
C8 B 0, 0.603, 1.249, 1.895, 1.834 max_d=1.834 avg_d=1.249 std_dev=0.646
N9 B 0, 0.656, 1.328, 2.000, 1.784 max_d=1.784 avg_d=1.328 std_dev=0.672
C1' B 0, 0.832, 1.677, 2.523, 2.235 max_d=2.235 avg_d=1.677 std_dev=0.845
C2' B 0, 0.962, 1.941, 2.919, 2.595 max_d=2.595 avg_d=1.941 std_dev=0.978
O4' B 0, 1.032, 2.074, 3.115, 2.685 max_d=2.685 avg_d=2.074 std_dev=1.042
O2' B 0, 1.034, 2.091, 3.148, 2.734 max_d=2.734 avg_d=2.091 std_dev=1.057
C3' B 0, 1.144, 2.327, 3.511, 3.302 max_d=3.302 avg_d=2.327 std_dev=1.183
C4' B 0, 1.221, 2.466, 3.711, 3.367 max_d=3.367 avg_d=2.466 std_dev=1.245
OP2 B 0, 1.173, 2.511, 3.850, 3.781 max_d=3.781 avg_d=2.511 std_dev=1.338
O5' B 0, 1.271, 2.624, 3.976, 3.859 max_d=3.859 avg_d=2.624 std_dev=1.352
OP1 A 0, 1.366, 2.736, 4.106, 3.553 max_d=3.553 avg_d=2.736 std_dev=1.370
P B 0, 1.333, 2.731, 4.129, 3.793 max_d=3.793 avg_d=2.731 std_dev=1.398
O3' B 0, 1.321, 2.730, 4.139, 4.063 max_d=4.063 avg_d=2.730 std_dev=1.409
C5' B 0, 1.371, 2.799, 4.228, 4.030 max_d=4.030 avg_d=2.799 std_dev=1.428
OP2 A 0, 1.314, 2.770, 4.227, 4.192 max_d=4.192 avg_d=2.770 std_dev=1.457
OP1 B 0, 1.457, 2.967, 4.477, 4.201 max_d=4.201 avg_d=2.967 std_dev=1.510

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.17 0.21 0.10
C2 0.02 0.00 0.06 0.05 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.05 0.01 0.08 0.33 0.13 0.14
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.06 0.04 0.10 0.00 0.01 0.01 0.02 0.09 0.12 0.04
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.06 0.02 0.05 0.04 0.08 0.02 0.00 0.01 0.03 0.11 0.10 0.05
C4 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.05 0.02 0.11 0.47 0.09 0.17
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.04 0.04 0.04 0.05 0.02 0.01 0.01 0.09 0.18 0.03
C5 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.08 0.03 0.10 0.48 0.07 0.17
C5' 0.02 0.05 0.00 0.00 0.08 0.00 0.08 0.00 0.06 0.04 0.07 0.09 0.05 0.05 0.01 0.01 0.00 0.17 0.15 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.03 0.09 0.37 0.09 0.15
N1 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.07 0.29 0.14 0.13
N3 0.01 0.00 0.06 0.05 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.05 0.01 0.10 0.41 0.10 0.16
N4 0.02 0.01 0.04 0.04 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.06 0.02 0.12 0.52 0.13 0.18
O2 0.02 0.00 0.10 0.08 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.11 0.10 0.02 0.07 0.28 0.16 0.13
O2' 0.02 0.07 0.00 0.02 0.04 0.05 0.02 0.05 0.02 0.02 0.06 0.05 0.11 0.00 0.03 0.03 0.03 0.10 0.16 0.04
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.05 0.02 0.08 0.01 0.08 0.03 0.05 0.06 0.10 0.03 0.00 0.02 0.05 0.24 0.16 0.11
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.00 0.03 0.12 0.30 0.12
O5' 0.03 0.08 0.02 0.03 0.11 0.01 0.10 0.00 0.09 0.07 0.10 0.12 0.07 0.03 0.05 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.17 0.33 0.09 0.11 0.47 0.09 0.48 0.17 0.37 0.29 0.41 0.52 0.28 0.10 0.24 0.12 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.21 0.13 0.12 0.10 0.09 0.18 0.07 0.15 0.09 0.14 0.10 0.13 0.16 0.16 0.16 0.30 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.10 0.14 0.04 0.05 0.17 0.03 0.17 0.01 0.15 0.13 0.16 0.18 0.13 0.04 0.11 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.16 0.13 0.38 0.46 0.13 0.27 0.17 0.29 0.22 0.13 0.19 0.14 0.30 0.18 0.13 0.37 0.58 0.12 0.13 0.11 0.41 0.15
C2 0.16 0.13 0.38 0.46 0.12 0.27 0.15 0.30 0.21 0.12 0.19 0.15 0.28 0.16 0.13 0.34 0.57 0.13 0.13 0.12 0.42 0.15
C2' 0.20 0.18 0.44 0.49 0.19 0.28 0.23 0.28 0.28 0.21 0.24 0.18 0.35 0.25 0.19 0.41 0.60 0.13 0.10 0.14 0.46 0.19
C3' 0.20 0.17 0.43 0.47 0.20 0.26 0.25 0.26 0.28 0.23 0.23 0.18 0.36 0.27 0.20 0.41 0.58 0.11 0.11 0.14 0.45 0.19
C4 0.11 0.13 0.31 0.39 0.11 0.21 0.16 0.25 0.20 0.14 0.14 0.14 0.30 0.19 0.11 0.25 0.48 0.08 0.23 0.14 0.38 0.16
C4' 0.17 0.16 0.40 0.46 0.16 0.26 0.22 0.27 0.25 0.19 0.21 0.16 0.34 0.24 0.16 0.38 0.58 0.10 0.13 0.13 0.43 0.17
C5 0.11 0.13 0.31 0.38 0.11 0.20 0.17 0.24 0.20 0.16 0.13 0.14 0.31 0.21 0.11 0.26 0.48 0.08 0.25 0.15 0.37 0.18
C5' 0.19 0.19 0.41 0.47 0.20 0.27 0.26 0.30 0.29 0.24 0.24 0.19 0.37 0.29 0.21 0.37 0.58 0.13 0.16 0.18 0.46 0.22
C6 0.12 0.12 0.33 0.41 0.11 0.22 0.16 0.25 0.20 0.14 0.15 0.14 0.30 0.19 0.11 0.30 0.52 0.07 0.20 0.12 0.38 0.15
N1 0.14 0.12 0.36 0.44 0.12 0.25 0.16 0.28 0.21 0.13 0.17 0.14 0.30 0.18 0.12 0.34 0.56 0.10 0.15 0.11 0.40 0.14
N3 0.13 0.13 0.34 0.43 0.12 0.24 0.15 0.28 0.20 0.12 0.18 0.14 0.28 0.17 0.11 0.30 0.53 0.10 0.17 0.11 0.41 0.15
N4 0.11 0.15 0.27 0.35 0.11 0.19 0.16 0.24 0.19 0.16 0.12 0.14 0.30 0.20 0.12 0.20 0.43 0.10 0.29 0.17 0.36 0.18
O2 0.19 0.16 0.41 0.49 0.14 0.31 0.15 0.34 0.20 0.13 0.21 0.17 0.26 0.15 0.15 0.39 0.62 0.17 0.13 0.16 0.46 0.19
O2' 0.22 0.20 0.46 0.52 0.20 0.32 0.24 0.32 0.28 0.21 0.26 0.20 0.35 0.24 0.20 0.45 0.65 0.16 0.11 0.17 0.50 0.22
O3' 0.22 0.18 0.45 0.48 0.21 0.26 0.26 0.24 0.29 0.25 0.24 0.19 0.37 0.29 0.22 0.44 0.59 0.13 0.10 0.14 0.45 0.19
O4' 0.14 0.12 0.36 0.44 0.12 0.25 0.16 0.28 0.21 0.13 0.17 0.13 0.30 0.18 0.11 0.35 0.57 0.10 0.15 0.10 0.40 0.14
O5' 0.24 0.23 0.44 0.50 0.26 0.31 0.31 0.33 0.33 0.30 0.27 0.24 0.41 0.34 0.26 0.40 0.59 0.18 0.20 0.25 0.49 0.28
OP1 0.52 0.52 0.58 0.64 0.56 0.56 0.63 0.61 0.66 0.63 0.58 0.51 0.75 0.68 0.57 0.52 0.68 0.54 0.64 0.66 0.78 0.68
OP2 0.33 0.28 0.46 0.50 0.31 0.36 0.34 0.38 0.33 0.36 0.27 0.30 0.40 0.39 0.33 0.42 0.56 0.27 0.27 0.34 0.53 0.36
P 0.30 0.28 0.45 0.50 0.31 0.35 0.37 0.38 0.38 0.37 0.32 0.28 0.47 0.41 0.32 0.39 0.58 0.26 0.30 0.35 0.55 0.37

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.11 0.06 0.41 0.08
C2 0.01 0.00 0.19 0.25 0.00 0.08 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.12 0.30 0.05 0.25 0.06 0.35 0.07
C2' 0.00 0.19 0.00 0.00 0.10 0.01 0.05 0.01 0.08 0.10 0.14 0.21 0.05 0.08 0.02 0.00 0.02 0.01 0.23 0.23 0.28 0.07
C3' 0.01 0.25 0.00 0.00 0.15 0.00 0.12 0.02 0.16 0.13 0.21 0.24 0.14 0.11 0.06 0.01 0.01 0.01 0.31 0.33 0.22 0.17
C4 0.01 0.00 0.10 0.15 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.16 0.02 0.26 0.06 0.36 0.07
C4' 0.00 0.08 0.01 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.08 0.07 0.09 0.08 0.09 0.08 0.04 0.04 0.01 0.00 0.01 0.12 0.39 0.05
C5 0.00 0.00 0.05 0.12 0.00 0.07 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.14 0.01 0.33 0.11 0.32 0.12
C5' 0.01 0.13 0.01 0.02 0.11 0.00 0.13 0.00 0.15 0.11 0.15 0.10 0.16 0.14 0.07 0.04 0.04 0.01 0.01 0.16 0.38 0.02
C6 0.01 0.00 0.08 0.16 0.00 0.08 0.00 0.15 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.19 0.01 0.34 0.12 0.30 0.13
C8 0.01 0.00 0.10 0.13 0.00 0.07 0.00 0.11 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.13 0.05 0.35 0.11 0.34 0.10
N1 0.01 0.00 0.14 0.21 0.00 0.09 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.26 0.04 0.30 0.09 0.32 0.11
N3 0.01 0.00 0.21 0.24 0.00 0.08 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.13 0.27 0.05 0.22 0.04 0.37 0.06
N6 0.01 0.01 0.05 0.14 0.01 0.09 0.01 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.17 0.01 0.38 0.15 0.28 0.16
N7 0.00 0.00 0.08 0.11 0.00 0.08 0.00 0.14 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.13 0.04 0.38 0.14 0.30 0.15
N9 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.25 0.06 0.38 0.06
O2' 0.02 0.12 0.00 0.01 0.05 0.04 0.01 0.04 0.03 0.07 0.08 0.13 0.02 0.06 0.01 0.00 0.03 0.03 0.07 0.18 0.32 0.03
O3' 0.01 0.30 0.02 0.01 0.16 0.01 0.14 0.04 0.19 0.13 0.26 0.27 0.17 0.13 0.06 0.03 0.00 0.01 0.26 0.40 0.16 0.20
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.04 0.05 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.00 0.07 0.05 0.50 0.19
O5' 0.11 0.25 0.23 0.31 0.26 0.01 0.33 0.01 0.34 0.35 0.30 0.22 0.38 0.38 0.25 0.07 0.26 0.07 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.06 0.06 0.23 0.33 0.06 0.12 0.11 0.16 0.12 0.11 0.09 0.04 0.15 0.14 0.06 0.18 0.40 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.41 0.35 0.28 0.22 0.36 0.39 0.32 0.38 0.30 0.34 0.32 0.37 0.28 0.30 0.38 0.32 0.16 0.50 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.07 0.07 0.17 0.07 0.05 0.12 0.02 0.13 0.10 0.11 0.06 0.16 0.15 0.06 0.03 0.20 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00