Doublet Group distance statistics: 48402

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
N1	A	0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C2	A	0, 0.003, 0.008, 0.014, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C4	A	0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C1'	A	0, 0.004, 0.011, 0.017, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C5	A	0, -0.002, 0.006, 0.015, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.006 std_dev=0.009
N3	A	0, -0.002, 0.009, 0.019, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.009 std_dev=0.011
O2	A	0, 0.010, 0.021, 0.033, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.021 std_dev=0.011
C6	A	0, 0.002, 0.014, 0.025, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.014 std_dev=0.012
N4	A	0, 0.011, 0.031, 0.051, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.031 std_dev=0.020
O4'	A	0, 0.040, 0.090, 0.140, 0.153 max_d=0.153 avg_d=0.090 std_dev=0.050
C2'	A	0, 0.045, 0.104, 0.164, 0.174 max_d=0.174 avg_d=0.104 std_dev=0.060
C4'	A	0, 0.058, 0.141, 0.224, 0.253 max_d=0.253 avg_d=0.141 std_dev=0.083
O2'	A	0, 0.053, 0.141, 0.229, 0.262 max_d=0.262 avg_d=0.141 std_dev=0.088
C3'	A	0, 0.078, 0.168, 0.258, 0.247 max_d=0.247 avg_d=0.168 std_dev=0.090
C5'	A	0, 0.108, 0.241, 0.375, 0.402 max_d=0.402 avg_d=0.241 std_dev=0.133
O3'	A	0, 0.128, 0.295, 0.462, 0.447 max_d=0.447 avg_d=0.295 std_dev=0.167
C2'	B	0, 0.401, 0.845, 1.288, 1.204 max_d=1.204 avg_d=0.845 std_dev=0.444
C4	B	0, 0.279, 0.788, 1.298, 1.573 max_d=1.573 avg_d=0.788 std_dev=0.510
C1'	B	0, 0.293, 0.811, 1.330, 1.608 max_d=1.608 avg_d=0.811 std_dev=0.518
N9	B	0, 0.248, 0.769, 1.291, 1.605 max_d=1.605 avg_d=0.769 std_dev=0.521
C6	B	0, 0.251, 0.775, 1.299, 1.546 max_d=1.546 avg_d=0.775 std_dev=0.524
C5	B	0, 0.233, 0.761, 1.289, 1.592 max_d=1.592 avg_d=0.761 std_dev=0.528
N3	B	0, 0.318, 0.851, 1.384, 1.585 max_d=1.585 avg_d=0.851 std_dev=0.533
P	A	0, 0.261, 0.795, 1.330, 1.522 max_d=1.522 avg_d=0.795 std_dev=0.534
OP2	A	0, 0.310, 0.851, 1.391, 1.367 max_d=1.367 avg_d=0.851 std_dev=0.541
N1	B	0, 0.288, 0.829, 1.370, 1.521 max_d=1.521 avg_d=0.829 std_dev=0.541
O2'	B	0, 0.478, 1.026, 1.573, 1.581 max_d=1.581 avg_d=1.026 std_dev=0.547
N6	B	0, 0.224, 0.773, 1.322, 1.584 max_d=1.584 avg_d=0.773 std_dev=0.549
C2	B	0, 0.313, 0.872, 1.431, 1.573 max_d=1.573 avg_d=0.872 std_dev=0.559
N7	B	0, 0.167, 0.757, 1.348, 1.704 max_d=1.704 avg_d=0.757 std_dev=0.590
C8	B	0, 0.167, 0.758, 1.349, 1.697 max_d=1.697 avg_d=0.758 std_dev=0.591
C3'	B	0, 0.337, 0.934, 1.531, 1.741 max_d=1.741 avg_d=0.934 std_dev=0.597
O5'	A	0, -0.008, 0.601, 1.211, 1.761 max_d=1.761 avg_d=0.601 std_dev=0.610
OP1	A	0, 0.336, 0.969, 1.603, 1.745 max_d=1.745 avg_d=0.969 std_dev=0.634
C4'	B	0, 0.310, 0.963, 1.617, 1.871 max_d=1.871 avg_d=0.963 std_dev=0.653
O4'	B	0, 0.264, 0.962, 1.659, 1.879 max_d=1.879 avg_d=0.962 std_dev=0.697
O3'	B	0, 0.398, 1.207, 2.016, 2.307 max_d=2.307 avg_d=1.207 std_dev=0.809
C5'	B	0, 0.428, 1.299, 2.170, 2.494 max_d=2.494 avg_d=1.299 std_dev=0.871
O5'	B	0, 0.747, 1.812, 2.878, 2.983 max_d=2.983 avg_d=1.812 std_dev=1.066
P	B	0, 0.963, 2.323, 3.683, 3.831 max_d=3.831 avg_d=2.323 std_dev=1.360
OP1	B	0, 0.898, 2.262, 3.626, 3.540 max_d=3.540 avg_d=2.262 std_dev=1.364
OP2	B	0, 1.785, 4.052, 6.320, 6.394 max_d=6.394 avg_d=4.052 std_dev=2.267

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.07	0.09	0.22	0.03
C2	0.01	0.00	0.03	0.06	0.00	0.01	0.01	0.03	0.02	0.01	0.00	0.00	0.00	0.02	0.06	0.03	0.19	0.12	0.13	0.06
C2'	0.00	0.03	0.00	0.01	0.05	0.01	0.06	0.01	0.06	0.03	0.04	0.05	0.05	0.00	0.02	0.00	0.26	0.30	0.05	0.19
C3'	0.01	0.06	0.01	0.00	0.09	0.00	0.10	0.02	0.09	0.06	0.07	0.10	0.05	0.03	0.01	0.01	0.39	0.42	0.09	0.31
C4	0.01	0.00	0.05	0.09	0.00	0.02	0.01	0.02	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.03	0.14	0.02	0.36	0.22	0.10	0.20
C4'	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.00	0.02	0.00	0.02	0.01	0.02	0.02	0.01	0.03	0.01	0.00	0.01	0.13	0.25	0.02
C5	0.01	0.01	0.06	0.10	0.01	0.02	0.00	0.02	0.00	0.01	0.02	0.01	0.01	0.05	0.15	0.01	0.44	0.27	0.12	0.26
C5'	0.01	0.03	0.01	0.02	0.02	0.00	0.02	0.00	0.02	0.01	0.03	0.03	0.03	0.04	0.03	0.01	0.01	0.11	0.31	0.02
C6	0.01	0.02	0.06	0.09	0.01	0.02	0.00	0.02	0.00	0.01	0.02	0.02	0.02	0.05	0.12	0.01	0.39	0.23	0.07	0.20
N1	0.00	0.01	0.03	0.06	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.01	0.01	0.06	0.01	0.22	0.14	0.14	0.08
N3	0.01	0.00	0.04	0.07	0.00	0.02	0.02	0.03	0.02	0.02	0.00	0.00	0.00	0.01	0.10	0.04	0.27	0.16	0.09	0.11
N4	0.01	0.00	0.05	0.10	0.00	0.02	0.01	0.03	0.02	0.01	0.00	0.00	0.00	0.03	0.16	0.03	0.39	0.24	0.16	0.23
O2	0.01	0.00	0.05	0.05	0.00	0.01	0.01	0.03	0.02	0.01	0.00	0.00	0.00	0.05	0.04	0.04	0.10	0.07	0.17	0.04
O2'	0.01	0.02	0.00	0.03	0.03	0.03	0.05	0.04	0.05	0.01	0.01	0.03	0.05	0.00	0.08	0.02	0.13	0.25	0.09	0.11
O3'	0.02	0.06	0.02	0.01	0.14	0.01	0.15	0.03	0.12	0.06	0.10	0.16	0.04	0.08	0.00	0.01	0.42	0.58	0.24	0.43
O4'	0.01	0.03	0.00	0.01	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.04	0.03	0.04	0.02	0.01	0.00	0.14	0.09	0.38	0.17
O5'	0.07	0.19	0.26	0.39	0.36	0.01	0.44	0.01	0.39	0.22	0.27	0.39	0.10	0.13	0.42	0.14	0.00	0.01	0.01	0.01
OP1	0.09	0.12	0.30	0.42	0.22	0.13	0.27	0.11	0.23	0.14	0.16	0.24	0.07	0.25	0.58	0.09	0.01	0.00	0.01	0.00
OP2	0.22	0.13	0.05	0.09	0.10	0.25	0.12	0.31	0.07	0.14	0.09	0.16	0.17	0.09	0.24	0.38	0.01	0.01	0.00	0.01
P	0.03	0.06	0.19	0.31	0.20	0.02	0.26	0.02	0.20	0.08	0.11	0.23	0.04	0.11	0.43	0.17	0.01	0.00	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.20	0.21	0.25	0.24	0.16	0.19	0.12	0.18	0.13	0.13	0.13	0.22	0.20	0.13	0.16	0.34	0.30	0.18	0.57	0.73	0.77	0.61
C2	0.21	0.29	0.25	0.23	0.19	0.18	0.12	0.16	0.12	0.12	0.20	0.27	0.19	0.11	0.17	0.34	0.28	0.18	0.61	0.78	0.79	0.64
C2'	0.22	0.24	0.22	0.17	0.17	0.18	0.12	0.17	0.12	0.13	0.15	0.25	0.19	0.12	0.17	0.36	0.22	0.21	0.62	0.76	0.84	0.66
C3'	0.22	0.26	0.23	0.18	0.19	0.18	0.11	0.15	0.10	0.12	0.16	0.27	0.11	0.09	0.18	0.36	0.23	0.22	0.64	0.80	0.87	0.69
C4	0.27	0.39	0.27	0.22	0.28	0.19	0.22	0.13	0.25	0.18	0.36	0.35	0.16	0.16	0.24	0.35	0.25	0.23	0.68	0.90	0.87	0.72
C4'	0.19	0.20	0.24	0.24	0.15	0.18	0.11	0.17	0.10	0.11	0.12	0.21	0.16	0.11	0.15	0.33	0.31	0.17	0.58	0.74	0.79	0.63
C5	0.24	0.34	0.25	0.21	0.24	0.17	0.18	0.12	0.20	0.15	0.30	0.31	0.13	0.13	0.21	0.34	0.26	0.20	0.67	0.88	0.87	0.71
C5'	0.19	0.21	0.25	0.26	0.15	0.18	0.10	0.16	0.09	0.10	0.13	0.21	0.13	0.09	0.14	0.33	0.34	0.16	0.59	0.76	0.80	0.64
C6	0.20	0.28	0.24	0.22	0.19	0.16	0.13	0.13	0.12	0.11	0.22	0.26	0.11	0.10	0.17	0.33	0.28	0.16	0.63	0.83	0.84	0.68
N1	0.20	0.26	0.25	0.23	0.17	0.17	0.11	0.15	0.10	0.11	0.17	0.25	0.16	0.10	0.16	0.33	0.28	0.16	0.60	0.78	0.80	0.64
N3	0.25	0.38	0.27	0.22	0.25	0.19	0.18	0.14	0.19	0.15	0.34	0.34	0.13	0.12	0.22	0.35	0.26	0.21	0.66	0.84	0.83	0.69
N4	0.33	0.44	0.30	0.22	0.35	0.22	0.31	0.15	0.36	0.25	0.43	0.41	0.31	0.24	0.31	0.37	0.24	0.30	0.73	0.96	0.91	0.77
O2	0.21	0.25	0.26	0.25	0.18	0.21	0.15	0.19	0.17	0.14	0.16	0.25	0.28	0.15	0.17	0.34	0.29	0.19	0.58	0.72	0.73	0.60
O2'	0.23	0.22	0.22	0.19	0.19	0.20	0.17	0.20	0.19	0.17	0.18	0.24	0.26	0.18	0.19	0.35	0.22	0.24	0.58	0.71	0.82	0.63
O3'	0.24	0.26	0.22	0.16	0.20	0.20	0.13	0.19	0.11	0.13	0.17	0.28	0.11	0.10	0.19	0.35	0.20	0.25	0.64	0.79	0.90	0.70
O4'	0.20	0.20	0.28	0.29	0.16	0.22	0.14	0.21	0.14	0.14	0.14	0.21	0.19	0.14	0.16	0.33	0.36	0.18	0.55	0.71	0.74	0.59
O5'	0.35	0.38	0.33	0.31	0.35	0.32	0.35	0.30	0.36	0.35	0.37	0.37	0.38	0.36	0.35	0.40	0.33	0.36	0.63	0.72	0.72	0.61
OP1	0.35	0.39	0.32	0.28	0.34	0.30	0.31	0.26	0.31	0.31	0.35	0.39	0.31	0.30	0.33	0.42	0.31	0.36	0.64	0.77	0.76	0.64
OP2	0.24	0.30	0.19	0.17	0.23	0.17	0.21	0.14	0.21	0.21	0.25	0.29	0.21	0.22	0.22	0.29	0.21	0.24	0.67	0.86	0.83	0.69
P	0.26	0.31	0.24	0.23	0.26	0.22	0.25	0.20	0.26	0.25	0.28	0.30	0.27	0.25	0.25	0.32	0.26	0.27	0.62	0.78	0.76	0.63

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.04	0.00	0.01	0.02	0.01	0.01	0.02	0.02	0.01	0.03	0.04	0.02	0.00	0.00	0.01	0.02	0.01	0.24	0.25	0.30	0.23
C2	0.04	0.00	0.16	0.19	0.01	0.09	0.00	0.10	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.13	0.25	0.02	0.43	0.51	0.62	0.47
C2'	0.00	0.16	0.00	0.01	0.09	0.02	0.07	0.01	0.10	0.05	0.14	0.16	0.09	0.04	0.02	0.00	0.02	0.01	0.27	0.35	0.18	0.24
C3'	0.01	0.19	0.01	0.00	0.12	0.01	0.12	0.01	0.15	0.09	0.18	0.17	0.14	0.10	0.06	0.03	0.01	0.01	0.34	0.46	0.14	0.29
C4	0.02	0.01	0.09	0.12	0.00	0.06	0.00	0.10	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.06	0.15	0.01	0.48	0.54	0.60	0.49
C4'	0.01	0.09	0.02	0.01	0.06	0.00	0.07	0.00	0.08	0.08	0.09	0.09	0.08	0.08	0.04	0.06	0.02	0.00	0.00	0.18	0.21	0.01
C5	0.01	0.00	0.07	0.12	0.00	0.07	0.00	0.13	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.04	0.15	0.01	0.60	0.74	0.76	0.64
C5'	0.02	0.10	0.01	0.01	0.10	0.00	0.13	0.00	0.13	0.14	0.12	0.09	0.15	0.15	0.09	0.06	0.04	0.01	0.01	0.23	0.37	0.01
C6	0.02	0.00	0.10	0.15	0.01	0.08	0.00	0.13	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.07	0.20	0.01	0.61	0.78	0.82	0.67
C8	0.01	0.01	0.05	0.09	0.00	0.08	0.00	0.14	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.03	0.10	0.01	0.63	0.72	0.68	0.62
N1	0.03	0.00	0.14	0.18	0.01	0.09	0.00	0.12	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.11	0.23	0.02	0.53	0.67	0.75	0.58
N3	0.04	0.00	0.16	0.17	0.00	0.09	0.00	0.09	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.12	0.21	0.03	0.37	0.42	0.53	0.40
N6	0.02	0.01	0.09	0.14	0.01	0.08	0.00	0.15	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.06	0.19	0.01	0.68	0.92	0.92	0.76
N7	0.00	0.00	0.04	0.10	0.01	0.08	0.00	0.15	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.12	0.01	0.69	0.86	0.83	0.72
N9	0.00	0.01	0.02	0.06	0.01	0.04	0.01	0.09	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.07	0.00	0.46	0.49	0.52	0.44
O2'	0.01	0.13	0.00	0.03	0.06	0.06	0.04	0.06	0.07	0.03	0.11	0.12	0.06	0.01	0.01	0.00	0.02	0.06	0.02	0.17	0.08	0.02
O3'	0.02	0.25	0.02	0.01	0.15	0.02	0.15	0.04	0.20	0.10	0.23	0.21	0.19	0.12	0.07	0.02	0.00	0.02	0.23	0.48	0.23	0.26
O4'	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.03	0.01	0.01	0.00	0.06	0.02	0.00	0.14	0.11	0.29	0.15
O5'	0.24	0.43	0.27	0.34	0.48	0.00	0.60	0.01	0.61	0.63	0.53	0.37	0.68	0.69	0.46	0.02	0.23	0.14	0.00	0.01	0.01	0.00
OP1	0.25	0.51	0.35	0.46	0.54	0.18	0.74	0.23	0.78	0.72	0.67	0.42	0.92	0.86	0.49	0.17	0.48	0.11	0.01	0.00	0.01	0.00
OP2	0.30	0.62	0.18	0.14	0.60	0.21	0.76	0.37	0.82	0.68	0.75	0.53	0.92	0.83	0.52	0.08	0.23	0.29	0.01	0.01	0.00	0.00
P	0.23	0.47	0.24	0.29	0.49	0.01	0.64	0.01	0.67	0.62	0.58	0.40	0.76	0.72	0.44	0.02	0.26	0.15	0.00	0.00	0.00	0.00