ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48403

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 1,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.001, 0.006, 0.012, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N4 A 0, 0.006, 0.016, 0.027, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.016 std_dev=0.011
O2 A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.017 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.004, 0.022, 0.040, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.022 std_dev=0.018
O4' A 0, 0.105, 0.603, 1.100, 1.082 max_d=1.082 avg_d=0.603 std_dev=0.498
C2' A 0, 0.121, 0.697, 1.272, 1.254 max_d=1.254 avg_d=0.697 std_dev=0.576
C5 B 0, 0.141, 0.746, 1.351, 1.317 max_d=1.317 avg_d=0.746 std_dev=0.605
C8 B 0, 0.142, 0.749, 1.357, 1.333 max_d=1.333 avg_d=0.749 std_dev=0.608
N9 B 0, 0.139, 0.749, 1.359, 1.432 max_d=1.432 avg_d=0.749 std_dev=0.610
C6 B 0, 0.159, 0.822, 1.484, 1.404 max_d=1.404 avg_d=0.822 std_dev=0.663
C4 B 0, 0.160, 0.868, 1.575, 1.636 max_d=1.636 avg_d=0.868 std_dev=0.707
C3' B 0, 0.169, 0.913, 1.656, 1.737 max_d=1.737 avg_d=0.913 std_dev=0.744
N1 B 0, 0.182, 0.944, 1.706, 1.568 max_d=1.568 avg_d=0.944 std_dev=0.762
C4' A 0, 0.170, 0.936, 1.703, 1.641 max_d=1.641 avg_d=0.936 std_dev=0.767
C3' A 0, 0.177, 0.962, 1.746, 1.661 max_d=1.661 avg_d=0.962 std_dev=0.784
N7 B 0, 0.198, 1.007, 1.816, 1.669 max_d=1.669 avg_d=1.007 std_dev=0.809
C4' B 0, 0.230, 1.200, 2.171, 2.054 max_d=2.054 avg_d=1.200 std_dev=0.971
N6 B 0, 0.206, 1.182, 2.157, 2.327 max_d=2.327 avg_d=1.182 std_dev=0.975
C1' B 0, 0.100, 1.076, 2.052, 2.599 max_d=2.599 avg_d=1.076 std_dev=0.976
C5' A 0, 0.208, 1.197, 2.187, 2.160 max_d=2.160 avg_d=1.197 std_dev=0.990
O2' A 0, 0.222, 1.222, 2.222, 2.119 max_d=2.119 avg_d=1.222 std_dev=1.000
O3' B 0, 0.180, 1.226, 2.271, 2.652 max_d=2.652 avg_d=1.226 std_dev=1.046
C2 B 0, 0.227, 1.324, 2.421, 2.611 max_d=2.611 avg_d=1.324 std_dev=1.097
O4' B 0, 0.257, 1.386, 2.514, 2.548 max_d=2.548 avg_d=1.386 std_dev=1.129
C2' B 0, -0.129, 1.016, 2.161, 3.146 max_d=3.146 avg_d=1.016 std_dev=1.145
N3 B 0, 0.209, 1.357, 2.505, 2.855 max_d=2.855 avg_d=1.357 std_dev=1.148
O3' A 0, 0.268, 1.441, 2.614, 2.445 max_d=2.445 avg_d=1.441 std_dev=1.173
O5' B 0, 0.237, 1.462, 2.686, 2.726 max_d=2.726 avg_d=1.462 std_dev=1.225
C5' B 0, 0.246, 1.510, 2.774, 2.810 max_d=2.810 avg_d=1.510 std_dev=1.264
P B 0, 0.164, 1.731, 3.298, 3.521 max_d=3.521 avg_d=1.731 std_dev=1.567
OP2 B 0, 0.388, 2.072, 3.756, 3.567 max_d=3.567 avg_d=2.072 std_dev=1.684
O5' A 0, 0.452, 2.441, 4.430, 4.140 max_d=4.140 avg_d=2.441 std_dev=1.989
OP1 B 0, 0.053, 2.115, 4.178, 4.567 max_d=4.567 avg_d=2.115 std_dev=2.063
O2' B 0, 0.174, 2.345, 4.516, 5.806 max_d=5.806 avg_d=2.345 std_dev=2.171
OP2 A 0, 0.517, 2.949, 5.382, 5.270 max_d=5.270 avg_d=2.949 std_dev=2.433
P A 0, 0.541, 3.104, 5.668, 5.562 max_d=5.562 avg_d=3.104 std_dev=2.563
OP1 A 0, 0.695, 3.960, 7.225, 7.067 max_d=7.067 avg_d=3.960 std_dev=3.265

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.29 0.00 0.16 0.26 0.10 0.15
C2 0.01 0.00 0.17 0.19 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.09 0.15 0.10 0.24 0.34 0.35 0.27
C2' 0.00 0.17 0.00 0.00 0.02 0.01 0.14 0.20 0.18 0.01 0.12 0.02 0.30 0.00 0.02 0.02 0.16 0.36 0.11 0.11
C3' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.27 0.00 0.26 0.01 0.22 0.17 0.24 0.29 0.15 0.02 0.00 0.02 0.34 0.55 0.15 0.35
C4 0.01 0.01 0.02 0.27 0.00 0.09 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.33 0.05 0.00 0.49 0.59 0.66 0.54
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.09 0.00 0.14 0.00 0.15 0.06 0.03 0.09 0.06 0.25 0.02 0.00 0.01 0.20 0.18 0.02
C5 0.01 0.01 0.14 0.26 0.00 0.14 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.42 0.12 0.09 0.63 0.70 0.72 0.67
C5' 0.07 0.07 0.20 0.01 0.07 0.00 0.11 0.00 0.10 0.05 0.06 0.08 0.11 0.05 0.19 0.01 0.00 0.19 0.36 0.01
C6 0.01 0.01 0.18 0.22 0.01 0.15 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.38 0.08 0.12 0.59 0.61 0.53 0.57
N1 0.00 0.00 0.01 0.17 0.01 0.06 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.18 0.10 0.00 0.34 0.40 0.32 0.33
N3 0.01 0.00 0.12 0.24 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.19 0.07 0.07 0.33 0.43 0.50 0.38
N4 0.01 0.01 0.02 0.29 0.00 0.09 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.36 0.09 0.01 0.52 0.65 0.76 0.60
O2 0.02 0.00 0.30 0.15 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.18 0.29 0.17 0.09 0.22 0.23 0.13
O2' 0.02 0.09 0.00 0.02 0.33 0.25 0.42 0.05 0.38 0.18 0.19 0.36 0.18 0.00 0.00 0.17 0.28 0.51 0.07 0.23
O3' 0.29 0.15 0.02 0.00 0.05 0.02 0.12 0.19 0.08 0.10 0.07 0.09 0.29 0.00 0.00 0.20 0.37 0.82 0.35 0.51
O4' 0.00 0.10 0.02 0.02 0.00 0.00 0.09 0.01 0.12 0.00 0.07 0.01 0.17 0.17 0.20 0.00 0.05 0.12 0.12 0.07
O5' 0.16 0.24 0.16 0.34 0.49 0.01 0.63 0.00 0.59 0.34 0.33 0.52 0.09 0.28 0.37 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.26 0.34 0.36 0.55 0.59 0.20 0.70 0.19 0.61 0.40 0.43 0.65 0.22 0.51 0.82 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.10 0.35 0.11 0.15 0.66 0.18 0.72 0.36 0.53 0.32 0.50 0.76 0.23 0.07 0.35 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.15 0.27 0.11 0.35 0.54 0.02 0.67 0.01 0.57 0.33 0.38 0.60 0.13 0.23 0.51 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.17 0.40 0.19 0.10 0.25 0.38 0.47 0.45 0.36 0.20 0.18 0.72 0.51 0.13 0.50 0.18 0.36 0.52 0.42 0.59 0.25
C2 0.13 0.38 0.32 0.21 0.08 0.17 0.35 0.36 0.43 0.35 0.11 0.32 0.76 0.52 0.11 0.33 0.08 0.27 0.52 0.21 0.75 0.28
C2' 0.48 0.52 0.79 0.55 0.26 0.16 0.16 0.15 0.27 0.11 0.16 0.58 0.62 0.30 0.24 0.99 0.30 0.15 0.32 0.43 0.50 0.10
C3' 0.18 0.22 0.50 0.23 0.07 0.19 0.26 0.40 0.34 0.24 0.15 0.26 0.60 0.39 0.06 0.66 0.19 0.27 0.43 0.39 0.51 0.08
C4 0.22 0.48 0.26 0.31 0.21 0.17 0.32 0.21 0.36 0.35 0.32 0.40 0.71 0.49 0.19 0.12 0.17 0.19 0.56 0.20 1.08 0.51
C4' 0.17 0.18 0.21 0.11 0.31 0.46 0.51 0.63 0.58 0.48 0.41 0.12 0.77 0.60 0.31 0.29 0.46 0.56 0.62 0.50 0.59 0.33
C5 0.19 0.39 0.27 0.28 0.18 0.16 0.33 0.24 0.38 0.35 0.25 0.34 0.70 0.48 0.18 0.13 0.14 0.20 0.55 0.14 1.04 0.47
C5' 0.24 0.25 0.13 0.15 0.37 0.49 0.55 0.63 0.62 0.52 0.47 0.21 0.81 0.64 0.37 0.14 0.52 0.58 0.63 0.45 0.66 0.34
C6 0.14 0.30 0.29 0.22 0.13 0.16 0.34 0.32 0.40 0.35 0.19 0.27 0.71 0.49 0.14 0.24 0.09 0.25 0.53 0.08 0.88 0.34
N1 0.10 0.27 0.33 0.19 0.09 0.19 0.36 0.38 0.43 0.35 0.16 0.25 0.74 0.51 0.12 0.34 0.11 0.29 0.52 0.23 0.74 0.27
N3 0.19 0.51 0.28 0.27 0.16 0.15 0.32 0.25 0.37 0.34 0.25 0.42 0.77 0.50 0.15 0.18 0.11 0.20 0.53 0.07 0.93 0.40
N4 0.27 0.54 0.27 0.39 0.29 0.23 0.35 0.19 0.39 0.37 0.44 0.45 0.67 0.49 0.26 0.18 0.27 0.21 0.62 0.42 1.26 0.67
O2 0.09 0.32 0.37 0.19 0.07 0.22 0.40 0.44 0.48 0.38 0.12 0.30 0.75 0.55 0.12 0.46 0.14 0.33 0.52 0.38 0.60 0.27
O2' 0.47 0.52 0.85 0.55 0.19 0.09 0.26 0.30 0.38 0.23 0.11 0.60 0.80 0.48 0.16 1.16 0.40 0.13 0.37 0.59 0.30 0.19
O3' 0.29 0.24 0.14 0.30 0.44 0.69 0.67 0.92 0.72 0.67 0.50 0.20 0.93 0.80 0.46 0.34 0.67 0.74 0.83 0.75 0.53 0.55
O4' 0.28 0.26 0.11 0.16 0.41 0.54 0.60 0.70 0.66 0.57 0.49 0.22 0.84 0.68 0.42 0.13 0.50 0.66 0.71 0.53 0.69 0.44
O5' 0.22 0.24 0.07 0.13 0.29 0.42 0.40 0.48 0.45 0.37 0.37 0.20 0.58 0.44 0.29 0.09 0.58 0.48 0.51 0.23 0.73 0.21
OP1 0.25 0.27 0.05 0.16 0.29 0.42 0.36 0.43 0.40 0.34 0.35 0.24 0.49 0.38 0.28 0.11 0.65 0.47 0.56 0.03 0.90 0.35
OP2 0.12 0.15 0.30 0.22 0.09 0.08 0.06 0.10 0.10 0.04 0.09 0.17 0.22 0.09 0.08 0.20 0.32 0.09 0.29 0.32 0.92 0.39
P 0.22 0.27 0.14 0.18 0.28 0.38 0.35 0.40 0.38 0.32 0.34 0.24 0.47 0.37 0.27 0.21 0.63 0.42 0.42 0.19 0.76 0.19

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02 0.28 0.01 0.23 0.51 0.14 0.20
C2 0.03 0.00 0.19 0.13 0.00 0.08 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.30 0.17 0.32 0.27 0.68 0.22
C2' 0.00 0.19 0.00 0.00 0.10 0.01 0.04 0.18 0.08 0.11 0.14 0.18 0.05 0.06 0.01 0.00 0.02 0.01 0.54 0.64 0.60 0.42
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.19 0.00 0.29 0.00 0.28 0.34 0.21 0.09 0.34 0.36 0.21 0.02 0.00 0.02 0.35 0.45 0.30 0.13
C4 0.01 0.00 0.10 0.19 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.17 0.14 0.09 0.35 0.22 0.71 0.25
C4' 0.00 0.08 0.01 0.00 0.02 0.00 0.11 0.00 0.08 0.23 0.03 0.09 0.15 0.21 0.09 0.28 0.02 0.00 0.01 0.62 0.21 0.40
C5 0.01 0.01 0.04 0.29 0.00 0.11 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.29 0.04 0.05 0.41 0.28 1.04 0.48
C5' 0.06 0.10 0.18 0.00 0.07 0.00 0.16 0.00 0.15 0.24 0.10 0.10 0.23 0.25 0.08 0.09 0.19 0.00 0.00 0.09 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.08 0.28 0.00 0.08 0.01 0.15 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.27 0.02 0.08 0.40 0.30 1.10 0.50
C8 0.03 0.01 0.11 0.34 0.00 0.23 0.01 0.24 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.36 0.20 0.13 0.45 0.31 1.00 0.51
N1 0.02 0.00 0.14 0.21 0.00 0.03 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.17 0.16 0.13 0.36 0.23 0.92 0.37
N3 0.03 0.00 0.18 0.09 0.00 0.09 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.34 0.17 0.31 0.33 0.53 0.15
N6 0.03 0.01 0.05 0.34 0.01 0.15 0.02 0.23 0.00 0.05 0.02 0.00 0.00 0.05 0.03 0.33 0.09 0.09 0.40 0.43 1.28 0.62
N7 0.02 0.01 0.06 0.36 0.00 0.21 0.00 0.25 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.39 0.21 0.09 0.47 0.45 1.25 0.65
N9 0.01 0.01 0.01 0.21 0.00 0.09 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.20 0.06 0.02 0.35 0.21 0.62 0.21
O2' 0.02 0.07 0.00 0.02 0.17 0.28 0.29 0.09 0.27 0.36 0.17 0.04 0.33 0.39 0.20 0.00 0.01 0.21 0.32 0.97 0.62 0.58
O3' 0.28 0.30 0.02 0.00 0.14 0.02 0.04 0.19 0.02 0.20 0.16 0.34 0.09 0.21 0.06 0.01 0.00 0.19 0.23 0.72 0.06 0.33
O4' 0.01 0.17 0.01 0.02 0.09 0.00 0.05 0.00 0.08 0.13 0.13 0.17 0.09 0.09 0.02 0.21 0.19 0.00 0.06 0.54 0.25 0.39
O5' 0.23 0.32 0.54 0.35 0.35 0.01 0.41 0.00 0.40 0.45 0.36 0.31 0.40 0.47 0.35 0.32 0.23 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.51 0.27 0.64 0.45 0.22 0.62 0.28 0.09 0.30 0.31 0.23 0.33 0.43 0.45 0.21 0.97 0.72 0.54 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.14 0.68 0.60 0.30 0.71 0.21 1.04 0.01 1.10 1.00 0.92 0.53 1.28 1.25 0.62 0.62 0.06 0.25 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.20 0.22 0.42 0.13 0.25 0.40 0.48 0.01 0.50 0.51 0.37 0.15 0.62 0.65 0.21 0.58 0.33 0.39 0.00 0.00 0.00 0.00