Doublet Group distance statistics: 48405

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
N3	A	0, 0.005, 0.013, 0.021, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C5	A	0, 0.002, 0.012, 0.022, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.010
C6	A	0, 0.008, 0.022, 0.036, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.022 std_dev=0.014
C2	A	0, 0.008, 0.023, 0.038, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.023 std_dev=0.015
C4	A	0, 0.007, 0.023, 0.039, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.023 std_dev=0.016
N1	A	0, 0.006, 0.022, 0.039, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.022 std_dev=0.017
C1'	A	0, 0.007, 0.025, 0.043, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.025 std_dev=0.018
N4	A	0, 0.016, 0.062, 0.107, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.062 std_dev=0.045
O2	A	0, 0.023, 0.075, 0.126, 0.144 max_d=0.144 avg_d=0.075 std_dev=0.051
O2'	A	0, 0.059, 0.152, 0.245, 0.253 max_d=0.253 avg_d=0.152 std_dev=0.093
C2'	A	0, 0.072, 0.258, 0.445, 0.520 max_d=0.520 avg_d=0.258 std_dev=0.186
O4'	A	0, 0.047, 0.289, 0.532, 0.668 max_d=0.668 avg_d=0.289 std_dev=0.243
N7	B	0, 0.179, 0.505, 0.830, 0.868 max_d=0.868 avg_d=0.505 std_dev=0.326
C5	B	0, 0.214, 0.546, 0.879, 0.892 max_d=0.892 avg_d=0.546 std_dev=0.333
C8	B	0, 0.167, 0.534, 0.901, 0.884 max_d=0.884 avg_d=0.534 std_dev=0.367
N9	B	0, 0.281, 0.670, 1.060, 0.933 max_d=0.933 avg_d=0.670 std_dev=0.389
C3'	A	0, 0.087, 0.485, 0.883, 1.092 max_d=1.092 avg_d=0.485 std_dev=0.398
C4'	A	0, 0.065, 0.481, 0.897, 1.128 max_d=1.128 avg_d=0.481 std_dev=0.416
C4	B	0, 0.249, 0.674, 1.098, 1.176 max_d=1.176 avg_d=0.674 std_dev=0.424
O5'	B	0, 0.226, 0.663, 1.100, 1.201 max_d=1.201 avg_d=0.663 std_dev=0.437
C6	B	0, 0.118, 0.569, 1.019, 1.244 max_d=1.244 avg_d=0.569 std_dev=0.450
N6	B	0, 0.065, 0.553, 1.040, 1.271 max_d=1.271 avg_d=0.553 std_dev=0.488
P	B	0, 0.212, 0.725, 1.237, 1.308 max_d=1.308 avg_d=0.725 std_dev=0.512
OP2	B	0, 0.199, 0.715, 1.232, 1.394 max_d=1.394 avg_d=0.715 std_dev=0.517
C5'	B	0, 0.378, 0.913, 1.448, 1.314 max_d=1.314 avg_d=0.913 std_dev=0.535
C1'	B	0, 0.370, 0.910, 1.451, 1.420 max_d=1.420 avg_d=0.910 std_dev=0.541
O4'	B	0, 0.396, 0.940, 1.484, 1.320 max_d=1.320 avg_d=0.940 std_dev=0.544
OP1	B	0, 0.367, 0.920, 1.473, 1.398 max_d=1.398 avg_d=0.920 std_dev=0.553
C4'	B	0, 0.384, 0.951, 1.517, 1.444 max_d=1.444 avg_d=0.951 std_dev=0.566
C3'	B	0, 0.282, 0.857, 1.432, 1.489 max_d=1.489 avg_d=0.857 std_dev=0.575
O3'	A	0, 0.152, 0.750, 1.348, 1.623 max_d=1.623 avg_d=0.750 std_dev=0.598
O5'	A	0, -0.065, 0.538, 1.140, 1.549 max_d=1.549 avg_d=0.538 std_dev=0.603
N3	B	0, 0.242, 0.860, 1.478, 1.739 max_d=1.739 avg_d=0.860 std_dev=0.618
C5'	A	0, 0.078, 0.709, 1.340, 1.722 max_d=1.722 avg_d=0.709 std_dev=0.631
N1	B	0, 0.076, 0.708, 1.340, 1.711 max_d=1.711 avg_d=0.708 std_dev=0.632
C2'	B	0, 0.371, 1.015, 1.659, 1.787 max_d=1.787 avg_d=1.015 std_dev=0.644
O3'	B	0, 0.328, 1.000, 1.671, 1.794 max_d=1.794 avg_d=1.000 std_dev=0.671
C2	B	0, 0.159, 0.850, 1.542, 1.906 max_d=1.906 avg_d=0.850 std_dev=0.691
O2'	B	0, 0.480, 1.358, 2.237, 2.408 max_d=2.408 avg_d=1.358 std_dev=0.878
P	A	0, 0.069, 1.036, 2.003, 2.620 max_d=2.620 avg_d=1.036 std_dev=0.967
OP1	A	0, 0.222, 1.218, 2.214, 2.696 max_d=2.696 avg_d=1.218 std_dev=0.996
OP2	A	0, -0.273, 1.839, 3.951, 5.432 max_d=5.432 avg_d=1.839 std_dev=2.112

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.01	0.01	0.02	0.00	0.02	0.03	0.02	0.01	0.02	0.02	0.06	0.02	0.02	0.01	0.26	0.14	0.43	0.30
C2	0.02	0.00	0.07	0.13	0.01	0.06	0.01	0.14	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.04	0.14	0.05	0.46	0.10	0.26	0.02
C2'	0.01	0.07	0.00	0.00	0.05	0.01	0.05	0.03	0.05	0.02	0.07	0.06	0.06	0.01	0.00	0.01	0.29	0.31	0.38	0.16
C3'	0.01	0.13	0.00	0.00	0.13	0.00	0.07	0.03	0.04	0.05	0.16	0.15	0.11	0.01	0.02	0.02	0.34	0.56	0.21	0.19
C4	0.02	0.01	0.05	0.13	0.00	0.08	0.00	0.21	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.05	0.16	0.06	0.58	0.10	0.94	0.34
C4'	0.00	0.06	0.01	0.00	0.08	0.00	0.07	0.01	0.04	0.04	0.09	0.10	0.04	0.02	0.03	0.01	0.02	0.13	0.58	0.28
C5	0.02	0.01	0.05	0.07	0.00	0.07	0.00	0.20	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.05	0.10	0.05	0.60	0.08	1.02	0.38
C5'	0.03	0.14	0.03	0.03	0.21	0.01	0.20	0.00	0.15	0.11	0.19	0.24	0.08	0.01	0.04	0.02	0.00	0.31	0.14	0.03
C6	0.02	0.01	0.05	0.04	0.00	0.04	0.00	0.15	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.04	0.07	0.04	0.55	0.06	0.59	0.19
N1	0.01	0.01	0.02	0.05	0.01	0.04	0.01	0.11	0.00	0.00	0.00	0.01	0.02	0.04	0.05	0.04	0.45	0.09	0.16	0.03
N3	0.02	0.00	0.07	0.16	0.00	0.09	0.00	0.19	0.01	0.00	0.00	0.01	0.02	0.05	0.18	0.05	0.52	0.10	0.61	0.18
N4	0.02	0.01	0.06	0.15	0.00	0.10	0.00	0.24	0.00	0.01	0.01	0.00	0.02	0.05	0.19	0.06	0.59	0.12	1.18	0.44
O2	0.06	0.01	0.06	0.11	0.01	0.04	0.01	0.08	0.01	0.02	0.02	0.02	0.00	0.08	0.13	0.08	0.42	0.12	0.10	0.07
O2'	0.02	0.04	0.01	0.01	0.05	0.02	0.05	0.01	0.04	0.04	0.05	0.05	0.08	0.00	0.02	0.04	0.07	0.20	0.86	0.42
O3'	0.02	0.14	0.00	0.02	0.16	0.03	0.10	0.04	0.07	0.05	0.18	0.19	0.13	0.02	0.00	0.02	0.25	0.80	0.26	0.28
O4'	0.01	0.05	0.01	0.02	0.06	0.01	0.05	0.02	0.04	0.04	0.05	0.06	0.08	0.04	0.02	0.00	0.09	0.25	0.70	0.49
O5'	0.26	0.46	0.29	0.34	0.58	0.02	0.60	0.00	0.55	0.45	0.52	0.59	0.42	0.07	0.25	0.09	0.00	0.03	0.02	0.01
OP1	0.14	0.10	0.31	0.56	0.10	0.13	0.08	0.31	0.06	0.09	0.10	0.12	0.12	0.20	0.80	0.25	0.03	0.00	0.00	0.00
OP2	0.43	0.26	0.38	0.21	0.94	0.58	1.02	0.14	0.59	0.16	0.61	1.18	0.10	0.86	0.26	0.70	0.02	0.00	0.00	0.00
P	0.30	0.02	0.16	0.19	0.34	0.28	0.38	0.03	0.19	0.03	0.18	0.44	0.07	0.42	0.28	0.49	0.01	0.00	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.33	0.45	0.40	0.31	0.28	0.30	0.16	0.24	0.15	0.13	0.33	0.42	0.14	0.12	0.24	0.52	0.35	0.27	0.18	0.21	0.26	0.19
C2	0.32	0.51	0.39	0.30	0.30	0.28	0.19	0.21	0.22	0.15	0.44	0.45	0.13	0.14	0.25	0.49	0.34	0.25	0.16	0.19	0.24	0.18
C2'	0.15	0.19	0.18	0.11	0.11	0.12	0.15	0.09	0.16	0.16	0.10	0.18	0.30	0.22	0.11	0.29	0.14	0.12	0.16	0.21	0.30	0.24
C3'	0.13	0.13	0.15	0.09	0.13	0.09	0.21	0.08	0.21	0.24	0.10	0.12	0.34	0.30	0.15	0.24	0.11	0.14	0.19	0.26	0.34	0.30
C4	0.32	0.56	0.44	0.37	0.36	0.29	0.29	0.24	0.38	0.17	0.55	0.48	0.30	0.15	0.28	0.50	0.42	0.23	0.20	0.21	0.24	0.20
C4'	0.24	0.32	0.33	0.25	0.18	0.21	0.13	0.15	0.13	0.15	0.21	0.30	0.21	0.18	0.16	0.44	0.32	0.18	0.13	0.18	0.27	0.20
C5	0.33	0.55	0.45	0.37	0.36	0.30	0.27	0.24	0.35	0.17	0.52	0.48	0.26	0.15	0.28	0.52	0.43	0.23	0.21	0.22	0.26	0.21
C5'	0.24	0.30	0.33	0.25	0.20	0.19	0.20	0.07	0.19	0.23	0.23	0.28	0.27	0.27	0.19	0.43	0.32	0.19	0.08	0.17	0.27	0.22
C6	0.33	0.52	0.43	0.35	0.32	0.30	0.23	0.23	0.28	0.15	0.46	0.46	0.17	0.12	0.26	0.52	0.40	0.24	0.19	0.22	0.26	0.21
N1	0.33	0.50	0.41	0.32	0.30	0.29	0.19	0.22	0.22	0.14	0.41	0.44	0.12	0.13	0.25	0.51	0.36	0.25	0.17	0.20	0.25	0.19
N3	0.32	0.55	0.42	0.34	0.35	0.29	0.25	0.23	0.33	0.16	0.53	0.48	0.20	0.14	0.27	0.49	0.38	0.24	0.18	0.19	0.23	0.18
N4	0.32	0.56	0.45	0.40	0.39	0.30	0.34	0.25	0.45	0.19	0.58	0.49	0.43	0.19	0.30	0.49	0.46	0.22	0.23	0.22	0.24	0.22
O2	0.30	0.45	0.33	0.24	0.25	0.25	0.16	0.17	0.15	0.16	0.33	0.40	0.27	0.19	0.21	0.45	0.26	0.24	0.13	0.16	0.24	0.17
O2'	0.24	0.25	0.27	0.20	0.16	0.22	0.12	0.18	0.14	0.13	0.12	0.26	0.27	0.17	0.16	0.39	0.22	0.22	0.16	0.20	0.26	0.19
O3'	0.20	0.12	0.14	0.13	0.22	0.17	0.32	0.18	0.33	0.33	0.20	0.13	0.44	0.39	0.24	0.17	0.10	0.22	0.29	0.35	0.41	0.39
O4'	0.40	0.51	0.49	0.42	0.34	0.38	0.21	0.32	0.22	0.17	0.39	0.48	0.12	0.13	0.30	0.61	0.48	0.33	0.24	0.26	0.27	0.21
O5'	0.70	0.79	0.78	0.75	0.69	0.72	0.61	0.71	0.63	0.56	0.75	0.77	0.55	0.52	0.65	0.84	0.79	0.66	0.67	0.67	0.64	0.61
OP1	0.39	0.50	0.41	0.31	0.38	0.31	0.32	0.22	0.34	0.26	0.45	0.47	0.29	0.25	0.34	0.51	0.31	0.34	0.14	0.17	0.20	0.14
OP2	0.57	0.50	0.54	0.55	0.56	0.62	0.60	0.70	0.60	0.62	0.54	0.52	0.65	0.64	0.58	0.55	0.51	0.61	0.73	0.86	0.89	0.81
P	0.33	0.38	0.36	0.31	0.32	0.32	0.28	0.34	0.30	0.24	0.36	0.37	0.27	0.22	0.29	0.43	0.32	0.30	0.33	0.41	0.42	0.36

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.04	0.01	0.02	0.02	0.01	0.01	0.03	0.02	0.01	0.03	0.04	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.09	0.09	0.05	0.07
C2	0.04	0.00	0.03	0.06	0.01	0.04	0.02	0.11	0.01	0.02	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.10	0.05	0.03	0.18	0.21	0.24	0.19
C2'	0.01	0.03	0.00	0.01	0.02	0.02	0.04	0.01	0.05	0.03	0.04	0.02	0.05	0.04	0.01	0.01	0.02	0.02	0.06	0.03	0.05	0.06
C3'	0.02	0.06	0.01	0.00	0.05	0.01	0.06	0.03	0.08	0.01	0.07	0.05	0.08	0.04	0.02	0.01	0.01	0.05	0.16	0.07	0.11	0.13
C4	0.02	0.01	0.02	0.05	0.00	0.06	0.01	0.14	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.00	0.05	0.04	0.02	0.20	0.21	0.21	0.18
C4'	0.01	0.04	0.02	0.01	0.06	0.00	0.10	0.01	0.10	0.11	0.06	0.03	0.12	0.12	0.06	0.05	0.01	0.01	0.01	0.06	0.02	0.02
C5	0.01	0.02	0.04	0.06	0.01	0.10	0.00	0.20	0.00	0.01	0.02	0.01	0.01	0.00	0.00	0.06	0.06	0.03	0.27	0.29	0.30	0.27
C5'	0.03	0.11	0.01	0.03	0.14	0.01	0.20	0.00	0.21	0.20	0.16	0.09	0.25	0.23	0.12	0.06	0.05	0.01	0.00	0.08	0.04	0.01
C6	0.02	0.01	0.05	0.08	0.00	0.10	0.00	0.21	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.00	0.08	0.08	0.03	0.27	0.32	0.35	0.30
C8	0.01	0.02	0.03	0.01	0.01	0.11	0.01	0.20	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.00	0.02	0.01	0.05	0.27	0.25	0.20	0.23
N1	0.03	0.01	0.04	0.07	0.01	0.06	0.02	0.16	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.01	0.10	0.07	0.02	0.23	0.27	0.31	0.25
N3	0.04	0.00	0.02	0.05	0.00	0.03	0.01	0.09	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.08	0.04	0.04	0.15	0.17	0.18	0.15
N6	0.01	0.01	0.05	0.08	0.00	0.12	0.01	0.25	0.00	0.02	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.08	0.09	0.04	0.32	0.38	0.42	0.36
N7	0.00	0.02	0.04	0.04	0.01	0.12	0.00	0.23	0.01	0.00	0.02	0.01	0.02	0.00	0.01	0.04	0.04	0.04	0.31	0.32	0.32	0.31
N9	0.01	0.01	0.01	0.02	0.00	0.06	0.00	0.12	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.03	0.18	0.17	0.14	0.14
O2'	0.01	0.10	0.01	0.01	0.05	0.05	0.06	0.06	0.08	0.02	0.10	0.08	0.08	0.04	0.02	0.00	0.03	0.03	0.07	0.02	0.06	0.07
O3'	0.01	0.05	0.02	0.01	0.04	0.01	0.06	0.05	0.08	0.01	0.07	0.04	0.09	0.04	0.01	0.03	0.00	0.03	0.22	0.14	0.15	0.17
O4'	0.01	0.03	0.02	0.05	0.02	0.01	0.03	0.01	0.03	0.05	0.02	0.04	0.04	0.04	0.03	0.03	0.03	0.00	0.11	0.11	0.05	0.08
O5'	0.09	0.18	0.06	0.16	0.20	0.01	0.27	0.00	0.27	0.27	0.23	0.15	0.32	0.31	0.18	0.07	0.22	0.11	0.00	0.02	0.02	0.00
OP1	0.09	0.21	0.03	0.07	0.21	0.06	0.29	0.08	0.32	0.25	0.27	0.17	0.38	0.32	0.17	0.02	0.14	0.11	0.02	0.00	0.02	0.00
OP2	0.05	0.24	0.05	0.11	0.21	0.02	0.30	0.04	0.35	0.20	0.31	0.18	0.42	0.32	0.14	0.06	0.15	0.05	0.02	0.02	0.00	0.00
P	0.07	0.19	0.06	0.13	0.18	0.02	0.27	0.01	0.30	0.23	0.25	0.15	0.36	0.31	0.14	0.07	0.17	0.08	0.00	0.00	0.00	0.00