ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48407

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.000, 0.020, 0.040, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.020
O2 A 0, 0.000, 0.020, 0.040, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.020
N4 A 0, 0.000, 0.024, 0.048, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.024 std_dev=0.024
C1' A 0, 0.000, 0.028, 0.055, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.028 std_dev=0.028
O4' A 0, 0.000, 0.076, 0.152, 0.152 max_d=0.152 avg_d=0.076 std_dev=0.076
C4' A 0, 0.000, 0.107, 0.214, 0.214 max_d=0.214 avg_d=0.107 std_dev=0.107
C2' A 0, 0.000, 0.198, 0.396, 0.396 max_d=0.396 avg_d=0.198 std_dev=0.198
C5' A 0, 0.000, 0.234, 0.468, 0.468 max_d=0.468 avg_d=0.234 std_dev=0.234
O2' A 0, 0.000, 0.290, 0.580, 0.580 max_d=0.580 avg_d=0.290 std_dev=0.290
C3' A 0, 0.000, 0.319, 0.638, 0.638 max_d=0.638 avg_d=0.319 std_dev=0.319
N6 B 0, 0.000, 0.401, 0.801, 0.801 max_d=0.801 avg_d=0.401 std_dev=0.401
C6 B 0, 0.000, 0.514, 1.027, 1.027 max_d=1.027 avg_d=0.514 std_dev=0.514
O3' A 0, 0.000, 0.531, 1.062, 1.062 max_d=1.062 avg_d=0.531 std_dev=0.531
N7 B 0, 0.000, 0.554, 1.108, 1.108 max_d=1.108 avg_d=0.554 std_dev=0.554
C5 B 0, 0.000, 0.635, 1.271, 1.271 max_d=1.271 avg_d=0.635 std_dev=0.635
N1 B 0, 0.000, 0.657, 1.315, 1.315 max_d=1.315 avg_d=0.657 std_dev=0.657
O5' A 0, 0.000, 0.663, 1.326, 1.326 max_d=1.326 avg_d=0.663 std_dev=0.663
OP2 B 0, 0.000, 0.673, 1.347, 1.347 max_d=1.347 avg_d=0.673 std_dev=0.673
C8 B 0, 0.000, 0.784, 1.568, 1.568 max_d=1.568 avg_d=0.784 std_dev=0.784
C4 B 0, 0.000, 0.940, 1.880, 1.880 max_d=1.880 avg_d=0.940 std_dev=0.940
C2 B 0, 0.000, 0.948, 1.896, 1.896 max_d=1.896 avg_d=0.948 std_dev=0.948
P A 0, 0.000, 0.977, 1.954, 1.954 max_d=1.954 avg_d=0.977 std_dev=0.977
P B 0, 0.000, 0.993, 1.987, 1.987 max_d=1.987 avg_d=0.993 std_dev=0.993
N9 B 0, 0.000, 1.033, 2.065, 2.065 max_d=2.065 avg_d=1.033 std_dev=1.033
OP1 A 0, 0.000, 1.046, 2.092, 2.092 max_d=2.092 avg_d=1.046 std_dev=1.046
N3 B 0, 0.000, 1.129, 2.258, 2.258 max_d=2.258 avg_d=1.129 std_dev=1.129
OP2 A 0, 0.000, 1.132, 2.263, 2.263 max_d=2.263 avg_d=1.132 std_dev=1.132
C5' B 0, 0.000, 1.148, 2.296, 2.296 max_d=2.296 avg_d=1.148 std_dev=1.148
O4' B 0, 0.000, 1.231, 2.462, 2.462 max_d=2.462 avg_d=1.231 std_dev=1.231
O5' B 0, 0.000, 1.234, 2.467, 2.467 max_d=2.467 avg_d=1.234 std_dev=1.234
C1' B 0, 0.000, 1.399, 2.798, 2.798 max_d=2.798 avg_d=1.399 std_dev=1.399
C4' B 0, 0.000, 1.502, 3.003, 3.003 max_d=3.003 avg_d=1.502 std_dev=1.502
OP1 B 0, 0.000, 1.609, 3.218, 3.218 max_d=3.218 avg_d=1.609 std_dev=1.609
C3' B 0, 0.000, 1.724, 3.449, 3.449 max_d=3.449 avg_d=1.724 std_dev=1.724
C2' B 0, 0.000, 1.801, 3.602, 3.602 max_d=3.602 avg_d=1.801 std_dev=1.801
O3' B 0, 0.000, 2.325, 4.650, 4.650 max_d=4.650 avg_d=2.325 std_dev=2.325
O2' B 0, 0.000, 2.352, 4.703, 4.703 max_d=4.703 avg_d=2.352 std_dev=2.352

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.11 0.09 0.17 0.13
C2 0.02 0.00 0.03 0.06 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.06 0.02 0.09 0.11 0.19 0.14
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.09 0.02 0.09 0.02 0.09 0.04 0.06 0.09 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.09 0.05
C3' 0.02 0.06 0.00 0.00 0.15 0.01 0.17 0.02 0.16 0.08 0.10 0.16 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.06 0.01
C4 0.03 0.01 0.09 0.15 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.06 0.18 0.02 0.13 0.21 0.29 0.21
C4' 0.00 0.03 0.02 0.01 0.06 0.00 0.06 0.01 0.06 0.03 0.04 0.06 0.02 0.06 0.04 0.00 0.05 0.04 0.08 0.05
C5 0.02 0.00 0.09 0.17 0.00 0.06 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.20 0.00 0.16 0.26 0.36 0.25
C5' 0.01 0.03 0.02 0.02 0.06 0.01 0.06 0.00 0.06 0.03 0.04 0.06 0.02 0.06 0.06 0.02 0.02 0.06 0.04 0.02
C6 0.01 0.00 0.09 0.16 0.01 0.06 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.18 0.00 0.17 0.23 0.32 0.24
N1 0.01 0.01 0.04 0.08 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.08 0.00 0.12 0.14 0.22 0.17
N3 0.03 0.00 0.06 0.10 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.11 0.02 0.10 0.14 0.23 0.16
N4 0.03 0.01 0.09 0.16 0.00 0.06 0.01 0.06 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.07 0.20 0.02 0.13 0.22 0.31 0.22
O2 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.07 0.06 0.15 0.11
O2' 0.02 0.02 0.01 0.00 0.06 0.06 0.07 0.06 0.07 0.03 0.04 0.07 0.02 0.00 0.03 0.05 0.07 0.02 0.10 0.07
O3' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.18 0.04 0.20 0.06 0.18 0.08 0.11 0.20 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.05 0.01
O4' 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.00 0.15 0.13 0.18 0.15
O5' 0.11 0.09 0.03 0.00 0.13 0.05 0.16 0.02 0.17 0.12 0.10 0.13 0.07 0.07 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01
OP1 0.09 0.11 0.01 0.02 0.21 0.04 0.26 0.06 0.23 0.14 0.14 0.22 0.06 0.02 0.04 0.13 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.17 0.19 0.09 0.06 0.29 0.08 0.36 0.04 0.32 0.22 0.23 0.31 0.15 0.10 0.05 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.13 0.14 0.05 0.01 0.21 0.05 0.25 0.02 0.24 0.17 0.16 0.22 0.11 0.07 0.01 0.15 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.01 0.01 0.01 0.10 0.08 0.17 0.15 0.18 0.18 0.07 0.02 0.27 0.22 0.12 0.03 0.05 0.13 0.03 0.02 0.18 0.04
C2 0.07 0.03 0.00 0.00 0.08 0.08 0.15 0.14 0.14 0.17 0.02 0.00 0.24 0.20 0.11 0.02 0.06 0.13 0.02 0.01 0.20 0.05
C2' 0.15 0.08 0.12 0.11 0.17 0.15 0.23 0.20 0.23 0.24 0.14 0.10 0.30 0.26 0.18 0.10 0.07 0.19 0.10 0.11 0.14 0.02
C3' 0.20 0.12 0.16 0.14 0.21 0.20 0.26 0.24 0.25 0.29 0.17 0.14 0.32 0.31 0.23 0.15 0.09 0.24 0.15 0.15 0.11 0.07
C4 0.07 0.07 0.06 0.10 0.05 0.05 0.11 0.11 0.06 0.16 0.05 0.02 0.13 0.18 0.10 0.06 0.20 0.15 0.00 0.06 0.26 0.08
C4' 0.12 0.05 0.06 0.04 0.14 0.12 0.20 0.18 0.20 0.22 0.11 0.07 0.27 0.25 0.16 0.03 0.02 0.17 0.07 0.06 0.17 0.01
C5 0.07 0.06 0.08 0.13 0.05 0.04 0.11 0.10 0.07 0.16 0.04 0.03 0.15 0.19 0.09 0.08 0.23 0.15 0.01 0.08 0.27 0.09
C5' 0.13 0.05 0.05 0.02 0.14 0.12 0.20 0.17 0.18 0.22 0.10 0.07 0.25 0.25 0.16 0.03 0.05 0.19 0.06 0.04 0.19 0.02
C6 0.06 0.05 0.06 0.09 0.06 0.05 0.13 0.11 0.11 0.17 0.00 0.02 0.19 0.19 0.10 0.07 0.19 0.14 0.01 0.05 0.25 0.08
N1 0.07 0.03 0.02 0.03 0.08 0.07 0.15 0.13 0.14 0.17 0.03 0.00 0.24 0.21 0.11 0.05 0.10 0.13 0.02 0.01 0.21 0.06
N3 0.08 0.06 0.02 0.04 0.07 0.07 0.13 0.13 0.10 0.17 0.03 0.01 0.20 0.20 0.10 0.03 0.11 0.14 0.02 0.01 0.22 0.06
N4 0.08 0.08 0.08 0.14 0.04 0.05 0.08 0.11 0.01 0.16 0.09 0.03 0.05 0.17 0.09 0.06 0.24 0.17 0.01 0.09 0.28 0.09
O2 0.06 0.02 0.04 0.06 0.08 0.08 0.15 0.15 0.16 0.16 0.05 0.01 0.25 0.19 0.10 0.00 0.02 0.11 0.03 0.04 0.17 0.04
O2' 0.10 0.06 0.09 0.10 0.13 0.11 0.19 0.16 0.21 0.19 0.13 0.07 0.28 0.22 0.14 0.06 0.08 0.12 0.06 0.09 0.16 0.01
O3' 0.23 0.14 0.19 0.17 0.23 0.22 0.28 0.26 0.27 0.31 0.19 0.16 0.33 0.33 0.25 0.20 0.15 0.26 0.18 0.20 0.09 0.10
O4' 0.06 0.01 0.02 0.03 0.09 0.06 0.16 0.13 0.16 0.17 0.06 0.01 0.25 0.21 0.11 0.06 0.10 0.13 0.01 0.01 0.20 0.06
O5' 0.19 0.08 0.10 0.08 0.18 0.18 0.23 0.24 0.21 0.27 0.12 0.11 0.27 0.29 0.21 0.09 0.01 0.24 0.12 0.08 0.15 0.03
OP1 0.23 0.10 0.14 0.11 0.22 0.23 0.27 0.28 0.24 0.32 0.14 0.13 0.30 0.34 0.25 0.14 0.04 0.29 0.19 0.14 0.09 0.10
OP2 0.33 0.17 0.22 0.18 0.30 0.32 0.34 0.37 0.30 0.41 0.20 0.22 0.34 0.42 0.34 0.23 0.10 0.40 0.27 0.20 0.03 0.17
P 0.25 0.12 0.15 0.12 0.24 0.24 0.29 0.30 0.25 0.34 0.16 0.16 0.31 0.35 0.27 0.15 0.04 0.32 0.19 0.13 0.08 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.13 0.07 0.01
C2 0.01 0.00 0.06 0.06 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.08 0.01 0.05 0.04 0.22 0.11
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.03 0.10 0.02 0.07 0.06 0.10 0.04 0.00 0.01 0.01 0.10 0.06 0.11 0.08
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.10 0.01 0.07 0.18 0.00 0.06 0.11 0.17 0.07 0.02 0.00 0.00 0.20 0.02 0.14 0.15
C4 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.24 0.13
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.06 0.01 0.02 0.04 0.06 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.16 0.06 0.03
C5 0.01 0.01 0.05 0.10 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.12 0.02 0.12 0.10 0.34 0.20
C5' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.04 0.02 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.16 0.02
C6 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.01 0.12 0.11 0.36 0.21
C8 0.00 0.01 0.10 0.18 0.00 0.06 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.19 0.03 0.12 0.11 0.31 0.20
N1 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.09 0.04 0.30 0.16
N3 0.00 0.00 0.07 0.06 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.08 0.00 0.03 0.07 0.18 0.08
N6 0.01 0.00 0.06 0.11 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.15 0.01 0.16 0.19 0.43 0.27
N7 0.01 0.00 0.10 0.17 0.01 0.06 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.20 0.02 0.15 0.17 0.39 0.24
N9 0.00 0.01 0.04 0.07 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.02 0.06 0.01 0.20 0.11
O2' 0.01 0.06 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.03 0.06 0.03 0.05 0.01 0.00 0.04 0.00 0.02 0.17 0.03 0.01
O3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.03 0.00 0.12 0.01 0.09 0.19 0.00 0.08 0.15 0.20 0.07 0.04 0.00 0.01 0.23 0.05 0.14 0.17
O4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.10 0.18 0.04 0.05
O5' 0.01 0.05 0.10 0.20 0.07 0.02 0.12 0.01 0.12 0.12 0.09 0.03 0.16 0.15 0.06 0.02 0.23 0.10 0.00 0.04 0.00 0.00
OP1 0.13 0.04 0.06 0.02 0.00 0.16 0.10 0.08 0.11 0.11 0.04 0.07 0.19 0.17 0.01 0.17 0.05 0.18 0.04 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.22 0.11 0.14 0.24 0.06 0.34 0.16 0.36 0.31 0.30 0.18 0.43 0.39 0.20 0.03 0.14 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.01 0.11 0.08 0.15 0.13 0.03 0.20 0.02 0.21 0.20 0.16 0.08 0.27 0.24 0.11 0.01 0.17 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00