ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48408

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.000, 0.013, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.000, 0.015, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.000, 0.018, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.018 std_dev=0.018
N4 A 0, 0.000, 0.022, 0.044, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.022
OP2 A 0, 0.000, 0.028, 0.056, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.028 std_dev=0.028
O2 A 0, 0.000, 0.035, 0.070, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.035 std_dev=0.035
O4' A 0, 0.000, 0.041, 0.083, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.041 std_dev=0.041
O2' A 0, 0.000, 0.043, 0.086, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.043 std_dev=0.043
P A 0, 0.000, 0.061, 0.121, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.061 std_dev=0.061
OP1 A 0, 0.000, 0.064, 0.128, 0.128 max_d=0.128 avg_d=0.064 std_dev=0.064
C2' A 0, 0.000, 0.071, 0.142, 0.142 max_d=0.142 avg_d=0.071 std_dev=0.071
C4' A 0, 0.000, 0.088, 0.176, 0.176 max_d=0.176 avg_d=0.088 std_dev=0.088
C3' A 0, 0.000, 0.105, 0.210, 0.210 max_d=0.210 avg_d=0.105 std_dev=0.105
O5' A 0, 0.000, 0.107, 0.214, 0.214 max_d=0.214 avg_d=0.107 std_dev=0.107
C5' A 0, 0.000, 0.129, 0.259, 0.259 max_d=0.259 avg_d=0.129 std_dev=0.129
O3' A 0, 0.000, 0.159, 0.319, 0.319 max_d=0.319 avg_d=0.159 std_dev=0.159
C8 B 0, 0.000, 0.500, 1.000, 1.000 max_d=1.000 avg_d=0.500 std_dev=0.500
N9 B 0, 0.000, 0.521, 1.042, 1.042 max_d=1.042 avg_d=0.521 std_dev=0.521
N7 B 0, 0.000, 0.524, 1.048, 1.048 max_d=1.048 avg_d=0.524 std_dev=0.524
C5 B 0, 0.000, 0.548, 1.095, 1.095 max_d=1.095 avg_d=0.548 std_dev=0.548
C1' B 0, 0.000, 0.548, 1.096, 1.096 max_d=1.096 avg_d=0.548 std_dev=0.548
C4 B 0, 0.000, 0.561, 1.122, 1.122 max_d=1.122 avg_d=0.561 std_dev=0.561
C2' B 0, 0.000, 0.565, 1.129, 1.129 max_d=1.129 avg_d=0.565 std_dev=0.565
C6 B 0, 0.000, 0.572, 1.144, 1.144 max_d=1.144 avg_d=0.572 std_dev=0.572
N6 B 0, 0.000, 0.573, 1.146, 1.146 max_d=1.146 avg_d=0.573 std_dev=0.573
O4' B 0, 0.000, 0.614, 1.227, 1.227 max_d=1.227 avg_d=0.614 std_dev=0.614
N1 B 0, 0.000, 0.621, 1.241, 1.241 max_d=1.241 avg_d=0.621 std_dev=0.621
O2' B 0, 0.000, 0.627, 1.254, 1.254 max_d=1.254 avg_d=0.627 std_dev=0.627
N3 B 0, 0.000, 0.628, 1.257, 1.257 max_d=1.257 avg_d=0.628 std_dev=0.628
C3' B 0, 0.000, 0.638, 1.276, 1.276 max_d=1.276 avg_d=0.638 std_dev=0.638
C2 B 0, 0.000, 0.649, 1.299, 1.299 max_d=1.299 avg_d=0.649 std_dev=0.649
C4' B 0, 0.000, 0.676, 1.352, 1.352 max_d=1.352 avg_d=0.676 std_dev=0.676
C5' B 0, 0.000, 0.706, 1.411, 1.411 max_d=1.411 avg_d=0.706 std_dev=0.706
O3' B 0, 0.000, 0.775, 1.550, 1.550 max_d=1.550 avg_d=0.775 std_dev=0.775
O5' B 0, 0.000, 1.224, 2.447, 2.447 max_d=2.447 avg_d=1.224 std_dev=1.224
OP1 B 0, 0.000, 1.291, 2.583, 2.583 max_d=2.583 avg_d=1.291 std_dev=1.291
P B 0, 0.000, 1.345, 2.690, 2.690 max_d=2.690 avg_d=1.345 std_dev=1.345
OP2 B 0, 0.000, 1.388, 2.777, 2.777 max_d=2.777 avg_d=1.388 std_dev=1.388

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02
C2 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.03 0.01
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.04 0.02
C4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01
C4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02
C5 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00
C5' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01
C6 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03
N3 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02
N4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01
O2 0.03 0.00 0.06 0.06 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.02 0.02 0.02 0.02 0.05
O2' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03
O3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.03 0.05 0.02 0.00 0.02 0.00 0.07 0.03 0.02
O4' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03
O5' 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.00 0.01 0.05 0.06 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.07 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.00 0.01 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.05 0.03 0.02 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.04 0.12 0.04 0.13 0.03 0.06 0.03 0.09 0.03 0.06 0.06 0.11 0.10 0.09 0.01 0.03 0.19 0.02 0.62 0.58 0.50 0.55
C2 0.12 0.26 0.05 0.04 0.15 0.01 0.09 0.02 0.13 0.03 0.23 0.23 0.06 0.01 0.10 0.11 0.11 0.09 0.71 0.64 0.59 0.64
C2' 0.00 0.08 0.08 0.15 0.02 0.09 0.10 0.11 0.11 0.12 0.00 0.07 0.19 0.16 0.05 0.00 0.21 0.02 0.54 0.47 0.37 0.44
C3' 0.01 0.07 0.08 0.15 0.02 0.08 0.10 0.10 0.10 0.12 0.00 0.06 0.17 0.15 0.05 0.00 0.21 0.01 0.54 0.48 0.39 0.45
C4 0.17 0.31 0.09 0.00 0.21 0.05 0.18 0.03 0.23 0.10 0.31 0.28 0.21 0.10 0.16 0.15 0.07 0.14 0.77 0.68 0.67 0.71
C4' 0.00 0.05 0.08 0.15 0.01 0.09 0.07 0.10 0.08 0.09 0.01 0.05 0.13 0.12 0.03 0.01 0.22 0.01 0.59 0.56 0.48 0.52
C5 0.15 0.28 0.07 0.02 0.18 0.04 0.14 0.01 0.18 0.08 0.26 0.25 0.15 0.07 0.13 0.12 0.09 0.12 0.75 0.67 0.65 0.70
C5' 0.01 0.07 0.07 0.14 0.00 0.07 0.05 0.09 0.04 0.06 0.02 0.06 0.09 0.09 0.01 0.00 0.21 0.00 0.62 0.59 0.53 0.56
C6 0.12 0.24 0.04 0.05 0.14 0.02 0.10 0.01 0.13 0.04 0.21 0.22 0.08 0.02 0.10 0.10 0.12 0.10 0.72 0.65 0.62 0.66
N1 0.10 0.22 0.02 0.06 0.12 0.01 0.06 0.03 0.08 0.01 0.18 0.19 0.02 0.01 0.08 0.09 0.13 0.07 0.69 0.63 0.58 0.62
N3 0.16 0.31 0.08 0.01 0.20 0.04 0.16 0.01 0.22 0.08 0.30 0.27 0.19 0.07 0.15 0.14 0.07 0.12 0.75 0.66 0.64 0.69
N4 0.20 0.34 0.12 0.04 0.25 0.08 0.23 0.06 0.28 0.14 0.34 0.30 0.28 0.15 0.19 0.17 0.04 0.16 0.80 0.69 0.70 0.75
O2 0.10 0.23 0.03 0.06 0.11 0.01 0.04 0.04 0.06 0.00 0.19 0.20 0.04 0.03 0.07 0.10 0.12 0.06 0.68 0.62 0.54 0.60
O2' 0.01 0.03 0.09 0.16 0.05 0.09 0.13 0.11 0.15 0.13 0.07 0.03 0.23 0.18 0.06 0.01 0.21 0.02 0.51 0.47 0.35 0.41
O3' 0.02 0.04 0.09 0.16 0.05 0.09 0.13 0.10 0.14 0.15 0.04 0.04 0.21 0.19 0.07 0.01 0.20 0.03 0.49 0.42 0.32 0.38
O4' 0.03 0.09 0.05 0.13 0.03 0.07 0.03 0.09 0.03 0.04 0.04 0.09 0.08 0.07 0.01 0.01 0.21 0.01 0.64 0.62 0.55 0.59
O5' 0.06 0.13 0.02 0.10 0.06 0.03 0.02 0.04 0.03 0.01 0.09 0.13 0.01 0.03 0.04 0.04 0.17 0.05 0.68 0.63 0.59 0.62
OP1 0.06 0.13 0.04 0.12 0.06 0.04 0.02 0.05 0.03 0.00 0.09 0.12 0.00 0.02 0.04 0.02 0.20 0.05 0.68 0.64 0.61 0.63
OP2 0.11 0.20 0.02 0.07 0.12 0.01 0.09 0.01 0.11 0.05 0.17 0.18 0.08 0.04 0.09 0.07 0.15 0.10 0.74 0.68 0.67 0.70
P 0.05 0.12 0.04 0.13 0.06 0.05 0.02 0.07 0.03 0.01 0.09 0.11 0.00 0.03 0.03 0.01 0.21 0.04 0.68 0.64 0.61 0.64

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.25 0.28 0.06 0.12
C2 0.01 0.00 0.14 0.15 0.01 0.06 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.09 0.21 0.01 0.49 0.47 0.31 0.39
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.08 0.00 0.06 0.02 0.08 0.02 0.12 0.13 0.08 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.30 0.43 0.06 0.23
C3' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.09 0.00 0.07 0.02 0.10 0.02 0.14 0.14 0.10 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.33 0.51 0.06 0.29
C4 0.00 0.01 0.08 0.09 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.12 0.01 0.51 0.47 0.25 0.39
C4' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.06 0.05 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.21 0.26 0.02
C5 0.00 0.00 0.06 0.07 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.10 0.01 0.63 0.55 0.40 0.51
C5' 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.03 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.23 0.34 0.00
C6 0.00 0.01 0.08 0.10 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.15 0.01 0.64 0.58 0.46 0.55
C8 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.64 0.51 0.25 0.46
N1 0.01 0.00 0.12 0.14 0.01 0.06 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.20 0.01 0.57 0.54 0.41 0.48
N3 0.01 0.00 0.13 0.14 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.09 0.18 0.01 0.43 0.42 0.21 0.32
N6 0.01 0.01 0.08 0.10 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.05 0.15 0.00 0.68 0.61 0.54 0.61
N7 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.69 0.59 0.43 0.58
N9 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.48 0.42 0.13 0.32
O2' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.05 0.02 0.08 0.09 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.27 0.07 0.06
O3' 0.01 0.21 0.01 0.01 0.12 0.01 0.10 0.01 0.15 0.01 0.20 0.18 0.15 0.03 0.04 0.01 0.00 0.00 0.21 0.53 0.06 0.26
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.11 0.30 0.07
O5' 0.25 0.49 0.30 0.33 0.51 0.00 0.63 0.01 0.64 0.64 0.57 0.43 0.68 0.69 0.48 0.09 0.21 0.04 0.00 0.03 0.00 0.00
OP1 0.28 0.47 0.43 0.51 0.47 0.21 0.55 0.23 0.58 0.51 0.54 0.42 0.61 0.59 0.42 0.27 0.53 0.11 0.03 0.00 0.00 0.01
OP2 0.06 0.31 0.06 0.06 0.25 0.26 0.40 0.34 0.46 0.25 0.41 0.21 0.54 0.43 0.13 0.07 0.06 0.30 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.12 0.39 0.23 0.29 0.39 0.02 0.51 0.00 0.55 0.46 0.48 0.32 0.61 0.58 0.32 0.06 0.26 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00