ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48410

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C6 A 0, 0.000, 0.017, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C5 A 0, 0.000, 0.018, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.000, 0.025, 0.050, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.025
N1 A 0, 0.000, 0.026, 0.052, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.026
C1' A 0, 0.000, 0.032, 0.063, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.032 std_dev=0.032
C2 A 0, 0.000, 0.035, 0.070, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.035 std_dev=0.035
C2' A 0, 0.000, 0.047, 0.093, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.047 std_dev=0.047
O2 A 0, 0.000, 0.049, 0.099, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.049 std_dev=0.049
C5' A 0, 0.000, 0.056, 0.113, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.056 std_dev=0.056
N4 A 0, 0.000, 0.057, 0.114, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.057 std_dev=0.057
C4' A 0, 0.000, 0.077, 0.155, 0.155 max_d=0.155 avg_d=0.077 std_dev=0.077
C3' A 0, 0.000, 0.090, 0.181, 0.181 max_d=0.181 avg_d=0.090 std_dev=0.090
O2' A 0, 0.000, 0.095, 0.191, 0.191 max_d=0.191 avg_d=0.095 std_dev=0.095
O4' A 0, 0.000, 0.099, 0.198, 0.198 max_d=0.198 avg_d=0.099 std_dev=0.099
OP1 A 0, 0.000, 0.125, 0.250, 0.250 max_d=0.250 avg_d=0.125 std_dev=0.125
O3' A 0, 0.000, 0.125, 0.251, 0.251 max_d=0.251 avg_d=0.125 std_dev=0.125
O5' A 0, 0.000, 0.146, 0.292, 0.292 max_d=0.292 avg_d=0.146 std_dev=0.146
P A 0, 0.000, 0.166, 0.332, 0.332 max_d=0.332 avg_d=0.166 std_dev=0.166
N1 B 0, 0.000, 0.222, 0.444, 0.444 max_d=0.444 avg_d=0.222 std_dev=0.222
C2 B 0, 0.000, 0.266, 0.532, 0.532 max_d=0.532 avg_d=0.266 std_dev=0.266
N6 B 0, 0.000, 0.339, 0.679, 0.679 max_d=0.679 avg_d=0.339 std_dev=0.339
OP2 A 0, 0.000, 0.346, 0.692, 0.692 max_d=0.692 avg_d=0.346 std_dev=0.346
C6 B 0, 0.000, 0.354, 0.708, 0.708 max_d=0.708 avg_d=0.354 std_dev=0.354
N3 B 0, 0.000, 0.403, 0.805, 0.805 max_d=0.805 avg_d=0.403 std_dev=0.403
C5 B 0, 0.000, 0.536, 1.073, 1.073 max_d=1.073 avg_d=0.536 std_dev=0.536
C4 B 0, 0.000, 0.542, 1.084, 1.084 max_d=1.084 avg_d=0.542 std_dev=0.542
O2' B 0, 0.000, 0.700, 1.399, 1.399 max_d=1.399 avg_d=0.700 std_dev=0.700
C2' B 0, 0.000, 0.725, 1.450, 1.450 max_d=1.450 avg_d=0.725 std_dev=0.725
N7 B 0, 0.000, 0.742, 1.484, 1.484 max_d=1.484 avg_d=0.742 std_dev=0.742
N9 B 0, 0.000, 0.746, 1.492, 1.492 max_d=1.492 avg_d=0.746 std_dev=0.746
C1' B 0, 0.000, 0.821, 1.641, 1.641 max_d=1.641 avg_d=0.821 std_dev=0.821
C8 B 0, 0.000, 0.854, 1.708, 1.708 max_d=1.708 avg_d=0.854 std_dev=0.854
C3' B 0, 0.000, 0.859, 1.717, 1.717 max_d=1.717 avg_d=0.859 std_dev=0.859
O3' B 0, 0.000, 0.880, 1.760, 1.760 max_d=1.760 avg_d=0.880 std_dev=0.880
C4' B 0, 0.000, 0.993, 1.987, 1.987 max_d=1.987 avg_d=0.993 std_dev=0.993
O4' B 0, 0.000, 1.002, 2.005, 2.005 max_d=2.005 avg_d=1.002 std_dev=1.002
C5' B 0, 0.000, 1.134, 2.267, 2.267 max_d=2.267 avg_d=1.134 std_dev=1.134
O5' B 0, 0.000, 2.079, 4.158, 4.158 max_d=4.158 avg_d=2.079 std_dev=2.079
OP1 B 0, 0.000, 2.784, 5.568, 5.568 max_d=5.568 avg_d=2.784 std_dev=2.784
P B 0, 0.000, 2.800, 5.600, 5.600 max_d=5.600 avg_d=2.800 std_dev=2.800
OP2 B 0, 0.000, 3.236, 6.473, 6.473 max_d=6.473 avg_d=3.236 std_dev=3.236

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.07 0.07 0.06 0.05
C2 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.11 0.11 0.13 0.12
C2' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.10 0.05
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.04 0.01 0.02 0.05 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.06 0.01
C4 0.02 0.02 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.06 0.06 0.06 0.08 0.08
C4' 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.02 0.06 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01
C5 0.03 0.02 0.02 0.05 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.05 0.07 0.06 0.06 0.06 0.08
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02 0.06 0.01 0.02 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01
C6 0.03 0.02 0.02 0.04 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.07 0.09 0.09 0.09 0.10
N1 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.11 0.10 0.11 0.11
N3 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.03 0.08 0.08 0.10 0.10
N4 0.03 0.01 0.01 0.05 0.01 0.06 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.07 0.04 0.04 0.05 0.06
O2 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.06 0.02 0.02 0.03 0.03 0.00 0.05 0.03 0.03 0.12 0.12 0.15 0.12
O2' 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.08 0.02
O3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.02 0.04 0.00 0.01 0.05 0.03 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.05 0.02
O4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.07 0.02 0.03 0.07 0.03 0.02 0.01 0.00 0.04 0.04 0.03 0.00
O5' 0.07 0.11 0.03 0.02 0.06 0.00 0.06 0.00 0.09 0.11 0.08 0.04 0.12 0.01 0.06 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.07 0.11 0.05 0.03 0.06 0.04 0.06 0.05 0.09 0.10 0.08 0.04 0.12 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.06 0.13 0.10 0.06 0.08 0.00 0.06 0.00 0.09 0.11 0.10 0.05 0.15 0.08 0.05 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.05 0.12 0.05 0.01 0.08 0.01 0.08 0.01 0.10 0.11 0.10 0.06 0.12 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.06 0.03 0.01 0.04 0.04 0.04 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.43 0.48 1.02 0.66
C2 0.06 0.05 0.07 0.04 0.05 0.03 0.05 0.02 0.05 0.05 0.05 0.05 0.03 0.05 0.05 0.09 0.05 0.05 0.48 0.57 1.05 0.73
C2' 0.12 0.09 0.08 0.08 0.11 0.12 0.11 0.16 0.10 0.12 0.09 0.11 0.12 0.12 0.12 0.06 0.05 0.13 0.26 0.28 0.79 0.45
C3' 0.13 0.12 0.09 0.09 0.12 0.12 0.11 0.15 0.10 0.12 0.10 0.13 0.10 0.10 0.13 0.09 0.05 0.14 0.27 0.30 0.83 0.47
C4 0.07 0.05 0.07 0.05 0.06 0.04 0.06 0.01 0.06 0.07 0.05 0.05 0.05 0.07 0.07 0.09 0.06 0.07 0.53 0.68 1.15 0.84
C4' 0.06 0.09 0.02 0.01 0.06 0.04 0.04 0.07 0.05 0.03 0.08 0.09 0.05 0.02 0.05 0.03 0.02 0.06 0.41 0.45 1.02 0.63
C5 0.07 0.03 0.08 0.08 0.06 0.06 0.07 0.02 0.06 0.08 0.04 0.04 0.05 0.09 0.07 0.09 0.09 0.07 0.57 0.71 1.21 0.87
C5' 0.05 0.09 0.00 0.02 0.05 0.02 0.03 0.04 0.04 0.02 0.08 0.08 0.05 0.01 0.04 0.01 0.05 0.04 0.45 0.52 1.09 0.69
C6 0.06 0.02 0.08 0.08 0.05 0.06 0.06 0.02 0.05 0.07 0.03 0.03 0.04 0.08 0.06 0.09 0.10 0.07 0.55 0.67 1.19 0.83
N1 0.05 0.02 0.06 0.05 0.04 0.04 0.04 0.01 0.04 0.05 0.02 0.02 0.02 0.05 0.04 0.07 0.07 0.04 0.50 0.58 1.10 0.75
N3 0.06 0.05 0.06 0.03 0.05 0.02 0.05 0.03 0.05 0.05 0.05 0.04 0.04 0.05 0.05 0.08 0.04 0.05 0.49 0.61 1.07 0.77
N4 0.08 0.06 0.08 0.06 0.07 0.05 0.07 0.00 0.07 0.08 0.06 0.06 0.06 0.09 0.08 0.09 0.06 0.08 0.54 0.72 1.16 0.87
O2 0.04 0.06 0.05 0.01 0.04 0.01 0.02 0.05 0.03 0.02 0.06 0.05 0.02 0.01 0.03 0.07 0.02 0.03 0.42 0.47 0.94 0.64
O2' 0.18 0.16 0.13 0.14 0.18 0.17 0.18 0.21 0.17 0.19 0.16 0.17 0.18 0.18 0.18 0.11 0.10 0.19 0.17 0.16 0.67 0.33
O3' 0.21 0.17 0.16 0.15 0.19 0.19 0.17 0.23 0.15 0.19 0.15 0.19 0.15 0.17 0.20 0.16 0.12 0.22 0.15 0.15 0.68 0.32
O4' 0.02 0.08 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.06 0.06 0.02 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.49 0.54 1.12 0.73
O5' 0.09 0.12 0.05 0.04 0.10 0.07 0.08 0.11 0.09 0.07 0.11 0.12 0.10 0.06 0.09 0.05 0.01 0.09 0.40 0.49 1.05 0.66
OP1 0.10 0.14 0.05 0.03 0.11 0.07 0.09 0.10 0.09 0.07 0.12 0.13 0.10 0.06 0.09 0.06 0.01 0.10 0.41 0.51 1.08 0.68
OP2 0.08 0.11 0.02 0.00 0.09 0.05 0.07 0.08 0.08 0.05 0.10 0.11 0.08 0.04 0.07 0.03 0.04 0.07 0.45 0.60 1.13 0.75
P 0.06 0.10 0.01 0.01 0.07 0.03 0.05 0.06 0.06 0.04 0.09 0.09 0.07 0.03 0.05 0.01 0.05 0.05 0.47 0.59 1.14 0.75

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.11 0.02 0.24 0.10
C2 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.29 0.19 0.65 0.37
C2' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.19 0.00 0.33 0.15
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.26 0.08 0.33 0.22
C4 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.29 0.21 0.60 0.38
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.14 0.03 0.06
C5 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.37 0.35 0.76 0.52
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.06 0.06 0.06 0.04 0.05 0.07 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.13 0.01
C6 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.39 0.38 0.84 0.56
C8 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.35 0.32 0.62 0.47
N1 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.35 0.30 0.78 0.49
N3 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.00 0.25 0.13 0.54 0.30
N6 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.00 0.03 0.45 0.49 0.96 0.67
N7 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.40 0.42 0.79 0.58
N9 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.26 0.17 0.49 0.32
O2' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.21 0.12 0.06
O3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.21 0.01 0.27 0.14
O4' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.04 0.02
O5' 0.11 0.29 0.19 0.26 0.29 0.01 0.37 0.01 0.39 0.35 0.35 0.25 0.45 0.40 0.26 0.03 0.21 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.02 0.19 0.00 0.08 0.21 0.14 0.35 0.01 0.38 0.32 0.30 0.13 0.49 0.42 0.17 0.21 0.01 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01
OP2 0.24 0.65 0.33 0.33 0.60 0.03 0.76 0.13 0.84 0.62 0.78 0.54 0.96 0.79 0.49 0.12 0.27 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.10 0.37 0.15 0.22 0.38 0.06 0.52 0.01 0.56 0.47 0.49 0.30 0.67 0.58 0.32 0.06 0.14 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00