ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48414

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 7, 16, 10, 15, 19, 14, 11, 12, 9, 11, 7, 8, 3, 1, 1, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N4 A 0, -0.350, 0.118, 0.586, 4.347 max_d=4.347 avg_d=0.118 std_dev=0.468
N4 B 0, 0.151, 0.644, 1.137, 4.065 max_d=4.065 avg_d=0.644 std_dev=0.493
N3 A 0, -0.475, 0.073, 0.621, 4.860 max_d=4.860 avg_d=0.073 std_dev=0.548
N3 B 0, 0.218, 0.789, 1.361, 4.735 max_d=4.735 avg_d=0.789 std_dev=0.572
C4 A 0, -0.516, 0.093, 0.702, 5.384 max_d=5.384 avg_d=0.093 std_dev=0.609
C4 B 0, 0.074, 0.706, 1.339, 5.306 max_d=5.306 avg_d=0.706 std_dev=0.633
O2 A 0, -0.522, 0.130, 0.781, 5.659 max_d=5.659 avg_d=0.130 std_dev=0.652
O2 B 0, 0.329, 1.001, 1.673, 5.720 max_d=5.720 avg_d=1.001 std_dev=0.672
C2 A 0, -0.604, 0.106, 0.815, 6.133 max_d=6.133 avg_d=0.106 std_dev=0.709
C2 B 0, 0.153, 0.877, 1.601, 6.200 max_d=6.200 avg_d=0.877 std_dev=0.724
C5 B 0, -0.095, 0.775, 1.646, 7.615 max_d=7.615 avg_d=0.775 std_dev=0.870
C5 A 0, -0.763, 0.109, 0.982, 7.550 max_d=7.550 avg_d=0.109 std_dev=0.873
N1 B 0, -0.092, 0.888, 1.868, 8.565 max_d=8.565 avg_d=0.888 std_dev=0.980
N1 A 0, -0.851, 0.131, 1.114, 8.514 max_d=8.514 avg_d=0.131 std_dev=0.982
C6 B 0, -0.192, 0.861, 1.914, 9.267 max_d=9.267 avg_d=0.861 std_dev=1.053
C6 A 0, -0.917, 0.145, 1.207, 9.187 max_d=9.187 avg_d=0.145 std_dev=1.062
C1' B 0, -0.183, 0.994, 2.171, 10.391 max_d=10.391 avg_d=0.994 std_dev=1.177
C1' A 0, -1.035, 0.162, 1.360, 10.425 max_d=10.425 avg_d=0.162 std_dev=1.198
C2' B 0, -0.241, 1.031, 2.304, 11.337 max_d=11.337 avg_d=1.031 std_dev=1.272
C2' A 0, -0.968, 0.313, 1.594, 11.284 max_d=11.284 avg_d=0.313 std_dev=1.281
O2' B 0, -0.165, 1.136, 2.437, 11.651 max_d=11.651 avg_d=1.136 std_dev=1.301
O2' A 0, -0.937, 0.391, 1.720, 11.871 max_d=11.871 avg_d=0.391 std_dev=1.328
O4' B 0, -0.368, 1.067, 2.501, 12.714 max_d=12.714 avg_d=1.067 std_dev=1.435
O4' A 0, -1.166, 0.290, 1.745, 12.695 max_d=12.695 avg_d=0.290 std_dev=1.455
C3' A 0, -1.103, 0.447, 1.997, 13.615 max_d=13.615 avg_d=0.447 std_dev=1.550
C3' B 0, -0.468, 1.086, 2.639, 13.851 max_d=13.851 avg_d=1.086 std_dev=1.553
C4' B 0, -0.509, 1.150, 2.809, 14.761 max_d=14.761 avg_d=1.150 std_dev=1.659
C4' A 0, -1.263, 0.409, 2.081, 14.615 max_d=14.615 avg_d=0.409 std_dev=1.672
OP2 A 0, -0.906, 0.810, 2.525, 15.307 max_d=15.307 avg_d=0.810 std_dev=1.716
O5' A 0, -1.177, 0.571, 2.319, 15.458 max_d=15.458 avg_d=0.571 std_dev=1.748
O5' B 0, -0.202, 1.552, 3.305, 15.413 max_d=15.413 avg_d=1.552 std_dev=1.754
O3' A 0, -1.106, 0.654, 2.415, 15.558 max_d=15.558 avg_d=0.654 std_dev=1.761
OP2 B 0, -0.129, 1.637, 3.403, 15.250 max_d=15.250 avg_d=1.637 std_dev=1.766
O3' B 0, -0.589, 1.187, 2.962, 15.863 max_d=15.863 avg_d=1.187 std_dev=1.775
C5' B 0, -0.643, 1.220, 3.083, 16.624 max_d=16.624 avg_d=1.220 std_dev=1.863
C5' A 0, -1.334, 0.545, 2.425, 16.516 max_d=16.516 avg_d=0.545 std_dev=1.880
P A 0, -1.113, 0.793, 2.699, 16.922 max_d=16.922 avg_d=0.793 std_dev=1.906
P B 0, -0.234, 1.707, 3.647, 16.925 max_d=16.925 avg_d=1.707 std_dev=1.940
OP1 A 0, -1.241, 0.971, 3.183, 19.651 max_d=19.651 avg_d=0.971 std_dev=2.212
OP1 B 0, -0.332, 1.924, 4.180, 19.526 max_d=19.526 avg_d=1.924 std_dev=2.256

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.05 0.05 0.09 0.05
C2 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.07 0.02 0.07 0.07 0.11 0.08
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.08 0.01 0.08 0.01 0.07 0.04 0.06 0.09 0.07 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.06 0.04
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.13 0.00 0.15 0.01 0.13 0.07 0.10 0.15 0.06 0.01 0.01 0.01 0.04 0.07 0.07 0.05
C4 0.01 0.00 0.08 0.13 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.17 0.02 0.11 0.12 0.15 0.13
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.07 0.04 0.04 0.07 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.04 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.08 0.15 0.00 0.08 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.19 0.02 0.12 0.13 0.15 0.13
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.08 0.00 0.10 0.00 0.08 0.04 0.06 0.09 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.07 0.13 0.00 0.07 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.16 0.02 0.10 0.10 0.12 0.10
N1 0.01 0.01 0.04 0.07 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.01 0.06 0.07 0.10 0.07
N3 0.01 0.00 0.06 0.10 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.12 0.02 0.08 0.09 0.13 0.10
N4 0.01 0.01 0.09 0.15 0.00 0.07 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.20 0.02 0.12 0.14 0.17 0.15
O2 0.02 0.00 0.07 0.06 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.10 0.08 0.03 0.06 0.07 0.11 0.07
O2' 0.02 0.05 0.00 0.01 0.05 0.04 0.05 0.04 0.04 0.02 0.05 0.06 0.10 0.00 0.03 0.04 0.04 0.07 0.06 0.04
O3' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.17 0.02 0.19 0.03 0.16 0.08 0.12 0.20 0.08 0.03 0.00 0.01 0.08 0.11 0.13 0.09
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.00 0.05 0.05 0.09 0.06
O5' 0.05 0.07 0.03 0.04 0.11 0.01 0.12 0.01 0.10 0.06 0.08 0.12 0.06 0.04 0.08 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.05 0.07 0.06 0.07 0.12 0.04 0.13 0.04 0.10 0.07 0.09 0.14 0.07 0.07 0.11 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.09 0.11 0.06 0.07 0.15 0.03 0.15 0.02 0.12 0.10 0.13 0.17 0.11 0.06 0.13 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.08 0.04 0.05 0.13 0.02 0.13 0.01 0.10 0.07 0.10 0.15 0.07 0.04 0.09 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.21 0.23 0.20 0.15 0.34 0.17 0.34 0.20 0.26 0.22 0.27 0.45 0.26 0.31 0.13 0.20 0.57 0.62 0.73 0.64
C2 0.21 0.21 0.22 0.16 0.34 0.16 0.33 0.20 0.23 0.18 0.24 0.49 0.30 0.35 0.18 0.18 0.59 0.63 0.73 0.66
C2' 0.20 0.21 0.19 0.16 0.36 0.17 0.35 0.20 0.27 0.21 0.27 0.46 0.22 0.29 0.15 0.20 0.49 0.52 0.63 0.54
C3' 0.22 0.20 0.20 0.15 0.27 0.19 0.28 0.19 0.22 0.19 0.20 0.36 0.25 0.32 0.15 0.21 0.47 0.50 0.60 0.52
C4 0.41 0.42 0.43 0.34 0.24 0.34 0.23 0.31 0.24 0.35 0.35 0.27 0.56 0.53 0.37 0.35 0.69 0.73 0.78 0.75
C4' 0.22 0.21 0.20 0.14 0.26 0.17 0.26 0.18 0.21 0.20 0.22 0.34 0.26 0.31 0.13 0.20 0.55 0.60 0.70 0.62
C5 0.39 0.40 0.39 0.31 0.22 0.32 0.21 0.29 0.24 0.33 0.33 0.21 0.52 0.49 0.33 0.34 0.69 0.74 0.79 0.75
C5' 0.24 0.22 0.23 0.14 0.19 0.18 0.19 0.18 0.17 0.20 0.19 0.24 0.30 0.34 0.14 0.22 0.58 0.64 0.73 0.65
C6 0.29 0.28 0.29 0.21 0.18 0.22 0.19 0.22 0.17 0.23 0.22 0.24 0.40 0.41 0.23 0.25 0.64 0.69 0.76 0.71
N1 0.22 0.21 0.22 0.15 0.27 0.16 0.27 0.19 0.20 0.18 0.20 0.38 0.30 0.35 0.16 0.19 0.59 0.65 0.74 0.67
N3 0.31 0.29 0.33 0.25 0.27 0.24 0.27 0.23 0.20 0.24 0.24 0.42 0.44 0.45 0.29 0.25 0.63 0.67 0.74 0.70
N4 0.54 0.58 0.56 0.47 0.35 0.46 0.31 0.42 0.37 0.49 0.52 0.29 0.71 0.64 0.50 0.47 0.75 0.79 0.80 0.80
O2 0.20 0.26 0.19 0.17 0.49 0.18 0.47 0.24 0.35 0.26 0.38 0.64 0.23 0.29 0.15 0.20 0.57 0.60 0.72 0.64
O2' 0.24 0.30 0.21 0.22 0.46 0.22 0.44 0.25 0.36 0.29 0.38 0.55 0.26 0.27 0.20 0.24 0.52 0.55 0.67 0.57
O3' 0.22 0.20 0.20 0.16 0.29 0.20 0.30 0.20 0.24 0.20 0.22 0.37 0.23 0.30 0.17 0.22 0.42 0.44 0.54 0.45
O4' 0.22 0.23 0.21 0.15 0.28 0.17 0.28 0.20 0.22 0.21 0.24 0.36 0.28 0.32 0.13 0.20 0.60 0.67 0.77 0.68
O5' 0.28 0.27 0.27 0.19 0.15 0.22 0.15 0.20 0.17 0.23 0.22 0.16 0.36 0.38 0.19 0.26 0.62 0.68 0.74 0.69
OP1 0.32 0.31 0.30 0.22 0.19 0.26 0.17 0.24 0.21 0.27 0.26 0.15 0.39 0.40 0.21 0.30 0.66 0.72 0.78 0.73
OP2 0.42 0.43 0.41 0.33 0.30 0.36 0.26 0.33 0.31 0.38 0.39 0.25 0.51 0.49 0.33 0.39 0.75 0.81 0.84 0.81
P 0.34 0.33 0.32 0.23 0.19 0.26 0.17 0.23 0.21 0.29 0.29 0.15 0.42 0.42 0.23 0.31 0.68 0.75 0.80 0.75

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.19 0.18 0.13 0.15
C2 0.01 0.00 0.06 0.09 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.09 0.02 0.44 0.39 0.34 0.41
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.02 0.06 0.02 0.04 0.04 0.11 0.00 0.01 0.01 0.28 0.27 0.12 0.23
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.08 0.00 0.10 0.03 0.09 0.05 0.09 0.09 0.12 0.02 0.01 0.01 0.37 0.35 0.12 0.29
C4 0.01 0.00 0.03 0.08 0.00 0.06 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.10 0.02 0.62 0.59 0.57 0.62
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.07 0.03 0.05 0.07 0.04 0.04 0.03 0.00 0.02 0.10 0.26 0.02
C5 0.01 0.00 0.05 0.10 0.00 0.07 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.11 0.03 0.64 0.59 0.54 0.62
C5' 0.02 0.09 0.02 0.03 0.14 0.01 0.16 0.00 0.13 0.08 0.12 0.16 0.07 0.03 0.05 0.01 0.01 0.15 0.40 0.01
C6 0.01 0.01 0.06 0.09 0.00 0.07 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.10 0.03 0.56 0.48 0.35 0.49
N1 0.00 0.01 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.42 0.36 0.26 0.36
N3 0.01 0.00 0.04 0.09 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.10 0.02 0.55 0.50 0.48 0.52
N4 0.01 0.01 0.04 0.09 0.00 0.07 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.11 0.02 0.66 0.65 0.67 0.68
O2 0.03 0.00 0.11 0.12 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.10 0.14 0.04 0.35 0.31 0.28 0.32
O2' 0.02 0.06 0.00 0.02 0.05 0.04 0.04 0.03 0.04 0.03 0.06 0.05 0.10 0.00 0.04 0.04 0.10 0.14 0.11 0.09
O3' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.10 0.03 0.11 0.05 0.10 0.05 0.10 0.11 0.14 0.04 0.00 0.02 0.27 0.32 0.15 0.24
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.04 0.04 0.02 0.00 0.04 0.07 0.27 0.06
O5' 0.19 0.44 0.28 0.37 0.62 0.02 0.64 0.01 0.56 0.42 0.55 0.66 0.35 0.10 0.27 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.18 0.39 0.27 0.35 0.59 0.10 0.59 0.15 0.48 0.36 0.50 0.65 0.31 0.14 0.32 0.07 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.13 0.34 0.12 0.12 0.57 0.26 0.54 0.40 0.35 0.26 0.48 0.67 0.28 0.11 0.15 0.27 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.15 0.41 0.23 0.29 0.62 0.02 0.62 0.01 0.49 0.36 0.52 0.68 0.32 0.09 0.24 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00