ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48415

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 6, 13, 5, 12, 14, 14, 5, 3, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.007, 0.010, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.003, 0.006, 0.009, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.008, 0.016, 0.025, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.016 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.013, 0.025, 0.036, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.025 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.014, 0.026, 0.038, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.026 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.011, 0.024, 0.036, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.024 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.012, 0.025, 0.038, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.025 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.034, 0.064, 0.094, 0.177 max_d=0.177 avg_d=0.064 std_dev=0.030
N4 A 0, 0.044, 0.091, 0.138, 0.253 max_d=0.253 avg_d=0.091 std_dev=0.047
O4' A 0, 0.017, 0.067, 0.116, 0.315 max_d=0.315 avg_d=0.067 std_dev=0.050
C2' A 0, 0.040, 0.095, 0.150, 0.392 max_d=0.392 avg_d=0.095 std_dev=0.055
C4' A 0, 0.033, 0.109, 0.185, 0.470 max_d=0.470 avg_d=0.109 std_dev=0.076
O2' A 0, 0.075, 0.152, 0.228, 0.429 max_d=0.429 avg_d=0.152 std_dev=0.077
C3' A 0, 0.033, 0.117, 0.201, 0.572 max_d=0.572 avg_d=0.117 std_dev=0.084
C5' A 0, 0.053, 0.171, 0.288, 0.812 max_d=0.812 avg_d=0.171 std_dev=0.117
O3' A 0, 0.052, 0.176, 0.301, 0.842 max_d=0.842 avg_d=0.176 std_dev=0.124
O5' A 0, 0.055, 0.180, 0.306, 0.919 max_d=0.919 avg_d=0.180 std_dev=0.126
N3 B 0, 0.205, 0.363, 0.521, 0.758 max_d=0.758 avg_d=0.363 std_dev=0.158
C4 B 0, 0.187, 0.369, 0.552, 0.736 max_d=0.736 avg_d=0.369 std_dev=0.183
P A 0, 0.090, 0.277, 0.465, 1.161 max_d=1.161 avg_d=0.277 std_dev=0.187
OP1 A 0, 0.096, 0.297, 0.499, 1.259 max_d=1.259 avg_d=0.297 std_dev=0.202
C2 B 0, 0.229, 0.437, 0.645, 1.099 max_d=1.099 avg_d=0.437 std_dev=0.208
C6 B 0, 0.243, 0.459, 0.675, 0.999 max_d=0.999 avg_d=0.459 std_dev=0.216
N1 B 0, 0.241, 0.463, 0.685, 1.173 max_d=1.173 avg_d=0.463 std_dev=0.222
C5 B 0, 0.218, 0.441, 0.664, 0.824 max_d=0.824 avg_d=0.441 std_dev=0.223
N4 B 0, 0.199, 0.424, 0.649, 0.874 max_d=0.874 avg_d=0.424 std_dev=0.225
OP2 A 0, 0.134, 0.362, 0.589, 1.214 max_d=1.214 avg_d=0.362 std_dev=0.228
O2 B 0, 0.272, 0.554, 0.836, 1.400 max_d=1.400 avg_d=0.554 std_dev=0.282
C1' B 0, 0.287, 0.582, 0.877, 1.521 max_d=1.521 avg_d=0.582 std_dev=0.295
O4' B 0, 0.297, 0.606, 0.915, 1.586 max_d=1.586 avg_d=0.606 std_dev=0.309
C2' B 0, 0.335, 0.703, 1.072, 1.782 max_d=1.782 avg_d=0.703 std_dev=0.369
C3' B 0, 0.353, 0.806, 1.259, 2.084 max_d=2.084 avg_d=0.806 std_dev=0.453
C4' B 0, 0.380, 0.861, 1.343, 2.175 max_d=2.175 avg_d=0.861 std_dev=0.482
O2' B 0, 0.441, 0.956, 1.471, 2.192 max_d=2.192 avg_d=0.956 std_dev=0.515
O5' B 0, 0.399, 0.931, 1.463, 2.301 max_d=2.301 avg_d=0.931 std_dev=0.532
C5' B 0, 0.438, 1.022, 1.605, 2.453 max_d=2.453 avg_d=1.022 std_dev=0.584
O3' B 0, 0.442, 1.062, 1.682, 2.605 max_d=2.605 avg_d=1.062 std_dev=0.620
P B 0, 0.534, 1.238, 1.943, 2.656 max_d=2.656 avg_d=1.238 std_dev=0.704
OP2 B 0, 0.596, 1.320, 2.044, 2.571 max_d=2.571 avg_d=1.320 std_dev=0.724
OP1 B 0, 0.652, 1.598, 2.544, 3.345 max_d=3.345 avg_d=1.598 std_dev=0.946

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.04 0.06 0.03
C2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.06 0.01 0.06 0.07 0.10 0.06
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.05 0.05 0.06 0.00 0.02 0.00 0.05 0.08 0.07 0.05
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.05 0.02 0.05 0.06 0.06 0.02 0.01 0.01 0.06 0.10 0.08 0.07
C4 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.05 0.02 0.08 0.10 0.13 0.10
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.04 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.06 0.02 0.08 0.10 0.13 0.10
C5' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.06 0.01 0.07 0.00 0.06 0.03 0.04 0.07 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.07 0.08 0.10 0.08
N1 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.05 0.06 0.08 0.06
N3 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.06 0.01 0.07 0.08 0.12 0.08
N4 0.01 0.01 0.05 0.06 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.06 0.02 0.08 0.11 0.14 0.11
O2 0.02 0.00 0.06 0.06 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.09 0.02 0.05 0.06 0.09 0.06
O2' 0.01 0.05 0.00 0.02 0.04 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.05 0.05 0.07 0.00 0.06 0.03 0.05 0.08 0.06 0.05
O3' 0.02 0.06 0.02 0.01 0.05 0.01 0.06 0.02 0.05 0.03 0.06 0.06 0.09 0.06 0.00 0.02 0.08 0.16 0.14 0.12
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.00 0.05 0.05 0.07 0.06
O5' 0.04 0.06 0.05 0.06 0.08 0.01 0.08 0.01 0.07 0.05 0.07 0.08 0.05 0.05 0.08 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.07 0.08 0.10 0.10 0.04 0.10 0.03 0.08 0.06 0.08 0.11 0.06 0.08 0.16 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.10 0.07 0.08 0.13 0.02 0.13 0.01 0.10 0.08 0.12 0.14 0.09 0.06 0.14 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.06 0.05 0.07 0.10 0.01 0.10 0.01 0.08 0.06 0.08 0.11 0.06 0.05 0.12 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.19 0.18 0.19 0.10 0.12 0.12 0.12 0.09 0.13 0.16 0.16 0.11 0.21 0.32 0.12 0.16 0.20 0.35 0.57 0.38
C2 0.16 0.17 0.16 0.09 0.11 0.10 0.10 0.13 0.12 0.15 0.15 0.10 0.19 0.26 0.09 0.14 0.23 0.40 0.61 0.42
C2' 0.23 0.21 0.24 0.15 0.13 0.18 0.13 0.10 0.16 0.20 0.18 0.11 0.26 0.38 0.18 0.21 0.15 0.27 0.52 0.32
C3' 0.22 0.21 0.23 0.14 0.13 0.17 0.12 0.09 0.14 0.19 0.18 0.11 0.26 0.38 0.17 0.20 0.17 0.32 0.57 0.35
C4 0.14 0.16 0.13 0.13 0.13 0.12 0.11 0.23 0.12 0.14 0.16 0.11 0.18 0.20 0.14 0.13 0.32 0.56 0.73 0.54
C4' 0.20 0.19 0.21 0.11 0.13 0.14 0.12 0.09 0.14 0.17 0.16 0.11 0.23 0.35 0.14 0.18 0.20 0.36 0.59 0.38
C5 0.15 0.16 0.14 0.12 0.13 0.11 0.12 0.22 0.12 0.14 0.16 0.12 0.18 0.22 0.13 0.14 0.32 0.56 0.73 0.54
C5' 0.18 0.17 0.18 0.09 0.11 0.11 0.10 0.12 0.11 0.15 0.15 0.10 0.21 0.32 0.11 0.15 0.25 0.44 0.66 0.45
C6 0.16 0.17 0.15 0.10 0.12 0.10 0.11 0.17 0.12 0.15 0.16 0.11 0.19 0.26 0.10 0.14 0.28 0.49 0.68 0.49
N1 0.17 0.17 0.17 0.09 0.12 0.10 0.11 0.13 0.12 0.15 0.16 0.11 0.20 0.28 0.09 0.15 0.24 0.42 0.62 0.43
N3 0.15 0.16 0.14 0.10 0.11 0.10 0.10 0.18 0.11 0.14 0.15 0.09 0.18 0.22 0.11 0.13 0.28 0.48 0.67 0.47
N4 0.15 0.16 0.14 0.18 0.14 0.17 0.13 0.29 0.13 0.14 0.16 0.13 0.17 0.17 0.20 0.14 0.37 0.64 0.78 0.60
O2 0.18 0.17 0.18 0.10 0.11 0.12 0.11 0.09 0.13 0.16 0.15 0.11 0.20 0.30 0.12 0.16 0.19 0.31 0.54 0.35
O2' 0.26 0.23 0.28 0.20 0.15 0.23 0.15 0.15 0.18 0.22 0.20 0.13 0.28 0.43 0.24 0.24 0.14 0.21 0.46 0.26
O3' 0.28 0.25 0.29 0.20 0.15 0.23 0.14 0.13 0.18 0.23 0.21 0.12 0.31 0.45 0.24 0.25 0.14 0.26 0.53 0.30
O4' 0.17 0.17 0.18 0.09 0.12 0.11 0.12 0.11 0.13 0.15 0.15 0.12 0.19 0.31 0.10 0.15 0.23 0.40 0.61 0.42
O5' 0.15 0.15 0.16 0.09 0.10 0.09 0.09 0.16 0.10 0.13 0.14 0.09 0.19 0.28 0.09 0.13 0.29 0.50 0.71 0.50
OP1 0.15 0.15 0.16 0.09 0.10 0.09 0.09 0.17 0.10 0.13 0.13 0.09 0.19 0.29 0.09 0.12 0.30 0.54 0.74 0.53
OP2 0.13 0.14 0.13 0.11 0.10 0.11 0.10 0.24 0.10 0.12 0.13 0.10 0.17 0.23 0.11 0.11 0.36 0.62 0.79 0.59
P 0.14 0.15 0.15 0.08 0.10 0.08 0.09 0.18 0.10 0.13 0.14 0.09 0.19 0.27 0.08 0.12 0.31 0.55 0.74 0.54

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.05 0.03 0.14 0.09
C2 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.10 0.04 0.02 0.17 0.18 0.36 0.25
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.01 0.03 0.04 0.06 0.00 0.01 0.00 0.08 0.05 0.10 0.08
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.07 0.00 0.09 0.03 0.08 0.05 0.06 0.07 0.05 0.02 0.01 0.02 0.09 0.06 0.07 0.07
C4 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.08 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.07 0.02 0.27 0.37 0.53 0.41
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.08 0.00 0.10 0.00 0.10 0.04 0.04 0.08 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.06 0.03 0.02
C5 0.01 0.00 0.04 0.09 0.00 0.10 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.10 0.02 0.28 0.39 0.52 0.42
C5' 0.02 0.09 0.02 0.03 0.19 0.00 0.22 0.00 0.19 0.11 0.14 0.21 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.07 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.08 0.00 0.10 0.00 0.19 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.09 0.02 0.23 0.28 0.39 0.32
N1 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.16 0.17 0.30 0.22
N3 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.10 0.05 0.02 0.22 0.28 0.46 0.34
N4 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.08 0.00 0.21 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.10 0.07 0.02 0.29 0.43 0.60 0.46
O2 0.02 0.00 0.06 0.05 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.13 0.07 0.03 0.12 0.11 0.30 0.18
O2' 0.01 0.10 0.00 0.02 0.08 0.04 0.05 0.04 0.03 0.04 0.10 0.10 0.13 0.00 0.03 0.05 0.07 0.06 0.09 0.07
O3' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.07 0.01 0.10 0.03 0.09 0.04 0.05 0.07 0.07 0.03 0.00 0.01 0.12 0.09 0.07 0.08
O4' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.05 0.01 0.00 0.07 0.07 0.06 0.04
O5' 0.05 0.17 0.08 0.09 0.27 0.01 0.28 0.00 0.23 0.16 0.22 0.29 0.12 0.07 0.12 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.18 0.05 0.06 0.37 0.06 0.39 0.07 0.28 0.17 0.28 0.43 0.11 0.06 0.09 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.14 0.36 0.10 0.07 0.53 0.03 0.52 0.01 0.39 0.30 0.46 0.60 0.30 0.09 0.07 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.09 0.25 0.08 0.07 0.41 0.02 0.42 0.01 0.32 0.22 0.34 0.46 0.18 0.07 0.08 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00