ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48416

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 3, 7, 15, 10, 4, 6, 1, 3, 2, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N4 A 0, -0.875, 0.541, 1.957, 4.871 max_d=4.871 avg_d=0.541 std_dev=1.416
N4 B 0, -0.518, 0.899, 2.316, 4.950 max_d=4.950 avg_d=0.899 std_dev=1.417
N3 A 0, -1.010, 0.550, 2.111, 5.204 max_d=5.204 avg_d=0.550 std_dev=1.560
N3 B 0, -0.715, 0.861, 2.438, 5.355 max_d=5.355 avg_d=0.861 std_dev=1.576
O2 B 0, -0.640, 1.087, 2.814, 6.002 max_d=6.002 avg_d=1.087 std_dev=1.727
O2 A 0, -1.091, 0.643, 2.377, 5.807 max_d=5.807 avg_d=0.643 std_dev=1.734
C4 A 0, -1.117, 0.624, 2.364, 5.843 max_d=5.843 avg_d=0.624 std_dev=1.741
C4 B 0, -0.807, 0.937, 2.682, 5.910 max_d=5.910 avg_d=0.937 std_dev=1.744
C2 B 0, -0.864, 1.049, 2.963, 6.500 max_d=6.500 avg_d=1.049 std_dev=1.914
C2 A 0, -1.230, 0.685, 2.601, 6.400 max_d=6.400 avg_d=0.685 std_dev=1.915
C5 B 0, -1.171, 1.217, 3.606, 8.032 max_d=8.032 avg_d=1.217 std_dev=2.388
C5 A 0, -1.570, 0.850, 3.270, 8.042 max_d=8.042 avg_d=0.850 std_dev=2.420
N1 B 0, -1.274, 1.317, 3.908, 8.697 max_d=8.697 avg_d=1.317 std_dev=2.591
N1 A 0, -1.691, 0.928, 3.547, 8.683 max_d=8.683 avg_d=0.928 std_dev=2.619
C6 B 0, -1.443, 1.395, 4.233, 9.486 max_d=9.486 avg_d=1.395 std_dev=2.838
C6 A 0, -1.854, 1.020, 3.894, 9.511 max_d=9.511 avg_d=1.020 std_dev=2.874
C1' B 0, -1.466, 1.612, 4.690, 10.378 max_d=10.378 avg_d=1.612 std_dev=3.078
C1' A 0, -2.024, 1.113, 4.249, 10.344 max_d=10.344 avg_d=1.113 std_dev=3.137
C2' B 0, -1.514, 1.763, 5.040, 11.197 max_d=11.197 avg_d=1.763 std_dev=3.277
O2' B 0, -1.411, 1.941, 5.293, 11.550 max_d=11.550 avg_d=1.941 std_dev=3.352
C2' A 0, -2.095, 1.290, 4.675, 11.264 max_d=11.264 avg_d=1.290 std_dev=3.385
O2' A 0, -2.072, 1.378, 4.828, 11.520 max_d=11.520 avg_d=1.378 std_dev=3.450
O4' B 0, -1.837, 1.936, 5.709, 12.701 max_d=12.701 avg_d=1.936 std_dev=3.773
O4' A 0, -2.401, 1.441, 5.283, 12.687 max_d=12.687 avg_d=1.441 std_dev=3.842
C3' B 0, -1.928, 2.088, 6.104, 13.652 max_d=13.652 avg_d=2.088 std_dev=4.016
C3' A 0, -2.547, 1.600, 5.747, 13.760 max_d=13.760 avg_d=1.600 std_dev=4.147
C4' B 0, -2.085, 2.242, 6.570, 14.619 max_d=14.619 avg_d=2.242 std_dev=4.327
C4' A 0, -2.719, 1.718, 6.155, 14.671 max_d=14.671 avg_d=1.718 std_dev=4.437
O3' B 0, -2.152, 2.410, 6.973, 15.604 max_d=15.604 avg_d=2.410 std_dev=4.563
OP2 A 0, -2.495, 2.155, 6.805, 15.916 max_d=15.916 avg_d=2.155 std_dev=4.650
O5' A 0, -2.758, 1.948, 6.654, 15.742 max_d=15.742 avg_d=1.948 std_dev=4.706
O3' A 0, -2.836, 1.895, 6.626, 15.718 max_d=15.718 avg_d=1.895 std_dev=4.731
O5' B 0, -2.396, 2.411, 7.219, 17.002 max_d=17.002 avg_d=2.411 std_dev=4.808
C5' B 0, -2.370, 2.504, 7.377, 16.498 max_d=16.498 avg_d=2.504 std_dev=4.874
C5' A 0, -2.979, 2.048, 7.076, 16.716 max_d=16.716 avg_d=2.048 std_dev=5.028
OP2 B 0, -2.548, 2.546, 7.639, 19.568 max_d=19.568 avg_d=2.546 std_dev=5.093
P A 0, -2.899, 2.260, 7.418, 17.409 max_d=17.409 avg_d=2.260 std_dev=5.159
P B 0, -2.661, 2.684, 8.029, 19.300 max_d=19.300 avg_d=2.684 std_dev=5.345
OP1 B 0, -2.929, 3.003, 8.934, 21.245 max_d=21.245 avg_d=3.003 std_dev=5.931
OP1 A 0, -3.345, 2.618, 8.580, 20.026 max_d=20.026 avg_d=2.618 std_dev=5.963

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.06 0.09 0.06
C2 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.06 0.02 0.14 0.16 0.21 0.16
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.07 0.00 0.01 0.00 0.05 0.09 0.08 0.05
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.06 0.00 0.06 0.02 0.06 0.03 0.06 0.06 0.08 0.01 0.01 0.01 0.04 0.11 0.07 0.06
C4 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.06 0.02 0.18 0.24 0.29 0.23
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.05 0.03 0.04 0.05 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.05 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.07 0.02 0.18 0.23 0.28 0.23
C5' 0.02 0.07 0.01 0.02 0.11 0.00 0.12 0.00 0.11 0.07 0.09 0.12 0.05 0.03 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.07 0.02 0.16 0.18 0.20 0.18
N1 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.12 0.13 0.17 0.13
N3 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.07 0.02 0.16 0.20 0.26 0.20
N4 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.08 0.02 0.19 0.27 0.32 0.25
O2 0.01 0.00 0.07 0.08 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.09 0.02 0.12 0.13 0.19 0.13
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.04 0.04 0.07 0.00 0.03 0.02 0.04 0.08 0.06 0.04
O3' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.06 0.02 0.07 0.03 0.07 0.03 0.07 0.08 0.09 0.03 0.00 0.01 0.07 0.15 0.10 0.10
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.04 0.04 0.06 0.05
O5' 0.06 0.14 0.05 0.04 0.18 0.01 0.18 0.01 0.16 0.12 0.16 0.19 0.12 0.04 0.07 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.06 0.16 0.09 0.11 0.24 0.05 0.23 0.04 0.18 0.13 0.20 0.27 0.13 0.08 0.15 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.09 0.21 0.08 0.07 0.29 0.02 0.28 0.01 0.20 0.17 0.26 0.32 0.19 0.06 0.10 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.16 0.05 0.06 0.23 0.01 0.23 0.01 0.18 0.13 0.20 0.25 0.13 0.04 0.10 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.17 0.35 0.25 0.25 1.08 0.22 1.01 0.35 0.68 0.37 0.74 1.47 0.16 0.56 0.29 0.19 0.45 0.62 0.84 0.61
C2 0.33 0.16 0.48 0.27 1.04 0.26 0.97 0.23 0.56 0.18 0.57 1.56 0.50 0.90 0.41 0.22 0.37 0.55 0.83 0.56
C2' 0.20 0.48 0.21 0.27 1.18 0.23 1.10 0.38 0.78 0.48 0.87 1.55 0.16 0.46 0.26 0.23 0.48 0.65 0.84 0.63
C3' 0.17 0.22 0.26 0.20 0.87 0.18 0.82 0.22 0.52 0.24 0.56 1.22 0.19 0.56 0.27 0.13 0.31 0.47 0.67 0.45
C4 1.01 0.94 1.11 0.79 0.22 0.76 0.24 0.42 0.27 0.73 0.57 0.65 1.45 1.45 0.88 0.79 0.47 0.21 0.66 0.41
C4' 0.17 0.22 0.26 0.23 0.82 0.19 0.78 0.27 0.51 0.25 0.53 1.15 0.19 0.53 0.28 0.15 0.35 0.51 0.71 0.49
C5 0.96 0.90 1.03 0.75 0.20 0.73 0.17 0.43 0.30 0.71 0.58 0.48 1.33 1.35 0.83 0.77 0.49 0.21 0.66 0.43
C5' 0.35 0.18 0.43 0.29 0.48 0.30 0.48 0.19 0.25 0.16 0.21 0.78 0.45 0.70 0.38 0.28 0.28 0.34 0.60 0.37
C6 0.65 0.50 0.74 0.49 0.38 0.49 0.40 0.22 0.13 0.37 0.21 0.80 0.91 1.08 0.59 0.50 0.33 0.27 0.65 0.38
N1 0.35 0.15 0.48 0.28 0.82 0.27 0.79 0.19 0.43 0.13 0.41 1.27 0.52 0.85 0.41 0.24 0.32 0.47 0.74 0.48
N3 0.68 0.47 0.83 0.53 0.70 0.49 0.69 0.20 0.26 0.32 0.22 1.27 1.02 1.24 0.66 0.48 0.31 0.38 0.74 0.44
N4 1.39 1.45 1.45 1.10 0.48 1.05 0.31 0.69 0.65 1.16 1.12 0.28 1.93 1.74 1.16 1.13 0.71 0.28 0.72 0.55
O2 0.22 0.57 0.25 0.29 1.51 0.27 1.37 0.47 0.95 0.57 1.11 1.99 0.17 0.62 0.30 0.29 0.60 0.78 1.02 0.79
O2' 0.51 0.88 0.42 0.53 1.49 0.48 1.38 0.64 1.08 0.83 1.25 1.81 0.56 0.28 0.42 0.53 0.74 0.87 1.05 0.86
O3' 0.14 0.35 0.19 0.22 0.94 0.17 0.89 0.27 0.61 0.35 0.67 1.26 0.12 0.43 0.24 0.15 0.36 0.51 0.68 0.48
O4' 0.19 0.21 0.29 0.24 0.86 0.21 0.82 0.29 0.53 0.25 0.54 1.22 0.24 0.59 0.31 0.16 0.39 0.55 0.77 0.54
O5' 0.65 0.51 0.71 0.52 0.20 0.54 0.22 0.33 0.18 0.43 0.26 0.48 0.82 0.99 0.61 0.55 0.39 0.23 0.58 0.38
OP1 0.83 0.74 0.85 0.68 0.30 0.71 0.27 0.52 0.42 0.65 0.54 0.24 0.99 1.09 0.73 0.75 0.59 0.34 0.67 0.54
OP2 1.20 1.17 1.22 1.01 0.64 1.02 0.54 0.79 0.75 1.03 0.97 0.41 1.45 1.46 1.05 1.08 0.86 0.53 0.85 0.75
P 0.90 0.82 0.93 0.74 0.31 0.76 0.27 0.54 0.45 0.71 0.60 0.21 1.10 1.18 0.79 0.79 0.62 0.33 0.69 0.55

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.11 0.07 0.15 0.12
C2 0.01 0.00 0.06 0.07 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.09 0.03 0.23 0.14 0.39 0.26
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.05 0.03 0.11 0.00 0.01 0.00 0.15 0.11 0.18 0.13
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.07 0.04 0.07 0.07 0.11 0.01 0.01 0.01 0.19 0.14 0.20 0.14
C4 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.02 0.33 0.22 0.62 0.40
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.03 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.07 0.02
C5 0.01 0.01 0.05 0.07 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.08 0.02 0.35 0.23 0.64 0.42
C5' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.08 0.00 0.09 0.00 0.08 0.05 0.07 0.09 0.05 0.02 0.02 0.01 0.01 0.06 0.11 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.07 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.08 0.03 0.31 0.18 0.49 0.34
N1 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.22 0.13 0.35 0.24
N3 0.01 0.00 0.05 0.07 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.09 0.02 0.28 0.18 0.52 0.34
N4 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.08 0.02 0.35 0.25 0.71 0.45
O2 0.02 0.00 0.11 0.11 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.13 0.04 0.18 0.11 0.30 0.20
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.04 0.01 0.03 0.03 0.08 0.00 0.02 0.03 0.03 0.06 0.04 0.04
O3' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.07 0.01 0.08 0.02 0.08 0.04 0.09 0.08 0.13 0.02 0.00 0.01 0.13 0.15 0.15 0.10
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00 0.04 0.06 0.07 0.06
O5' 0.11 0.23 0.15 0.19 0.33 0.01 0.35 0.01 0.31 0.22 0.28 0.35 0.18 0.03 0.13 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.07 0.14 0.11 0.14 0.22 0.04 0.23 0.06 0.18 0.13 0.18 0.25 0.11 0.06 0.15 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.15 0.39 0.18 0.20 0.62 0.07 0.64 0.11 0.49 0.35 0.52 0.71 0.30 0.04 0.15 0.07 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.26 0.13 0.14 0.40 0.02 0.42 0.01 0.34 0.24 0.34 0.45 0.20 0.04 0.10 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00