ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48417

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 3, 4, 10, 8, 6, 7, 3, 1, 4, 4, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N4 B 0, -0.381, 0.757, 1.894, 4.251 max_d=4.251 avg_d=0.757 std_dev=1.137
N4 A 0, -0.761, 0.450, 1.661, 4.606 max_d=4.606 avg_d=0.450 std_dev=1.211
N3 B 0, -0.349, 0.932, 2.212, 4.755 max_d=4.755 avg_d=0.932 std_dev=1.280
N3 A 0, -0.949, 0.468, 1.884, 5.220 max_d=5.220 avg_d=0.468 std_dev=1.416
O2 B 0, -0.254, 1.218, 2.690, 5.544 max_d=5.544 avg_d=1.218 std_dev=1.472
C4 B 0, -0.595, 0.891, 2.377, 5.428 max_d=5.428 avg_d=0.891 std_dev=1.486
C4 A 0, -1.058, 0.537, 2.133, 5.756 max_d=5.756 avg_d=0.537 std_dev=1.596
C2 B 0, -0.512, 1.135, 2.783, 6.096 max_d=6.096 avg_d=1.135 std_dev=1.647
O2 A 0, -1.071, 0.582, 2.235, 6.034 max_d=6.034 avg_d=0.582 std_dev=1.653
C2 A 0, -1.209, 0.613, 2.435, 6.530 max_d=6.530 avg_d=0.613 std_dev=1.822
C5 B 0, -1.097, 1.087, 3.272, 7.782 max_d=7.782 avg_d=1.087 std_dev=2.185
C5 A 0, -1.540, 0.753, 3.045, 7.965 max_d=7.965 avg_d=0.753 std_dev=2.293
N1 B 0, -1.034, 1.315, 3.665, 8.485 max_d=8.485 avg_d=1.315 std_dev=2.350
N1 A 0, -1.692, 0.836, 3.364, 8.809 max_d=8.809 avg_d=0.836 std_dev=2.528
C6 B 0, -1.332, 1.290, 3.913, 9.315 max_d=9.315 avg_d=1.290 std_dev=2.623
C6 A 0, -1.843, 0.916, 3.675, 9.545 max_d=9.545 avg_d=0.916 std_dev=2.759
C1' B 0, -1.263, 1.577, 4.418, 10.259 max_d=10.259 avg_d=1.577 std_dev=2.840
C2' B 0, -1.358, 1.663, 4.683, 11.016 max_d=11.016 avg_d=1.663 std_dev=3.021
C1' A 0, -2.035, 1.013, 4.061, 10.551 max_d=10.551 avg_d=1.013 std_dev=3.048
O2' B 0, -1.344, 1.772, 4.888, 11.362 max_d=11.362 avg_d=1.772 std_dev=3.116
C2' A 0, -2.043, 1.162, 4.366, 11.147 max_d=11.147 avg_d=1.162 std_dev=3.205
O2' A 0, -2.021, 1.243, 4.507, 11.417 max_d=11.417 avg_d=1.243 std_dev=3.264
O4' B 0, -1.689, 1.862, 5.414, 12.742 max_d=12.742 avg_d=1.862 std_dev=3.551
C3' B 0, -1.803, 1.943, 5.688, 13.515 max_d=13.515 avg_d=1.943 std_dev=3.746
O4' A 0, -2.459, 1.292, 5.043, 12.887 max_d=12.887 avg_d=1.292 std_dev=3.751
C3' A 0, -2.494, 1.451, 5.396, 13.734 max_d=13.734 avg_d=1.451 std_dev=3.945
C4' B 0, -1.987, 2.101, 6.189, 14.607 max_d=14.607 avg_d=2.101 std_dev=4.088
O3' B 0, -2.089, 2.194, 6.476, 15.498 max_d=15.498 avg_d=2.194 std_dev=4.282
C4' A 0, -2.777, 1.519, 5.815, 14.799 max_d=14.799 avg_d=1.519 std_dev=4.296
OP2 B 0, -2.024, 2.333, 6.690, 15.808 max_d=15.808 avg_d=2.333 std_dev=4.357
O5' B 0, -2.305, 2.108, 6.522, 15.771 max_d=15.771 avg_d=2.108 std_dev=4.414
O3' A 0, -2.727, 1.721, 6.169, 15.501 max_d=15.501 avg_d=1.721 std_dev=4.448
OP2 A 0, -2.591, 1.951, 6.493, 16.273 max_d=16.273 avg_d=1.951 std_dev=4.542
O5' A 0, -2.870, 1.728, 6.327, 16.013 max_d=16.013 avg_d=1.728 std_dev=4.598
C5' B 0, -2.347, 2.340, 7.028, 16.705 max_d=16.705 avg_d=2.340 std_dev=4.687
P B 0, -2.501, 2.371, 7.244, 17.438 max_d=17.438 avg_d=2.371 std_dev=4.872
C5' A 0, -3.111, 1.784, 6.679, 16.886 max_d=16.886 avg_d=1.784 std_dev=4.895
P A 0, -3.021, 2.007, 7.034, 17.710 max_d=17.710 avg_d=2.007 std_dev=5.028
OP1 B 0, -2.970, 2.636, 8.243, 19.992 max_d=19.992 avg_d=2.636 std_dev=5.607
OP1 A 0, -3.482, 2.308, 8.097, 20.358 max_d=20.358 avg_d=2.308 std_dev=5.789

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.06 0.10 0.06
C2 0.01 0.00 0.07 0.07 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.09 0.03 0.07 0.10 0.15 0.09
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.06 0.02 0.06 0.04 0.12 0.00 0.01 0.01 0.03 0.10 0.08 0.05
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.07 0.00 0.09 0.01 0.09 0.04 0.08 0.08 0.11 0.01 0.00 0.01 0.04 0.12 0.08 0.06
C4 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.09 0.02 0.11 0.12 0.17 0.12
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.07 0.04 0.02
C5 0.01 0.01 0.04 0.09 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.11 0.02 0.12 0.12 0.16 0.12
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.06 0.00 0.08 0.00 0.07 0.03 0.05 0.07 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.06 0.09 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.10 0.02 0.11 0.10 0.13 0.10
N1 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.07 0.08 0.12 0.08
N3 0.01 0.00 0.06 0.08 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.10 0.03 0.09 0.11 0.17 0.11
N4 0.01 0.01 0.04 0.08 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.11 0.02 0.12 0.14 0.19 0.14
O2 0.02 0.00 0.12 0.11 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.12 0.14 0.04 0.06 0.10 0.15 0.09
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.06 0.03 0.12 0.00 0.02 0.03 0.03 0.11 0.07 0.04
O3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.09 0.02 0.11 0.02 0.10 0.04 0.10 0.11 0.14 0.02 0.00 0.01 0.05 0.17 0.13 0.10
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00 0.05 0.06 0.11 0.08
O5' 0.04 0.07 0.03 0.04 0.11 0.01 0.12 0.01 0.11 0.07 0.09 0.12 0.06 0.03 0.05 0.05 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.06 0.10 0.10 0.12 0.12 0.07 0.12 0.06 0.10 0.08 0.11 0.14 0.10 0.11 0.17 0.06 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.10 0.15 0.08 0.08 0.17 0.04 0.16 0.01 0.13 0.12 0.17 0.19 0.15 0.07 0.13 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.09 0.05 0.06 0.12 0.02 0.12 0.01 0.10 0.08 0.11 0.14 0.09 0.04 0.10 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.25 0.17 0.13 0.80 0.13 0.77 0.29 0.52 0.28 0.52 1.10 0.20 0.40 0.13 0.15 0.53 0.62 0.91 0.69
C2 0.25 0.16 0.37 0.17 0.78 0.15 0.75 0.20 0.44 0.15 0.40 1.18 0.46 0.66 0.27 0.14 0.47 0.58 0.91 0.66
C2' 0.12 0.30 0.14 0.12 0.84 0.11 0.79 0.25 0.54 0.30 0.59 1.13 0.18 0.38 0.12 0.15 0.50 0.58 0.88 0.65
C3' 0.17 0.15 0.23 0.11 0.60 0.12 0.58 0.14 0.35 0.14 0.36 0.88 0.27 0.47 0.17 0.12 0.38 0.46 0.73 0.51
C4 0.78 0.80 0.88 0.63 0.16 0.57 0.18 0.34 0.24 0.59 0.55 0.43 1.17 1.11 0.70 0.59 0.33 0.34 0.56 0.36
C4' 0.14 0.17 0.17 0.12 0.61 0.11 0.60 0.22 0.39 0.19 0.38 0.86 0.22 0.38 0.13 0.12 0.45 0.54 0.79 0.58
C5 0.74 0.75 0.83 0.61 0.18 0.56 0.14 0.35 0.27 0.58 0.55 0.27 1.07 1.04 0.67 0.58 0.34 0.31 0.49 0.33
C5' 0.23 0.16 0.27 0.14 0.40 0.16 0.41 0.16 0.23 0.12 0.19 0.62 0.36 0.48 0.19 0.17 0.36 0.45 0.67 0.47
C6 0.50 0.44 0.59 0.39 0.24 0.36 0.29 0.20 0.12 0.32 0.23 0.54 0.76 0.82 0.46 0.36 0.32 0.38 0.61 0.41
N1 0.27 0.17 0.37 0.19 0.59 0.17 0.59 0.17 0.33 0.12 0.27 0.93 0.47 0.63 0.27 0.16 0.41 0.52 0.80 0.57
N3 0.52 0.43 0.65 0.40 0.51 0.34 0.53 0.17 0.21 0.27 0.19 0.96 0.86 0.93 0.49 0.34 0.36 0.47 0.79 0.53
N4 1.07 1.19 1.16 0.89 0.48 0.81 0.29 0.55 0.54 0.93 1.01 0.22 1.53 1.35 0.94 0.85 0.45 0.31 0.42 0.30
O2 0.18 0.43 0.17 0.19 1.16 0.20 1.07 0.39 0.75 0.45 0.83 1.53 0.19 0.43 0.14 0.24 0.67 0.75 1.10 0.85
O2' 0.33 0.60 0.23 0.33 1.09 0.31 1.02 0.46 0.78 0.58 0.89 1.35 0.37 0.18 0.23 0.37 0.67 0.73 1.05 0.83
O3' 0.13 0.20 0.17 0.10 0.65 0.11 0.61 0.15 0.39 0.19 0.43 0.91 0.21 0.39 0.14 0.12 0.38 0.45 0.73 0.51
O4' 0.15 0.18 0.19 0.14 0.64 0.13 0.64 0.26 0.42 0.21 0.38 0.90 0.24 0.40 0.14 0.13 0.49 0.59 0.85 0.63
O5' 0.43 0.36 0.47 0.31 0.19 0.32 0.22 0.19 0.12 0.28 0.20 0.40 0.61 0.67 0.35 0.35 0.32 0.34 0.52 0.35
OP1 0.56 0.51 0.56 0.42 0.17 0.45 0.15 0.33 0.24 0.43 0.36 0.18 0.71 0.73 0.44 0.49 0.37 0.30 0.40 0.30
OP2 0.83 0.83 0.84 0.67 0.42 0.68 0.34 0.52 0.49 0.71 0.69 0.26 1.05 1.01 0.69 0.74 0.52 0.32 0.34 0.33
P 0.60 0.57 0.62 0.45 0.19 0.47 0.15 0.33 0.26 0.47 0.41 0.17 0.79 0.79 0.48 0.52 0.38 0.29 0.40 0.29

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.09 0.07 0.24 0.09
C2 0.02 0.00 0.08 0.09 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.10 0.02 0.19 0.13 0.26 0.14
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.03 0.01 0.08 0.02 0.09 0.02 0.05 0.04 0.16 0.00 0.02 0.00 0.13 0.16 0.18 0.05
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.06 0.00 0.11 0.02 0.13 0.03 0.08 0.07 0.17 0.01 0.00 0.01 0.18 0.23 0.16 0.11
C4 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.08 0.02 0.27 0.19 0.25 0.19
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.05 0.05 0.07 0.03 0.01 0.00 0.01 0.10 0.23 0.05
C5 0.01 0.01 0.08 0.11 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.14 0.03 0.29 0.18 0.23 0.19
C5' 0.02 0.09 0.02 0.02 0.11 0.00 0.10 0.00 0.08 0.06 0.11 0.12 0.10 0.03 0.03 0.01 0.01 0.12 0.23 0.01
C6 0.01 0.01 0.09 0.13 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.14 0.04 0.25 0.14 0.21 0.14
N1 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.18 0.11 0.24 0.12
N3 0.01 0.00 0.05 0.08 0.00 0.05 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.09 0.02 0.23 0.16 0.26 0.17
N4 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.05 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.09 0.02 0.29 0.22 0.26 0.22
O2 0.03 0.00 0.16 0.17 0.01 0.07 0.01 0.10 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.12 0.19 0.04 0.15 0.12 0.27 0.13
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.04 0.03 0.05 0.03 0.05 0.02 0.05 0.04 0.12 0.00 0.04 0.03 0.05 0.15 0.19 0.04
O3' 0.01 0.10 0.02 0.00 0.08 0.01 0.14 0.03 0.14 0.04 0.09 0.09 0.19 0.04 0.00 0.01 0.16 0.31 0.18 0.16
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00 0.06 0.06 0.28 0.13
O5' 0.09 0.19 0.13 0.18 0.27 0.01 0.29 0.01 0.25 0.18 0.23 0.29 0.15 0.05 0.16 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.07 0.13 0.16 0.23 0.19 0.10 0.18 0.12 0.14 0.11 0.16 0.22 0.12 0.15 0.31 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.24 0.26 0.18 0.16 0.25 0.23 0.23 0.23 0.21 0.24 0.26 0.26 0.27 0.19 0.18 0.28 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.14 0.05 0.11 0.19 0.05 0.19 0.01 0.14 0.12 0.17 0.22 0.13 0.04 0.16 0.13 0.00 0.00 0.01 0.00