ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48418

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 13, 11, 3, 4, 3, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N4 B 0, -0.352, 0.616, 1.585, 3.921 max_d=3.921 avg_d=0.616 std_dev=0.969
N4 A 0, -0.695, 0.313, 1.321, 4.127 max_d=4.127 avg_d=0.313 std_dev=1.008
N3 B 0, -0.505, 0.659, 1.823, 4.638 max_d=4.638 avg_d=0.659 std_dev=1.164
N3 A 0, -0.851, 0.351, 1.553, 4.698 max_d=4.698 avg_d=0.351 std_dev=1.202
C4 B 0, -0.633, 0.714, 2.061, 5.334 max_d=5.334 avg_d=0.714 std_dev=1.347
C4 A 0, -0.978, 0.407, 1.792, 5.391 max_d=5.391 avg_d=0.407 std_dev=1.385
O2 B 0, -0.628, 0.771, 2.169, 5.556 max_d=5.556 avg_d=0.771 std_dev=1.398
O2 A 0, -1.005, 0.436, 1.877, 5.645 max_d=5.645 avg_d=0.436 std_dev=1.441
C2 B 0, -0.761, 0.797, 2.355, 6.141 max_d=6.141 avg_d=0.797 std_dev=1.558
C2 A 0, -1.128, 0.469, 2.066, 6.119 max_d=6.119 avg_d=0.469 std_dev=1.597
C5 B 0, -1.077, 0.927, 2.931, 7.824 max_d=7.824 avg_d=0.927 std_dev=2.004
C5 A 0, -1.453, 0.595, 2.644, 7.805 max_d=7.805 avg_d=0.595 std_dev=2.049
N1 B 0, -1.193, 1.020, 3.233, 8.634 max_d=8.634 avg_d=1.020 std_dev=2.213
N1 A 0, -1.601, 0.657, 2.916, 8.624 max_d=8.624 avg_d=0.657 std_dev=2.259
C6 B 0, -1.350, 1.081, 3.512, 9.453 max_d=9.453 avg_d=1.081 std_dev=2.431
C6 A 0, -1.756, 0.722, 3.201, 9.335 max_d=9.335 avg_d=0.722 std_dev=2.479
C1' B 0, -1.470, 1.213, 3.896, 10.450 max_d=10.450 avg_d=1.213 std_dev=2.683
C1' A 0, -1.941, 0.798, 3.538, 10.562 max_d=10.562 avg_d=0.798 std_dev=2.739
C2' B 0, -1.571, 1.290, 4.150, 11.173 max_d=11.173 avg_d=1.290 std_dev=2.861
C2' A 0, -1.962, 0.918, 3.798, 11.033 max_d=11.033 avg_d=0.918 std_dev=2.880
O2' A 0, -1.978, 0.967, 3.911, 11.501 max_d=11.501 avg_d=0.967 std_dev=2.945
O2' B 0, -1.582, 1.368, 4.318, 11.591 max_d=11.591 avg_d=1.368 std_dev=2.950
O4' B 0, -1.903, 1.435, 4.774, 12.943 max_d=12.943 avg_d=1.435 std_dev=3.338
O4' A 0, -2.331, 1.057, 4.444, 13.081 max_d=13.081 avg_d=1.057 std_dev=3.388
C3' B 0, -2.026, 1.507, 5.040, 13.730 max_d=13.730 avg_d=1.507 std_dev=3.533
C3' A 0, -2.392, 1.167, 4.727, 13.564 max_d=13.564 avg_d=1.167 std_dev=3.560
C4' B 0, -2.219, 1.623, 5.464, 14.873 max_d=14.873 avg_d=1.623 std_dev=3.842
C4' A 0, -2.638, 1.245, 5.128, 14.936 max_d=14.936 avg_d=1.245 std_dev=3.883
O3' A 0, -2.646, 1.373, 5.391, 15.360 max_d=15.360 avg_d=1.373 std_dev=4.019
O3' B 0, -2.320, 1.709, 5.739, 15.682 max_d=15.682 avg_d=1.709 std_dev=4.029
O5' B 0, -2.444, 1.696, 5.835, 16.128 max_d=16.128 avg_d=1.696 std_dev=4.139
OP2 B 0, -2.377, 1.767, 5.911, 16.407 max_d=16.407 avg_d=1.767 std_dev=4.144
O5' A 0, -2.723, 1.447, 5.616, 15.982 max_d=15.982 avg_d=1.447 std_dev=4.169
OP2 A 0, -2.686, 1.520, 5.727, 16.345 max_d=16.345 avg_d=1.520 std_dev=4.207
C5' B 0, -2.576, 1.816, 6.209, 17.048 max_d=17.048 avg_d=1.816 std_dev=4.392
C5' A 0, -2.941, 1.495, 5.930, 16.980 max_d=16.980 avg_d=1.495 std_dev=4.435
P B 0, -2.686, 1.888, 6.462, 17.963 max_d=17.963 avg_d=1.888 std_dev=4.574
P A 0, -2.986, 1.634, 6.254, 17.746 max_d=17.746 avg_d=1.634 std_dev=4.620
OP1 B 0, -3.069, 2.183, 7.436, 20.537 max_d=20.537 avg_d=2.183 std_dev=5.253
OP1 A 0, -3.427, 1.889, 7.205, 20.437 max_d=20.437 avg_d=1.889 std_dev=5.316

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.07 0.05
C2 0.01 0.00 0.06 0.07 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.08 0.02 0.06 0.06 0.10 0.07
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.03 0.10 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.05 0.03
C3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.06 0.03 0.07 0.05 0.10 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.05 0.04
C4 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.06 0.02 0.08 0.09 0.12 0.10
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.03 0.04 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.02 0.09 0.10 0.12 0.10
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.06 0.03 0.05 0.06 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01
C6 0.00 0.01 0.04 0.06 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.06 0.02 0.07 0.07 0.10 0.08
N1 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.05 0.05 0.09 0.06
N3 0.01 0.00 0.05 0.07 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.08 0.02 0.07 0.08 0.11 0.09
N4 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.07 0.02 0.09 0.11 0.14 0.11
O2 0.01 0.00 0.10 0.10 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.09 0.12 0.03 0.05 0.06 0.09 0.07
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.05 0.03 0.09 0.00 0.03 0.02 0.02 0.05 0.04 0.03
O3' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.06 0.02 0.06 0.03 0.06 0.03 0.08 0.07 0.12 0.03 0.00 0.02 0.05 0.11 0.09 0.07
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.04 0.05 0.08 0.07
O5' 0.03 0.06 0.02 0.03 0.08 0.01 0.09 0.01 0.07 0.05 0.07 0.09 0.05 0.02 0.05 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.06 0.05 0.07 0.09 0.04 0.10 0.03 0.07 0.05 0.08 0.11 0.06 0.05 0.11 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.10 0.05 0.05 0.12 0.02 0.12 0.01 0.10 0.09 0.11 0.14 0.09 0.04 0.09 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.07 0.03 0.04 0.10 0.01 0.10 0.01 0.08 0.06 0.09 0.11 0.07 0.03 0.07 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.21 0.13 0.13 0.58 0.14 0.55 0.22 0.38 0.22 0.40 0.78 0.14 0.27 0.12 0.16 0.35 0.44 0.62 0.46
C2 0.19 0.10 0.25 0.13 0.57 0.14 0.54 0.14 0.32 0.12 0.31 0.86 0.31 0.45 0.19 0.14 0.29 0.39 0.61 0.43
C2' 0.15 0.26 0.13 0.15 0.62 0.16 0.58 0.23 0.41 0.26 0.46 0.82 0.13 0.23 0.13 0.18 0.36 0.42 0.60 0.45
C3' 0.13 0.13 0.14 0.11 0.46 0.13 0.43 0.15 0.28 0.15 0.29 0.64 0.14 0.28 0.13 0.13 0.25 0.32 0.49 0.34
C4 0.55 0.54 0.61 0.44 0.11 0.41 0.13 0.24 0.16 0.41 0.36 0.35 0.81 0.77 0.50 0.42 0.11 0.16 0.35 0.18
C4' 0.13 0.15 0.13 0.12 0.45 0.13 0.43 0.18 0.30 0.17 0.29 0.62 0.14 0.25 0.12 0.14 0.29 0.37 0.53 0.38
C5 0.51 0.50 0.56 0.42 0.11 0.39 0.10 0.24 0.18 0.39 0.35 0.23 0.72 0.71 0.47 0.40 0.13 0.15 0.30 0.15
C5' 0.17 0.10 0.18 0.11 0.29 0.13 0.30 0.11 0.17 0.09 0.14 0.45 0.22 0.31 0.14 0.14 0.19 0.28 0.42 0.28
C6 0.34 0.28 0.40 0.27 0.19 0.26 0.21 0.14 0.09 0.20 0.12 0.41 0.50 0.56 0.33 0.26 0.12 0.22 0.39 0.24
N1 0.20 0.10 0.25 0.14 0.44 0.15 0.43 0.12 0.24 0.10 0.21 0.68 0.30 0.43 0.20 0.15 0.24 0.34 0.53 0.37
N3 0.37 0.29 0.45 0.28 0.39 0.26 0.38 0.12 0.15 0.19 0.11 0.73 0.60 0.65 0.35 0.26 0.17 0.29 0.52 0.32
N4 0.75 0.83 0.81 0.63 0.33 0.58 0.20 0.39 0.38 0.65 0.71 0.17 1.06 0.94 0.66 0.60 0.24 0.13 0.25 0.13
O2 0.16 0.32 0.12 0.16 0.83 0.17 0.75 0.28 0.53 0.33 0.62 1.08 0.13 0.30 0.12 0.20 0.45 0.53 0.75 0.57
O2' 0.30 0.47 0.24 0.29 0.78 0.29 0.72 0.36 0.57 0.45 0.66 0.95 0.32 0.18 0.23 0.32 0.49 0.54 0.71 0.57
O3' 0.14 0.19 0.13 0.13 0.49 0.14 0.46 0.18 0.32 0.20 0.35 0.66 0.12 0.22 0.13 0.15 0.28 0.33 0.49 0.35
O4' 0.14 0.14 0.14 0.12 0.46 0.13 0.45 0.19 0.31 0.17 0.29 0.64 0.16 0.28 0.12 0.14 0.31 0.40 0.57 0.42
O5' 0.29 0.23 0.31 0.22 0.16 0.23 0.17 0.13 0.10 0.18 0.13 0.30 0.39 0.45 0.26 0.24 0.08 0.16 0.30 0.16
OP1 0.35 0.31 0.36 0.27 0.13 0.29 0.13 0.19 0.15 0.26 0.21 0.19 0.45 0.47 0.29 0.31 0.09 0.11 0.22 0.10
OP2 0.51 0.50 0.51 0.41 0.26 0.42 0.22 0.30 0.29 0.43 0.41 0.20 0.64 0.62 0.43 0.45 0.19 0.12 0.17 0.12
P 0.38 0.34 0.38 0.29 0.14 0.30 0.13 0.19 0.16 0.28 0.25 0.19 0.49 0.50 0.31 0.32 0.09 0.11 0.23 0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.05 0.07 0.05
C2 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.02 0.08 0.09 0.13 0.10
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.03 0.06 0.00 0.01 0.00 0.03 0.07 0.06 0.04
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.03 0.04 0.05 0.05 0.01 0.00 0.01 0.03 0.09 0.05 0.04
C4 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.10 0.14 0.18 0.14
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.02 0.11 0.14 0.18 0.15
C5' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.07 0.00 0.07 0.00 0.06 0.04 0.05 0.07 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.03 0.09 0.11 0.13 0.12
N1 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.07 0.08 0.11 0.09
N3 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.09 0.11 0.16 0.12
N4 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.07 0.02 0.11 0.16 0.20 0.16
O2 0.01 0.00 0.06 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.07 0.03 0.07 0.07 0.12 0.08
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.04 0.04 0.06 0.00 0.02 0.02 0.03 0.08 0.05 0.03
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.06 0.01 0.07 0.02 0.06 0.03 0.05 0.07 0.07 0.02 0.00 0.01 0.04 0.12 0.09 0.07
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.04 0.06 0.05
O5' 0.04 0.08 0.03 0.03 0.10 0.01 0.11 0.01 0.09 0.07 0.09 0.11 0.07 0.03 0.04 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.05 0.09 0.07 0.09 0.14 0.05 0.14 0.04 0.11 0.08 0.11 0.16 0.07 0.08 0.12 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.13 0.06 0.05 0.18 0.02 0.18 0.01 0.13 0.11 0.16 0.20 0.12 0.05 0.09 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.10 0.04 0.04 0.14 0.01 0.15 0.01 0.12 0.09 0.12 0.16 0.08 0.03 0.07 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00