ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48419

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 6, 5, 1, 1, 3, 3, 2, 2, 0, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N4 A 0, -0.953, 0.567, 2.086, 5.105 max_d=5.105 avg_d=0.567 std_dev=1.519
N4 B 0, -0.561, 0.987, 2.535, 5.419 max_d=5.419 avg_d=0.987 std_dev=1.548
N3 B 0, -0.748, 0.934, 2.615, 5.765 max_d=5.765 avg_d=0.934 std_dev=1.682
N3 A 0, -1.096, 0.593, 2.282, 5.556 max_d=5.556 avg_d=0.593 std_dev=1.689
C4 B 0, -0.770, 1.031, 2.832, 6.195 max_d=6.195 avg_d=1.031 std_dev=1.801
C4 A 0, -1.192, 0.651, 2.494, 6.074 max_d=6.074 avg_d=0.651 std_dev=1.843
O2 B 0, -0.858, 1.011, 2.880, 6.419 max_d=6.419 avg_d=1.011 std_dev=1.869
O2 A 0, -1.209, 0.684, 2.577, 6.178 max_d=6.178 avg_d=0.684 std_dev=1.893
C2 B 0, -0.950, 1.044, 3.039, 6.776 max_d=6.776 avg_d=1.044 std_dev=1.995
C2 A 0, -1.328, 0.725, 2.778, 6.683 max_d=6.683 avg_d=0.725 std_dev=2.053
C5 B 0, -1.092, 1.275, 3.641, 8.054 max_d=8.054 avg_d=1.275 std_dev=2.366
C5 A 0, -1.623, 0.867, 3.357, 8.135 max_d=8.135 avg_d=0.867 std_dev=2.490
N1 B 0, -1.313, 1.295, 3.903, 8.791 max_d=8.791 avg_d=1.295 std_dev=2.608
N1 A 0, -1.777, 0.958, 3.694, 8.890 max_d=8.890 avg_d=0.958 std_dev=2.736
C6 B 0, -1.399, 1.411, 4.221, 9.488 max_d=9.488 avg_d=1.411 std_dev=2.810
C6 A 0, -1.919, 1.037, 3.992, 9.606 max_d=9.606 avg_d=1.037 std_dev=2.956
C1' B 0, -1.619, 1.492, 4.602, 10.459 max_d=10.459 avg_d=1.492 std_dev=3.111
C1' A 0, -2.122, 1.146, 4.415, 10.752 max_d=10.752 avg_d=1.146 std_dev=3.268
C2' B 0, -1.727, 1.594, 4.915, 11.244 max_d=11.244 avg_d=1.594 std_dev=3.321
O2' B 0, -1.759, 1.653, 5.066, 11.664 max_d=11.664 avg_d=1.653 std_dev=3.412
C2' A 0, -2.217, 1.299, 4.816, 11.539 max_d=11.539 avg_d=1.299 std_dev=3.516
O2' A 0, -2.257, 1.382, 5.021, 12.279 max_d=12.279 avg_d=1.382 std_dev=3.639
O4' B 0, -2.021, 1.762, 5.545, 12.671 max_d=12.671 avg_d=1.762 std_dev=3.783
O4' A 0, -2.529, 1.435, 5.398, 13.099 max_d=13.099 avg_d=1.435 std_dev=3.963
C3' B 0, -2.142, 1.905, 5.951, 13.641 max_d=13.641 avg_d=1.905 std_dev=4.046
C3' A 0, -2.658, 1.581, 5.819, 13.862 max_d=13.862 avg_d=1.581 std_dev=4.239
C4' B 0, -2.331, 2.013, 6.356, 14.579 max_d=14.579 avg_d=2.013 std_dev=4.344
OP2 B 0, -2.334, 2.178, 6.689, 15.218 max_d=15.218 avg_d=2.178 std_dev=4.511
C4' A 0, -2.882, 1.671, 6.224, 14.988 max_d=14.988 avg_d=1.671 std_dev=4.553
O5' B 0, -2.466, 2.099, 6.664, 15.329 max_d=15.329 avg_d=2.099 std_dev=4.565
O3' B 0, -2.458, 2.146, 6.751, 15.534 max_d=15.534 avg_d=2.146 std_dev=4.605
OP2 A 0, -2.751, 1.909, 6.569, 15.619 max_d=15.619 avg_d=1.909 std_dev=4.660
O5' A 0, -2.871, 1.862, 6.595, 15.569 max_d=15.569 avg_d=1.862 std_dev=4.733
O3' A 0, -2.976, 1.858, 6.691, 15.868 max_d=15.868 avg_d=1.858 std_dev=4.834
C5' B 0, -2.661, 2.228, 7.116, 16.431 max_d=16.431 avg_d=2.228 std_dev=4.889
P B 0, -2.712, 2.274, 7.259, 16.762 max_d=16.762 avg_d=2.274 std_dev=4.985
C5' A 0, -3.166, 1.942, 7.050, 16.749 max_d=16.749 avg_d=1.942 std_dev=5.108
P A 0, -3.116, 2.056, 7.228, 17.081 max_d=17.081 avg_d=2.056 std_dev=5.172
OP1 B 0, -3.213, 2.579, 8.371, 19.403 max_d=19.403 avg_d=2.579 std_dev=5.792
OP1 A 0, -3.592, 2.386, 8.364, 19.763 max_d=19.763 avg_d=2.386 std_dev=5.978

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.15 0.16 0.07 0.11
C2 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.02 0.25 0.24 0.20 0.22
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.05 0.00 0.01 0.00 0.13 0.17 0.06 0.11
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.08 0.04 0.05 0.07 0.04 0.01 0.00 0.01 0.12 0.19 0.04 0.10
C4 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.04 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.09 0.02 0.32 0.31 0.30 0.30
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.03 0.05 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.09 0.11 0.02
C5 0.01 0.00 0.04 0.08 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.11 0.03 0.33 0.32 0.29 0.30
C5' 0.03 0.07 0.01 0.01 0.12 0.00 0.12 0.00 0.10 0.07 0.09 0.13 0.06 0.04 0.02 0.01 0.01 0.15 0.19 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.08 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.09 0.03 0.31 0.28 0.21 0.26
N1 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.25 0.24 0.16 0.20
N3 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.07 0.02 0.29 0.28 0.26 0.26
N4 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.05 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.10 0.03 0.33 0.33 0.33 0.32
O2 0.03 0.00 0.05 0.04 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.05 0.04 0.22 0.21 0.17 0.19
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.01 0.03 0.03 0.06 0.00 0.03 0.02 0.06 0.12 0.04 0.05
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.09 0.01 0.11 0.02 0.09 0.04 0.07 0.10 0.05 0.03 0.00 0.01 0.05 0.15 0.06 0.07
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.09 0.12 0.05 0.06
O5' 0.15 0.25 0.13 0.12 0.32 0.01 0.33 0.01 0.31 0.25 0.29 0.33 0.22 0.06 0.05 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.16 0.24 0.17 0.19 0.31 0.09 0.32 0.15 0.28 0.24 0.28 0.33 0.21 0.12 0.15 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.20 0.06 0.04 0.30 0.11 0.29 0.19 0.21 0.16 0.26 0.33 0.17 0.04 0.06 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.11 0.22 0.11 0.10 0.30 0.02 0.30 0.01 0.26 0.20 0.26 0.32 0.19 0.05 0.07 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.20 0.30 0.28 0.30 1.06 0.23 1.01 0.36 0.67 0.34 0.69 1.47 0.24 0.56 0.33 0.18 0.61 0.79 1.14 0.85
C2 0.35 0.19 0.50 0.32 1.05 0.28 1.01 0.27 0.59 0.21 0.55 1.58 0.55 0.90 0.45 0.23 0.52 0.73 1.14 0.81
C2' 0.22 0.41 0.30 0.34 1.14 0.26 1.07 0.37 0.73 0.42 0.80 1.54 0.19 0.52 0.38 0.21 0.61 0.76 1.10 0.81
C3' 0.28 0.16 0.35 0.28 0.79 0.27 0.76 0.23 0.45 0.19 0.46 1.17 0.34 0.64 0.36 0.24 0.39 0.56 0.87 0.59
C4 1.09 1.01 1.18 0.86 0.19 0.83 0.24 0.49 0.30 0.78 0.61 0.61 1.55 1.53 0.95 0.87 0.21 0.26 0.60 0.28
C4' 0.27 0.20 0.32 0.28 0.76 0.25 0.75 0.28 0.47 0.23 0.44 1.11 0.35 0.57 0.34 0.23 0.46 0.64 0.93 0.66
C5 1.07 1.01 1.11 0.82 0.18 0.82 0.14 0.51 0.37 0.80 0.68 0.38 1.48 1.44 0.89 0.88 0.25 0.20 0.49 0.19
C5' 0.50 0.35 0.50 0.36 0.44 0.41 0.46 0.29 0.27 0.30 0.23 0.73 0.63 0.77 0.42 0.44 0.31 0.49 0.69 0.47
C6 0.74 0.60 0.79 0.54 0.31 0.55 0.36 0.29 0.15 0.46 0.27 0.73 1.05 1.13 0.63 0.59 0.16 0.37 0.69 0.38
N1 0.41 0.21 0.51 0.32 0.80 0.31 0.79 0.21 0.42 0.17 0.35 1.26 0.62 0.87 0.43 0.29 0.40 0.62 0.98 0.67
N3 0.71 0.49 0.85 0.56 0.71 0.52 0.73 0.24 0.30 0.34 0.21 1.28 1.06 1.27 0.70 0.51 0.29 0.53 0.96 0.61
N4 1.49 1.52 1.56 1.20 0.48 1.15 0.31 0.77 0.68 1.22 1.15 0.24 2.06 1.87 1.27 1.22 0.46 0.18 0.37 0.14
O2 0.25 0.59 0.31 0.38 1.56 0.32 1.45 0.53 1.01 0.61 1.12 2.07 0.20 0.59 0.39 0.31 0.84 1.00 1.43 1.10
O2' 0.45 0.80 0.46 0.58 1.47 0.46 1.36 0.62 1.04 0.77 1.19 1.82 0.47 0.35 0.53 0.45 0.87 0.98 1.32 1.05
O3' 0.21 0.24 0.29 0.28 0.87 0.24 0.82 0.24 0.52 0.25 0.56 1.22 0.21 0.53 0.35 0.19 0.41 0.56 0.86 0.59
O4' 0.24 0.19 0.30 0.26 0.82 0.22 0.81 0.30 0.51 0.23 0.47 1.19 0.35 0.58 0.31 0.19 0.51 0.72 1.03 0.75
O5' 0.71 0.61 0.68 0.47 0.27 0.54 0.29 0.34 0.27 0.50 0.39 0.49 0.94 0.96 0.50 0.62 0.23 0.27 0.64 0.33
OP1 0.88 0.82 0.82 0.62 0.40 0.71 0.34 0.52 0.47 0.71 0.64 0.34 1.10 1.05 0.62 0.81 0.38 0.24 0.55 0.32
OP2 1.23 1.23 1.18 0.96 0.71 1.02 0.59 0.79 0.78 1.07 1.05 0.51 1.53 1.42 0.96 1.12 0.62 0.37 0.54 0.44
P 0.94 0.90 0.90 0.68 0.41 0.75 0.34 0.54 0.50 0.77 0.70 0.31 1.20 1.15 0.69 0.85 0.38 0.23 0.54 0.30

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.00 0.04 0.05 0.09 0.04
C2 0.02 0.00 0.10 0.09 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.09 0.11 0.02 0.06 0.07 0.20 0.07
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.06 0.02 0.09 0.05 0.17 0.00 0.01 0.00 0.04 0.07 0.06 0.04
C3' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.09 0.02 0.08 0.05 0.15 0.01 0.00 0.01 0.09 0.12 0.07 0.07
C4 0.02 0.01 0.04 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.05 0.02 0.09 0.10 0.30 0.12
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.03 0.03 0.07 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.06 0.02
C5 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.08 0.03 0.10 0.11 0.30 0.12
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.06 0.03 0.05 0.07 0.07 0.03 0.03 0.01 0.01 0.05 0.10 0.01
C6 0.01 0.00 0.06 0.09 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.09 0.03 0.08 0.08 0.21 0.08
N1 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.05 0.05 0.16 0.06
N3 0.02 0.00 0.09 0.08 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.10 0.02 0.07 0.08 0.26 0.09
N4 0.02 0.01 0.05 0.05 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.07 0.02 0.10 0.13 0.35 0.14
O2 0.04 0.00 0.17 0.15 0.01 0.07 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.16 0.19 0.04 0.06 0.09 0.17 0.07
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.05 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.08 0.06 0.16 0.00 0.03 0.03 0.03 0.06 0.05 0.03
O3' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.05 0.01 0.08 0.03 0.09 0.02 0.10 0.07 0.19 0.03 0.00 0.01 0.12 0.19 0.13 0.10
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00 0.08 0.11 0.08 0.07
O5' 0.04 0.06 0.04 0.09 0.09 0.01 0.10 0.01 0.08 0.05 0.07 0.10 0.06 0.03 0.12 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.05 0.07 0.07 0.12 0.10 0.04 0.11 0.05 0.08 0.05 0.08 0.13 0.09 0.06 0.19 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.09 0.20 0.06 0.07 0.30 0.06 0.30 0.10 0.21 0.16 0.26 0.35 0.17 0.05 0.13 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.07 0.04 0.07 0.12 0.02 0.12 0.01 0.08 0.06 0.09 0.14 0.07 0.03 0.10 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00