ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48420

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 6, 3, 2, 0, 1, 0, 0, 1, 3, 1, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N4 B 0, -0.152, 1.139, 2.431, 4.875 max_d=4.875 avg_d=1.139 std_dev=1.291
N4 A 0, -0.881, 0.450, 1.780, 4.784 max_d=4.784 avg_d=0.450 std_dev=1.330
N3 B 0, -0.497, 0.907, 2.311, 5.224 max_d=5.224 avg_d=0.907 std_dev=1.404
N3 A 0, -0.979, 0.466, 1.910, 5.129 max_d=5.129 avg_d=0.466 std_dev=1.445
C4 B 0, -0.459, 1.089, 2.637, 5.804 max_d=5.804 avg_d=1.089 std_dev=1.548
O2 B 0, -0.706, 0.862, 2.430, 5.746 max_d=5.746 avg_d=0.862 std_dev=1.568
O2 A 0, -1.060, 0.531, 2.122, 5.607 max_d=5.607 avg_d=0.531 std_dev=1.591
C4 A 0, -1.100, 0.525, 2.150, 5.789 max_d=5.789 avg_d=0.525 std_dev=1.625
C2 B 0, -0.780, 0.940, 2.660, 6.293 max_d=6.293 avg_d=0.940 std_dev=1.720
C2 A 0, -1.197, 0.570, 2.337, 6.220 max_d=6.220 avg_d=0.570 std_dev=1.767
C5 B 0, -0.783, 1.343, 3.470, 7.916 max_d=7.916 avg_d=1.343 std_dev=2.126
C5 A 0, -1.538, 0.718, 2.973, 7.989 max_d=7.989 avg_d=0.718 std_dev=2.255
N1 B 0, -1.060, 1.259, 3.578, 8.480 max_d=8.480 avg_d=1.259 std_dev=2.319
N1 A 0, -1.644, 0.770, 3.184, 8.459 max_d=8.459 avg_d=0.770 std_dev=2.414
C6 B 0, -1.095, 1.439, 3.974, 9.329 max_d=9.329 avg_d=1.439 std_dev=2.535
C6 A 0, -1.813, 0.852, 3.516, 9.375 max_d=9.375 avg_d=0.852 std_dev=2.665
C1' B 0, -1.231, 1.524, 4.279, 10.078 max_d=10.078 avg_d=1.524 std_dev=2.755
C1' A 0, -1.947, 0.924, 3.794, 10.006 max_d=10.006 avg_d=0.924 std_dev=2.871
C2' B 0, -1.209, 1.736, 4.680, 10.859 max_d=10.859 avg_d=1.736 std_dev=2.945
O2' B 0, -1.135, 1.812, 4.759, 11.064 max_d=11.064 avg_d=1.812 std_dev=2.947
C2' A 0, -2.009, 1.077, 4.162, 10.947 max_d=10.947 avg_d=1.077 std_dev=3.086
O2' A 0, -2.018, 1.150, 4.319, 11.325 max_d=11.325 avg_d=1.150 std_dev=3.168
O4' B 0, -1.554, 1.853, 5.261, 12.482 max_d=12.482 avg_d=1.853 std_dev=3.408
O4' A 0, -2.306, 1.220, 4.745, 12.400 max_d=12.400 avg_d=1.220 std_dev=3.526
C3' B 0, -1.563, 2.093, 5.750, 13.419 max_d=13.419 avg_d=2.093 std_dev=3.657
C3' A 0, -2.375, 1.386, 5.148, 13.379 max_d=13.379 avg_d=1.386 std_dev=3.762
C4' B 0, -1.775, 2.162, 6.098, 14.414 max_d=14.414 avg_d=2.162 std_dev=3.936
C4' A 0, -2.568, 1.483, 5.533, 14.316 max_d=14.316 avg_d=1.483 std_dev=4.050
OP2 A 0, -2.120, 1.964, 6.047, 14.740 max_d=14.740 avg_d=1.964 std_dev=4.083
O3' B 0, -1.718, 2.425, 6.568, 15.188 max_d=15.188 avg_d=2.425 std_dev=4.143
O5' A 0, -2.412, 1.763, 5.939, 14.932 max_d=14.932 avg_d=1.763 std_dev=4.176
O3' A 0, -2.623, 1.670, 5.963, 15.401 max_d=15.401 avg_d=1.670 std_dev=4.293
C5' A 0, -2.743, 1.796, 6.336, 16.139 max_d=16.139 avg_d=1.796 std_dev=4.539
C5' B 0, -2.146, 2.408, 6.961, 16.821 max_d=16.821 avg_d=2.408 std_dev=4.553
P A 0, -2.538, 2.025, 6.589, 16.405 max_d=16.405 avg_d=2.025 std_dev=4.563
O5' B 0, -2.238, 2.350, 6.938, 16.995 max_d=16.995 avg_d=2.350 std_dev=4.588
OP2 B 0, -2.620, 2.548, 7.716, 19.914 max_d=19.914 avg_d=2.548 std_dev=5.168
P B 0, -2.702, 2.548, 7.799, 19.503 max_d=19.503 avg_d=2.548 std_dev=5.251
OP1 A 0, -2.918, 2.357, 7.632, 19.011 max_d=19.011 avg_d=2.357 std_dev=5.275
OP1 B 0, -2.927, 2.793, 8.512, 20.983 max_d=20.983 avg_d=2.793 std_dev=5.720

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.11 0.07 0.10 0.06
C2 0.02 0.00 0.06 0.06 0.01 0.03 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.07 0.02 0.20 0.19 0.26 0.18
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.06 0.05 0.09 0.00 0.02 0.01 0.05 0.11 0.11 0.08
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.07 0.03 0.07 0.06 0.09 0.01 0.01 0.01 0.07 0.13 0.14 0.11
C4 0.02 0.01 0.04 0.05 0.00 0.06 0.00 0.15 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.07 0.03 0.28 0.30 0.38 0.28
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.06 0.03 0.04 0.06 0.02 0.05 0.01 0.00 0.01 0.07 0.05 0.04
C5 0.02 0.00 0.04 0.06 0.00 0.07 0.00 0.17 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.08 0.05 0.31 0.30 0.38 0.28
C5' 0.03 0.09 0.01 0.01 0.15 0.00 0.17 0.00 0.15 0.09 0.12 0.17 0.06 0.06 0.04 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01
C6 0.02 0.01 0.04 0.07 0.00 0.06 0.00 0.15 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.06 0.29 0.22 0.27 0.21
N1 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.20 0.16 0.20 0.15
N3 0.02 0.00 0.06 0.07 0.00 0.04 0.00 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.08 0.02 0.24 0.25 0.33 0.24
N4 0.02 0.01 0.05 0.06 0.00 0.06 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.08 0.03 0.30 0.35 0.43 0.32
O2 0.02 0.00 0.09 0.09 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.11 0.11 0.04 0.16 0.15 0.23 0.15
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.06 0.05 0.03 0.06 0.02 0.03 0.08 0.06 0.11 0.00 0.05 0.04 0.06 0.10 0.11 0.09
O3' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.07 0.01 0.08 0.04 0.08 0.03 0.08 0.08 0.11 0.05 0.00 0.01 0.18 0.17 0.25 0.18
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.06 0.02 0.02 0.03 0.04 0.04 0.01 0.00 0.10 0.04 0.08 0.06
O5' 0.11 0.20 0.05 0.07 0.28 0.01 0.31 0.01 0.29 0.20 0.24 0.30 0.16 0.06 0.18 0.10 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.07 0.19 0.11 0.13 0.30 0.07 0.30 0.06 0.22 0.16 0.25 0.35 0.15 0.10 0.17 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.10 0.26 0.11 0.14 0.38 0.05 0.38 0.02 0.27 0.20 0.33 0.43 0.23 0.11 0.25 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.18 0.08 0.11 0.28 0.04 0.28 0.01 0.21 0.15 0.24 0.32 0.15 0.09 0.18 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.15 0.32 0.23 0.19 1.02 0.19 0.93 0.24 0.61 0.32 0.71 1.39 0.12 0.53 0.26 0.17 0.24 0.38 0.46 0.30
C2 0.33 0.12 0.48 0.30 0.96 0.29 0.88 0.18 0.48 0.14 0.53 1.44 0.48 0.86 0.44 0.23 0.21 0.28 0.47 0.26
C2' 0.20 0.44 0.24 0.25 1.11 0.24 1.01 0.31 0.69 0.42 0.83 1.47 0.14 0.49 0.30 0.24 0.30 0.43 0.45 0.33
C3' 0.20 0.22 0.28 0.21 0.85 0.24 0.77 0.21 0.48 0.22 0.57 1.19 0.16 0.57 0.30 0.20 0.18 0.28 0.36 0.20
C4 0.96 0.87 1.04 0.78 0.19 0.77 0.20 0.52 0.25 0.68 0.50 0.61 1.34 1.35 0.85 0.77 0.57 0.21 0.66 0.49
C4' 0.14 0.21 0.21 0.15 0.81 0.16 0.75 0.17 0.47 0.21 0.54 1.13 0.15 0.49 0.24 0.13 0.16 0.27 0.38 0.20
C5 0.90 0.81 0.96 0.72 0.18 0.73 0.17 0.51 0.28 0.65 0.51 0.48 1.22 1.24 0.79 0.74 0.58 0.24 0.70 0.52
C5' 0.30 0.22 0.36 0.24 0.60 0.26 0.56 0.16 0.31 0.17 0.36 0.89 0.40 0.61 0.32 0.24 0.23 0.17 0.45 0.25
C6 0.61 0.44 0.69 0.48 0.38 0.50 0.38 0.31 0.10 0.34 0.17 0.78 0.84 0.99 0.57 0.49 0.37 0.10 0.55 0.35
N1 0.34 0.11 0.46 0.29 0.77 0.30 0.72 0.17 0.38 0.09 0.39 1.20 0.48 0.80 0.41 0.25 0.21 0.22 0.45 0.24
N3 0.67 0.44 0.80 0.55 0.63 0.53 0.60 0.30 0.20 0.31 0.19 1.16 0.96 1.17 0.68 0.50 0.33 0.14 0.50 0.29
N4 1.30 1.33 1.35 1.06 0.43 1.04 0.28 0.77 0.61 1.07 1.01 0.25 1.78 1.61 1.10 1.07 0.82 0.42 0.86 0.71
O2 0.18 0.51 0.27 0.24 1.38 0.21 1.23 0.31 0.84 0.49 1.02 1.82 0.15 0.62 0.32 0.22 0.35 0.50 0.57 0.43
O2' 0.45 0.80 0.38 0.45 1.38 0.42 1.25 0.52 0.97 0.74 1.17 1.69 0.52 0.36 0.39 0.48 0.53 0.65 0.62 0.55
O3' 0.23 0.35 0.27 0.26 0.92 0.28 0.84 0.29 0.56 0.33 0.68 1.24 0.13 0.51 0.32 0.26 0.25 0.36 0.35 0.25
O4' 0.15 0.19 0.24 0.17 0.83 0.16 0.78 0.18 0.49 0.21 0.53 1.17 0.20 0.52 0.25 0.13 0.20 0.30 0.44 0.25
O5' 0.57 0.49 0.62 0.48 0.50 0.49 0.47 0.37 0.32 0.41 0.42 0.75 0.74 0.85 0.54 0.48 0.44 0.28 0.61 0.44
OP1 0.74 0.70 0.74 0.63 0.60 0.66 0.57 0.57 0.54 0.63 0.63 0.71 0.89 0.92 0.65 0.68 0.67 0.50 0.81 0.67
OP2 1.09 1.08 1.10 0.95 0.76 0.97 0.70 0.84 0.77 0.96 0.95 0.74 1.31 1.28 0.97 0.99 0.94 0.71 1.04 0.92
P 0.81 0.77 0.83 0.69 0.55 0.71 0.52 0.59 0.53 0.68 0.65 0.64 0.99 1.03 0.72 0.73 0.70 0.48 0.83 0.68

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.12 0.06 0.24 0.15
C2 0.01 0.00 0.05 0.05 0.01 0.02 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.06 0.02 0.24 0.13 0.49 0.31
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.04 0.05 0.09 0.00 0.01 0.01 0.15 0.09 0.25 0.13
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.08 0.00 0.10 0.02 0.10 0.05 0.06 0.09 0.07 0.01 0.00 0.01 0.18 0.11 0.25 0.13
C4 0.01 0.01 0.04 0.08 0.00 0.06 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.11 0.04 0.36 0.24 0.76 0.48
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.07 0.03 0.03 0.07 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.08 0.06 0.02
C5 0.01 0.01 0.05 0.10 0.00 0.08 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.14 0.05 0.39 0.26 0.79 0.51
C5' 0.02 0.07 0.01 0.02 0.14 0.01 0.17 0.00 0.14 0.08 0.10 0.16 0.04 0.04 0.03 0.01 0.00 0.09 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.10 0.00 0.07 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.12 0.05 0.34 0.20 0.62 0.41
N1 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.24 0.12 0.46 0.29
N3 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.03 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.08 0.03 0.30 0.19 0.63 0.40
N4 0.01 0.01 0.05 0.09 0.00 0.07 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.12 0.04 0.38 0.28 0.85 0.53
O2 0.02 0.00 0.09 0.07 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.11 0.10 0.04 0.17 0.09 0.38 0.23
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.02 0.05 0.04 0.11 0.00 0.04 0.03 0.04 0.09 0.11 0.04
O3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.11 0.02 0.14 0.03 0.12 0.05 0.08 0.12 0.10 0.04 0.00 0.01 0.15 0.14 0.19 0.08
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.03 0.04 0.04 0.03 0.01 0.00 0.05 0.05 0.14 0.09
O5' 0.12 0.24 0.15 0.18 0.36 0.01 0.39 0.00 0.34 0.24 0.30 0.38 0.17 0.04 0.15 0.05 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.06 0.13 0.09 0.11 0.24 0.08 0.26 0.09 0.20 0.12 0.19 0.28 0.09 0.09 0.14 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.24 0.49 0.25 0.25 0.76 0.06 0.79 0.02 0.62 0.46 0.63 0.85 0.38 0.11 0.19 0.14 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.15 0.31 0.13 0.13 0.48 0.02 0.51 0.01 0.41 0.29 0.40 0.53 0.23 0.04 0.08 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00