ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48421

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 3, 2, 1, 1, 2, 0, 0, 3, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N4 A 0, -0.558, 0.198, 0.954, 3.660 max_d=3.660 avg_d=0.198 std_dev=0.756
N4 B 0, -0.062, 0.782, 1.626, 4.198 max_d=4.198 avg_d=0.782 std_dev=0.844
N3 A 0, -0.731, 0.220, 1.172, 4.582 max_d=4.582 avg_d=0.220 std_dev=0.952
N3 B 0, -0.191, 0.777, 1.745, 4.862 max_d=4.862 avg_d=0.777 std_dev=0.968
C4 A 0, -0.818, 0.243, 1.303, 5.102 max_d=5.102 avg_d=0.243 std_dev=1.060
C4 B 0, -0.263, 0.809, 1.881, 5.364 max_d=5.364 avg_d=0.809 std_dev=1.072
O2 B 0, -0.188, 0.924, 2.035, 5.815 max_d=5.815 avg_d=0.924 std_dev=1.111
O2 A 0, -0.900, 0.297, 1.493, 5.778 max_d=5.778 avg_d=0.297 std_dev=1.197
C2 B 0, -0.348, 0.877, 2.102, 6.255 max_d=6.255 avg_d=0.877 std_dev=1.225
C2 A 0, -0.995, 0.299, 1.592, 6.225 max_d=6.225 avg_d=0.299 std_dev=1.293
C5 B 0, -0.471, 1.031, 2.533, 7.591 max_d=7.591 avg_d=1.031 std_dev=1.502
C5 A 0, -1.216, 0.349, 1.914, 7.521 max_d=7.521 avg_d=0.349 std_dev=1.565
N1 B 0, -0.638, 1.060, 2.759, 8.580 max_d=8.580 avg_d=1.060 std_dev=1.699
N1 A 0, -1.403, 0.404, 2.211, 8.684 max_d=8.684 avg_d=0.404 std_dev=1.807
C6 B 0, -0.677, 1.156, 2.989, 9.228 max_d=9.228 avg_d=1.156 std_dev=1.833
C6 A 0, -1.503, 0.433, 2.368, 9.303 max_d=9.303 avg_d=0.433 std_dev=1.936
C1' B 0, -0.800, 1.266, 3.332, 10.459 max_d=10.459 avg_d=1.266 std_dev=2.066
C2' B 0, -0.797, 1.392, 3.581, 11.155 max_d=11.155 avg_d=1.392 std_dev=2.189
C1' A 0, -1.722, 0.500, 2.722, 10.682 max_d=10.682 avg_d=0.500 std_dev=2.222
O2' B 0, -0.825, 1.502, 3.829, 11.894 max_d=11.894 avg_d=1.502 std_dev=2.327
C2' A 0, -1.597, 0.740, 3.078, 11.441 max_d=11.441 avg_d=0.740 std_dev=2.338
O2' A 0, -1.571, 0.823, 3.218, 11.789 max_d=11.789 avg_d=0.823 std_dev=2.395
O4' B 0, -1.128, 1.413, 3.954, 12.812 max_d=12.812 avg_d=1.413 std_dev=2.541
C3' B 0, -1.133, 1.526, 4.186, 13.474 max_d=13.474 avg_d=1.526 std_dev=2.659
O4' A 0, -1.874, 0.803, 3.480, 13.055 max_d=13.055 avg_d=0.803 std_dev=2.677
C3' A 0, -1.837, 1.003, 3.842, 13.991 max_d=13.991 avg_d=1.003 std_dev=2.839
C4' B 0, -1.340, 1.575, 4.491, 14.712 max_d=14.712 avg_d=1.575 std_dev=2.916
OP2 B 0, -1.387, 1.559, 4.505, 14.756 max_d=14.756 avg_d=1.559 std_dev=2.946
O5' B 0, -1.379, 1.619, 4.618, 15.090 max_d=15.090 avg_d=1.619 std_dev=2.998
O3' B 0, -1.335, 1.718, 4.770, 15.472 max_d=15.472 avg_d=1.718 std_dev=3.052
C4' A 0, -2.064, 1.014, 4.093, 15.099 max_d=15.099 avg_d=1.014 std_dev=3.079
O3' A 0, -1.922, 1.273, 4.469, 15.877 max_d=15.877 avg_d=1.273 std_dev=3.196
P B 0, -1.598, 1.673, 4.944, 16.420 max_d=16.420 avg_d=1.673 std_dev=3.271
C5' B 0, -1.597, 1.688, 4.974, 16.516 max_d=16.516 avg_d=1.688 std_dev=3.285
O5' A 0, -2.055, 1.295, 4.646, 16.617 max_d=16.617 avg_d=1.295 std_dev=3.350
OP2 A 0, -1.886, 1.566, 5.017, 17.297 max_d=17.297 avg_d=1.566 std_dev=3.451
C5' A 0, -2.146, 1.348, 4.842, 17.308 max_d=17.308 avg_d=1.348 std_dev=3.494
P A 0, -2.170, 1.568, 5.306, 18.635 max_d=18.635 avg_d=1.568 std_dev=3.738
OP1 B 0, -1.855, 1.968, 5.792, 19.209 max_d=19.209 avg_d=1.968 std_dev=3.824
OP1 A 0, -2.453, 1.830, 6.113, 21.380 max_d=21.380 avg_d=1.830 std_dev=4.283

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.05 0.02 0.02 0.01 0.09 0.09 0.11 0.08
C2 0.02 0.00 0.06 0.08 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.10 0.04 0.15 0.17 0.25 0.18
C2' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.04 0.02 0.03 0.01 0.03 0.03 0.06 0.05 0.08 0.00 0.02 0.01 0.07 0.09 0.12 0.07
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.08 0.01 0.05 0.01 0.04 0.05 0.09 0.09 0.09 0.02 0.01 0.02 0.07 0.10 0.09 0.07
C4 0.02 0.01 0.04 0.08 0.00 0.05 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.10 0.03 0.21 0.28 0.36 0.28
C4' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.05 0.00 0.06 0.01 0.05 0.03 0.03 0.05 0.05 0.05 0.02 0.01 0.02 0.07 0.04 0.02
C5 0.02 0.01 0.03 0.05 0.01 0.06 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.03 0.22 0.29 0.35 0.29
C5' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.12 0.01 0.13 0.00 0.11 0.07 0.08 0.13 0.05 0.06 0.03 0.02 0.01 0.08 0.04 0.02
C6 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.05 0.01 0.11 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.19 0.22 0.26 0.22
N1 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.05 0.02 0.15 0.16 0.21 0.16
N3 0.02 0.01 0.06 0.09 0.01 0.03 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.11 0.03 0.18 0.23 0.32 0.23
N4 0.03 0.02 0.05 0.09 0.01 0.05 0.01 0.13 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.04 0.12 0.04 0.23 0.33 0.41 0.32
O2 0.05 0.00 0.08 0.09 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.07 0.11 0.07 0.13 0.13 0.21 0.14
O2' 0.02 0.04 0.00 0.02 0.04 0.05 0.03 0.06 0.03 0.02 0.04 0.04 0.07 0.00 0.03 0.04 0.05 0.09 0.09 0.05
O3' 0.02 0.10 0.02 0.01 0.10 0.02 0.07 0.03 0.04 0.05 0.11 0.12 0.11 0.03 0.00 0.02 0.07 0.09 0.10 0.06
O4' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.04 0.07 0.04 0.02 0.00 0.09 0.09 0.07 0.06
O5' 0.09 0.15 0.07 0.07 0.21 0.02 0.22 0.01 0.19 0.15 0.18 0.23 0.13 0.05 0.07 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.09 0.17 0.09 0.10 0.28 0.07 0.29 0.08 0.22 0.16 0.23 0.33 0.13 0.09 0.09 0.09 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.11 0.25 0.12 0.09 0.36 0.04 0.35 0.04 0.26 0.21 0.32 0.41 0.21 0.09 0.10 0.07 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.08 0.18 0.07 0.07 0.28 0.02 0.29 0.02 0.22 0.16 0.23 0.32 0.14 0.05 0.06 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.17 0.13 0.13 0.49 0.12 0.50 0.25 0.35 0.20 0.30 0.67 0.16 0.23 0.13 0.14 0.41 0.50 0.65 0.54
C2 0.16 0.16 0.21 0.08 0.49 0.07 0.50 0.20 0.31 0.14 0.26 0.74 0.33 0.36 0.10 0.10 0.38 0.48 0.65 0.52
C2' 0.13 0.21 0.16 0.14 0.53 0.12 0.53 0.22 0.38 0.22 0.36 0.71 0.19 0.26 0.15 0.14 0.38 0.45 0.60 0.49
C3' 0.15 0.16 0.19 0.11 0.39 0.09 0.40 0.13 0.26 0.15 0.24 0.55 0.24 0.30 0.14 0.12 0.28 0.36 0.49 0.39
C4 0.49 0.55 0.52 0.36 0.18 0.32 0.14 0.20 0.16 0.39 0.44 0.28 0.76 0.64 0.37 0.36 0.23 0.32 0.43 0.35
C4' 0.12 0.13 0.13 0.10 0.39 0.09 0.40 0.20 0.28 0.15 0.23 0.54 0.17 0.23 0.11 0.11 0.35 0.44 0.57 0.47
C5 0.47 0.52 0.49 0.35 0.18 0.32 0.11 0.21 0.19 0.38 0.42 0.17 0.70 0.60 0.35 0.36 0.23 0.29 0.38 0.32
C5' 0.12 0.12 0.14 0.09 0.31 0.07 0.34 0.18 0.22 0.12 0.17 0.45 0.20 0.25 0.11 0.10 0.34 0.43 0.56 0.46
C6 0.31 0.32 0.34 0.21 0.15 0.19 0.19 0.14 0.10 0.22 0.21 0.30 0.50 0.46 0.22 0.22 0.25 0.34 0.45 0.37
N1 0.17 0.15 0.21 0.09 0.36 0.07 0.39 0.17 0.23 0.11 0.17 0.57 0.33 0.35 0.12 0.11 0.33 0.43 0.58 0.47
N3 0.31 0.32 0.37 0.20 0.34 0.16 0.36 0.14 0.17 0.19 0.23 0.61 0.58 0.52 0.23 0.19 0.30 0.41 0.57 0.45
N4 0.68 0.80 0.71 0.53 0.39 0.48 0.22 0.32 0.36 0.61 0.73 0.28 0.99 0.80 0.53 0.53 0.28 0.29 0.35 0.31
O2 0.17 0.30 0.15 0.17 0.74 0.18 0.71 0.33 0.51 0.32 0.52 0.97 0.20 0.24 0.13 0.21 0.51 0.58 0.77 0.64
O2' 0.24 0.37 0.20 0.25 0.69 0.25 0.67 0.35 0.52 0.38 0.54 0.86 0.23 0.19 0.22 0.28 0.50 0.55 0.71 0.60
O3' 0.16 0.19 0.19 0.13 0.43 0.12 0.43 0.14 0.30 0.18 0.29 0.58 0.23 0.29 0.16 0.14 0.28 0.34 0.47 0.37
O4' 0.12 0.13 0.13 0.12 0.38 0.11 0.40 0.23 0.28 0.15 0.22 0.54 0.18 0.23 0.13 0.12 0.39 0.48 0.62 0.51
O5' 0.15 0.16 0.18 0.11 0.26 0.08 0.30 0.16 0.19 0.12 0.16 0.38 0.28 0.28 0.13 0.10 0.31 0.42 0.53 0.43
OP1 0.17 0.19 0.19 0.12 0.26 0.10 0.30 0.18 0.21 0.15 0.18 0.37 0.29 0.28 0.13 0.12 0.32 0.44 0.53 0.45
OP2 0.22 0.26 0.22 0.15 0.21 0.13 0.24 0.19 0.17 0.18 0.23 0.28 0.38 0.31 0.16 0.15 0.32 0.44 0.52 0.45
P 0.17 0.19 0.19 0.11 0.22 0.08 0.26 0.17 0.17 0.13 0.16 0.32 0.31 0.28 0.13 0.11 0.32 0.44 0.53 0.45

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.08 0.08 0.07
C2 0.01 0.00 0.09 0.11 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.13 0.02 0.15 0.15 0.16 0.14
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.06 0.02 0.07 0.03 0.16 0.00 0.01 0.01 0.04 0.10 0.09 0.05
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.08 0.00 0.10 0.02 0.11 0.05 0.11 0.09 0.16 0.02 0.01 0.01 0.04 0.12 0.12 0.06
C4 0.01 0.01 0.03 0.08 0.00 0.07 0.00 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.10 0.03 0.22 0.22 0.23 0.23
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.07 0.03 0.05 0.07 0.06 0.04 0.01 0.01 0.02 0.09 0.04 0.03
C5 0.02 0.01 0.05 0.10 0.00 0.08 0.00 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.11 0.04 0.23 0.23 0.23 0.23
C5' 0.02 0.07 0.01 0.02 0.13 0.01 0.14 0.00 0.12 0.07 0.10 0.14 0.06 0.04 0.03 0.02 0.01 0.09 0.03 0.02
C6 0.02 0.01 0.06 0.11 0.01 0.07 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.12 0.05 0.20 0.18 0.17 0.17
N1 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.13 0.13 0.12 0.12
N3 0.01 0.00 0.07 0.11 0.00 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.13 0.02 0.18 0.19 0.20 0.19
N4 0.02 0.01 0.03 0.09 0.00 0.07 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.10 0.03 0.23 0.24 0.27 0.26
O2 0.02 0.01 0.16 0.16 0.01 0.06 0.02 0.06 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.13 0.21 0.04 0.12 0.14 0.15 0.12
O2' 0.01 0.07 0.00 0.02 0.03 0.04 0.03 0.04 0.04 0.02 0.07 0.04 0.13 0.00 0.02 0.04 0.03 0.10 0.06 0.03
O3' 0.01 0.13 0.01 0.01 0.10 0.01 0.11 0.03 0.12 0.05 0.13 0.10 0.21 0.02 0.00 0.01 0.06 0.15 0.18 0.08
O4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.01 0.02 0.03 0.04 0.04 0.01 0.00 0.05 0.07 0.12 0.08
O5' 0.06 0.15 0.04 0.04 0.22 0.02 0.23 0.01 0.20 0.13 0.18 0.23 0.12 0.03 0.06 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.08 0.15 0.10 0.12 0.22 0.09 0.23 0.09 0.18 0.13 0.19 0.24 0.14 0.10 0.15 0.07 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.08 0.16 0.09 0.12 0.23 0.04 0.23 0.03 0.17 0.12 0.20 0.27 0.15 0.06 0.18 0.12 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.07 0.14 0.05 0.06 0.23 0.03 0.23 0.02 0.17 0.12 0.19 0.26 0.12 0.03 0.08 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00