ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48423

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 2, 3, 3, 3, 3, 2, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N4 B 0, -0.189, 0.786, 1.762, 3.694 max_d=3.694 avg_d=0.786 std_dev=0.976
N4 A 0, -0.644, 0.346, 1.335, 3.500 max_d=3.500 avg_d=0.346 std_dev=0.989
N3 B 0, -0.165, 1.022, 2.210, 4.573 max_d=4.573 avg_d=1.022 std_dev=1.187
N3 A 0, -0.812, 0.397, 1.606, 4.135 max_d=4.135 avg_d=0.397 std_dev=1.209
C4 B 0, -0.363, 1.009, 2.382, 5.164 max_d=5.164 avg_d=1.009 std_dev=1.372
C4 A 0, -0.937, 0.462, 1.861, 4.793 max_d=4.793 avg_d=0.462 std_dev=1.399
O2 B 0, -0.121, 1.321, 2.763, 5.630 max_d=5.630 avg_d=1.321 std_dev=1.442
O2 A 0, -0.967, 0.500, 1.967, 5.089 max_d=5.089 avg_d=0.500 std_dev=1.467
C2 B 0, -0.320, 1.290, 2.901, 6.163 max_d=6.163 avg_d=1.290 std_dev=1.610
C2 A 0, -1.103, 0.544, 2.190, 5.697 max_d=5.697 avg_d=0.544 std_dev=1.647
C5 B 0, -0.741, 1.310, 3.361, 7.580 max_d=7.580 avg_d=1.310 std_dev=2.051
C5 A 0, -1.427, 0.689, 2.805, 7.316 max_d=7.316 avg_d=0.689 std_dev=2.116
N1 B 0, -0.724, 1.583, 3.890, 8.630 max_d=8.630 avg_d=1.583 std_dev=2.307
N1 A 0, -1.599, 0.776, 3.152, 8.240 max_d=8.240 avg_d=0.776 std_dev=2.376
C6 B 0, -0.921, 1.593, 4.107, 9.288 max_d=9.288 avg_d=1.593 std_dev=2.514
C6 A 0, -1.748, 0.851, 3.450, 9.004 max_d=9.004 avg_d=0.851 std_dev=2.599
C1' B 0, -0.918, 1.921, 4.759, 10.591 max_d=10.591 avg_d=1.921 std_dev=2.838
C1' A 0, -1.966, 0.959, 3.884, 10.146 max_d=10.146 avg_d=0.959 std_dev=2.925
C2' B 0, -1.015, 2.033, 5.082, 11.391 max_d=11.391 avg_d=2.033 std_dev=3.049
O2' B 0, -0.924, 2.228, 5.379, 11.861 max_d=11.861 avg_d=2.228 std_dev=3.152
C2' A 0, -2.054, 1.195, 4.444, 11.397 max_d=11.397 avg_d=1.195 std_dev=3.249
O2' A 0, -2.127, 1.258, 4.642, 11.901 max_d=11.901 avg_d=1.258 std_dev=3.385
O4' B 0, -1.308, 2.219, 5.745, 13.026 max_d=13.026 avg_d=2.219 std_dev=3.527
O4' A 0, -2.268, 1.296, 4.861, 12.457 max_d=12.457 avg_d=1.296 std_dev=3.565
C3' B 0, -1.456, 2.306, 6.068, 13.867 max_d=13.867 avg_d=2.306 std_dev=3.762
C3' A 0, -2.433, 1.514, 5.460, 13.857 max_d=13.857 avg_d=1.514 std_dev=3.946
C4' B 0, -1.587, 2.490, 6.568, 14.974 max_d=14.974 avg_d=2.490 std_dev=4.078
OP2 B 0, -1.827, 2.303, 6.433, 14.957 max_d=14.957 avg_d=2.303 std_dev=4.130
C4' A 0, -2.588, 1.563, 5.714, 14.551 max_d=14.551 avg_d=1.563 std_dev=4.151
OP2 A 0, -2.312, 1.931, 6.173, 15.090 max_d=15.090 avg_d=1.931 std_dev=4.242
O3' B 0, -1.709, 2.595, 6.899, 15.823 max_d=15.823 avg_d=2.595 std_dev=4.304
O5' B 0, -1.854, 2.527, 6.909, 16.027 max_d=16.027 avg_d=2.527 std_dev=4.382
C5' A 0, -2.676, 1.842, 6.360, 15.936 max_d=15.936 avg_d=1.842 std_dev=4.518
O3' A 0, -2.745, 1.811, 6.367, 16.031 max_d=16.031 avg_d=1.811 std_dev=4.556
C5' B 0, -1.906, 2.692, 7.291, 16.771 max_d=16.771 avg_d=2.692 std_dev=4.598
P B 0, -2.042, 2.591, 7.223, 16.821 max_d=16.821 avg_d=2.591 std_dev=4.632
O5' A 0, -2.747, 1.913, 6.573, 16.426 max_d=16.426 avg_d=1.913 std_dev=4.660
P A 0, -2.710, 2.113, 6.935, 17.094 max_d=17.094 avg_d=2.113 std_dev=4.823
OP1 B 0, -2.418, 2.973, 8.364, 19.500 max_d=19.500 avg_d=2.973 std_dev=5.391
OP1 A 0, -3.029, 2.463, 7.955, 19.498 max_d=19.498 avg_d=2.463 std_dev=5.492

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.19 0.14 0.26 0.04
C2 0.01 0.00 0.13 0.13 0.00 0.03 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.11 0.16 0.05 0.26 0.12 0.26 0.07
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.04 0.01 0.12 0.02 0.15 0.02 0.10 0.05 0.26 0.00 0.01 0.01 0.09 0.11 0.36 0.08
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.06 0.01 0.11 0.02 0.14 0.03 0.11 0.07 0.22 0.01 0.01 0.02 0.04 0.12 0.35 0.11
C4 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.05 0.00 0.18 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.08 0.04 0.29 0.11 0.26 0.11
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.04 0.05 0.04 0.06 0.03 0.00 0.02 0.16 0.27 0.03
C5 0.01 0.01 0.12 0.11 0.00 0.05 0.00 0.16 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.10 0.13 0.10 0.30 0.12 0.27 0.12
C5' 0.06 0.15 0.02 0.02 0.18 0.00 0.16 0.00 0.13 0.13 0.18 0.19 0.14 0.06 0.11 0.03 0.01 0.24 0.25 0.01
C6 0.01 0.01 0.15 0.14 0.01 0.05 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.11 0.15 0.13 0.30 0.10 0.28 0.09
N1 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.25 0.11 0.27 0.06
N3 0.01 0.00 0.10 0.11 0.00 0.04 0.00 0.18 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.14 0.03 0.28 0.11 0.26 0.10
N4 0.01 0.01 0.05 0.07 0.00 0.05 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.09 0.04 0.30 0.13 0.24 0.13
O2 0.02 0.00 0.26 0.22 0.01 0.04 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.24 0.27 0.11 0.24 0.15 0.25 0.07
O2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.04 0.06 0.10 0.06 0.11 0.02 0.08 0.04 0.24 0.00 0.03 0.01 0.07 0.14 0.33 0.05
O3' 0.01 0.16 0.01 0.01 0.08 0.03 0.13 0.11 0.15 0.03 0.14 0.09 0.27 0.03 0.00 0.01 0.09 0.16 0.36 0.15
O4' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.04 0.00 0.10 0.03 0.13 0.03 0.03 0.04 0.11 0.01 0.01 0.00 0.21 0.24 0.14 0.12
O5' 0.19 0.26 0.09 0.04 0.29 0.02 0.30 0.01 0.30 0.25 0.28 0.30 0.24 0.07 0.09 0.21 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.14 0.12 0.11 0.12 0.11 0.16 0.12 0.24 0.10 0.11 0.11 0.13 0.15 0.14 0.16 0.24 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.26 0.26 0.36 0.35 0.26 0.27 0.27 0.25 0.28 0.27 0.26 0.24 0.25 0.33 0.36 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.07 0.08 0.11 0.11 0.03 0.12 0.01 0.09 0.06 0.10 0.13 0.07 0.05 0.15 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.34 0.32 0.29 0.19 0.54 0.25 0.51 0.20 0.35 0.29 0.38 0.76 0.46 0.49 0.17 0.32 0.40 0.44 0.57 0.40
C2 0.36 0.28 0.37 0.19 0.54 0.24 0.50 0.15 0.28 0.23 0.29 0.86 0.55 0.61 0.24 0.30 0.34 0.41 0.57 0.39
C2' 0.29 0.32 0.24 0.26 0.58 0.26 0.55 0.27 0.41 0.32 0.45 0.77 0.30 0.33 0.22 0.30 0.44 0.42 0.55 0.39
C3' 0.27 0.25 0.23 0.18 0.42 0.22 0.41 0.20 0.29 0.24 0.30 0.58 0.31 0.37 0.16 0.27 0.38 0.37 0.50 0.35
C4 0.69 0.73 0.71 0.51 0.16 0.50 0.14 0.34 0.27 0.56 0.53 0.31 1.03 0.90 0.54 0.55 0.23 0.38 0.51 0.36
C4' 0.36 0.32 0.33 0.21 0.36 0.27 0.35 0.19 0.26 0.28 0.29 0.52 0.48 0.52 0.21 0.33 0.34 0.37 0.50 0.34
C5 0.67 0.71 0.66 0.47 0.23 0.49 0.16 0.35 0.31 0.56 0.55 0.17 0.96 0.84 0.49 0.55 0.22 0.36 0.50 0.35
C5' 0.56 0.52 0.57 0.43 0.20 0.45 0.18 0.32 0.27 0.44 0.37 0.22 0.72 0.76 0.47 0.49 0.16 0.24 0.38 0.23
C6 0.53 0.51 0.51 0.32 0.17 0.36 0.18 0.23 0.19 0.40 0.34 0.35 0.77 0.71 0.34 0.44 0.23 0.35 0.49 0.32
N1 0.40 0.34 0.37 0.20 0.39 0.26 0.38 0.15 0.22 0.27 0.25 0.65 0.59 0.60 0.23 0.34 0.31 0.38 0.53 0.35
N3 0.51 0.45 0.55 0.35 0.35 0.35 0.35 0.20 0.15 0.33 0.20 0.74 0.82 0.79 0.41 0.39 0.27 0.38 0.55 0.37
N4 0.88 1.02 0.92 0.71 0.44 0.67 0.30 0.51 0.50 0.80 0.89 0.18 1.26 1.06 0.74 0.71 0.29 0.43 0.53 0.41
O2 0.30 0.34 0.26 0.18 0.82 0.24 0.73 0.24 0.50 0.33 0.60 1.10 0.36 0.49 0.17 0.30 0.45 0.49 0.63 0.47
O2' 0.41 0.51 0.39 0.43 0.75 0.40 0.69 0.41 0.56 0.48 0.65 0.91 0.43 0.37 0.41 0.41 0.53 0.48 0.59 0.45
O3' 0.27 0.30 0.24 0.25 0.49 0.26 0.46 0.27 0.36 0.29 0.39 0.62 0.27 0.30 0.23 0.29 0.42 0.38 0.51 0.36
O4' 0.41 0.37 0.39 0.23 0.43 0.30 0.42 0.19 0.29 0.31 0.33 0.63 0.58 0.61 0.24 0.37 0.35 0.43 0.56 0.38
O5' 0.30 0.29 0.30 0.17 0.31 0.20 0.34 0.17 0.24 0.24 0.24 0.45 0.46 0.47 0.18 0.25 0.47 0.54 0.66 0.50
OP1 0.53 0.54 0.54 0.42 0.28 0.42 0.22 0.33 0.31 0.46 0.44 0.18 0.69 0.68 0.45 0.45 0.19 0.31 0.44 0.31
OP2 0.85 0.88 0.89 0.74 0.53 0.71 0.45 0.59 0.57 0.77 0.77 0.38 1.08 1.04 0.77 0.74 0.30 0.42 0.52 0.43
P 0.58 0.60 0.61 0.47 0.27 0.46 0.21 0.34 0.32 0.50 0.48 0.16 0.79 0.77 0.51 0.49 0.19 0.33 0.46 0.32

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.02 0.00 0.07 0.06 0.22 0.10
C2 0.02 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.04 0.24 0.18 0.26 0.20
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.02 0.06 0.02 0.03 0.03 0.07 0.00 0.01 0.01 0.17 0.22 0.10 0.10
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.07 0.01 0.10 0.03 0.10 0.05 0.04 0.07 0.05 0.01 0.01 0.01 0.27 0.34 0.05 0.21
C4 0.02 0.00 0.03 0.07 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.08 0.04 0.38 0.31 0.37 0.33
C4' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.00 0.07 0.01 0.07 0.04 0.03 0.06 0.03 0.02 0.03 0.00 0.01 0.12 0.19 0.01
C5 0.02 0.00 0.05 0.10 0.00 0.07 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.12 0.03 0.41 0.33 0.37 0.35
C5' 0.02 0.06 0.02 0.03 0.12 0.01 0.13 0.00 0.12 0.07 0.08 0.13 0.03 0.03 0.07 0.01 0.01 0.14 0.23 0.03
C6 0.01 0.01 0.06 0.10 0.00 0.07 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.12 0.03 0.35 0.25 0.28 0.26
N1 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.03 0.23 0.17 0.24 0.18
N3 0.02 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.05 0.04 0.31 0.25 0.32 0.27
N4 0.02 0.00 0.03 0.07 0.00 0.06 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.09 0.04 0.41 0.36 0.43 0.37
O2 0.04 0.00 0.07 0.05 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.08 0.06 0.18 0.13 0.23 0.15
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.04 0.02 0.04 0.03 0.05 0.02 0.05 0.04 0.09 0.00 0.03 0.02 0.06 0.16 0.13 0.03
O3' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.08 0.03 0.12 0.07 0.12 0.05 0.05 0.09 0.08 0.03 0.00 0.02 0.29 0.47 0.12 0.30
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.04 0.06 0.02 0.02 0.00 0.08 0.05 0.29 0.14
O5' 0.07 0.24 0.17 0.27 0.38 0.01 0.41 0.01 0.35 0.23 0.31 0.41 0.18 0.06 0.29 0.08 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.06 0.18 0.22 0.34 0.31 0.12 0.33 0.14 0.25 0.17 0.25 0.36 0.13 0.16 0.47 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.22 0.26 0.10 0.05 0.37 0.19 0.37 0.23 0.28 0.24 0.32 0.43 0.23 0.13 0.12 0.29 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.10 0.20 0.10 0.21 0.33 0.01 0.35 0.03 0.26 0.18 0.27 0.37 0.15 0.03 0.30 0.14 0.01 0.00 0.00 0.00