ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48425

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, -0.493, 0.697, 1.887, 2.759 max_d=2.759 avg_d=0.697 std_dev=1.190
N4 A 0, -0.461, 0.747, 1.954, 2.837 max_d=2.837 avg_d=0.747 std_dev=1.208
O2 A 0, -0.490, 0.762, 2.014, 2.931 max_d=2.931 avg_d=0.762 std_dev=1.252
O2 B 0, 0.187, 1.545, 2.903, 3.489 max_d=3.489 avg_d=1.545 std_dev=1.358
N3 B 0, -0.106, 1.351, 2.808, 3.723 max_d=3.723 avg_d=1.351 std_dev=1.457
N4 B 0, -0.220, 1.412, 3.043, 4.177 max_d=4.177 avg_d=1.412 std_dev=1.631
C2 A 0, -0.693, 0.981, 2.656, 3.881 max_d=3.881 avg_d=0.981 std_dev=1.674
C4 A 0, -0.714, 1.013, 2.739, 4.003 max_d=4.003 avg_d=1.013 std_dev=1.727
C2 B 0, -0.112, 1.668, 3.447, 4.581 max_d=4.581 avg_d=1.668 std_dev=1.780
C4 B 0, -0.319, 1.679, 3.676, 5.079 max_d=5.079 avg_d=1.679 std_dev=1.997
N1 B 0, -0.420, 2.360, 5.140, 7.093 max_d=7.093 avg_d=2.360 std_dev=2.780
N1 A 0, -1.173, 1.635, 4.444, 6.500 max_d=6.500 avg_d=1.635 std_dev=2.808
C5 A 0, -1.214, 1.695, 4.605, 6.735 max_d=6.735 avg_d=1.695 std_dev=2.910
C5 B 0, -0.556, 2.486, 5.528, 7.694 max_d=7.694 avg_d=2.486 std_dev=3.042
C1' B 0, -0.395, 2.772, 5.940, 8.145 max_d=8.145 avg_d=2.772 std_dev=3.167
O2' B 0, -0.086, 3.146, 6.378, 8.467 max_d=8.467 avg_d=3.146 std_dev=3.232
C1' A 0, -1.399, 1.969, 5.338, 7.804 max_d=7.804 avg_d=1.969 std_dev=3.369
C6 A 0, -1.424, 1.989, 5.402, 7.901 max_d=7.901 avg_d=1.989 std_dev=3.413
C6 B 0, -0.654, 2.774, 6.202, 8.648 max_d=8.648 avg_d=2.774 std_dev=3.428
C2' B 0, -0.391, 3.170, 6.730, 9.166 max_d=9.166 avg_d=3.170 std_dev=3.561
C2' A 0, -1.385, 2.556, 6.497, 9.361 max_d=9.361 avg_d=2.556 std_dev=3.941
O2' A 0, -1.332, 2.652, 6.635, 9.536 max_d=9.536 avg_d=2.652 std_dev=3.984
O4' A 0, -1.456, 2.745, 6.945, 10.006 max_d=10.006 avg_d=2.745 std_dev=4.200
O4' B 0, -0.798, 3.416, 7.630, 10.633 max_d=10.633 avg_d=3.416 std_dev=4.214
C3' B 0, -0.933, 3.710, 8.353, 11.659 max_d=11.659 avg_d=3.710 std_dev=4.643
O3' B 0, -0.945, 4.019, 8.982, 12.508 max_d=12.508 avg_d=4.019 std_dev=4.963
C3' A 0, -1.623, 3.344, 8.311, 11.903 max_d=11.903 avg_d=3.344 std_dev=4.967
C4' B 0, -1.263, 3.770, 8.804, 12.438 max_d=12.438 avg_d=3.770 std_dev=5.034
C4' A 0, -1.699, 3.436, 8.571, 12.293 max_d=12.293 avg_d=3.436 std_dev=5.135
O5' A 0, -1.723, 4.034, 9.791, 13.933 max_d=13.933 avg_d=4.034 std_dev=5.757
O3' A 0, -1.807, 4.044, 9.894, 14.095 max_d=14.095 avg_d=4.044 std_dev=5.851
C5' A 0, -1.816, 4.118, 10.051, 14.313 max_d=14.313 avg_d=4.118 std_dev=5.934
C5' B 0, -1.899, 4.184, 10.267, 14.692 max_d=14.692 avg_d=4.184 std_dev=6.083
O5' B 0, -1.455, 4.704, 10.863, 15.298 max_d=15.298 avg_d=4.704 std_dev=6.159
OP2 A 0, -1.628, 4.704, 11.036, 15.501 max_d=15.501 avg_d=4.704 std_dev=6.332
P A 0, -1.868, 4.806, 11.479, 16.239 max_d=16.239 avg_d=4.806 std_dev=6.673
OP2 B 0, -1.712, 5.305, 12.321, 17.358 max_d=17.358 avg_d=5.305 std_dev=7.017
P B 0, -1.644, 5.575, 12.795, 17.965 max_d=17.965 avg_d=5.575 std_dev=7.219
OP1 A 0, -2.112, 5.594, 13.300, 18.805 max_d=18.805 avg_d=5.594 std_dev=7.706
OP1 B 0, -1.573, 6.396, 14.366, 19.980 max_d=19.980 avg_d=6.396 std_dev=7.970

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.03 0.00 0.08 0.10 0.29 0.15
C2 0.02 0.00 0.12 0.14 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.06 0.17 0.05 0.08 0.09 0.38 0.21
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.03 0.07 0.02 0.10 0.05 0.20 0.00 0.04 0.02 0.08 0.19 0.24 0.11
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.11 0.00 0.04 0.05 0.03 0.06 0.15 0.13 0.18 0.02 0.00 0.01 0.07 0.23 0.17 0.11
C4 0.02 0.01 0.04 0.11 0.00 0.08 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.11 0.04 0.09 0.14 0.37 0.20
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.08 0.00 0.09 0.01 0.08 0.04 0.06 0.09 0.04 0.07 0.02 0.00 0.02 0.15 0.11 0.02
C5 0.02 0.02 0.04 0.04 0.01 0.09 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.03 0.08 0.10 0.13 0.33 0.16
C5' 0.03 0.03 0.03 0.05 0.07 0.01 0.11 0.00 0.10 0.05 0.04 0.08 0.04 0.06 0.05 0.01 0.00 0.11 0.04 0.02
C6 0.02 0.02 0.07 0.03 0.01 0.08 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.05 0.10 0.09 0.10 0.32 0.15
N1 0.01 0.02 0.02 0.06 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.06 0.03 0.08 0.09 0.34 0.18
N3 0.02 0.00 0.10 0.15 0.00 0.06 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.17 0.04 0.08 0.12 0.40 0.22
N4 0.02 0.01 0.05 0.13 0.00 0.09 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.13 0.04 0.10 0.18 0.36 0.21
O2 0.04 0.01 0.20 0.18 0.02 0.04 0.03 0.04 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.13 0.25 0.07 0.08 0.09 0.38 0.22
O2' 0.03 0.06 0.00 0.02 0.01 0.07 0.04 0.06 0.05 0.01 0.05 0.02 0.13 0.00 0.07 0.09 0.01 0.24 0.16 0.04
O3' 0.03 0.17 0.04 0.00 0.11 0.02 0.03 0.05 0.05 0.06 0.17 0.13 0.25 0.07 0.00 0.03 0.11 0.38 0.23 0.21
O4' 0.00 0.05 0.02 0.01 0.04 0.00 0.08 0.01 0.10 0.03 0.04 0.04 0.07 0.09 0.03 0.00 0.05 0.07 0.27 0.15
O5' 0.08 0.08 0.08 0.07 0.09 0.02 0.10 0.00 0.09 0.08 0.08 0.10 0.08 0.01 0.11 0.05 0.00 0.01 0.04 0.00
OP1 0.10 0.09 0.19 0.23 0.14 0.15 0.13 0.11 0.10 0.09 0.12 0.18 0.09 0.24 0.38 0.07 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.29 0.38 0.24 0.17 0.37 0.11 0.33 0.04 0.32 0.34 0.40 0.36 0.38 0.16 0.23 0.27 0.04 0.02 0.00 0.00
P 0.15 0.21 0.11 0.11 0.20 0.02 0.16 0.02 0.15 0.18 0.22 0.21 0.22 0.04 0.21 0.15 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.20 0.07 0.18 0.23 0.48 0.28 0.40 0.28 0.20 0.05 0.31 0.71 0.27 0.41 0.44 0.27 0.15 0.07 0.36 0.07
C2 0.49 0.31 0.38 0.35 0.40 0.52 0.29 0.47 0.03 0.26 0.10 0.75 0.69 0.73 0.57 0.55 0.33 0.20 0.36 0.24
C2' 0.44 0.47 0.58 0.54 0.69 0.39 0.66 0.41 0.55 0.47 0.59 0.82 0.44 0.45 0.56 0.34 0.34 0.33 0.60 0.28
C3' 0.42 0.38 0.50 0.49 0.55 0.41 0.57 0.44 0.49 0.42 0.43 0.67 0.39 0.42 0.53 0.38 0.34 0.30 0.60 0.26
C4 0.85 0.90 0.82 0.67 0.32 0.78 0.27 0.74 0.49 0.74 0.71 0.11 1.14 1.15 0.82 0.82 0.66 0.51 0.56 0.57
C4' 0.19 0.10 0.18 0.23 0.35 0.25 0.32 0.27 0.18 0.10 0.19 0.53 0.27 0.40 0.44 0.23 0.18 0.09 0.40 0.10
C5 0.76 0.79 0.76 0.63 0.29 0.72 0.25 0.68 0.43 0.66 0.61 0.09 1.03 1.10 0.81 0.74 0.62 0.47 0.56 0.54
C5' 0.34 0.25 0.31 0.33 0.12 0.38 0.12 0.38 0.07 0.21 0.08 0.30 0.45 0.64 0.57 0.36 0.33 0.21 0.45 0.27
C6 0.58 0.53 0.55 0.49 0.07 0.58 0.08 0.54 0.23 0.44 0.31 0.27 0.80 0.90 0.70 0.59 0.46 0.32 0.46 0.38
N1 0.43 0.29 0.36 0.35 0.28 0.46 0.23 0.43 0.04 0.24 0.05 0.57 0.60 0.70 0.57 0.47 0.31 0.18 0.37 0.23
N3 0.74 0.70 0.65 0.53 0.11 0.70 0.08 0.64 0.27 0.57 0.35 0.56 1.04 0.99 0.71 0.75 0.52 0.38 0.44 0.42
N4 1.02 1.13 1.03 0.82 0.70 0.92 0.56 0.88 0.73 0.96 1.06 0.38 1.28 1.33 0.93 0.97 0.83 0.69 0.71 0.76
O2 0.29 0.10 0.12 0.18 0.74 0.38 0.56 0.35 0.27 0.05 0.56 1.03 0.32 0.45 0.42 0.41 0.15 0.07 0.35 0.08
O2' 0.49 0.61 0.72 0.61 0.81 0.38 0.76 0.38 0.65 0.58 0.74 0.92 0.54 0.55 0.56 0.33 0.38 0.43 0.60 0.38
O3' 0.70 0.60 0.79 0.75 0.70 0.65 0.75 0.65 0.72 0.67 0.61 0.75 0.58 0.68 0.73 0.63 0.55 0.49 0.77 0.46
O4' 0.35 0.18 0.26 0.30 0.30 0.41 0.24 0.38 0.08 0.17 0.15 0.54 0.41 0.64 0.56 0.41 0.28 0.14 0.32 0.22
O5' 0.40 0.37 0.39 0.37 0.07 0.42 0.10 0.44 0.15 0.29 0.22 0.19 0.57 0.70 0.59 0.40 0.38 0.26 0.50 0.32
OP1 0.35 0.34 0.33 0.31 0.04 0.37 0.05 0.39 0.10 0.25 0.22 0.15 0.53 0.64 0.52 0.36 0.33 0.23 0.43 0.29
OP2 0.48 0.56 0.54 0.45 0.35 0.46 0.29 0.42 0.32 0.44 0.50 0.34 0.73 0.87 0.62 0.45 0.45 0.33 0.30 0.43
P 0.38 0.41 0.40 0.35 0.15 0.39 0.11 0.38 0.15 0.31 0.31 0.19 0.60 0.76 0.55 0.37 0.36 0.24 0.37 0.33

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.07 0.02 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.07 0.00 0.12 0.09 0.22 0.11
C2 0.02 0.00 0.13 0.21 0.00 0.06 0.01 0.15 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.13 0.14 0.04 0.14 0.18 0.38 0.15
C2' 0.00 0.13 0.00 0.01 0.07 0.03 0.17 0.09 0.18 0.03 0.07 0.07 0.30 0.00 0.03 0.01 0.27 0.26 0.45 0.30
C3' 0.02 0.21 0.01 0.00 0.15 0.00 0.11 0.04 0.10 0.11 0.20 0.16 0.28 0.04 0.00 0.03 0.20 0.29 0.24 0.23
C4 0.01 0.00 0.07 0.15 0.00 0.06 0.00 0.22 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.25 0.11 0.03 0.15 0.21 0.44 0.22
C4' 0.01 0.06 0.03 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.07 0.04 0.06 0.06 0.09 0.21 0.03 0.00 0.02 0.09 0.09 0.02
C5 0.02 0.01 0.17 0.11 0.00 0.08 0.00 0.25 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.27 0.11 0.04 0.18 0.20 0.42 0.26
C5' 0.07 0.15 0.09 0.04 0.22 0.01 0.25 0.00 0.23 0.16 0.18 0.23 0.13 0.16 0.12 0.03 0.01 0.22 0.12 0.01
C6 0.02 0.01 0.18 0.10 0.00 0.07 0.01 0.23 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.23 0.09 0.05 0.18 0.15 0.35 0.22
N1 0.01 0.02 0.03 0.11 0.00 0.04 0.01 0.16 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.15 0.04 0.02 0.13 0.09 0.32 0.14
N3 0.01 0.00 0.07 0.20 0.01 0.06 0.00 0.18 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.19 0.14 0.04 0.15 0.22 0.43 0.19
N4 0.02 0.01 0.07 0.16 0.01 0.06 0.01 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.27 0.13 0.03 0.15 0.24 0.46 0.24
O2 0.05 0.01 0.30 0.28 0.01 0.09 0.02 0.13 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.15 0.22 0.06 0.16 0.23 0.38 0.15
O2' 0.01 0.13 0.00 0.04 0.25 0.21 0.27 0.16 0.23 0.15 0.19 0.27 0.15 0.00 0.05 0.15 0.20 0.20 0.41 0.22
O3' 0.07 0.14 0.03 0.00 0.11 0.03 0.11 0.12 0.09 0.04 0.14 0.13 0.22 0.05 0.00 0.03 0.28 0.43 0.20 0.32
O4' 0.00 0.04 0.01 0.03 0.03 0.00 0.04 0.03 0.05 0.02 0.04 0.03 0.06 0.15 0.03 0.00 0.16 0.26 0.07 0.17
O5' 0.12 0.14 0.27 0.20 0.15 0.02 0.18 0.01 0.18 0.13 0.15 0.15 0.16 0.20 0.28 0.16 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.09 0.18 0.26 0.29 0.21 0.09 0.20 0.22 0.15 0.09 0.22 0.24 0.23 0.20 0.43 0.26 0.03 0.00 0.02 0.00
OP2 0.22 0.38 0.45 0.24 0.44 0.09 0.42 0.12 0.35 0.32 0.43 0.46 0.38 0.41 0.20 0.07 0.03 0.02 0.00 0.00
P 0.11 0.15 0.30 0.23 0.22 0.02 0.26 0.01 0.22 0.14 0.19 0.24 0.15 0.22 0.32 0.17 0.01 0.00 0.00 0.00