Doublet Group distance statistics: 48426

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
N3	A	0, 0.001, 0.004, 0.007, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C5	A	0, 0.001, 0.009, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.009 std_dev=0.007
N1	A	0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C2	A	0, 0.004, 0.016, 0.028, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.012
C4	A	0, 0.004, 0.016, 0.028, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.012
C1'	A	0, 0.004, 0.016, 0.028, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.012
C6	A	0, 0.002, 0.015, 0.027, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.012
O2	A	0, 0.006, 0.028, 0.050, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.028 std_dev=0.022
N4	A	0, 0.006, 0.046, 0.087, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.046 std_dev=0.040
C2'	A	0, 0.004, 0.147, 0.291, 0.342 max_d=0.342 avg_d=0.147 std_dev=0.143
O2'	A	0, 0.016, 0.162, 0.308, 0.370 max_d=0.370 avg_d=0.162 std_dev=0.146
O4'	A	0, 0.002, 0.151, 0.301, 0.337 max_d=0.337 avg_d=0.151 std_dev=0.150
N4	B	0, 0.000, 0.211, 0.421, 0.514 max_d=0.514 avg_d=0.211 std_dev=0.210
C4	B	0, 0.012, 0.223, 0.434, 0.464 max_d=0.464 avg_d=0.223 std_dev=0.211
C3'	A	0, 0.001, 0.234, 0.467, 0.542 max_d=0.542 avg_d=0.234 std_dev=0.233
C4'	A	0, 0.000, 0.238, 0.476, 0.548 max_d=0.548 avg_d=0.238 std_dev=0.238
C5'	A	0, 0.006, 0.351, 0.696, 0.798 max_d=0.798 avg_d=0.351 std_dev=0.345
O3'	A	0, 0.008, 0.357, 0.706, 0.822 max_d=0.822 avg_d=0.357 std_dev=0.349
O5'	A	0, 0.023, 0.394, 0.765, 0.871 max_d=0.871 avg_d=0.394 std_dev=0.371
C5	B	0, -0.002, 0.392, 0.786, 0.926 max_d=0.926 avg_d=0.392 std_dev=0.394
N3	B	0, 0.012, 0.474, 0.937, 0.994 max_d=0.994 avg_d=0.474 std_dev=0.462
P	A	0, 0.026, 0.601, 1.177, 1.233 max_d=1.233 avg_d=0.601 std_dev=0.576
C6	B	0, -0.002, 0.658, 1.317, 1.505 max_d=1.505 avg_d=0.658 std_dev=0.659
C2	B	0, 0.005, 0.697, 1.388, 1.539 max_d=1.539 avg_d=0.697 std_dev=0.692
N1	B	0, -0.002, 0.769, 1.540, 1.740 max_d=1.740 avg_d=0.769 std_dev=0.771
O2	B	0, 0.007, 0.936, 1.865, 2.044 max_d=2.044 avg_d=0.936 std_dev=0.929
C1'	B	0, -0.005, 1.064, 2.133, 2.402 max_d=2.402 avg_d=1.064 std_dev=1.069
O4'	B	0, 0.004, 1.232, 2.460, 2.731 max_d=2.731 avg_d=1.232 std_dev=1.228
OP2	A	0, 0.020, 1.491, 2.961, 2.973 max_d=2.973 avg_d=1.491 std_dev=1.470
C2'	B	0, 0.004, 1.499, 2.994, 3.238 max_d=3.238 avg_d=1.499 std_dev=1.495
O2'	B	0, -0.001, 1.563, 3.127, 3.435 max_d=3.435 avg_d=1.563 std_dev=1.564
OP2	B	0, 0.034, 1.637, 3.239, 3.365 max_d=3.365 avg_d=1.637 std_dev=1.602
C4'	B	0, 0.021, 1.690, 3.359, 3.613 max_d=3.613 avg_d=1.690 std_dev=1.669
O5'	B	0, 0.036, 1.739, 3.442, 3.573 max_d=3.573 avg_d=1.739 std_dev=1.703
OP1	A	0, 0.037, 1.763, 3.489, 3.529 max_d=3.529 avg_d=1.763 std_dev=1.726
C3'	B	0, 0.015, 1.765, 3.516, 3.719 max_d=3.719 avg_d=1.765 std_dev=1.750
P	B	0, 0.030, 1.795, 3.561, 3.748 max_d=3.748 avg_d=1.795 std_dev=1.766
C5'	B	0, 0.035, 1.938, 3.842, 4.030 max_d=4.030 avg_d=1.938 std_dev=1.903
OP1	B	0, 0.016, 2.013, 4.009, 4.352 max_d=4.352 avg_d=2.013 std_dev=1.996
O3'	B	0, 0.022, 2.209, 4.395, 4.604 max_d=4.604 avg_d=2.209 std_dev=2.187

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.04	0.00	0.02	0.26	0.05	0.04
C2	0.01	0.00	0.04	0.06	0.01	0.01	0.01	0.04	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.03	0.05	0.02	0.07	0.67	0.19	0.10
C2'	0.00	0.04	0.00	0.00	0.01	0.02	0.04	0.01	0.06	0.02	0.03	0.01	0.07	0.00	0.03	0.01	0.02	0.12	0.03	0.02
C3'	0.00	0.06	0.00	0.00	0.03	0.00	0.02	0.02	0.04	0.02	0.06	0.03	0.08	0.01	0.01	0.01	0.02	0.13	0.06	0.04
C4	0.01	0.01	0.01	0.03	0.00	0.03	0.00	0.10	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.03	0.04	0.03	0.13	1.01	0.43	0.17
C4'	0.01	0.01	0.02	0.00	0.03	0.00	0.05	0.01	0.05	0.01	0.01	0.03	0.02	0.08	0.02	0.00	0.02	0.18	0.24	0.01
C5	0.01	0.01	0.04	0.02	0.00	0.05	0.00	0.12	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.03	0.01	0.02	0.15	1.01	0.46	0.18
C5'	0.01	0.04	0.01	0.02	0.10	0.01	0.12	0.00	0.10	0.05	0.07	0.11	0.02	0.08	0.02	0.01	0.00	0.35	0.34	0.01
C6	0.01	0.00	0.06	0.04	0.01	0.05	0.00	0.10	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.04	0.04	0.02	0.12	0.75	0.29	0.13
N1	0.00	0.00	0.02	0.02	0.01	0.01	0.00	0.05	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.07	0.57	0.14	0.09
N3	0.01	0.00	0.03	0.06	0.00	0.01	0.00	0.07	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.03	0.06	0.03	0.10	0.87	0.31	0.15
N4	0.01	0.01	0.01	0.03	0.00	0.03	0.01	0.11	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.03	0.06	0.03	0.14	1.14	0.52	0.20
O2	0.01	0.00	0.07	0.08	0.01	0.02	0.01	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.05	0.06	0.03	0.05	0.56	0.10	0.09
O2'	0.02	0.03	0.00	0.01	0.03	0.08	0.03	0.08	0.04	0.01	0.03	0.03	0.05	0.00	0.07	0.05	0.05	0.08	0.05	0.05
O3'	0.04	0.05	0.03	0.01	0.04	0.02	0.01	0.02	0.04	0.01	0.06	0.06	0.06	0.07	0.00	0.03	0.07	0.40	0.04	0.10
O4'	0.00	0.02	0.01	0.01	0.03	0.00	0.02	0.01	0.02	0.01	0.03	0.03	0.03	0.05	0.03	0.00	0.03	0.11	0.22	0.02
O5'	0.02	0.07	0.02	0.02	0.13	0.02	0.15	0.00	0.12	0.07	0.10	0.14	0.05	0.05	0.07	0.03	0.00	0.01	0.04	0.01
OP1	0.26	0.67	0.12	0.13	1.01	0.18	1.01	0.35	0.75	0.57	0.87	1.14	0.56	0.08	0.40	0.11	0.01	0.00	0.01	0.01
OP2	0.05	0.19	0.03	0.06	0.43	0.24	0.46	0.34	0.29	0.14	0.31	0.52	0.10	0.05	0.04	0.22	0.04	0.01	0.00	0.00
P	0.04	0.10	0.02	0.04	0.17	0.01	0.18	0.01	0.13	0.09	0.15	0.20	0.09	0.05	0.10	0.02	0.01	0.01	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.60	0.56	0.82	0.89	0.16	0.66	0.16	0.58	0.32	0.50	0.39	0.09	0.76	0.78	1.04	0.49	0.59	0.55	0.48	0.54
C2	0.43	0.48	0.57	0.66	0.17	0.47	0.10	0.42	0.22	0.38	0.40	0.03	0.61	0.51	0.77	0.34	0.45	0.41	0.38	0.42
C2'	0.45	0.41	0.68	0.70	0.03	0.46	0.03	0.36	0.18	0.35	0.24	0.19	0.61	0.64	0.84	0.31	0.39	0.35	0.29	0.34
C3'	0.43	0.39	0.69	0.70	0.01	0.43	0.02	0.31	0.13	0.32	0.22	0.20	0.60	0.67	0.86	0.26	0.33	0.29	0.22	0.27
C4	0.28	0.38	0.40	0.47	0.15	0.29	0.05	0.23	0.10	0.26	0.35	0.07	0.52	0.36	0.58	0.18	0.26	0.23	0.23	0.25
C4'	0.56	0.49	0.85	0.89	0.09	0.62	0.09	0.52	0.26	0.44	0.31	0.13	0.70	0.82	1.09	0.42	0.53	0.50	0.42	0.47
C5	0.36	0.44	0.51	0.58	0.15	0.37	0.04	0.29	0.13	0.31	0.38	0.04	0.60	0.48	0.71	0.24	0.32	0.28	0.25	0.29
C5'	0.56	0.51	0.85	0.90	0.13	0.62	0.11	0.52	0.26	0.45	0.35	0.06	0.71	0.82	1.11	0.42	0.54	0.51	0.43	0.48
C6	0.46	0.50	0.64	0.70	0.16	0.48	0.08	0.40	0.20	0.39	0.40	0.02	0.67	0.60	0.85	0.34	0.42	0.38	0.33	0.38
N1	0.50	0.52	0.68	0.75	0.17	0.54	0.12	0.47	0.25	0.43	0.41	0.04	0.69	0.63	0.89	0.39	0.49	0.45	0.40	0.45
N3	0.30	0.39	0.41	0.49	0.15	0.33	0.05	0.28	0.13	0.28	0.36	0.05	0.50	0.36	0.59	0.22	0.31	0.28	0.27	0.31
N4	0.19	0.32	0.28	0.34	0.14	0.19	0.10	0.14	0.09	0.19	0.32	0.11	0.44	0.25	0.43	0.11	0.17	0.18	0.19	0.20
O2	0.47	0.50	0.61	0.71	0.17	0.53	0.14	0.49	0.28	0.43	0.41	0.10	0.62	0.54	0.80	0.40	0.52	0.48	0.45	0.50
O2'	0.58	0.47	0.80	0.82	0.07	0.60	0.13	0.51	0.30	0.45	0.25	0.16	0.66	0.77	0.95	0.46	0.52	0.49	0.41	0.48
O3'	0.43	0.36	0.71	0.69	0.04	0.41	0.04	0.27	0.12	0.30	0.18	0.23	0.57	0.71	0.86	0.24	0.29	0.26	0.18	0.23
O4'	0.65	0.59	0.92	1.00	0.18	0.74	0.18	0.66	0.35	0.54	0.41	0.06	0.80	0.88	1.19	0.54	0.67	0.63	0.55	0.61
O5'	0.54	0.53	0.80	0.86	0.18	0.58	0.12	0.48	0.26	0.45	0.40	0.00	0.72	0.77	1.05	0.39	0.51	0.47	0.41	0.45
OP1	0.89	0.91	1.15	1.29	0.76	0.99	0.71	0.96	0.77	0.86	0.87	0.69	1.00	1.04	1.48	0.77	1.07	1.10	1.11	1.07
OP2	0.49	0.48	0.86	0.90	0.03	0.55	0.13	0.39	0.07	0.35	0.30	0.27	0.76	0.89	1.17	0.30	0.38	0.31	0.19	0.25
P	0.58	0.58	0.86	0.93	0.23	0.64	0.17	0.54	0.30	0.49	0.45	0.08	0.76	0.82	1.14	0.43	0.58	0.54	0.49	0.52

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.02	0.01	0.00	0.02	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.03	0.01	0.02	0.00	0.01	0.04	0.01	0.05
C2	0.01	0.00	0.07	0.18	0.01	0.06	0.01	0.07	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.04	0.21	0.03	0.14	0.13	0.17	0.18
C2'	0.00	0.07	0.00	0.00	0.01	0.02	0.04	0.01	0.06	0.00	0.06	0.02	0.13	0.00	0.02	0.01	0.05	0.15	0.10	0.07
C3'	0.02	0.18	0.00	0.00	0.15	0.00	0.08	0.02	0.03	0.09	0.19	0.17	0.21	0.01	0.00	0.01	0.05	0.19	0.09	0.10
C4	0.01	0.01	0.01	0.15	0.00	0.09	0.00	0.13	0.00	0.01	0.00	0.00	0.02	0.05	0.18	0.03	0.20	0.23	0.27	0.28
C4'	0.00	0.06	0.02	0.00	0.09	0.00	0.08	0.01	0.06	0.04	0.08	0.10	0.04	0.06	0.00	0.00	0.01	0.04	0.02	0.01
C5	0.02	0.01	0.04	0.08	0.00	0.08	0.00	0.11	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.05	0.09	0.06	0.17	0.20	0.20	0.25
C5'	0.01	0.07	0.01	0.02	0.13	0.01	0.11	0.00	0.07	0.05	0.11	0.15	0.05	0.05	0.01	0.01	0.01	0.06	0.01	0.00
C6	0.01	0.00	0.06	0.03	0.00	0.06	0.01	0.07	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.04	0.03	0.06	0.10	0.12	0.09	0.17
N1	0.00	0.00	0.00	0.09	0.01	0.04	0.01	0.05	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.04	0.10	0.00	0.09	0.09	0.09	0.13
N3	0.01	0.00	0.06	0.19	0.00	0.08	0.00	0.11	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.04	0.23	0.01	0.19	0.19	0.25	0.25
N4	0.01	0.01	0.02	0.17	0.00	0.10	0.00	0.15	0.01	0.01	0.00	0.00	0.02	0.05	0.20	0.03	0.23	0.27	0.33	0.32
O2	0.03	0.01	0.13	0.21	0.02	0.04	0.01	0.05	0.00	0.00	0.01	0.02	0.00	0.03	0.24	0.06	0.12	0.11	0.16	0.15
O2'	0.01	0.04	0.00	0.01	0.05	0.06	0.05	0.05	0.04	0.04	0.04	0.05	0.03	0.00	0.02	0.04	0.02	0.12	0.06	0.04
O3'	0.02	0.21	0.02	0.00	0.18	0.00	0.09	0.01	0.03	0.10	0.23	0.20	0.24	0.02	0.00	0.01	0.06	0.28	0.11	0.15
O4'	0.00	0.03	0.01	0.01	0.03	0.00	0.06	0.01	0.06	0.00	0.01	0.03	0.06	0.04	0.01	0.00	0.02	0.07	0.03	0.08
O5'	0.01	0.14	0.05	0.05	0.20	0.01	0.17	0.01	0.10	0.09	0.19	0.23	0.12	0.02	0.06	0.02	0.00	0.01	0.01	0.00
OP1	0.04	0.13	0.15	0.19	0.23	0.04	0.20	0.06	0.12	0.09	0.19	0.27	0.11	0.12	0.28	0.07	0.01	0.00	0.01	0.00
OP2	0.01	0.17	0.10	0.09	0.27	0.02	0.20	0.01	0.09	0.09	0.25	0.33	0.16	0.06	0.11	0.03	0.01	0.01	0.00	0.00
P	0.05	0.18	0.07	0.10	0.28	0.01	0.25	0.00	0.17	0.13	0.25	0.32	0.15	0.04	0.15	0.08	0.00	0.00	0.00	0.00