ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48427

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.002, 0.007, 0.011, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.001, 0.008, 0.015, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.004, 0.016, 0.027, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.016 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.004, 0.016, 0.028, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.016 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.005, 0.018, 0.030, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.018 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.003, 0.017, 0.030, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.013
N4 A 0, 0.004, 0.018, 0.032, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.018 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.005, 0.020, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.020 std_dev=0.015
O4' A 0, 0.017, 0.076, 0.135, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.076 std_dev=0.059
C4' A 0, -0.004, 0.085, 0.174, 0.208 max_d=0.208 avg_d=0.085 std_dev=0.089
C2' A 0, -0.021, 0.079, 0.178, 0.219 max_d=0.219 avg_d=0.079 std_dev=0.100
C3' A 0, -0.031, 0.097, 0.224, 0.276 max_d=0.276 avg_d=0.097 std_dev=0.127
O2' A 0, -0.012, 0.120, 0.252, 0.303 max_d=0.303 avg_d=0.120 std_dev=0.132
O5' A 0, 0.006, 0.167, 0.329, 0.385 max_d=0.385 avg_d=0.167 std_dev=0.161
O3' A 0, -0.026, 0.142, 0.309, 0.377 max_d=0.377 avg_d=0.142 std_dev=0.168
C5' A 0, -0.025, 0.145, 0.315, 0.384 max_d=0.384 avg_d=0.145 std_dev=0.170
P A 0, -0.017, 0.195, 0.408, 0.490 max_d=0.490 avg_d=0.195 std_dev=0.212
OP2 A 0, -0.050, 0.172, 0.395, 0.486 max_d=0.486 avg_d=0.172 std_dev=0.222
N4 B 0, -0.015, 0.224, 0.463, 0.555 max_d=0.555 avg_d=0.224 std_dev=0.239
OP1 A 0, -0.008, 0.238, 0.484, 0.577 max_d=0.577 avg_d=0.238 std_dev=0.246
C4 B 0, -0.029, 0.234, 0.496, 0.600 max_d=0.600 avg_d=0.234 std_dev=0.262
C5 B 0, -0.029, 0.249, 0.526, 0.636 max_d=0.636 avg_d=0.249 std_dev=0.277
N3 B 0, -0.050, 0.252, 0.554, 0.677 max_d=0.677 avg_d=0.252 std_dev=0.302
OP2 B 0, -0.007, 0.325, 0.658, 0.782 max_d=0.782 avg_d=0.325 std_dev=0.333
C6 B 0, -0.045, 0.297, 0.639, 0.776 max_d=0.776 avg_d=0.297 std_dev=0.342
C2 B 0, -0.072, 0.296, 0.664, 0.814 max_d=0.814 avg_d=0.296 std_dev=0.368
N1 B 0, -0.071, 0.319, 0.709, 0.868 max_d=0.868 avg_d=0.319 std_dev=0.390
O2 B 0, -0.095, 0.325, 0.746, 0.919 max_d=0.919 avg_d=0.325 std_dev=0.420
P B 0, -0.034, 0.427, 0.889, 1.068 max_d=1.068 avg_d=0.427 std_dev=0.461
C1' B 0, -0.085, 0.389, 0.864, 1.058 max_d=1.058 avg_d=0.389 std_dev=0.475
C2' B 0, -0.073, 0.408, 0.889, 1.083 max_d=1.083 avg_d=0.408 std_dev=0.481
C3' B 0, -0.058, 0.444, 0.947, 1.147 max_d=1.147 avg_d=0.444 std_dev=0.503
O4' B 0, -0.085, 0.438, 0.960, 1.172 max_d=1.172 avg_d=0.438 std_dev=0.522
O2' B 0, -0.073, 0.454, 0.981, 1.193 max_d=1.193 avg_d=0.454 std_dev=0.527
C4' B 0, -0.063, 0.470, 1.003, 1.215 max_d=1.215 avg_d=0.470 std_dev=0.533
C5' B 0, -0.061, 0.495, 1.051, 1.271 max_d=1.271 avg_d=0.495 std_dev=0.556
O3' B 0, -0.060, 0.500, 1.061, 1.283 max_d=1.283 avg_d=0.500 std_dev=0.560
O5' B 0, -0.067, 0.515, 1.097, 1.328 max_d=1.328 avg_d=0.515 std_dev=0.582
OP1 B 0, -0.074, 0.560, 1.193, 1.445 max_d=1.445 avg_d=0.560 std_dev=0.634

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.04 0.03
C2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.03
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02
C4 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03
C4' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
C5 0.02 0.02 0.05 0.04 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.05 0.04 0.02 0.02 0.03 0.03
C5' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
C6 0.01 0.02 0.05 0.04 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.05 0.04 0.02 0.02 0.03 0.03
N1 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03
N3 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04 0.03
N4 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03
O2 0.01 0.00 0.06 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.05 0.01 0.03 0.03 0.04 0.03
O2' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.03 0.04 0.03 0.04 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01
O3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.05 0.01 0.00 0.00 0.04 0.05 0.04 0.04
O4' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.06 0.05 0.06 0.05
O5' 0.03 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.01 0.04 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.05 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01
OP2 0.04 0.04 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.04 0.04 0.00 0.04 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.01 0.04 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.11 0.12 0.11 0.01 0.11 0.04 0.14 0.00 0.08 0.08 0.05 0.16 0.12 0.11 0.08 0.20 0.08 0.10 0.00
C2 0.08 0.11 0.10 0.11 0.02 0.10 0.04 0.14 0.01 0.07 0.10 0.03 0.15 0.10 0.10 0.06 0.19 0.09 0.08 0.00
C2' 0.09 0.08 0.09 0.09 0.03 0.09 0.06 0.13 0.01 0.06 0.05 0.07 0.14 0.09 0.08 0.07 0.20 0.07 0.12 0.01
C3' 0.08 0.08 0.09 0.09 0.02 0.09 0.06 0.13 0.02 0.06 0.05 0.06 0.14 0.09 0.09 0.07 0.19 0.08 0.11 0.01
C4 0.07 0.11 0.08 0.08 0.07 0.08 0.02 0.12 0.01 0.06 0.12 0.08 0.14 0.08 0.07 0.05 0.18 0.13 0.06 0.01
C4' 0.09 0.09 0.11 0.10 0.02 0.10 0.05 0.13 0.01 0.06 0.06 0.06 0.15 0.11 0.10 0.08 0.19 0.09 0.10 0.01
C5 0.08 0.11 0.09 0.08 0.06 0.08 0.01 0.12 0.01 0.07 0.12 0.06 0.15 0.08 0.07 0.05 0.18 0.13 0.06 0.01
C5' 0.09 0.10 0.11 0.10 0.00 0.10 0.05 0.14 0.01 0.07 0.07 0.04 0.15 0.11 0.10 0.07 0.20 0.09 0.09 0.01
C6 0.09 0.11 0.10 0.09 0.04 0.09 0.03 0.13 0.01 0.07 0.10 0.02 0.16 0.10 0.08 0.06 0.19 0.12 0.08 0.01
N1 0.09 0.11 0.10 0.10 0.02 0.10 0.04 0.14 0.00 0.07 0.09 0.02 0.16 0.10 0.10 0.07 0.20 0.10 0.08 0.00
N3 0.07 0.11 0.09 0.09 0.05 0.08 0.03 0.13 0.02 0.06 0.12 0.05 0.14 0.08 0.09 0.05 0.18 0.11 0.07 0.01
N4 0.06 0.10 0.07 0.07 0.09 0.07 0.02 0.12 0.02 0.06 0.13 0.12 0.13 0.06 0.07 0.04 0.17 0.14 0.04 0.02
O2 0.08 0.10 0.11 0.11 0.02 0.10 0.06 0.14 0.02 0.06 0.08 0.08 0.15 0.10 0.12 0.06 0.19 0.07 0.10 0.00
O2' 0.11 0.09 0.10 0.10 0.04 0.10 0.05 0.14 0.00 0.07 0.03 0.09 0.14 0.11 0.09 0.10 0.21 0.04 0.12 0.01
O3' 0.09 0.08 0.09 0.09 0.04 0.09 0.06 0.13 0.02 0.06 0.03 0.08 0.13 0.09 0.08 0.07 0.19 0.07 0.12 0.01
O4' 0.11 0.11 0.13 0.12 0.01 0.11 0.04 0.14 0.00 0.08 0.08 0.04 0.17 0.13 0.12 0.08 0.20 0.09 0.09 0.00
O5' 0.08 0.09 0.09 0.08 0.00 0.08 0.05 0.12 0.02 0.05 0.07 0.03 0.14 0.09 0.08 0.05 0.18 0.13 0.09 0.02
OP1 0.08 0.09 0.09 0.08 0.00 0.08 0.05 0.12 0.02 0.06 0.07 0.03 0.15 0.10 0.08 0.06 0.18 0.13 0.09 0.03
OP2 0.06 0.08 0.07 0.06 0.01 0.06 0.05 0.10 0.03 0.04 0.07 0.02 0.13 0.07 0.06 0.03 0.16 0.16 0.09 0.04
P 0.07 0.08 0.08 0.07 0.00 0.07 0.06 0.11 0.03 0.05 0.07 0.02 0.13 0.08 0.07 0.04 0.17 0.15 0.09 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.02 0.24 0.08
C2 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.14 0.03 0.18 0.03
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.20 0.06
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.05 0.02 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.16 0.05
C4 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.13 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.21 0.01 0.08 0.04
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.08 0.03 0.04 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.15 0.04
C5 0.02 0.01 0.02 0.06 0.01 0.08 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.05 0.04 0.24 0.01 0.08 0.06
C5' 0.02 0.07 0.01 0.01 0.13 0.01 0.16 0.00 0.14 0.07 0.10 0.13 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00
C6 0.02 0.01 0.02 0.05 0.01 0.08 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.05 0.04 0.21 0.00 0.16 0.01
N1 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.13 0.03 0.21 0.05
N3 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.18 0.02 0.12 0.01
N4 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.06 0.03 0.13 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.22 0.02 0.05 0.05
O2 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.05 0.03 0.00 0.10 0.04 0.20 0.06
O2' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.20 0.07
O3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.12 0.04
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.02 0.24 0.09
O5' 0.07 0.14 0.05 0.03 0.21 0.02 0.24 0.00 0.21 0.13 0.18 0.22 0.10 0.01 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.03 0.02 0.02 0.04 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.24 0.18 0.20 0.16 0.08 0.15 0.08 0.04 0.16 0.21 0.12 0.05 0.20 0.20 0.12 0.24 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.08 0.03 0.06 0.05 0.04 0.04 0.06 0.00 0.01 0.05 0.01 0.05 0.06 0.07 0.04 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00