ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48428

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.000, 0.010, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.000, 0.016, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.016
O2 A 0, 0.000, 0.022, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.022 std_dev=0.022
N4 A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
C2' A 0, 0.000, 0.164, 0.328, 0.328 max_d=0.328 avg_d=0.164 std_dev=0.164
O4' A 0, 0.000, 0.175, 0.351, 0.351 max_d=0.351 avg_d=0.175 std_dev=0.175
O2' A 0, 0.000, 0.182, 0.364, 0.364 max_d=0.364 avg_d=0.182 std_dev=0.182
C3' A 0, 0.000, 0.275, 0.551, 0.551 max_d=0.551 avg_d=0.275 std_dev=0.275
C4' A 0, 0.000, 0.281, 0.561, 0.561 max_d=0.561 avg_d=0.281 std_dev=0.281
O3' A 0, 0.000, 0.415, 0.829, 0.829 max_d=0.829 avg_d=0.415 std_dev=0.415
C5' A 0, 0.000, 0.429, 0.857, 0.857 max_d=0.857 avg_d=0.429 std_dev=0.429
O5' A 0, 0.000, 0.512, 1.024, 1.024 max_d=1.024 avg_d=0.512 std_dev=0.512
N4 B 0, 0.000, 0.527, 1.055, 1.055 max_d=1.055 avg_d=0.527 std_dev=0.527
C4 B 0, 0.000, 0.550, 1.100, 1.100 max_d=1.100 avg_d=0.550 std_dev=0.550
N3 B 0, 0.000, 0.551, 1.102, 1.102 max_d=1.102 avg_d=0.551 std_dev=0.551
C5 B 0, 0.000, 0.609, 1.217, 1.217 max_d=1.217 avg_d=0.609 std_dev=0.609
C2 B 0, 0.000, 0.645, 1.289, 1.289 max_d=1.289 avg_d=0.645 std_dev=0.645
C6 B 0, 0.000, 0.685, 1.370, 1.370 max_d=1.370 avg_d=0.685 std_dev=0.685
O2 B 0, 0.000, 0.692, 1.384, 1.384 max_d=1.384 avg_d=0.692 std_dev=0.692
N1 B 0, 0.000, 0.715, 1.430, 1.430 max_d=1.430 avg_d=0.715 std_dev=0.715
P A 0, 0.000, 0.799, 1.599, 1.599 max_d=1.599 avg_d=0.799 std_dev=0.799
OP2 A 0, 0.000, 0.800, 1.599, 1.599 max_d=1.599 avg_d=0.800 std_dev=0.800
C1' B 0, 0.000, 0.859, 1.718, 1.718 max_d=1.718 avg_d=0.859 std_dev=0.859
C2' B 0, 0.000, 0.887, 1.774, 1.774 max_d=1.774 avg_d=0.887 std_dev=0.887
O2' B 0, 0.000, 0.960, 1.920, 1.920 max_d=1.920 avg_d=0.960 std_dev=0.960
C3' B 0, 0.000, 0.974, 1.948, 1.948 max_d=1.948 avg_d=0.974 std_dev=0.974
O4' B 0, 0.000, 0.999, 1.997, 1.997 max_d=1.997 avg_d=0.999 std_dev=0.999
OP1 A 0, 0.000, 1.039, 2.078, 2.078 max_d=2.078 avg_d=1.039 std_dev=1.039
O3' B 0, 0.000, 1.085, 2.170, 2.170 max_d=2.170 avg_d=1.085 std_dev=1.085
C4' B 0, 0.000, 1.109, 2.217, 2.217 max_d=2.217 avg_d=1.109 std_dev=1.109
C5' B 0, 0.000, 1.215, 2.429, 2.429 max_d=2.429 avg_d=1.215 std_dev=1.215
OP2 B 0, 0.000, 1.552, 3.104, 3.104 max_d=3.104 avg_d=1.552 std_dev=1.552
O5' B 0, 0.000, 1.572, 3.145, 3.145 max_d=3.145 avg_d=1.572 std_dev=1.572
P B 0, 0.000, 1.639, 3.279, 3.279 max_d=3.279 avg_d=1.639 std_dev=1.639
OP1 B 0, 0.000, 1.829, 3.658, 3.658 max_d=3.658 avg_d=1.829 std_dev=1.829

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.05
C2 0.00 0.00 0.05 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.07 0.03 0.04 0.04 0.08 0.09
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.05 0.03 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.00
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.07 0.05 0.07 0.02 0.00 0.00 0.04 0.09 0.07 0.05
C4 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.02 0.06 0.08 0.11 0.11
C4' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00
C5 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.09 0.12 0.11
C5' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.03 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00
C6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.07 0.07 0.09 0.09
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.04 0.07 0.07
N3 0.00 0.00 0.05 0.07 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.09 0.03 0.05 0.06 0.10 0.10
N4 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.02 0.06 0.09 0.12 0.11
O2 0.00 0.00 0.08 0.07 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.09 0.04 0.04 0.03 0.07 0.08
O2' 0.01 0.05 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.03 0.07 0.00 0.02 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00
O3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.06 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.09 0.07 0.09 0.02 0.00 0.00 0.07 0.15 0.12 0.10
O4' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.04 0.05
O5' 0.03 0.04 0.00 0.04 0.06 0.00 0.08 0.01 0.07 0.05 0.05 0.06 0.04 0.00 0.07 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00
OP1 0.01 0.04 0.05 0.09 0.08 0.03 0.09 0.01 0.07 0.04 0.06 0.09 0.03 0.05 0.15 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.08 0.01 0.07 0.11 0.00 0.12 0.00 0.09 0.07 0.10 0.12 0.07 0.01 0.12 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.09 0.00 0.05 0.11 0.00 0.11 0.00 0.09 0.07 0.10 0.11 0.08 0.00 0.10 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.06 0.05 0.03 0.03 0.06 0.02 0.10 0.01 0.05 0.01 0.09 0.10 0.07 0.03 0.08 0.19 0.20 0.22 0.20
C2 0.20 0.20 0.18 0.16 0.04 0.19 0.04 0.21 0.11 0.17 0.15 0.08 0.26 0.20 0.16 0.20 0.12 0.13 0.16 0.14
C2' 0.04 0.05 0.04 0.05 0.15 0.03 0.14 0.01 0.10 0.06 0.11 0.20 0.00 0.02 0.05 0.03 0.20 0.21 0.23 0.22
C3' 0.02 0.03 0.03 0.04 0.10 0.02 0.10 0.01 0.07 0.04 0.06 0.15 0.01 0.02 0.03 0.01 0.19 0.20 0.21 0.20
C4 0.31 0.32 0.28 0.27 0.23 0.32 0.21 0.36 0.25 0.30 0.29 0.14 0.34 0.29 0.26 0.33 0.01 0.03 0.06 0.04
C4' 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.07 0.01 0.02 0.01 0.03 0.05 0.01 0.01 0.04 0.19 0.19 0.20 0.19
C5 0.26 0.27 0.23 0.22 0.19 0.28 0.18 0.33 0.22 0.25 0.24 0.13 0.29 0.24 0.21 0.29 0.04 0.05 0.08 0.05
C5' 0.08 0.09 0.06 0.07 0.08 0.09 0.08 0.14 0.09 0.09 0.09 0.07 0.09 0.05 0.06 0.10 0.15 0.15 0.15 0.15
C6 0.20 0.20 0.17 0.15 0.12 0.20 0.11 0.25 0.15 0.18 0.17 0.05 0.23 0.17 0.14 0.22 0.09 0.10 0.13 0.11
N1 0.16 0.16 0.13 0.12 0.05 0.16 0.05 0.19 0.09 0.14 0.11 0.03 0.21 0.15 0.11 0.17 0.13 0.14 0.17 0.15
N3 0.29 0.30 0.27 0.24 0.16 0.28 0.14 0.31 0.21 0.27 0.27 0.03 0.34 0.28 0.24 0.30 0.05 0.07 0.10 0.08
N4 0.38 0.37 0.34 0.34 0.30 0.40 0.29 0.45 0.33 0.36 0.34 0.23 0.38 0.35 0.33 0.41 0.06 0.04 0.01 0.03
O2 0.14 0.13 0.14 0.11 0.08 0.12 0.06 0.13 0.02 0.10 0.03 0.20 0.22 0.17 0.12 0.13 0.17 0.18 0.21 0.20
O2' 0.13 0.16 0.13 0.14 0.23 0.13 0.22 0.11 0.18 0.16 0.20 0.26 0.11 0.11 0.13 0.13 0.27 0.28 0.29 0.28
O3' 0.10 0.10 0.09 0.10 0.16 0.09 0.16 0.07 0.14 0.11 0.13 0.20 0.06 0.09 0.09 0.09 0.21 0.22 0.23 0.22
O4' 0.10 0.10 0.08 0.07 0.05 0.10 0.06 0.14 0.08 0.09 0.08 0.02 0.12 0.08 0.07 0.11 0.18 0.18 0.20 0.18
O5' 0.17 0.18 0.15 0.16 0.17 0.19 0.17 0.24 0.18 0.18 0.17 0.15 0.18 0.14 0.15 0.19 0.07 0.07 0.07 0.07
OP1 0.16 0.18 0.16 0.18 0.22 0.19 0.22 0.26 0.21 0.19 0.19 0.22 0.16 0.12 0.18 0.18 0.05 0.04 0.03 0.05
OP2 0.30 0.30 0.29 0.31 0.32 0.33 0.32 0.41 0.32 0.31 0.31 0.32 0.29 0.26 0.30 0.33 0.06 0.07 0.07 0.07
P 0.25 0.26 0.24 0.26 0.28 0.28 0.29 0.35 0.28 0.27 0.27 0.28 0.25 0.22 0.25 0.28 0.01 0.01 0.01 0.01

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.11 0.12 0.01 0.09
C2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.23 0.21 0.14 0.21
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.00 0.02 0.04 0.00 0.00 0.00 0.21 0.19 0.07 0.17
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.02 0.04 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.01 0.00 0.29 0.25 0.08 0.22
C4 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.36 0.32 0.29 0.35
C4' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.05 0.17 0.00
C5 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.41 0.36 0.32 0.39
C5' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.08 0.00 0.10 0.00 0.08 0.04 0.06 0.10 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.10 0.29 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.38 0.31 0.22 0.34
N1 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.25 0.22 0.12 0.22
N3 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.29 0.26 0.21 0.27
N4 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.10 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.38 0.35 0.33 0.37
O2 0.02 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.16 0.15 0.09 0.14
O2' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.07 0.08 0.02 0.06
O3' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.00 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.25 0.25 0.07 0.20
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.15 0.01
O5' 0.11 0.23 0.21 0.29 0.36 0.00 0.41 0.01 0.38 0.25 0.29 0.38 0.16 0.07 0.25 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.12 0.21 0.19 0.25 0.32 0.05 0.36 0.10 0.31 0.22 0.26 0.35 0.15 0.08 0.25 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.01 0.14 0.07 0.08 0.29 0.17 0.32 0.29 0.22 0.12 0.21 0.33 0.09 0.02 0.07 0.15 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.09 0.21 0.17 0.22 0.35 0.00 0.39 0.01 0.34 0.22 0.27 0.37 0.14 0.06 0.20 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00