ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48431

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 4, 6, 10, 15, 12, 11, 2, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.003, 0.013, 0.023, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.013 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.001, 0.012, 0.023, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.012 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.002, 0.014, 0.027, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.014 std_dev=0.013
C5 A 0, -0.003, 0.010, 0.023, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.010 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.001, 0.016, 0.031, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.016 std_dev=0.015
O2 A 0, 0.004, 0.033, 0.062, 0.149 max_d=0.149 avg_d=0.033 std_dev=0.029
N4 A 0, 0.009, 0.039, 0.068, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.039 std_dev=0.029
C2' A 0, 0.053, 0.108, 0.164, 0.349 max_d=0.349 avg_d=0.108 std_dev=0.055
O4' A 0, 0.039, 0.103, 0.168, 0.413 max_d=0.413 avg_d=0.103 std_dev=0.064
O2' A 0, 0.072, 0.142, 0.213, 0.382 max_d=0.382 avg_d=0.142 std_dev=0.070
C4' A 0, 0.053, 0.152, 0.251, 0.639 max_d=0.639 avg_d=0.152 std_dev=0.099
C3' A 0, 0.062, 0.162, 0.263, 0.615 max_d=0.615 avg_d=0.162 std_dev=0.101
O3' A 0, 0.081, 0.222, 0.364, 0.853 max_d=0.853 avg_d=0.222 std_dev=0.142
C2 B 0, 0.410, 0.579, 0.747, 0.912 max_d=0.912 avg_d=0.579 std_dev=0.169
C5' A 0, 0.093, 0.267, 0.440, 1.115 max_d=1.115 avg_d=0.267 std_dev=0.174
O5' A 0, 0.199, 0.374, 0.549, 1.146 max_d=1.146 avg_d=0.374 std_dev=0.175
N3 B 0, 0.272, 0.449, 0.626, 1.081 max_d=1.081 avg_d=0.449 std_dev=0.177
N1 B 0, 0.448, 0.625, 0.802, 1.068 max_d=1.068 avg_d=0.625 std_dev=0.177
OP2 A 0, 0.237, 0.459, 0.681, 1.482 max_d=1.482 avg_d=0.459 std_dev=0.222
C6 B 0, 0.394, 0.620, 0.845, 1.648 max_d=1.648 avg_d=0.620 std_dev=0.225
P A 0, 0.206, 0.434, 0.662, 1.445 max_d=1.445 avg_d=0.434 std_dev=0.228
C4 B 0, 0.262, 0.524, 0.786, 1.417 max_d=1.417 avg_d=0.524 std_dev=0.262
OP1 A 0, 0.327, 0.589, 0.851, 1.869 max_d=1.869 avg_d=0.589 std_dev=0.262
C1' B 0, 0.606, 0.868, 1.130, 1.584 max_d=1.584 avg_d=0.868 std_dev=0.262
O2 B 0, 0.442, 0.742, 1.042, 1.436 max_d=1.436 avg_d=0.742 std_dev=0.300
C2' B 0, 0.634, 0.942, 1.249, 1.679 max_d=1.679 avg_d=0.942 std_dev=0.308
C5 B 0, 0.314, 0.630, 0.946, 1.866 max_d=1.866 avg_d=0.630 std_dev=0.316
C4' B 0, 0.796, 1.122, 1.448, 1.915 max_d=1.915 avg_d=1.122 std_dev=0.326
C3' B 0, 0.667, 1.064, 1.461, 2.333 max_d=2.333 avg_d=1.064 std_dev=0.397
O4 B 0, 0.147, 0.554, 0.961, 1.767 max_d=1.767 avg_d=0.554 std_dev=0.407
O4' B 0, 0.631, 1.061, 1.491, 2.224 max_d=2.224 avg_d=1.061 std_dev=0.430
C5' B 0, 0.736, 1.315, 1.894, 3.255 max_d=3.255 avg_d=1.315 std_dev=0.579
O2' B 0, 0.556, 1.381, 2.205, 3.141 max_d=3.141 avg_d=1.381 std_dev=0.824
O3' B 0, 0.734, 1.564, 2.394, 4.151 max_d=4.151 avg_d=1.564 std_dev=0.830
O5' B 0, 0.651, 1.659, 2.666, 3.708 max_d=3.708 avg_d=1.659 std_dev=1.008
P B 0, 0.576, 2.207, 3.839, 5.286 max_d=5.286 avg_d=2.207 std_dev=1.631
OP2 B 0, 0.437, 2.446, 4.454, 6.188 max_d=6.188 avg_d=2.446 std_dev=2.008
OP1 B 0, 0.361, 2.515, 4.670, 6.285 max_d=6.285 avg_d=2.515 std_dev=2.154

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.00 0.08 0.09 0.09 0.05
C2 0.02 0.00 0.03 0.05 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.05 0.03 0.14 0.14 0.15 0.10
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.03 0.04 0.07 0.00 0.01 0.01 0.04 0.13 0.08 0.05
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.02 0.05 0.02 0.05 0.05 0.07 0.02 0.01 0.01 0.05 0.14 0.08 0.05
C4 0.02 0.01 0.04 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.05 0.05 0.04 0.15 0.16 0.19 0.13
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.02 0.04 0.04 0.04 0.01 0.00 0.01 0.09 0.05 0.02
C5 0.03 0.01 0.05 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.07 0.04 0.15 0.14 0.17 0.13
C5' 0.02 0.05 0.02 0.02 0.06 0.01 0.07 0.00 0.06 0.05 0.06 0.07 0.06 0.04 0.02 0.01 0.01 0.08 0.02 0.01
C6 0.02 0.01 0.05 0.05 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.06 0.04 0.14 0.12 0.13 0.10
N1 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.13 0.12 0.12 0.08
N3 0.02 0.01 0.03 0.05 0.00 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.05 0.03 0.15 0.16 0.18 0.12
N4 0.02 0.01 0.04 0.05 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.05 0.06 0.04 0.15 0.17 0.20 0.15
O2 0.04 0.01 0.07 0.07 0.01 0.04 0.02 0.06 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.07 0.08 0.05 0.13 0.15 0.14 0.09
O2' 0.01 0.04 0.00 0.02 0.05 0.04 0.05 0.04 0.05 0.02 0.05 0.05 0.07 0.00 0.03 0.03 0.05 0.13 0.08 0.05
O3' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.05 0.01 0.07 0.02 0.06 0.02 0.05 0.06 0.08 0.03 0.00 0.01 0.10 0.17 0.10 0.08
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.03 0.04 0.05 0.03 0.01 0.00 0.07 0.06 0.09 0.05
O5' 0.08 0.14 0.04 0.05 0.15 0.01 0.15 0.01 0.14 0.13 0.15 0.15 0.13 0.05 0.10 0.07 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.09 0.14 0.13 0.14 0.16 0.09 0.14 0.08 0.12 0.12 0.16 0.17 0.15 0.13 0.17 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.09 0.15 0.08 0.08 0.19 0.05 0.17 0.02 0.13 0.12 0.18 0.20 0.14 0.08 0.10 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.10 0.05 0.05 0.13 0.02 0.13 0.01 0.10 0.08 0.12 0.15 0.09 0.05 0.08 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.36 0.26 0.18 0.22 0.16 0.38 0.17 0.24 0.21 0.27 0.17 0.34 0.33 0.32 0.21 0.50 0.58 1.17 0.91 0.84
C2 0.31 0.26 0.17 0.23 0.16 0.32 0.16 0.23 0.20 0.25 0.18 0.34 0.27 0.25 0.21 0.41 0.56 1.03 0.95 0.79
C2' 0.34 0.23 0.19 0.16 0.19 0.43 0.22 0.32 0.25 0.27 0.18 0.25 0.44 0.29 0.21 0.57 0.47 1.01 0.68 0.68
C3' 0.30 0.21 0.19 0.14 0.19 0.42 0.22 0.34 0.24 0.25 0.17 0.22 0.47 0.26 0.21 0.55 0.43 0.93 0.63 0.61
C4 0.23 0.25 0.19 0.25 0.17 0.27 0.16 0.26 0.18 0.21 0.22 0.30 0.21 0.16 0.16 0.30 0.45 0.74 0.91 0.61
C4' 0.33 0.24 0.18 0.19 0.17 0.40 0.18 0.28 0.22 0.26 0.17 0.29 0.38 0.29 0.19 0.53 0.52 1.10 0.79 0.76
C5 0.25 0.25 0.18 0.24 0.17 0.30 0.17 0.28 0.19 0.23 0.21 0.31 0.23 0.17 0.16 0.35 0.44 0.78 0.88 0.61
C5' 0.29 0.21 0.18 0.17 0.15 0.37 0.17 0.27 0.19 0.23 0.16 0.26 0.38 0.24 0.18 0.48 0.51 1.06 0.81 0.74
C6 0.29 0.25 0.17 0.23 0.16 0.33 0.17 0.27 0.20 0.24 0.19 0.32 0.26 0.21 0.17 0.42 0.48 0.92 0.89 0.69
N1 0.32 0.26 0.17 0.23 0.16 0.35 0.17 0.25 0.20 0.26 0.18 0.33 0.28 0.26 0.19 0.45 0.54 1.04 0.91 0.77
N3 0.26 0.25 0.18 0.25 0.15 0.27 0.16 0.24 0.18 0.23 0.19 0.31 0.23 0.19 0.19 0.33 0.51 0.87 0.95 0.70
N4 0.20 0.25 0.20 0.27 0.20 0.24 0.17 0.28 0.16 0.20 0.25 0.29 0.19 0.17 0.20 0.23 0.41 0.58 0.91 0.52
O2 0.36 0.27 0.17 0.23 0.19 0.33 0.17 0.21 0.20 0.27 0.19 0.38 0.30 0.32 0.25 0.45 0.63 1.17 0.98 0.88
O2' 0.40 0.26 0.20 0.20 0.20 0.47 0.22 0.33 0.27 0.30 0.20 0.29 0.46 0.37 0.23 0.63 0.52 1.12 0.68 0.75
O3' 0.30 0.20 0.23 0.15 0.21 0.46 0.25 0.40 0.27 0.25 0.18 0.19 0.57 0.30 0.22 0.60 0.38 0.86 0.50 0.54
O4' 0.35 0.26 0.19 0.24 0.15 0.37 0.16 0.24 0.20 0.27 0.17 0.34 0.32 0.33 0.19 0.49 0.60 1.21 0.95 0.88
O5' 0.21 0.17 0.20 0.14 0.14 0.30 0.15 0.26 0.15 0.17 0.13 0.21 0.42 0.17 0.18 0.41 0.50 0.96 0.82 0.70
OP1 0.16 0.14 0.26 0.16 0.15 0.24 0.16 0.25 0.15 0.14 0.13 0.18 0.49 0.21 0.18 0.34 0.50 0.90 0.80 0.66
OP2 0.21 0.20 0.20 0.17 0.20 0.29 0.22 0.32 0.21 0.20 0.19 0.22 0.40 0.22 0.21 0.36 0.44 0.75 0.80 0.57
P 0.22 0.19 0.17 0.14 0.17 0.30 0.18 0.29 0.18 0.19 0.16 0.22 0.38 0.17 0.18 0.40 0.46 0.87 0.82 0.64

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.18 0.03 0.00 0.40 0.33 0.61 0.38
C2 0.02 0.00 0.14 0.11 0.01 0.03 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00 0.25 0.14 0.01 0.08 0.65 0.78 0.95 0.73
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.05 0.01 0.14 0.13 0.17 0.02 0.09 0.27 0.00 0.03 0.06 0.01 0.55 0.48 0.58 0.48
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.19 0.01 0.23 0.04 0.21 0.11 0.14 0.16 0.02 0.01 0.20 0.01 0.26 0.12 0.31 0.18
C4 0.02 0.01 0.05 0.19 0.00 0.09 0.01 0.18 0.01 0.02 0.01 0.01 0.17 0.11 0.00 0.04 0.59 0.70 1.13 0.72
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.09 0.00 0.12 0.01 0.11 0.04 0.05 0.06 0.16 0.02 0.10 0.00 0.02 0.23 0.24 0.03
C5 0.02 0.01 0.14 0.23 0.01 0.12 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.20 0.13 0.01 0.07 0.48 0.44 1.07 0.56
C5' 0.07 0.12 0.13 0.04 0.18 0.01 0.21 0.00 0.19 0.12 0.15 0.14 0.07 0.12 0.19 0.02 0.01 0.37 0.32 0.03
C6 0.02 0.01 0.17 0.21 0.01 0.11 0.01 0.19 0.00 0.01 0.01 0.01 0.20 0.10 0.02 0.09 0.44 0.34 0.94 0.47
N1 0.01 0.01 0.02 0.11 0.02 0.04 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.08 0.02 0.01 0.53 0.50 0.86 0.56
N3 0.02 0.00 0.09 0.14 0.01 0.05 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.22 0.10 0.01 0.06 0.66 0.85 1.08 0.79
O2 0.04 0.00 0.27 0.16 0.01 0.06 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.45 0.23 0.02 0.14 0.69 0.88 0.90 0.77
O2' 0.01 0.25 0.00 0.02 0.17 0.16 0.20 0.07 0.20 0.09 0.22 0.45 0.00 0.05 0.18 0.11 0.54 0.56 0.57 0.50
O3' 0.18 0.14 0.03 0.01 0.11 0.02 0.13 0.12 0.10 0.08 0.10 0.23 0.05 0.00 0.12 0.15 0.19 0.23 0.29 0.20
O4 0.03 0.01 0.06 0.20 0.00 0.10 0.01 0.19 0.02 0.02 0.01 0.02 0.18 0.12 0.00 0.04 0.59 0.72 1.17 0.73
O4' 0.00 0.08 0.01 0.01 0.04 0.00 0.07 0.02 0.09 0.01 0.06 0.14 0.11 0.15 0.04 0.00 0.22 0.23 0.46 0.21
O5' 0.40 0.65 0.55 0.26 0.59 0.02 0.48 0.01 0.44 0.53 0.66 0.69 0.54 0.19 0.59 0.22 0.00 0.03 0.01 0.01
OP1 0.33 0.78 0.48 0.12 0.70 0.23 0.44 0.37 0.34 0.50 0.85 0.88 0.56 0.23 0.72 0.23 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.61 0.95 0.58 0.31 1.13 0.24 1.07 0.32 0.94 0.86 1.08 0.90 0.57 0.29 1.17 0.46 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.38 0.73 0.48 0.18 0.72 0.03 0.56 0.03 0.47 0.56 0.79 0.77 0.50 0.20 0.73 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00