ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48432

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 3, 2, 5, 9, 10, 10, 2, 5, 4, 3, 0, 0, 0, 0, 2, 2,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.001, 0.008, 0.015, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.008 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.004, 0.011, 0.019, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.013 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.001, 0.010, 0.019, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.010 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.003, 0.013, 0.023, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.013 std_dev=0.010
O2 A 0, 0.010, 0.031, 0.051, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.031 std_dev=0.021
N4 A 0, 0.010, 0.039, 0.067, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.039 std_dev=0.028
C2' A 0, 0.115, 0.233, 0.352, 0.565 max_d=0.565 avg_d=0.233 std_dev=0.118
O4' A 0, 0.122, 0.243, 0.364, 0.584 max_d=0.584 avg_d=0.243 std_dev=0.121
O2' A 0, 0.081, 0.224, 0.368, 0.659 max_d=0.659 avg_d=0.224 std_dev=0.144
C3' A 0, 0.225, 0.408, 0.592, 0.986 max_d=0.986 avg_d=0.408 std_dev=0.184
C4' A 0, 0.206, 0.391, 0.576, 1.106 max_d=1.106 avg_d=0.391 std_dev=0.185
O4 B 0, 0.387, 0.622, 0.856, 1.076 max_d=1.076 avg_d=0.622 std_dev=0.235
O5' A 0, 0.279, 0.516, 0.752, 1.201 max_d=1.201 avg_d=0.516 std_dev=0.237
C4 B 0, 0.386, 0.636, 0.886, 1.135 max_d=1.135 avg_d=0.636 std_dev=0.250
O3' A 0, 0.353, 0.607, 0.861, 1.311 max_d=1.311 avg_d=0.607 std_dev=0.254
C5 B 0, 0.401, 0.668, 0.935, 1.290 max_d=1.290 avg_d=0.668 std_dev=0.267
N3 B 0, 0.463, 0.775, 1.088, 1.470 max_d=1.470 avg_d=0.775 std_dev=0.313
C5' A 0, 0.300, 0.616, 0.932, 1.933 max_d=1.933 avg_d=0.616 std_dev=0.316
P A 0, 0.387, 0.708, 1.028, 1.738 max_d=1.738 avg_d=0.708 std_dev=0.320
C6 B 0, 0.459, 0.797, 1.135, 1.798 max_d=1.798 avg_d=0.797 std_dev=0.338
OP2 A 0, 0.417, 0.760, 1.102, 1.845 max_d=1.845 avg_d=0.760 std_dev=0.342
OP1 A 0, 0.427, 0.814, 1.201, 2.023 max_d=2.023 avg_d=0.814 std_dev=0.387
N1 B 0, 0.549, 0.960, 1.371, 2.146 max_d=2.146 avg_d=0.960 std_dev=0.411
C2 B 0, 0.524, 0.951, 1.377, 2.114 max_d=2.114 avg_d=0.951 std_dev=0.427
C1' B 0, 0.705, 1.229, 1.754, 2.715 max_d=2.715 avg_d=1.229 std_dev=0.525
O2 B 0, 0.592, 1.146, 1.699, 2.794 max_d=2.794 avg_d=1.146 std_dev=0.553
C2' B 0, 0.859, 1.473, 2.087, 3.194 max_d=3.194 avg_d=1.473 std_dev=0.614
O2' B 0, 1.363, 2.061, 2.758, 3.128 max_d=3.128 avg_d=2.061 std_dev=0.698
O4' B 0, 0.700, 1.402, 2.104, 3.472 max_d=3.472 avg_d=1.402 std_dev=0.702
C3' B 0, 0.737, 1.690, 2.642, 4.255 max_d=4.255 avg_d=1.690 std_dev=0.952
C4' B 0, 0.661, 1.663, 2.665, 4.428 max_d=4.428 avg_d=1.663 std_dev=1.002
O3' B 0, 1.264, 2.317, 3.370, 5.151 max_d=5.151 avg_d=2.317 std_dev=1.053
O5' B 0, 0.606, 1.693, 2.781, 4.620 max_d=4.620 avg_d=1.693 std_dev=1.087
OP2 B 0, 0.402, 1.579, 2.755, 4.214 max_d=4.214 avg_d=1.579 std_dev=1.176
P B 0, 0.592, 1.771, 2.950, 4.652 max_d=4.652 avg_d=1.771 std_dev=1.179
C5' B 0, 0.698, 1.903, 3.108, 5.091 max_d=5.091 avg_d=1.903 std_dev=1.205
OP1 B 0, 0.737, 2.105, 3.474, 5.381 max_d=5.381 avg_d=2.105 std_dev=1.369

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.07 0.09 0.08 0.07
C2 0.02 0.00 0.05 0.08 0.01 0.04 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.08 0.02 0.15 0.15 0.17 0.14
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.05 0.05 0.10 0.01 0.02 0.01 0.10 0.14 0.11 0.09
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.10 0.00 0.10 0.02 0.10 0.06 0.09 0.11 0.10 0.02 0.01 0.02 0.13 0.17 0.12 0.11
C4 0.01 0.01 0.04 0.10 0.00 0.08 0.00 0.18 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.11 0.02 0.21 0.21 0.25 0.21
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.08 0.00 0.09 0.01 0.08 0.05 0.06 0.09 0.04 0.05 0.02 0.01 0.02 0.08 0.10 0.02
C5 0.01 0.01 0.05 0.10 0.00 0.09 0.00 0.20 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.13 0.03 0.22 0.21 0.24 0.22
C5' 0.03 0.11 0.02 0.02 0.18 0.01 0.20 0.00 0.17 0.11 0.15 0.20 0.08 0.05 0.03 0.01 0.01 0.10 0.15 0.02
C6 0.01 0.01 0.05 0.10 0.01 0.08 0.00 0.17 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.11 0.03 0.19 0.17 0.17 0.17
N1 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.05 0.01 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.14 0.13 0.13 0.12
N3 0.02 0.00 0.05 0.09 0.00 0.06 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.10 0.02 0.18 0.18 0.22 0.18
N4 0.01 0.01 0.05 0.11 0.00 0.09 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.14 0.02 0.22 0.24 0.29 0.24
O2 0.03 0.01 0.10 0.10 0.02 0.04 0.02 0.08 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.10 0.11 0.03 0.13 0.13 0.14 0.11
O2' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.04 0.05 0.04 0.05 0.03 0.02 0.05 0.05 0.10 0.00 0.04 0.03 0.05 0.12 0.09 0.06
O3' 0.02 0.08 0.02 0.01 0.11 0.02 0.13 0.03 0.11 0.05 0.10 0.14 0.11 0.04 0.00 0.02 0.13 0.22 0.19 0.15
O4' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.00 0.07 0.10 0.12 0.10
O5' 0.07 0.15 0.10 0.13 0.21 0.02 0.22 0.01 0.19 0.14 0.18 0.22 0.13 0.05 0.13 0.07 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.09 0.15 0.14 0.17 0.21 0.08 0.21 0.10 0.17 0.13 0.18 0.24 0.13 0.12 0.22 0.10 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.08 0.17 0.11 0.12 0.25 0.10 0.24 0.15 0.17 0.13 0.22 0.29 0.14 0.09 0.19 0.12 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.14 0.09 0.11 0.21 0.02 0.22 0.02 0.17 0.12 0.18 0.24 0.11 0.06 0.15 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.21 0.22 0.50 0.58 0.17 0.25 0.17 0.32 0.17 0.20 0.20 0.26 0.20 0.24 0.18 0.15 0.53 0.62 0.76 0.62
C2 0.20 0.21 0.46 0.55 0.18 0.24 0.18 0.31 0.18 0.19 0.20 0.24 0.17 0.21 0.19 0.14 0.52 0.59 0.73 0.61
C2' 0.24 0.24 0.53 0.53 0.20 0.21 0.20 0.26 0.21 0.23 0.22 0.26 0.23 0.19 0.20 0.16 0.47 0.53 0.67 0.54
C3' 0.22 0.21 0.48 0.52 0.18 0.20 0.18 0.24 0.19 0.20 0.19 0.24 0.19 0.17 0.18 0.16 0.45 0.52 0.66 0.52
C4 0.15 0.16 0.31 0.55 0.15 0.24 0.15 0.33 0.15 0.15 0.16 0.19 0.26 0.26 0.16 0.13 0.54 0.65 0.77 0.65
C4' 0.20 0.20 0.48 0.57 0.15 0.23 0.15 0.30 0.16 0.19 0.18 0.25 0.19 0.23 0.16 0.14 0.52 0.61 0.74 0.61
C5 0.16 0.17 0.32 0.57 0.14 0.25 0.14 0.35 0.14 0.15 0.16 0.20 0.27 0.30 0.15 0.13 0.56 0.69 0.80 0.68
C5' 0.20 0.20 0.42 0.56 0.18 0.24 0.18 0.31 0.18 0.19 0.19 0.23 0.23 0.26 0.19 0.18 0.51 0.61 0.73 0.60
C6 0.17 0.18 0.39 0.59 0.15 0.26 0.15 0.34 0.15 0.17 0.17 0.22 0.22 0.28 0.16 0.13 0.56 0.68 0.80 0.67
N1 0.19 0.20 0.45 0.57 0.17 0.25 0.16 0.33 0.16 0.18 0.19 0.24 0.19 0.24 0.18 0.14 0.54 0.63 0.77 0.64
N3 0.17 0.18 0.38 0.54 0.17 0.23 0.17 0.31 0.17 0.17 0.18 0.20 0.19 0.21 0.19 0.13 0.52 0.60 0.73 0.61
N4 0.15 0.16 0.23 0.52 0.15 0.23 0.15 0.33 0.15 0.15 0.16 0.18 0.34 0.27 0.15 0.15 0.53 0.65 0.76 0.65
O2 0.23 0.24 0.53 0.54 0.21 0.24 0.20 0.30 0.21 0.22 0.23 0.27 0.21 0.20 0.21 0.16 0.50 0.55 0.69 0.57
O2' 0.29 0.28 0.62 0.56 0.24 0.25 0.23 0.29 0.25 0.27 0.26 0.31 0.32 0.23 0.24 0.19 0.49 0.54 0.68 0.55
O3' 0.26 0.24 0.52 0.51 0.21 0.20 0.21 0.23 0.22 0.24 0.22 0.27 0.24 0.18 0.20 0.19 0.42 0.48 0.61 0.48
O4' 0.20 0.21 0.48 0.60 0.16 0.27 0.15 0.36 0.16 0.19 0.19 0.25 0.22 0.28 0.16 0.15 0.57 0.68 0.81 0.67
O5' 0.17 0.18 0.33 0.50 0.17 0.20 0.18 0.26 0.17 0.17 0.17 0.20 0.29 0.22 0.18 0.20 0.46 0.59 0.71 0.57
OP1 0.18 0.18 0.30 0.49 0.17 0.18 0.18 0.24 0.18 0.17 0.17 0.21 0.31 0.21 0.19 0.22 0.43 0.58 0.68 0.55
OP2 0.21 0.22 0.24 0.45 0.22 0.20 0.23 0.23 0.22 0.21 0.21 0.23 0.42 0.21 0.23 0.27 0.40 0.56 0.66 0.53
P 0.16 0.17 0.28 0.49 0.17 0.18 0.18 0.25 0.17 0.16 0.16 0.19 0.34 0.23 0.18 0.21 0.45 0.59 0.70 0.57

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.31 0.01 0.01 0.08 0.08 0.15 0.10
C2 0.01 0.00 0.21 0.25 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.14 0.14 0.01 0.16 0.18 0.19 0.26 0.22
C2' 0.00 0.21 0.00 0.00 0.03 0.02 0.15 0.14 0.20 0.02 0.16 0.37 0.00 0.03 0.05 0.03 0.33 0.39 0.41 0.34
C3' 0.01 0.25 0.00 0.00 0.40 0.01 0.39 0.02 0.33 0.24 0.34 0.17 0.02 0.01 0.43 0.03 0.07 0.15 0.13 0.08
C4 0.01 0.01 0.03 0.40 0.00 0.17 0.00 0.26 0.01 0.01 0.00 0.01 0.40 0.17 0.00 0.02 0.41 0.47 0.54 0.50
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.17 0.00 0.27 0.01 0.26 0.09 0.07 0.15 0.32 0.03 0.18 0.00 0.02 0.08 0.04 0.03
C5 0.01 0.01 0.15 0.39 0.00 0.27 0.00 0.37 0.00 0.01 0.01 0.01 0.50 0.23 0.01 0.13 0.48 0.53 0.56 0.57
C5' 0.04 0.09 0.14 0.02 0.26 0.01 0.37 0.00 0.33 0.12 0.14 0.17 0.17 0.19 0.29 0.01 0.01 0.10 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.20 0.33 0.01 0.26 0.00 0.33 0.00 0.00 0.01 0.01 0.46 0.16 0.01 0.18 0.38 0.39 0.37 0.44
N1 0.00 0.01 0.02 0.24 0.01 0.09 0.01 0.12 0.00 0.00 0.00 0.01 0.23 0.08 0.01 0.01 0.19 0.20 0.21 0.22
N3 0.01 0.00 0.16 0.34 0.00 0.07 0.01 0.14 0.01 0.00 0.00 0.01 0.24 0.07 0.01 0.11 0.28 0.32 0.39 0.34
O2 0.03 0.01 0.37 0.17 0.01 0.15 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00 0.24 0.30 0.01 0.27 0.12 0.12 0.19 0.14
O2' 0.01 0.14 0.00 0.02 0.40 0.32 0.50 0.17 0.46 0.23 0.24 0.24 0.00 0.06 0.43 0.21 0.19 0.27 0.41 0.23
O3' 0.31 0.14 0.03 0.01 0.17 0.03 0.23 0.19 0.16 0.08 0.07 0.30 0.06 0.00 0.21 0.19 0.27 0.39 0.38 0.31
O4 0.01 0.01 0.05 0.43 0.00 0.18 0.01 0.29 0.01 0.01 0.01 0.01 0.43 0.21 0.00 0.02 0.46 0.55 0.63 0.57
O4' 0.01 0.16 0.03 0.03 0.02 0.00 0.13 0.01 0.18 0.01 0.11 0.27 0.21 0.19 0.02 0.00 0.08 0.11 0.16 0.13
O5' 0.08 0.18 0.33 0.07 0.41 0.02 0.48 0.01 0.38 0.19 0.28 0.12 0.19 0.27 0.46 0.08 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.08 0.19 0.39 0.15 0.47 0.08 0.53 0.10 0.39 0.20 0.32 0.12 0.27 0.39 0.55 0.11 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.15 0.26 0.41 0.13 0.54 0.04 0.56 0.02 0.37 0.21 0.39 0.19 0.41 0.38 0.63 0.16 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.10 0.22 0.34 0.08 0.50 0.03 0.57 0.01 0.44 0.22 0.34 0.14 0.23 0.31 0.57 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00